![蛋白質(zhì)組學系列講座04基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學定量方法_第1頁](http://file4.renrendoc.com/view12/M09/37/3E/wKhkGWde0EGATSZPAAGPKKRx2Fw011.jpg)
![蛋白質(zhì)組學系列講座04基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學定量方法_第2頁](http://file4.renrendoc.com/view12/M09/37/3E/wKhkGWde0EGATSZPAAGPKKRx2Fw0112.jpg)
![蛋白質(zhì)組學系列講座04基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學定量方法_第3頁](http://file4.renrendoc.com/view12/M09/37/3E/wKhkGWde0EGATSZPAAGPKKRx2Fw0113.jpg)
![蛋白質(zhì)組學系列講座04基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學定量方法_第4頁](http://file4.renrendoc.com/view12/M09/37/3E/wKhkGWde0EGATSZPAAGPKKRx2Fw0114.jpg)
![蛋白質(zhì)組學系列講座04基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學定量方法_第5頁](http://file4.renrendoc.com/view12/M09/37/3E/wKhkGWde0EGATSZPAAGPKKRx2Fw0115.jpg)
版權說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權,請進行舉報或認領
文檔簡介
基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學定量方法解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長0102030405質(zhì)譜定量蛋白質(zhì)組學簡介標記定量法非標記定量法DIA技術靶向定量法CONTENTS課
程
目
錄質(zhì)譜定量蛋白質(zhì)組學簡介01解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長蛋白質(zhì)組學(英語:proteomics),是以蛋白質(zhì)組為研究對象,研究細胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學。Pictures
were
all
from
Bing.傳統(tǒng)Western
Blot法基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學方法蛋白有限抗體要求高高通量需求成千上萬種蛋白能篩選,能驗證高分辨,更準確解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長1.2
質(zhì)譜儀工作原理Orbitrap
質(zhì)譜儀工作原理圖解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長1.3
質(zhì)譜儀工作示例解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長1.4
質(zhì)譜數(shù)據(jù)構成解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌Zoom
in解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌1.3
質(zhì)譜定量法主要有哪些?利用化學分子標簽的信號相應進行定量。利用峰面積進行定量。不依賴于母離子的信號相應,對一級和二級離子進行全掃描。對目標肽段進行精確定量。標記定量非標記定量靶向定量DIA新技術標記定量02解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌1.3
標記定量法的原理兩大主流標記定量方法:優(yōu)點:定量準確,穩(wěn)定性高,重現(xiàn)性好。缺點:大樣本量成本高基于報告離子的定量方法。知
識
金
牌1.4
標記定量法的實驗流程1234567解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長統(tǒng)計分析生物信息學分析數(shù)據(jù)挖掘……Li,
C.,
et
al.,
Proteomic
Analysis
of
Liver
Proteins
in
a
Rat
Model
of
Chronic
Restraint
Stress-Induced
Depression.
BioMed
ResearchInternational,
2017.
2017:
p.1-14.Lin,
L.,
et
al.,
Application
of
iTRAQ-Based
Quantitative
Proteomics
Approach
to
Identify
Deregulated
Proteins
Associated
with
Liver
Toxicity
Induced
by
Polygonum
Multiflorum
in
Rats.
Cellular
Physiology
and
Biochemistry,
2018.
43(5):
p.
2102-2116.Liu,
C.,
et
al.,
iTRAQ-based
proteomic
analysis
to
identify
the
molecular
mechanism
of
Zhibai
Dihuang
Granule
in
the
Yin-deficiency-
heat
syndrome
rats.
Chinese
Medicine,
2018.
13(1).Chen,
Y.,
et
al.,
Transcriptomic
and
proteomic
analysis
of
potential
therapeutic
target
genes
in
the
liver
of
metformin-treatedSprague-Dawley
rats
with
type
2
diabetes
mellitus.
International
Journal
of
Molecular
Medicine,
2018.
41(6):
p.
