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文檔簡(jiǎn)介
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物化學(xué)筆記
生物化學(xué)(biochemistry;是碩士命化學(xué)的科學(xué),它在分子水平上探討生命的本質(zhì),即碩士
物體的分子構(gòu)造與功能,物質(zhì)代謝與調(diào)整,遺傳信息的傳遞與調(diào)控,及其在生命活動(dòng)中的作
用。
人們一般將研究核酸、蛋白質(zhì)等所有生物大分子的構(gòu)造、功能及基因構(gòu)造、體現(xiàn)與調(diào)控的內(nèi)
容,稱為分子生物學(xué)。因比分子生物學(xué)是生物化學(xué)的重要構(gòu)成部分。
一、生物化學(xué)發(fā)展簡(jiǎn)史
1.初期階段(18世紀(jì)一20世記初)
生物化學(xué)的研究始于18世紀(jì),但作為一門獨(dú)立的科學(xué)是在2()世紀(jì)初期。重要碩士物體的化
學(xué)構(gòu)成。
2.蓬勃發(fā)展階段(從20世記初一20世記中期)
重要在營(yíng)養(yǎng)學(xué),內(nèi)分泌學(xué),酶學(xué),物質(zhì)代謝及其調(diào)控等方面獲得了重大進(jìn)展。
3.分子生物學(xué)發(fā)展階段(從20世紀(jì)中期至今)
重要有物質(zhì)代謝途徑的研究繼續(xù)發(fā)展,重點(diǎn)進(jìn)入代謝調(diào)整與合成代謝的研究。
此外,明顯特性是分子生物學(xué)的崛起。DAN雙螺旋構(gòu)造模型的提出,遺傳密碼的破譯,重組
DNA技術(shù)的建立等。
20世紀(jì)末始動(dòng)的人類基因組計(jì)劃(humangenomeproject)是人類生命科學(xué)中的又?偉大
創(chuàng)舉。
以基因編碼蛋白質(zhì)的構(gòu)造與功能為重點(diǎn)之一的功能基因組研究已迅速崛起。忖前出現(xiàn)的的蛋
白質(zhì)組學(xué)(proteomics)領(lǐng)域。
闡明人類基因組功能是一項(xiàng)多學(xué)科的任務(wù),因而產(chǎn)生了一門前景廣闊的新興學(xué)科——生物
信息學(xué)(bioinformatics)?
我國(guó)科學(xué)家對(duì)生物化學(xué)的發(fā)展做出了重大的奉獻(xiàn)。
一、生物化學(xué)研究的重要內(nèi)容
1.生物分子的構(gòu)造與功能
2.物質(zhì)代謝及其調(diào)整
3.基因信息傳遞及其調(diào)控
三、生物化學(xué)與醫(yī)學(xué)
生物化學(xué)是一門重要的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)課,與醫(yī)學(xué)有著緊密的聯(lián)絡(luò)。
生物大分子一般均有一定的分子構(gòu)造規(guī)律,即由一定的基本構(gòu)造單位,按一定的排列次序和
連接方式而形成的多聚體。蛋白質(zhì)和核酸是體內(nèi)重要的生物大分子,各自有其構(gòu)造特性,并
分別行使不一樣的生理功能。
酶是一類重要的蛋白質(zhì)分子,是生物體內(nèi)的催化劑。
本篇將簡(jiǎn)介蛋白質(zhì)的構(gòu)造、功能;核酸的結(jié)核與功能;醛等三章。重點(diǎn)掌握上述生物大分子
物質(zhì)的構(gòu)造特性,重要功能及基本的理化性質(zhì)與應(yīng)用,這對(duì)理解生命的木質(zhì)具有重要意義。
蛋白質(zhì)是生物體含量最豐富的生物大分子物質(zhì),約占人體固體成分的45%,且分布廣泛,所
有細(xì)胞、組織都具有蛋白質(zhì)。生物體構(gòu)造越復(fù)雜,蛋白質(zhì)的種類和功能也越繁多。蛋白質(zhì)也
是機(jī)體的功能分子(workingmolecules)。它參與機(jī)體的,切生理活動(dòng),機(jī)體的多種生理
功能幾乎都是通過(guò)蛋白質(zhì)來(lái)完畢的,并且在其中起著關(guān)鍵作用,因此蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基
礎(chǔ)。
第一節(jié)蛋白質(zhì)的分子構(gòu)成
