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微生物菌群多樣性分析方法的研究進(jìn)展一、本文概述Overviewofthisarticle微生物菌群多樣性是生物學(xué)、生態(tài)學(xué)、醫(yī)學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn),它涵蓋了微生物的種類(lèi)、數(shù)量、分布、遺傳變異以及它們與環(huán)境的相互作用等方面。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展和生物信息學(xué)分析的進(jìn)步,微生物菌群多樣性的分析方法也在不斷更新和優(yōu)化。本文旨在綜述近年來(lái)微生物菌群多樣性分析方法的研究進(jìn)展,包括傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法和現(xiàn)代的分子生物學(xué)技術(shù),以及這些技術(shù)在不同領(lǐng)域的應(yīng)用和前景。Microbialdiversityisaresearchhotspotinmultiplefieldssuchasbiology,ecology,andmedicine,coveringthetypes,quantities,distribution,geneticvariations,andinteractionsbetweenmicroorganismsandtheenvironment.Withtherapiddevelopmentofhigh-throughputsequencingtechnologyandadvancesinbioinformaticsanalysis,methodsforanalyzingmicrobialdiversityarealsoconstantlybeingupdatedandoptimized.Thisarticleaimstoreviewtheresearchprogressofmicrobialdiversityanalysismethodsinrecentyears,includingtraditionalcultivationmethodsandmodernmolecularbiologytechnologies,aswellastheapplicationsandprospectsofthesetechnologiesindifferentfields.我們將回顧傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng)方法,這些方法雖然存在耗時(shí)、勞動(dòng)密集型等缺點(diǎn),但在某些特定情況下仍具有不可替代的作用。接著,我們將重點(diǎn)介紹基于高通量測(cè)序的微生物菌群多樣性分析方法,包括16SrRNA基因測(cè)序、宏基因組測(cè)序等,這些方法能夠提供更全面、深入的微生物菌群信息。我們還會(huì)探討一些新興的分子生物學(xué)技術(shù),如宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)、宏蛋白質(zhì)組學(xué)等,這些技術(shù)能夠從不同的層面揭示微生物菌群的活性和功能。Wewillreviewtraditionalmicrobialculturemethods,which,althoughtime-consumingandlabor-intensive,stillhaveirreplaceableeffectsincertainspecificsituations.Next,wewillfocusonintroducingmicrobialdiversityanalysismethodsbasedonhigh-throughputsequencing,including16SrRNAgenesequencing,metagenomicsequencing,etc.Thesemethodscanprovidemorecomprehensiveandin-depthinformationonmicrobialcommunities.Wewillalsoexploresomeemergingmolecularbiologytechnologies,suchasmetatranscriptomics,metaproteomics,etc.,whichcanrevealtheactivityandfunctionofmicrobialcommunitiesfromdifferentperspectives.在應(yīng)用方面,我們將概述微生物菌群多樣性分析方法在環(huán)境科學(xué)、醫(yī)學(xué)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域的應(yīng)用情況。例如,在環(huán)境科學(xué)中,這些方法可以用于評(píng)估不同生態(tài)系統(tǒng)的微生物多樣性、研究微生物群落對(duì)環(huán)境變化的響應(yīng)等;在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,它們可以幫助我們理解人體微生物菌群的組成和功能,從而揭示微生物與疾病的關(guān)系;在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域,微生物菌群多樣性分析則可以為土壤改良、作物增產(chǎn)等提供理論依據(jù)。