3327-3341.Li,
J.,
et
al.,
CXCL4
Contributes
to
the
Pathogenesis
of
Chronic
Liver
Allograft
Dysfunction.
Journal
of
Immunology
Research,
2016.
2016:
p.
1-11.Garvin,
A.M.,
et
al.,
Evidence
of
Altered
Mitochondrial
Protein
Expression
After
Chronic
Ethanol
Consumption
in
the
Aged
Estrogen-
Deficient
Female
Rat
Heart.
Alcoholism:
Clinical
and
Experimental
Research,
2017.
41(7):
p.
1288-1297.Thapa,
K.,
et
al.,
Dysregulation
of
the
calcium
handlingprotein,
CCDC47,
is
associated
with
diabetic
cardiomyopathy.
Cell
&Bioscience,
2018.
8(1).Wenting
Li,
Z.Z.C.G.,
Original
Article
Proteomic
analysis
of
mitral
valve
in
Lewis
rat
with
acute
rheumatic
heart
disease.
Int
J
Clin
Exp
Patho,2015.
11(8):
p.
14151-14160.Littlejohns,
B.,
et
al.,
The
effect
of
disease
on
human
cardiac
protein
expression
profiles
in
paired
samples
from
right
and
left
ventricles.
Clinical
Proteomics,
2014.
11(1):
p.
1-14.Liu,
S.,
et
al.,
In-depth
proteomic
profiling
of
left
ventricular
tissues
in
human
end-stage
dilated
cardiomyopathy.
Oncotarget,
2017.
8(29):p.
48321.解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長相關文獻 知
識
金
牌非標記定量03解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌3.1
非標記定量法的原理
顧名思義,非標記定量法是指不使用同位素標記物,而是直接根據(jù)質(zhì)譜峰的強度來對肽段或蛋白進行相對定量的方法,
文獻中一般稱為“l(fā)abel
free”。其定量原理是計算一級質(zhì)譜中每個肽段的信號強度在LC-MS
色譜上的積分面積,利用MaxQuant等軟件解析這些肽段的定量信息,從而獲得對應蛋白質(zhì)的相對定量值。此外,也可以通過計算譜圖數(shù)目進行相對定量。傳統(tǒng)定量方法:優(yōu)點:成本低,無樣本數(shù)限制,操作簡便缺點:重現(xiàn)性差解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌3.2
非標記定量法的流程解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長相關文獻 知
識
金
牌Lundberg,
K.C.,
et
al.,
Proteomics
of
skin
proteins
in
psoriasis:
from
discovery
and
verification
in
a
mouse
model
toconfirmation
in
humans.
Molecular
&
cellular
proteomics
:
MCP,
2015.
14(1):
p.
109-119.Chang,
Y.,
et
al.,
Quantitative
proteomics
reveals
differential
regulation
of
protein
expression
in
recipient
myocardium
after
trilineage
cardiovascular
cell
transplantation.
PROTEOMICS,
2015.
15(15):
p.
2560-2567.Chang,
Y.,
et
al.,
New
Mass-Spectrometry-Compatible
Degradable
Surfactant
for
Tissue
Proteomics.
Journal
of
ProteomeResearch,
2015.14(3):
p.1587-1599.Schiza,
C.,
et
al.,
Identification
of
TEX101-associated
proteins
through
proteomic
measurement
of
human
spermatozoa
homozygous
forthe
missense
variant
rs35033974.
Molecular
&
Cellular
Proteomics,
2018:
p.
mcp.RA118.001170Latosinska,
A.,
et
al.,
Comparative
Analysis
of
Label-Free
and
8-Plex
iTRAQ
Approach
for
Quantitative
Tissue
ProteomicAnalysis.
PLOS
ONE,
2015.10(9):p.
e0137048.Sebastian
Funke,
S.B.K.L.,
Original
Article
Analysis
of
the
effects
of
preservative-free
tafluprost
on
the
tear
proteome.
Am
J
Transl
Res,
2016.
10(8):
p.