ConformationofProteinMolecules
一、蛋白質(zhì)的元素構(gòu)成
構(gòu)成蛋白質(zhì)的元素除具有碳、氫、氧外都具有氮。有些蛋白質(zhì)還具有少許硫、磷、鐵、錦、
鋅、銅、碘等。
大多數(shù)蛋白質(zhì)含氮量比較靠近,平均為16樂(lè)這是蛋白質(zhì)元素構(gòu)成的一種特點(diǎn)。
蛋白質(zhì)的元素構(gòu)成中具有氮,是碳水化物、脂肪在營(yíng)養(yǎng)上不能替代蛋白質(zhì)的原因。
二、氨基酸
氨基酸(aminoacid)是構(gòu)成蛋白質(zhì)的基本單位。構(gòu)成人體蛋白質(zhì)的氨基酸僅有20種。其
化學(xué)構(gòu)造式有一種共同特點(diǎn),即在連接撥基的。碳原子上尚有一種氨基,故稱a氨基酸(除
甘氨酸外)o
(一)氨基酸的構(gòu)造
構(gòu)成人體蛋白質(zhì)的20種氨基酸,
多種氨基酸在構(gòu)造上有下列特點(diǎn)。
1.構(gòu)成蛋白質(zhì)的氨基酸,除甘氨酸外,均屬1,-a-朝基酸。
2.不一樣的L-a-氨基酸,其側(cè)鏈(R)不一樣。
(二)氨基酸的分類
根據(jù)氨基酸側(cè)鏈R基團(tuán)的構(gòu)造和性質(zhì),可將20種氨基酸提成四類。
1.非極性疏水性氨基酸
2.極性中性氨基
3.酸性氨基酸
4.堿性氨基酸
在蛋白質(zhì)的修飾過(guò)程中,蛋白質(zhì)分子中20種氨基酸殘基的某些基團(tuán)還可被甲基化、甲酰
化、乙?;?、異戊二烯化和磷酸化等。
(三)氨基酸的理化性質(zhì)
1.兩性解離及等電點(diǎn):所有氨基酸都具有堿性的a-氨基和酸性的a-沒(méi)基,因此氨基酸是一
種兩性電解質(zhì),具有兩性解離的特性。
2.紫外吸取性質(zhì)根據(jù)氨基酸的吸取光譜,具有共枕雙鍵的色氨酸、酪氨酸的最大吸取峰在
280nm波長(zhǎng)附近。
3.苛三酮反應(yīng):可作為氨基酸定最分析措施。
三、肽(peptides)
㈠肽(peptide)
在蛋白質(zhì)分子中由一分子氨基酸的a-峻基與另一分子氨基酸的a-氨基脫水生成的鍵稱為肽
鍵(peptidebond)。肽健是蛋白質(zhì)分子中基本的化學(xué)鍵。如由二個(gè)氨基酸以肽鍵相連形
成的肽稱為二肽,互相之間以肽鍵相連。二肽還可通過(guò)肽鍵與另一分子氨基酸相連生成三
肽。此反應(yīng)可繼續(xù)進(jìn)行,依次生成四肽、五肽……。由10個(gè)以內(nèi)的氨基酸由肽鍵相連生成
的肽稱為寡肽(oligopeptide),由更多的氨基酸借肽鍵相連生成的肽稱為多肽
(polypeptide)o多肽是鏈狀化合物,故稱多肽鏈(polypeptidechain)o多肽鏈中的氨
基酸分子因脫水縮合而基團(tuán)不全,故稱為氨基酸殘基(residue)。多肽鏈中形成肽鍵的4
個(gè)原子和兩側(cè)的a-碳原子成為多肽鏈的骨架或主鏈。構(gòu)成多肽鏈骨架或主鏈的原子稱為主
鏈原子或骨架原子,而余下的R基團(tuán)部分,稱為側(cè)鏈。多肽鏈的左端有自由氨基稱為氨基末
端(aminoterminal)或N-端,右端有自由竣基稱為較基末端(carboxy1terminal)或C-
端。把具有51個(gè)氨基酸殘基、分子量為5733的胰島素稱作蛋白質(zhì)。這似乎是習(xí)慣上的多肽
與蛋白質(zhì)的分界線。
㈡生物活性肽
1.谷胱甘肽(glutathione,GSH)GSH是由谷、半胱和甘氨酸構(gòu)成的三肽。第一種肽鍵與一
般不一樣,由谷氨酸丫-段基與半胱氨酸的氨基構(gòu)成,分子中半胱氨酸的疏基是該化合物的
重要功能基團(tuán)。
2.多肽類激素及神經(jīng)肽
第二節(jié)蛋白質(zhì)的分子構(gòu)造
MolecularStructureofProtein
人體的蛋白質(zhì)分子是由20種氨基酸借肽鍵相連形成的生物大分子。每種蛋白質(zhì)均有其一定
的氨基酸構(gòu)成及氨基酸排列次序,以及肽鏈特定的空間排布。從而體現(xiàn)了蛋白質(zhì)的特性,是
每種蛋白質(zhì)具有獨(dú)特生理功能的構(gòu)造基礎(chǔ)。蛋白質(zhì)分子杓造提成一級(jí)構(gòu)造、二級(jí)構(gòu)造、三級(jí)
構(gòu)造、四級(jí)構(gòu)造4個(gè)層次,后三者統(tǒng)稱為空間構(gòu)造、高級(jí)構(gòu)造或空間構(gòu)象