Intermsofapplication,wewilloutlinetheapplicationofmicrobialdiversityanalysismethodsinfieldssuchasenvironmentalscience,medicine,andagriculture.Forexample,inenvironmentalscience,thesemethodscanbeusedtoevaluatemicrobialdiversityindifferentecosystems,studytheresponseofmicrobialcommunitiestoenvironmentalchanges,andsoon;Inthefieldofmedicine,theycanhelpusunderstandthecompositionandfunctionofhumanmicrobiota,therebyrevealingtherelationshipbetweenmicroorganismsanddiseases;Inthefieldofagriculture,theanalysisofmicrobialdiversitycanprovidetheoreticalbasisforsoilimprovement,cropyieldincrease,andsoon.我們將展望微生物菌群多樣性分析方法的發(fā)展前景。隨著技術(shù)的不斷進(jìn)步和成本的降低,這些方法將在更多領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。我們也面臨著一些挑戰(zhàn),如數(shù)據(jù)解析的復(fù)雜性、結(jié)果的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性等。未來(lái),我們需要繼續(xù)探索和創(chuàng)新,以推動(dòng)微生物菌群多樣性分析方法的發(fā)展,為生命科學(xué)和人類(lèi)社會(huì)的可持續(xù)發(fā)展做出更大的貢獻(xiàn)。Wewilllookforwardtothedevelopmentprospectsofmicrobialdiversityanalysismethods.Withthecontinuousadvancementoftechnologyandthereductionofcosts,thesemethodswillbewidelyappliedinmorefields.Wealsofacesomechallenges,suchasthecomplexityofdataparsing,accuracyandrepeatabilityofresults.Inthefuture,weneedtocontinueexploringandinnovatingtopromotethedevelopmentofmicrobialdiversityanalysismethodsandmakegreatercontributionstothesustainabledevelopmentoflifesciencesandhumansociety.二、微生物菌群多樣性分析方法的分類(lèi)Classificationofmicrobialdiversityanalysismethods微生物菌群多樣性分析方法大致可分為傳統(tǒng)培養(yǎng)法、分子生物學(xué)技術(shù)和高通量測(cè)序技術(shù)三類(lèi)。每種方法都有其獨(dú)特的優(yōu)缺點(diǎn),適用于不同的研究背景和目的。Themethodsforanalyzingmicrobialdiversitycanberoughlydividedintothreecategories:traditionalculturemethods,molecularbiologytechniques,andhigh-throughputsequencingtechniques.Eachmethodhasitsuniqueadvantagesanddisadvantages,andissuitablefordifferentresearchbackgroundsandpurposes.傳統(tǒng)培養(yǎng)法是最早用于研究微生物菌群多樣性的方法,其基于微生物的可培養(yǎng)性,通過(guò)在不同培養(yǎng)基上培養(yǎng)微生物并計(jì)數(shù),來(lái)評(píng)估菌群的種類(lèi)和數(shù)量。這種方法簡(jiǎn)單易行,但只能覆蓋可培養(yǎng)的微生物,無(wú)法全面反映菌群的真實(shí)多樣性。Thetraditionalcultivationmethodistheearliestmethodusedtostudythediversityofmicrobialcommunities.Itisbasedonthecultivabilityofmicroorganismsandevaluatesthetypesandquantitiesofmicrobialcommunitiesbyculturingandcountingthemondifferentmedia.Thismethodissimpleandfeasible,butitcanonlycovercultivablemicroorganismsandcannotfullyreflectthetruediversityofmicrobialcommunities.分子生物學(xué)技術(shù)則通過(guò)提取微生物的遺傳信息,如DNA或RNA,來(lái)分析菌群的多樣性。常用的分子生物學(xué)技術(shù)包括聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)、變性梯度凝膠電泳(DGGE)和熒光原位雜交(FISH)等。這些方法可以覆蓋更廣泛的微生物種類(lèi),但可能受到PCR偏好性、引物選擇等因素的影響,導(dǎo)致結(jié)果的偏差。Molecularbiologytechniquesanalyzethediversityofmicrobialcommunitiesbyextractinggeneticinformationfrommicroorganisms,suchasDNAorRNA.Commonmolecularbiologicaltechniquesincludepolymerasechainreaction(PCR),denaturinggradientgelelectrophoresis(DGGE)andfluorescenceinsituhybridization(FISH).Thesemethodscancoverawiderrangeofmicrobialspecies,butmaybeinfluencedbyfactorssuchasPCRpreferenceandprimerselection,leadingtobiasedresults.