甲基化與多組學研究專題09DNA甲基化與精神類疾病研究

?DNA甲基化與精神類疾病研究解螺旋

|

知識金牌解

螺

旋 | 陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌010203精神障礙分類PubMed檢索基于Illumina甲基化芯片的精神疾病相關文獻及國自然檢索文獻解讀CONTENTS課

程

目

錄04精神障礙分類01知

識

金

牌什么是“精神疾病”解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長精神疾病更準確的說法是精神障礙軀體疾病稱為“疾病”，精神疾病稱為“障礙”病因復雜，未知較多知

識

金

牌精神障礙分類系統(tǒng)解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長ICD系統(tǒng)：國際疾病分類系統(tǒng)DSM系統(tǒng)：美國精神障礙診斷與統(tǒng)計手冊系統(tǒng)知

識

金

牌ICD-10

(v2016)WHO編制精神疾病占1大章分11小類分類依據(jù)：病因學+癥狀學解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌DMS-5

（2013）由美國精神醫(yī)學協(xié)會（APA）編撰分類依據(jù)：基于癥狀學主要分類：神經(jīng)發(fā)育障礙、精神分裂癥譜系障礙與其他精神病性障礙、雙相障礙與其他相關障礙、抑郁障礙、焦慮障礙、強迫障礙與其他相關障礙、創(chuàng)傷和應激相關障礙、分離性障礙、軀體癥狀障礙及相關障礙、喂養(yǎng)和進食障礙、排泄障礙、睡眠覺醒障礙、性功能障礙、性別焦慮、破壞性、沖動控制和品行障礙、物質相關障礙與成癮障礙、認知神經(jīng)障礙、人格障礙、性欲倒錯障礙、其他精神障礙、藥物所致的運動障礙及其他藥物的不良反應；另外包括其他可能成為臨床關注焦點的問題解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長PubMed檢索02知

識

金

牌檢索條件解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長檢索條件：選定若干大類、細分類關鍵詞“DNA

Methylation”

AND

“關鍵詞”只檢索≤10年內的文獻其中關鍵詞整理了47項，有檢索結果的16項知

識

金

牌節(jié)標題解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長中文名英文名論文數(shù)量精神病學psychiatry1149精神分裂癥schizophrenia361自閉癥/孤獨癥autism232精神障礙mental

disorders183精神發(fā)育遲滯/智力缺陷mental

retardation152抑郁障礙/抑郁癥depressive

disorder138孤獨譜系障礙autism

spectrumdisorder61精神疾病mental

illness41注意缺陷多動障礙/多動癥attention

deficit

hyperactivity

disorder30厭食癥anorexia21神經(jīng)性厭食癥anorexianervosa13撤藥綜合征withdrawal

syndrome13兒童學習障礙learning

disabilities6癲癇epilepsia6躁狂癥Mania4社交焦慮癥social

anxiety

disorder2基于Illumina甲基化芯片的精神疾病相關文獻及國自然檢索03知

識

金

牌基于Illumina甲基化芯片的文獻檢索查找GEO內Illumina甲基化芯片平臺條目平臺AccessionTitleSeriesSamplesPubDateGPL23976IlluminaInfinium

HumanMethylation850

BeadChip4672017850kGPL21145Infinium

MethylationEPIC397122015450kGPL13534Illumina

HumanMethylation450

BeadChip

(HumanMethylation450_15017482)105976702201127kGPL8490IlluminaHumanMethylation27

BeadChip

(HumanMethylation27_270596_v.1.2)335187852009解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌節(jié)標題解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌后續(xù)工作補充完整文章信息雜志、發(fā)表年份、IF……選擇代表性文章進一步閱讀重要疾病套路：機制、發(fā)育、EWAS……多組學數(shù)據(jù)的文章解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌近三年國自然相關項目檢索解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長文獻解讀04知

識

金

牌文獻介紹胎兒酒精譜系障礙的DNA甲基化模式研究2016年發(fā)表，IF=5.19樣本類型：口腔上皮細胞檢測平臺：450k、SNP芯片、焦磷酸測序樣本數(shù)量：206（110+96）解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌樣本及芯片分析概覽解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌樣本及數(shù)據(jù)的過濾與校正解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長Discard

outlier

samplesDiscard

probes

(sex

chr、SNPs、baddata……)Compared

withblood

samples

（GSE42861）Ethnic

background

correction

（via

SNP

genotyping）知

識

金

牌結果PCALeft:

blood

samples

Right:

BECs解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長Ethnic

samples

SNP

genotyping136

samples解

螺

旋 | 陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌節(jié)標題658

diff

CpG

site5

CpG

site

comparison知

識

金

牌Diff-methylation

loci

enrichment解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長差異甲基化位點與印記基因、原鈣粘連素編碼基因的關系

知

識

金

牌解

螺

旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長解

螺

旋 | 陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長知

識

金

牌節(jié)標題GO&DiseaseEnrichmentUp-methylatedGenes

Co-expression

Network解