(conformation)o蛋白質(zhì)的空間構(gòu)造涵蓋了蛋白質(zhì)分子中的每一原子在三維空間的相對(duì)位
置,它們是蛋白質(zhì)特有性質(zhì)和功能的構(gòu)造基礎(chǔ)。由一條肽鏈形成的蛋白質(zhì)只有一級(jí)構(gòu)造、二
級(jí)構(gòu)造和三級(jí)構(gòu)造,由二條或二條以上肽鏈形成的蛋白質(zhì)才也許有四級(jí)構(gòu)造。
一、蛋白質(zhì)的一級(jí)構(gòu)造
蛋白質(zhì)中氨基酸的排列次序稱為蛋白質(zhì)的一級(jí)構(gòu)造(primalstructure),>肽鍵是一級(jí)構(gòu)
造的重要化學(xué)鍵。有些蛋白質(zhì)還包括二硫鍵,即由兩個(gè)半胱氨酸琉基脫氫氧化而成。
目前已知?級(jí)構(gòu)造的蛋白質(zhì)數(shù)量已相稱可觀,并且還以更快的速度增長(zhǎng)。國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)有若干
重要的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)(updatedproteindatabases),搜集了大量最新的蛋白質(zhì)一級(jí)構(gòu)造
及其他資料,為蛋白質(zhì)構(gòu)造與功能的深入研究提供了便利。
二、蛋白質(zhì)的二級(jí)構(gòu)造
蛋白質(zhì)的二級(jí)構(gòu)造(secandarystructure)是指蛋白質(zhì)分子中某一段肽鏈的局部空間構(gòu)
造,也就是該段肽鏈主鏈骨架原子的相對(duì)空間位置。不波及氨基酸殘基側(cè)鏈的構(gòu)象。蛋白質(zhì)
的二級(jí)構(gòu)造重要包括a-螺旋、B-折疊、轉(zhuǎn)角和無(wú)規(guī)卷曲。
(-)肽單元
構(gòu)成肽鍵的4個(gè)原子和與其相鄰的兩個(gè)a碳原子(Ca)構(gòu)成一種肽單元(peptide
unit)o由于參與肽單元的6個(gè)原子----Cal、C、0、N、H、Ca2位于同一平面,故又稱
為肽平面。
(―)a-螺旋
a-螺旋(a-helix):蛋白質(zhì)分子中多種肽單元通過(guò)氨基酸a-碳原子的旋轉(zhuǎn),使多肽鏈的
主鏈圍繞中心軸呈有規(guī)律的螺旋上升,回旋成穩(wěn)定的螺旋構(gòu)象。a螺旋*氫鍵維持。若氫
鍵破壞,則a-螺旋構(gòu)象即遭破壞。
(三)B-折疊(B-pleatedsheet)
每個(gè)肽單元以Ca為旋轉(zhuǎn)點(diǎn),依次折疊成裾齒狀構(gòu)造,氨基酸殘基側(cè)鏈交替地位于鋸齒狀
構(gòu)造的上下方,氫鍵是維持折疊構(gòu)造的重要次級(jí)鍵。
(四)轉(zhuǎn)角(B-turn)和無(wú)規(guī)卷曲(randomcoil)
轉(zhuǎn)角伸展的肽徒形成180°回折,即U形轉(zhuǎn)角構(gòu)造。無(wú)規(guī)卷曲系指沒(méi)有確定規(guī)律性的那
部分肽鏈構(gòu)象。
(五)模體(motif)
在許多蛋白質(zhì)分子中,可發(fā)現(xiàn)二個(gè)或三個(gè)具有二級(jí)構(gòu)造的肽段,在空間上互相靠近,形成一
種特殊的空間構(gòu)象,被稱為模體。?種模序總有其特性性的氨基酸序列,并發(fā)揮特殊的功
能。如在許多鈣結(jié)合蛋白分子中一般有一種結(jié)合鈣離子的模序。它由a-螺旋-環(huán)-a-螺旋三
個(gè)肽段構(gòu)成。鋅指構(gòu)造(zincfinger)也是一種常見(jiàn)的模體例子。此模體由1個(gè)a-螺旋和2
個(gè)反平行的B-折疊三個(gè)肽段構(gòu)成。由于Zn2+可穩(wěn)固模體中a-螺旋構(gòu)造,致使此a-螺旋能
鑲嵌于DNA的大溝中,因比含鋅指構(gòu)造的蛋白質(zhì)都能與DNA或RNA結(jié)合。可見(jiàn)模體的特性性
空間構(gòu)象是其特殊功能的構(gòu)造基礎(chǔ)。
(六)氨基酸殘基的側(cè)鏈對(duì)二級(jí)構(gòu)造形成的影響
蛋白質(zhì)二級(jí)構(gòu)造是以一級(jí)閡造為基礎(chǔ)的。一段肽鏈其氨基酸殘基的側(cè)鏈適合形成a-螺旋或
B-折疊,它就會(huì)出現(xiàn)對(duì)應(yīng)的二級(jí)構(gòu)造。