近年來(lái),隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,微生物菌群多樣性分析進(jìn)入了全新的階段。高通量測(cè)序技術(shù),如454焦磷酸測(cè)序、Illumina測(cè)序和單分子實(shí)時(shí)測(cè)序等,可以一次性對(duì)大量樣本進(jìn)行深度測(cè)序,獲得海量的微生物遺傳信息。通過(guò)對(duì)這些數(shù)據(jù)的分析,可以全面、準(zhǔn)確地揭示菌群的多樣性、組成和動(dòng)態(tài)變化。盡管高通量測(cè)序技術(shù)具有諸多優(yōu)點(diǎn),但其成本較高,數(shù)據(jù)處理和分析也相對(duì)復(fù)雜。Inrecentyears,withthedevelopmentofhigh-throughputsequencingtechnology,theanalysisofmicrobialdiversityhasenteredanewstage.Highthroughputsequencingtechnologies,suchas454pyrophosphatesequencing,Illuminasequencing,andsingle-moleculereal-timesequencing,canperformdeepsequencingonalargenumberofsamplesatonce,obtainingmassiveamountsofmicrobialgeneticinformation.Byanalyzingthesedata,thediversity,composition,anddynamicchangesofmicrobialcommunitiescanbecomprehensivelyandaccuratelyrevealed.Althoughhigh-throughputsequencingtechnologyhasmanyadvantages,itscostishighanddataprocessingandanalysisarerelativelycomplex.微生物菌群多樣性分析方法的選擇應(yīng)根據(jù)研究需求和條件進(jìn)行綜合考慮。未來(lái),隨著技術(shù)的不斷進(jìn)步和成本的不斷降低,高通量測(cè)序技術(shù)將在微生物菌群多樣性分析中發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。Theselectionofmicrobialdiversityanalysismethodsshouldbecomprehensivelyconsideredbasedonresearchneedsandconditions.Inthefuture,withthecontinuousadvancementoftechnologyandthecontinuousreductionofcosts,high-throughputsequencingtechnologywillplayanincreasinglyimportantroleintheanalysisofmicrobialdiversity.三、微生物菌群多樣性分析方法的研究進(jìn)展Researchprogressonmethodsforanalyzingmicrobialdiversity微生物菌群多樣性分析是生物學(xué)、生態(tài)學(xué)和環(huán)境科學(xué)等領(lǐng)域的研究熱點(diǎn),對(duì)于理解微生物群落的組成、結(jié)構(gòu)和功能,以及揭示微生物與環(huán)境的相互作用具有重要意義。近年來(lái),隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和生物信息分析方法的進(jìn)步,微生物菌群多樣性分析方法也取得了顯著的研究成果。Microbialdiversityanalysisisaresearchhotspotinthefieldsofbiology,ecology,andenvironmentalscience.Itisofgreatsignificanceforunderstandingthecomposition,structure,andfunctionofmicrobialcommunities,aswellasrevealingtheinteractionbetweenmicroorganismsandtheenvironment.Inrecentyears,withthedevelopmentofhigh-throughputsequencingtechnologyandtheadvancementofbioinformaticsanalysismethods,significantresearchresultshavebeenachievedinmicrobialdiversityanalysismethods.高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用:傳統(tǒng)的微生物多樣性分析方法如變性梯度凝膠電泳(DGGE)和克隆文庫(kù)技術(shù)等,雖然在一定程度上能夠揭示微生物群落的多樣性,但受限于分辨率和通量。而高通量測(cè)序技術(shù),如454焦磷酸測(cè)序、Illumina測(cè)序和單分子實(shí)時(shí)測(cè)序等,具有高通量、高分辨率和高靈敏度的特點(diǎn),能夠同時(shí)檢測(cè)大量樣本中的微生物種類(lèi)和數(shù)量,為微生物菌群多樣性分析提供了強(qiáng)大的技術(shù)支持。