4025-4039.DIA技術04解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長4.1
DIA技術原理 知
識
金
牌DIA(Data
Independent
Acquisition)是隨著定量蛋白質(zhì)組學而建立的質(zhì)譜掃描技術。DIA技術能夠獲得掃描范圍內(nèi)所有母離子和二級離子的信息,不會造成低豐度離子信息的丟失。Data
Dependent
Acquisition Data
Independent
Acquisition解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌DDADIA4.1
DIA技術原理Picturewas
modified
from
matearials
of
AB
SCIEXtraining.解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌4.2
DIA實驗流程Picturewas
modified
from
Tiannan
Guo,Nature
Communication,
2015.解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長相關文獻 知
識
金
牌Egertson,
J.D.,
et
al.,
Multiplexed
peptide
analysisusing
data-independent
acquisition
andSkyline.NatureProtocols,
2015.
10(6):
p.
887-903.Hu,
A.,
W.S.
Noble
and
A.
Wolf-Yadlin,
Technical
advances
in
proteomics:
newdevelopments
in
data-independent
acquisition.
2016.
5.Nigjeh,E.N.,etal.,QuantitativeProteomicsBasedonOptimizedData-IndependentAcquisitioninPlasmaAnalysis.JournalofProteomeResearch,2017.
16(2):
p.
665-676.Smith,
P.K.,
et
al.,Measurement
of
protein
using
bicinchoninic
acid.
AnalyticalBiochemistry,1985:
p.
76-85.Xiang,L.,etal.,ComprehensiveAnalysisofAcylcarnitineSpeciesindb/dbMouseUsingaNovelMethodofHigh-ResolutionParallelReactionMonitoring
Reveals
WidespreadMetabolic
Dysfunction
Induced
by
Diabetes.
AnalyticalChemistry,
2017.
89(19):
p.
10368-10375.Wi?niewski,
J.R.,
et
al.,Universal
sample
preparation
method
for
proteome
analysis.
Nature
Methods,
2009.
6(5):
p.359-362.Escher,C.,
et
al.,Using
iRT,a
normalized
retention
time
for
more
targeted
measurement
of
peptides.
PROTEOMICS,
2012.
12(8):
p.1111-1121.Piazza,
I.,et
al.,
A
Map
of
Protein-Metabolite
Interactions
Reveals
Principles
of
Chemical
Communication.
Cell,
2018.
172(1-2):p.
358-372.e23.Reitsma,
J.M.,
et
al.,
Composition
and
Regulation
of
the
Cellular
Repertoire
of
SCF
Ubiquitin
Ligases.
Cell,
2017.
171(6):
p.
1326-1339.e14.von
Ziegler,
L.M.,
et
al.,
Subregion-Specific
Proteomic
Signature
in
the
Hippocampus
for
Recognition
Processes
in
AdultMice.Cell
Reports,
2018.
22(12):
p.
3362-3374.Latonen,
L.,
et
al.,
Integrative
proteomics
inprostate
canceruncovers
robustness
against
genomic
andtranscriptomic
aberrations
during
diseaseprogression.Nature
Communications,
2018.
9(1).Rapid
mass
spectrometric
conversion
of
tissue
biopsy
samples
into
permanentquantitative
digital
proteomemaps,
2015
April
;
21(4):
407–413.doi:10.1038/nm.3807.靶向定量05解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長5.1
靶向定量的原理 知
識
金
牌PRM:平行反應監(jiān)測(Parallel
Reaction
Monitoring,
PRM)技術是一種基于目標肽段質(zhì)譜信號獲取,以此來進行蛋白質(zhì)定量的技術。解
螺
旋 | 陪
伴
醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌5.2
靶向定量實驗流程Peterson,A.C.,etal.,Parallelreactionmonitoringforhighresolutionandhighmassaccuracyquantitative,targetedproteomics.Molecular&
cellular
proteomics
:MCP,
2012.
11(11):
p.