三、蛋白質(zhì)的三級(jí)構(gòu)造
(一)蛋白質(zhì)的三級(jí)構(gòu)造(tertiarystructure)是指整條肽鏈中所有氨基酸殘基的相對(duì)空間
位置,也就是整條肽鏈所有原子在三維空間的排布位置。
例:Mb(肌紅蛋白)是由153個(gè)氨基酸殘基構(gòu)成的單條肽鏈的蛋白質(zhì),具有1個(gè)血紅素輔
基??蛇M(jìn)行可逆的氧合和脫氧。
蛋白質(zhì)三級(jí)構(gòu)造的形成和穩(wěn)定重要*次級(jí)鍵一一疏水鍵、離子鍵(鹽鍵)、氫鍵和Vander
Waals力等。疏水性氨基酸的側(cè)鏈R基為疏水基團(tuán),有避開(kāi)水,互相匯集而藏于蛋白質(zhì)分子
內(nèi)部的自然趨勢(shì),這種結(jié)合力叫疏水鍵。
(二)構(gòu)造域
分子量大的蛋白質(zhì)三級(jí)構(gòu)造常可分割成1個(gè)和數(shù)個(gè)球狀或纖維狀的區(qū)域,折疊得較為緊密,
各行其功能,稱為構(gòu)造域(domain)。如纖連蛋白(fibronectin),它由二條多肽鏈通過(guò)近5
端的兩個(gè)二硫鍵相連而成,具有6個(gè)構(gòu)造域,各個(gè)構(gòu)造域分別執(zhí)行一種功能,有可與細(xì)胞、
膠原、DNA和肝素等配體結(jié)合的構(gòu)造域。
(三)分子伴侶
除一級(jí)構(gòu)造為決定原因外,蛋白質(zhì)空間構(gòu)象的對(duì)的形成還需要一類稱為分子伴侶(chaperon)
的蛋白質(zhì)參與。分子伴侶通過(guò)提供一種保護(hù)環(huán)境從而加速蛋白質(zhì)折疊成天然構(gòu)象或形成四級(jí)
構(gòu)造。分子伴侶廣泛地存在于從細(xì)菌到人的生物體中,其中有很大一部分被稱之為熱休克蛋
白(heatshockprotein)。
四、蛋白質(zhì)的四級(jí)構(gòu)造
在體內(nèi)有許多蛋白質(zhì)分子具有二條或多條多肽鏈,才能全面地執(zhí)行功能。每?條多肽鋌均有
其完整的三級(jí)構(gòu)造,稱為蛋白質(zhì)的亞基(subunit),這種蛋白質(zhì)分子中各個(gè)亞基的空間排
布及亞基接觸部位的布局和互相作用,稱為蛋白質(zhì)的四級(jí)構(gòu)造(quaternarystructure)o
在四級(jí)構(gòu)造中,各個(gè)亞基間的結(jié)合力重要是氫鍵和離子鍵維持四級(jí)構(gòu)造。具有四級(jí)構(gòu)造的蛋
白質(zhì),單獨(dú)的亞基一般沒(méi)有生物學(xué)功能,只有完整的四級(jí)構(gòu)造寡聚體才有生物學(xué)功能。亞基
分子構(gòu)造相似,稱之為同二聚體(homodimer),若亞基分子構(gòu)造不一樣,則稱之為異二聚體
(heterodimer)。血紅蛋白(hemoglobin,Hb)是由2個(gè)a亞基和2個(gè)B亞基構(gòu)成的四聚體,兩
種亞基的三級(jí)構(gòu)造頗為相似,且每個(gè)亞基都結(jié)合有1個(gè)血紅素(heme)輔基。
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注冊(cè):-4-3
第2樓
五、蛋白質(zhì)的分類
(一)根據(jù)蛋白質(zhì)構(gòu)成成分可提成單純蛋白質(zhì)和結(jié)合蛋白質(zhì),單純蛋白質(zhì)只含氨基酸;結(jié)合
蛋白質(zhì),除蛋白質(zhì)部分外,還具有非蛋白質(zhì)部分,為蛋白質(zhì)的生物活性或代謝所依賴。結(jié)合
蛋白質(zhì)中的非蛋白質(zhì)部分被稱為輔基,絕大部分輔基通過(guò)共價(jià)鍵方式與蛋白質(zhì)部分相連。輔
基的種類也很廣,常見(jiàn)的有色素化合物、其糖、脂類、磷酸、金屬離子甚至分子量較大的核
酸。
(二)蛋白質(zhì)還可根據(jù)其形狀分為纖維狀蛋白質(zhì)和球狀登白質(zhì)兩大類。
第三節(jié)蛋白質(zhì)的構(gòu)造與功能的關(guān)系
RelationshipofProteinStructureandFunction
一、蛋白質(zhì)的一級(jí)構(gòu)造與功能的關(guān)系
(一)蛋白質(zhì)的一級(jí)構(gòu)造是空間構(gòu)象的基礎(chǔ)