Applicationofhigh-throughputsequencingtechnology:Traditionalmicrobialdiversityanalysismethods,suchasdenaturinggradientgelelectrophoresis(DGGE)andclonelibrarytechnology,canrevealmicrobialcommunitydiversitytosomeextent,butarelimitedbyresolutionandflux.Highthroughputsequencingtechnologies,suchas454pyrophosphatesequencing,Illuminasequencing,andsingle-moleculereal-timesequencing,havethecharacteristicsofhighthroughput,highresolution,andhighsensitivity.Theycansimultaneouslydetectthetypesandquantitiesofmicroorganismsinalargenumberofsamples,providingstrongtechnicalsupportformicrobialdiversityanalysis.生物信息分析方法的進(jìn)步:隨著高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的不斷積累,如何有效地處理和分析這些數(shù)據(jù)成為了一個(gè)重要的問(wèn)題。生物信息分析方法的進(jìn)步為微生物菌群多樣性分析提供了有效的解決方案。例如,基于OTU(OperationalTaxonomicUnit)聚類(lèi)的分析方法可以快速準(zhǔn)確地識(shí)別微生物群落中的物種組成和豐度信息;基于代謝組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的方法可以進(jìn)一步揭示微生物群落的代謝功能和蛋白質(zhì)表達(dá)情況;基于網(wǎng)絡(luò)分析的方法則可以揭示微生物群落內(nèi)部的相互作用關(guān)系。Theadvancementofbioinformaticsanalysismethods:Withthecontinuousaccumulationofhigh-throughputsequencingdata,howtoeffectivelyprocessandanalyzethesedatahasbecomeanimportantissue.Theadvancementofbioinformaticsanalysismethodshasprovidedeffectivesolutionsfortheanalysisofmicrobialdiversity.Forexample,analysismethodsbasedonOTU(OperationalTaxonomicUnit)clusteringcanquicklyandaccuratelyidentifyspeciescompositionandabundanceinformationinmicrobialcommunities;Themethodsbasedonmetabolomicsandproteomicscanfurtherrevealthemetabolicfunctionandproteinexpressionofmicrobialcommunities;Themethodbasedonnetworkanalysiscanrevealtheinteractionswithinmicrobialcommunities.多元統(tǒng)計(jì)分析方法的應(yīng)用:為了更深入地理解微生物菌群多樣性與環(huán)境因子之間的關(guān)系,多元統(tǒng)計(jì)分析方法被廣泛應(yīng)用于微生物菌群多樣性分析中。例如,主成分分析(PCA)和冗余分析(RDA)等方法可以用于揭示微生物菌群多樣性與環(huán)境因子之間的主要關(guān)系和影響程度;相關(guān)性分析和回歸分析等方法則可以進(jìn)一步揭示微生物種類(lèi)或基因與環(huán)境因子之間的具體關(guān)系;而聚類(lèi)分析和主成分坐標(biāo)分析等方法則可以用于比較不同樣本或不同環(huán)境下的微生物菌群多樣性差異。Theapplicationofmultivariatestatisticalanalysismethods:Inordertogainadeeperunderstandingoftherelationshipbetweenmicrobialdiversityandenvironmentalfactors,multivariatestatisticalanalysismethodsarewidelyusedinmicrobialdiversityanalysis.Forexample,methodssuchasPrincipalComponentAnalysis(PCA)andRedundancyAnalysis(RDA)canbeusedtorevealthemainrelationshipanddegreeofinfluencebetweenmicrobialdiversityandenvironmentalfactors;Correlationanalysisandregressionanalysiscanfurtherrevealthespecificrelationshipbetweenmicrobialspeciesorgenesandenvironmentalfactors;Clusteranalysisandprincipalcomponentcoordinateanalysiscanbeusedtocomparethediversitydifferencesofmicrobialcommunitiesindifferentsamplesorenvironments.隨著高通量測(cè)序技術(shù)、生物信息分析方法和多元統(tǒng)計(jì)分析方法的不斷發(fā)展和進(jìn)步,微生物菌群多樣性分析方法取得了顯著的研究成果。未來(lái)隨著技術(shù)的進(jìn)一步發(fā)展和方法的不斷優(yōu)化,微生物菌群多樣性分析將在更多領(lǐng)域發(fā)揮重要作用。