1475
-
1488.Ronsein,G.E.,etal.,TargetedProteomicsIdentifiesParaoxonase/Arylesterase1(PON1)andApolipoproteinCsasPotentialRiskFactorsforHypoalphalipoproteinemia
in
Diabetic
Subjects
Treated
with
Fenofibrate
and
Rosiglitazone.
Molecular
&
cellular
proteomics
:
MCP,
2016.
15(3):p.
1083
-
1093.Taumer,
C.,
et
al.,
Parallel
reaction
monitoring
on
a
Q
Exactive
mass
spectrometer
increases
reproducibility
of
phosphopeptide
detection
in
bacterial
phosphoproteomicsmeasurements.
Journal
of
Proteomics,
2018.Lawrence,
R.T.,
et
al.,
Plug-and-playanalysis
of
the
human
phosphoproteome
by
targeted
high-resolution
mass
spectrometry.
Nature
Methods,
2016.
13(5):
p.
431-434.Tang,
H.,
et
al.,
Multiplexed
Parallel
Reaction
Monitoring
Targeting
Histone
Modifications
on
the
QExactive
Mass
Spectrometer.
Analytical
Chemistry,2014.
86(11):
p.
5526-5534.Gallien,
S.,
S.Y.
Kim
and
B.
Domon,
Large-Scale
Targeted
Proteomics
Using
Internal
Standard
Triggered-Parallel
Reaction
Monitoring
(IS-PRM).Molecular
&cellular
proteomics
:MCP,2015.
14(6):
p.
1630
-
1644.Martinez,E.,etal.,Targetedproteomicsidentifiesproteomicsignaturesinliquid-biopsiesoftheendometriumtodiagnoseendometrialcancer
and
assist
in
the
prediction
of
the
optimal
surgical
treatment.
Clinical
Cancer
Research
An
Official
Journal
of
the
American
Association
forCancer
Research,
2017.
23(21):
p.
clincanres.0474.2017.Thomas,
S.N.,
etal.,Multiplexed
TargetedMass
Spectrometry-BasedAssays
forthe
Quantificationof
N-Linked
Glycosite-ContainingPeptides
in
Serum.Analytical
Chemistry,
2015.
87(21):
p.
10830-8.Xue,
T.,et
al
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預覽,若沒有圖紙預覽就沒有圖紙。
- 4. 未經(jīng)權益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 人人文庫網(wǎng)僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內(nèi)容負責。
- 6. 下載文件中如有侵權或不適當內(nèi)容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 2025小學五年級少先隊工作計劃(5篇)
- 2024-2025學年第16課中國賦稅制度的演變-勤徑學升高中歷史選擇性必修1同步練測(統(tǒng)編版2019)
- 2025年雙方共同撫養(yǎng)孩子的離異協(xié)議書
- 2025年姿態(tài)敏感器項目立項申請報告模范
- 2025年中藥材供應協(xié)議書
- 2025年醫(yī)用手器械租賃合同
- 2025年會員服務權益轉(zhuǎn)移協(xié)議
- 2025年銅基記憶合金材料項目申請報告模板
- 2025年螺旋錐齒輪項目提案報告模板
- 2025年沙發(fā)項目規(guī)劃申請報告模稿
- 云南省昆明市盤龍區(qū)2023-2024學年三年級上學期語文期末試卷
- 圖像處理技術在自動駕駛中的應用
- 2024年云南省公務員考試《行測》真題及答案解析
- 2024-2025學年廣東省大灣區(qū)40校高二上學期聯(lián)考英語試題(含解析)
- 旅拍店兩人合作協(xié)議書范文
- 楚辭離騷的原文全文完整注音版、拼音版標準翻譯譯文及注釋
- 肩袖損傷病例討論
- 全國國家版圖知識競賽題庫及答案(中小學組)
- 衛(wèi)生院中醫(yī)、康復??平ㄔO實施方案-
- 人教版五年級下冊道德與法治教案
- 2024-2030年中國烹飪培訓行業(yè)經(jīng)營管理風險及未來投資效益盈利性報告
評論
0/150
提交評論