Anfinsen在研究核糖核酸酶時(shí)已發(fā)現(xiàn),蛋白質(zhì)的功能與其三級(jí)構(gòu)造親密有關(guān),而特定三級(jí)
構(gòu)造是以氨基酸次序?yàn)榛A(chǔ)的。核糖核酸酶是由124個(gè)氨基酸殘基構(gòu)成的一條多肽鏈,分子
中8個(gè)半胱氨酸的疏基構(gòu)成四對(duì)二硫鍵(Cys26和Cys84,Cys40和Cys95,Cys58和CysllO,
Cys65和Cys72)(圖1T7A)。進(jìn)而形成具有?定空間構(gòu)象的球狀蛋白質(zhì)。用變性劑和還原劑
疏基乙醇處理該的溶液,分別破壞一硫鍵和次級(jí)鍵,使其空間構(gòu)造被破壞。但肽鍵不受
影響,一級(jí)構(gòu)造仍保持完整,酶變性失去活性。如用透析措施除去尿素和B-疏基乙醵后,
核糖核酸前又從無(wú)序的多肽鏈卷波折疊成天然睡的空間構(gòu)造,陋從變性狀態(tài)復(fù)性,陋的活性
又恢復(fù)至本來(lái)水平。這充足證明,只要其一級(jí)構(gòu)造未被破壞,就也許恢復(fù)本來(lái)的三級(jí)構(gòu)造,
功能仍然存在,因此多肽性中氨基酸的排列次序是蛋白質(zhì)空間構(gòu)造的基礎(chǔ)。
(二)一級(jí)構(gòu)造與功能的關(guān)系
己經(jīng)有大量的試驗(yàn)成果證明,?級(jí)構(gòu)造相似的多肽或蛋白質(zhì),其空間構(gòu)象以及功能也相似。
例如不一樣哺乳類動(dòng)物的胰島素分子構(gòu)造都由A和B兩關(guān)鏈構(gòu)成,且二硫鍵的配對(duì)和空間構(gòu)
象也極相似,它們都執(zhí)行著相似的調(diào)整糖代謝等的生理功能。
又例如垂體前葉分泌的促腎上腺皮質(zhì)激素(ACTH)和促黑激素(a-MSB,B-MSH)共有一段相似
的氨基酸序列,因此,ACTH也可增進(jìn)皮下黑色素生成,但作用較弱。
又例存在于生物界的蛋白質(zhì)如細(xì)胞色素C(cytochromcC),比較它們的一級(jí)構(gòu)造,可以協(xié)助
理解物種進(jìn)化間的關(guān)系。
但有時(shí)蛋白質(zhì)分子中起“關(guān)鍵”作用的氨基酸殘基缺失或被替代,都會(huì)嚴(yán)重影響空間構(gòu)象乃
至生理功能,甚至導(dǎo)致疾病產(chǎn)生。例如正常人血紅蛋白B亞基的第6位氨基酸是谷氨酸,而
鐮刀形貧血患者的血紅蛋白中,谷氨酸變成了綴氨酸,即酸性氨基酸被中性氨基酸替代,僅
此一種氨基酸之差,本是水溶性的血紅蛋白,就匯集成絲,互相粘著,導(dǎo)致紅細(xì)胞變形成為
鐮刀狀而極易破碎,產(chǎn)生鑲刀形紅細(xì)胞性貧血(sicklecellanemia)。這種由蛋白質(zhì)分子
發(fā)生變異所導(dǎo)致的疾病,被稱之為“分子病”,其病由于基因突變所致。
二、蛋白質(zhì)空間構(gòu)造與功能的關(guān)系
體內(nèi)蛋白質(zhì)所具有的特定空間構(gòu)象都與其發(fā)揮特殊的生理功能有著親密的關(guān)系。
(一)肌紅蛋白和血紅蛋白構(gòu)造
肌紅蛋白(myoglubin,Mb)與血紅蛋白都是具有血紅素輔基的蛋白質(zhì)。血紅素是鐵H卜咻化合
物,它由4個(gè)毗咯環(huán)通過(guò)4個(gè)甲塊基相連成為一種環(huán)形,F(xiàn)e2+居于環(huán)中。從X線衍射法分
析獲得的肌紅蛋白的三維構(gòu)造中,可見(jiàn)它是一種只有三級(jí)構(gòu)造的單鏈蛋白質(zhì),氨基酸殘基上
的疏水側(cè)鏈大都在分子內(nèi)部,富極性及電荷的則在分子表面,因此其水溶性很好。Mb分子
內(nèi)部有一種袋形空穴,血紅素居于其中。
血紅蛋白(hemoglubin,Hh)具有四個(gè)亞基構(gòu)成的四級(jí)構(gòu)造,每個(gè)亞基構(gòu)造中間有一種疏水局
部,可結(jié)合1個(gè)血紅素并攜帶1分子氧,因此一分子Hb共結(jié)合4分子氧。成年人紅組胞中
的Hb重要由兩條a肽鏈和兩條B肽鏈(a2B2)構(gòu)成,a鏈含141個(gè)氨基酸殘基,B鏈含
146個(gè)氨基酸殘基。胎兒期重要為a2丫2,胚胎期為a2c2。lib各亞基的三級(jí)構(gòu)造與Mb極
為相似。Hb亞基之間通過(guò)8對(duì)鹽鍵,使四個(gè)亞基緊密結(jié)合而形成親水的球狀蛋白。
(二)血紅蛋白的構(gòu)象變化與結(jié)合氧