Withthecontinuousdevelopmentandprogressofhigh-throughputsequencingtechnology,bioinformaticsanalysismethods,andmultivariatestatisticalanalysismethods,significantresearchresultshavebeenachievedintheanalysisofmicrobialdiversity.Inthefuture,withthefurtherdevelopmentoftechnologyandcontinuousoptimizationofmethods,microbialdiversityanalysiswillplayanimportantroleinmorefields.四、微生物菌群多樣性分析方法的應(yīng)用案例ApplicationCasesofMicrobialDiversityAnalysisMethods微生物菌群多樣性分析方法在眾多領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用,從環(huán)境科學(xué)到醫(yī)學(xué)健康,從食品工業(yè)到農(nóng)業(yè)生產(chǎn),其應(yīng)用案例不勝枚舉。下面,我們將通過(guò)幾個(gè)具體的應(yīng)用案例來(lái)展示微生物菌群多樣性分析方法在不同領(lǐng)域的實(shí)際應(yīng)用價(jià)值。Theanalysismethodofmicrobialdiversityhasawiderangeofapplicationsinvariousfields,fromenvironmentalsciencetomedicalhealth,fromfoodindustrytoagriculturalproduction,anditsapplicationcasesarecountless.Below,wewilldemonstratethepracticalapplicationvalueofmicrobialdiversityanalysismethodsindifferentfieldsthroughseveralspecificapplicationcases.環(huán)境科學(xué)領(lǐng)域:在環(huán)境科學(xué)領(lǐng)域,微生物菌群多樣性分析方法常用于評(píng)估不同生態(tài)環(huán)境中的微生物群落結(jié)構(gòu)和功能。例如,在濕地生態(tài)系統(tǒng)中,研究人員通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)分析了濕地土壤中的微生物群落,發(fā)現(xiàn)不同濕地類(lèi)型之間微生物菌群的多樣性和組成存在顯著差異。這些差異與濕地環(huán)境因子(如水位、鹽度、溫度等)密切相關(guān),進(jìn)一步揭示了微生物在濕地生態(tài)系統(tǒng)中的重要作用。Inthefieldofenvironmentalscience,microbialdiversityanalysismethodsarecommonlyusedtoevaluatethestructureandfunctionofmicrobialcommunitiesindifferentecologicalenvironments.Forexample,inwetlandecosystems,researchersanalyzedthemicrobialcommunitiesinwetlandsoilusinghigh-throughputsequencingtechnologyandfoundsignificantdifferencesinthediversityandcompositionofmicrobialcommunitiesamongdifferentwetlandtypes.Thesedifferencesarecloselyrelatedtowetlandenvironmentalfactorssuchaswaterlevel,salinity,temperature,etc.,furtherrevealingtheimportantroleofmicroorganismsinwetlandecosystems.醫(yī)學(xué)健康領(lǐng)域:在醫(yī)學(xué)健康領(lǐng)域,微生物菌群多樣性分析對(duì)于研究人體微生態(tài)平衡和疾病發(fā)生機(jī)制具有重要意義。例如,在腸道微生物菌群研究中,科學(xué)家們利用宏基因組學(xué)方法分析了腸道微生物的基因組信息,發(fā)現(xiàn)腸道菌群的多樣性與人體健康狀況密切相關(guān)。某些腸道疾病的發(fā)生與腸道菌群失衡有關(guān),因此,通過(guò)調(diào)節(jié)腸道菌群結(jié)構(gòu)有望成為治療這些疾病的新策略。Inthefieldofmedicalhealth,theanalysisofmicrobialdiversityisofgreatsignificanceforstudyingthebalanceofhumanmicrobiotaandthemechanismsofdiseaseoccurrence.Forexample,inthestudyofgutmicrobiota,scientistsusedmetagenomicsmethodstoanalyzethegenomicinformationofgutmicrobiotaandfoundthatthediversityofgutmicrobiotaiscloselyrelatedtohumanhealthstatus.Theoccurrenceofcertainintestinaldiseasesisrelatedtotheimbalanceofgutmicrobiota,therefore,regulatingthestructureofgutmicrobiotaisexpectedtobecomeanewstrategyfortreatingthesediseases.食品工業(yè)領(lǐng)域:在食品工業(yè)領(lǐng)域,微生物菌群多樣性分析有助于優(yōu)化食品發(fā)酵過(guò)程和提高食品品質(zhì)。