Hb與Mb同樣可逆地與()2結(jié)合,氧合Hb占總Hb的百分?jǐn)?shù)(稱百分飽和度)隨02濃度變化而
變化。圖1-22為Hb和Mb的氧解離曲線,前者為S狀曲線,后者為直角雙曲線。可見(jiàn),Mb
易與02結(jié)合,而11b與02的結(jié)合在02分壓較低時(shí)較難。為何?根據(jù)S形曲線的特性可知,
Hb中第?種亞基與02結(jié)合后來(lái),增進(jìn)第二及第三個(gè)亞基與02的結(jié)合,目前三個(gè)亞基與02
結(jié)合后,又大大增進(jìn)第四個(gè)亞基與02結(jié)合,這種效應(yīng)稱為正協(xié)同效應(yīng)(positive
cooperativity)。協(xié)同效應(yīng)的定義是指一種亞基與其配體(Hb中的配體為02)結(jié)合后,能影
響此寡聚體中另一亞基與配體的結(jié)合能力。假如是增進(jìn)作用則稱為正協(xié)同效應(yīng);反之則為負(fù)
協(xié)同效應(yīng)。還可根據(jù)Perutz等運(yùn)用X線衍射技術(shù)分析Hb和氯合Hb結(jié)晶的三維構(gòu)造圖譜,
提出理解釋02與Hb結(jié)合的正協(xié)同效應(yīng)的理論。未結(jié)合02時(shí),Hb的a1/81和a2/B2呈
對(duì)角排列,構(gòu)造較為緊密,稱為緊張態(tài)(lensestate,T態(tài)),T態(tài)Hb與02的親和力小。伴
隨02的結(jié)合,4個(gè)亞基短基末端之間的鹽鍵斷裂,其二級(jí)、三級(jí)和四級(jí)構(gòu)造也發(fā)生變化,
使al/Bl和a2/B2的長(zhǎng)軸形成15。的夾角,構(gòu)造顯得相對(duì)松弛,稱為松弛態(tài)(relaxed
state,R態(tài))。Hb氧合與脫氧時(shí)T態(tài)和R態(tài)互相轉(zhuǎn)換的乜許方式有多種。此種一種氧分子與
Hb亞基結(jié)合后引起亞基構(gòu)象變化,稱為變構(gòu)效應(yīng)(allostericeffect)o小分子02稱為變
構(gòu)劑或效應(yīng)劑,Hb則被稱為變構(gòu)蛋白。變構(gòu)效應(yīng)具有普遍生物學(xué)意義。
(三)蛋白質(zhì)構(gòu)象變化與疾病
若蛋白質(zhì)的折疊發(fā)生錯(cuò)誤,盡管其一級(jí)構(gòu)造不變,但蛋白質(zhì)的構(gòu)象發(fā)生變化,仍可影響其功
能,嚴(yán)重時(shí)可導(dǎo)致疾病發(fā)生,有人將此類疾病稱為蛋白構(gòu)象疾病。有些蛋白質(zhì)錯(cuò)折疊后互相
匯集,常形成抗蛋白水解酶的淀粉樣纖維沉淀,產(chǎn)生毒性而致病,體現(xiàn)為蛋白質(zhì)淀粉樣纖維
沉淀的病理變化,此類疾病包括人紋狀體脊髓變性病、老年癡呆癥、亨丁頓舞蹈病
(Huntingtondisease)、瘋牛病等。
第四節(jié)蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)及其分離純化
TheCharactersofProteinanditsPurification
一、蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)
(-)蛋白質(zhì)的兩性電離
蛋白質(zhì)是由氨基酸構(gòu)成,其分子末端除有自由的a-NH2和a-COOH外,許多氨基酸殘基的側(cè)
鏈上尚有可解離的基因,這些基團(tuán)在溶液?定pH條件下可以解離成帶負(fù)電荷或正電荷的基
團(tuán)。當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)溶液在某一pH時(shí),蛋白質(zhì)解離成正負(fù)離子的趨勢(shì)相等,即成兼性離子,凈電
荷為零,此時(shí)溶液的pH稱為蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)(isoelectricpoint,PI)o蛋白質(zhì)溶液的pH
不小于等電點(diǎn)時(shí),該蛋白質(zhì)顆粒帶負(fù)電荷,不不小于等電點(diǎn)時(shí)則帶正電荷。
(二)蛋白質(zhì)的膠體性質(zhì)
蛋白質(zhì)是生物大分子,分子量可自1萬(wàn)至100萬(wàn)之巨,其分子的直徑可達(dá)1?lOOnm,為膠
粒范圍之內(nèi)。
(三)蛋白質(zhì)的變性、沉淀和凝固
在某些物理和化學(xué)原因作用下,蛀特定的空間構(gòu)象被破壞,也即有序的空間構(gòu)造變成無(wú)序的
空間構(gòu)造,從而導(dǎo)致其理化性質(zhì)的變化和生物活性的喪失,稱為蛋白質(zhì)的變性
(denaturation)。
1.蛋白質(zhì)變性的特性:蛋白質(zhì)變性的重要特性是生物活性喪失。
2.蛋白質(zhì)變性的本質(zhì):一般認(rèn)為蛋白質(zhì)的變性重要發(fā)生二硫鍵和非共價(jià)鍵的破壞,蛋白質(zhì)
變性是蛋白質(zhì)空間構(gòu)象的變化或破壞,不波及一級(jí)構(gòu)造中氨基酸序列的變化。
3.蛋白質(zhì)變性的意義:在臨床醫(yī)學(xué)上,變性原因常被應(yīng)用來(lái)消毒及滅菌。此外,防止蛋白
質(zhì)變性也是有效保留蛋白質(zhì)制劑(如疫苗等)的必要條件。
4.若蛋白質(zhì)變性程度較輕,清除變性原因后,有些蛋白質(zhì)仍可恢復(fù)或部分恢復(fù)其原有的構(gòu)
象和功能,稱為復(fù)性(rcnaturation)。不過(guò)許多蛋白質(zhì)變性后,空間構(gòu)象嚴(yán)重被破壞,不能
復(fù)原,稱為不可逆性變性。
5.蛋白質(zhì)經(jīng)強(qiáng)酸、強(qiáng)堿作用發(fā)生變性后,仍能溶解于強(qiáng)酸或強(qiáng)堿溶液中,若將pH調(diào)至等電
點(diǎn),則變性蛋白質(zhì)立即結(jié)成絮狀的不溶解物,此絮狀物仍可溶解于強(qiáng)酸和強(qiáng)堿中。如再加熱
則絮狀物可變成比較結(jié)實(shí)的凝塊,此凝塊不易再溶于強(qiáng)酸和強(qiáng)堿中,這種現(xiàn)象稱為蛋白質(zhì)的
凝固作用(proteincoagulation)<,
(四)蛋白質(zhì)的紫外吸取
蛋白質(zhì)在280nm波長(zhǎng)處有特性性的紫外吸取,可作蛋白質(zhì)定量測(cè)定。
(五)蛋白質(zhì)的呈色反應(yīng)
1.即三酮反應(yīng)(ninhydrinreaction)蛋白質(zhì)經(jīng)水解后產(chǎn)生的氨基酸也可發(fā)生即三酮反應(yīng),
詳見(jiàn)本章第一節(jié)。
2.雙縮腺反應(yīng)(biuretreaction)蛋白質(zhì)和多肽分子中肽鍵在稀堿溶液中與硫酸銅共熱,展
現(xiàn)紫色或紅色,稱為雙縮脈反應(yīng)。氨基酸不出現(xiàn)此反應(yīng)。
二、蛋白質(zhì)的分離和純化
(-)透析及超濾法
(二)丙酮沉淀、鹽析及免疫沉淀
(三)電泳
(四)層析
(五)分子篩
(六)超速離心
小結(jié)
Summary
蛋白質(zhì)是重要的生物大分子,在體內(nèi)分布廣泛,含量豐富,種類繁多。每一種蛋白質(zhì)均有其
特定的空間構(gòu)象和生物學(xué)功能。
構(gòu)成蛋白質(zhì)的基本單位為L(zhǎng)-a-氨基酸,共有20種,可分為非極性疏水性氨基酸、極性中
性氨基酸、酸性氨基酸和減性氨基酸四類。氨基酸屬于兩性電解質(zhì),在溶液的pH等于其pl
時(shí),氨基酸呈兼性離子。氨基酸可通過(guò)肽鍵相連而成肽。不不小于10個(gè)氨基酸構(gòu)成的肽稱
為寡肽,不小于10個(gè)則稱為多肽。體內(nèi)存在許多如GSH、促甲狀腺釋放激素和神經(jīng)肽等重
要的生物活性肽。
復(fù)雜的蛋白質(zhì)構(gòu)造可提成一級(jí)、二級(jí)、三級(jí)和四級(jí)構(gòu)造四個(gè)層次。蛋白質(zhì)一級(jí)構(gòu)造是指蛋白
質(zhì)分子中氨基酸自N端至C端的排列次序,即氨基酸序列,其連接鍵為肽鍵,還包括二硫鍵
的位置。形成肽鍵的6個(gè)原子處在同一平面,構(gòu)成了所謂的肽單元。二級(jí)構(gòu)造是指蛋白質(zhì)主
鏈局部的空間構(gòu)造,不波及氨基酸殘基側(cè)鏈構(gòu)象。重要為a-螺旋、B-折疊、B-轉(zhuǎn)角和無(wú)
規(guī)卷曲,以氫鍵維持其穩(wěn)定性,在蛋白質(zhì)分子中,空間上互相鄰近的二個(gè)或三個(gè)具有二級(jí)構(gòu)
造的肽段,完畢特定的生物學(xué)功能,稱之為模體。三級(jí)構(gòu)造是指多肽鏈主鏈和側(cè)鏈的所有原