例如,在酸奶生產(chǎn)過(guò)程中,研究人員通過(guò)監(jiān)測(cè)發(fā)酵過(guò)程中乳酸菌的種群動(dòng)態(tài),發(fā)現(xiàn)不同乳酸菌菌株之間的協(xié)同作用對(duì)于酸奶口感和營(yíng)養(yǎng)價(jià)值的提升具有關(guān)鍵作用。這些發(fā)現(xiàn)為優(yōu)化酸奶生產(chǎn)工藝提供了理論依據(jù)。Inthefieldoffoodindustry,microbialdiversityanalysiscanhelpoptimizefoodfermentationprocessesandimprovefoodquality.Forexample,intheproductionprocessofyogurt,researchershavefoundthatthesynergisticeffectbetweendifferentstrainsoflacticacidbacteriaplaysakeyroleinimprovingthetasteandnutritionalvalueofyogurtbymonitoringthepopulationdynamicsoflacticacidbacteriaduringthefermentationprocess.Thesefindingsprovideatheoreticalbasisforoptimizingyogurtproductionprocesses.農(nóng)業(yè)生產(chǎn)領(lǐng)域:在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)領(lǐng)域,微生物菌群多樣性分析對(duì)于提高土壤肥力和作物產(chǎn)量具有重要意義。例如,在農(nóng)田土壤改良研究中,科學(xué)家們利用生物信息學(xué)方法分析了土壤中微生物菌群的多樣性,發(fā)現(xiàn)引入特定微生物菌劑可以顯著提高土壤肥力和作物產(chǎn)量。這些菌劑能夠改善土壤結(jié)構(gòu)、提高養(yǎng)分利用率并抑制病原菌的生長(zhǎng),為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)提供了有力支持。Inthefieldofagriculturalproduction,theanalysisofmicrobialdiversityisofgreatsignificanceforimprovingsoilfertilityandcropyield.Forexample,inagriculturalsoilimprovementresearch,scientistsusedbioinformaticsmethodstoanalyzethediversityofmicrobialcommunitiesinsoilandfoundthatintroducingspecificmicrobialagentscansignificantlyimprovesoilfertilityandcropyield.Thesemicrobialagentscanimprovesoilstructure,increasenutrientutilization,andinhibitthegrowthofpathogens,providingstrongsupportforagriculturalproduction.微生物菌群多樣性分析方法在各個(gè)領(lǐng)域的應(yīng)用案例充分展示了其在實(shí)際應(yīng)用中的重要價(jià)值。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展和方法的不斷完善,相信微生物菌群多樣性分析將在未來(lái)發(fā)揮更加重要的作用,為人類(lèi)的生產(chǎn)和生活帶來(lái)更多福祉。Theapplicationcasesofmicrobialdiversityanalysismethodsinvariousfieldsfullydemonstratetheirimportantvalueinpracticalapplications.Withthecontinuousdevelopmentoftechnologyandthecontinuousimprovementofmethods,itisbelievedthattheanalysisofmicrobialdiversitywillplayamoreimportantroleinthefuture,bringingmorebenefitstohumanproductionandlife.五、展望與總結(jié)OutlookandSummary隨著生物技術(shù)的不斷進(jìn)步和微生物學(xué)研究的深入,微生物菌群多樣性分析方法也在不斷更新和完善。從傳統(tǒng)的純培養(yǎng)技術(shù)到現(xiàn)代的分子生物學(xué)技術(shù),再到近年來(lái)興起的宏基因組學(xué)技術(shù),每一種方法的出現(xiàn)都為我們更深入地理解微生物菌群的多樣性提供了有力工具。Withthecontinuousprogressofbiotechnologyandthedeepeningofmicrobiologicalresearch,themethodsforanalyzingmicrobialdiversityarealsoconstantlybeingupdatedandimproved.Fromtraditionalpureculturetechniquestomodernmolecularbiologytechniques,andtotheemergingmetagenomicstechniquesinrecentyears,theemergenceofeachmethodprovidespowerfultoolsforustogainadeeperunderstandingofthediversityofmicrobialcommunities.展望未來(lái),微生物菌群多樣性分析方法將朝著更高通量、更高
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