子的空間排布位置。三級(jí)閡造的形成和穩(wěn)定重要*次級(jí)鍵。某些蛋白質(zhì)的三級(jí)構(gòu)造可形成1
個(gè)或數(shù)個(gè)球狀或纖維狀的區(qū)域,各行其功能,稱為構(gòu)造域。四級(jí)構(gòu)造是指蛋白質(zhì)亞基之間的
締合,也重要*次級(jí)鍵維系。根據(jù)蛋白質(zhì)的形狀,可提成球狀蛋白質(zhì)和纖維狀蛋白質(zhì)。根據(jù)
構(gòu)成成分,還可提成單純蛋白質(zhì)和結(jié)合蛋白質(zhì),前者僅具有氨基酸,后者除氨基酸外,還具
有非蛋白質(zhì)的輔基成分。
一級(jí)構(gòu)造是空間構(gòu)象的基礎(chǔ),也是功能的基礎(chǔ)。一級(jí)構(gòu)造相似的蛋白質(zhì),其空間構(gòu)象及功能
也相近。若蛋白質(zhì)的一級(jí)構(gòu)造發(fā)生變化則影響其正常功能,由此引起的疾病稱為分子病。
生物體內(nèi)蛋白質(zhì)的合成、加工和成熟是一種復(fù)雜的過(guò)程,其中多肽鏈的對(duì).的折疊對(duì)其對(duì)的構(gòu)
象形成和功能發(fā)揮至關(guān)重要。蛋白質(zhì)折疊成對(duì)的的空間構(gòu)象過(guò)程,除一級(jí)構(gòu)造是其決定原因
外,還需要分子伴侶參與。若蛋白質(zhì)的折疊發(fā)生錯(cuò)誤,盡管其一級(jí)構(gòu)造不變,但蛋白質(zhì)的構(gòu)
象發(fā)生變化,仍可影響其功能,嚴(yán)重時(shí)可導(dǎo)致疾病發(fā)生,有人將此類疾病稱為蛋白構(gòu)象疾
病。
蛋白質(zhì)空間構(gòu)象與功能有著親密關(guān)系。血紅蛋白亞基與02結(jié)合可引起另一亞基構(gòu)象變化,
使之更易與02結(jié)合,因此血紅蛋白的氧解離曲線呈S型。這種變構(gòu)效應(yīng)是蛋白質(zhì)中普遍存
在的功能調(diào)整方式之一。蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象發(fā)生變化,可導(dǎo)致其理化性質(zhì)變化和生物活性的
喪失,稱之為蛋白質(zhì)變性。蛋白質(zhì)發(fā)生變性后,只要其一級(jí)構(gòu)造未遭破壞,仍可在一定條件
下發(fā)性,恢復(fù)原有的空間構(gòu)象和功能。
分離、純化蛋白質(zhì)是研究單個(gè)蛋白質(zhì)構(gòu)造與功能的先決務(wù)件。一般運(yùn)用蛋白質(zhì)的理化性質(zhì),
采用不損傷蛋白質(zhì)構(gòu)造和功能的物理措施來(lái)純化蛋白質(zhì)。常用的技術(shù)有電泳法、層析法、超
速離心法等。
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等級(jí):版主
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注冊(cè):-4-3
第3樓
概述
Introduction
核酸(nucleicacid)是以核俘酸為基本構(gòu)成單位的生物信息大分子。核酸可以分為脫氧核
糖核酸(deoxyribonucleicacid,DNA)和核糖核酸(ribonucleicacid,RNA)兩大類。
第一節(jié)核酸的化學(xué)構(gòu)成及一級(jí)構(gòu)造
Chemicalconstitutionandprimaryconstructionofnucleicacid
核酸的基本構(gòu)成單位是核甘酸(nucleotide),而核甘酸則由堿基、戊糖和磷酸三種成分連
接而成。DNA的基本構(gòu)成單位是脫氧核糖核甘酸(deoxyribonuc1eotide或
dcoxynuclootide),RNA的基本構(gòu)成單位是核糖核芯酸(ribonucleotide)。
一、核甘酸的構(gòu)造
(一)堿基的種類:構(gòu)成核甘酸的五種堿基(base)分別屬于喋吟(purine)和喀咤
(pyrimidine)兩類含氮雜環(huán)化合物(見(jiàn)圖2-1)。DNA分子中的堿基成分為A、G、C和T
四種;而RNA分子則重要由A、G、C和U四種堿基構(gòu)成。
圖2T參與構(gòu)成核酸的重要堿基
(二)戊糖與核甘:是核甘酸的另一重要成分。脫氧核糖核甘酸中的戊糖是b-D-2■脫氧
核糖;核糖核甘酸中的戊糖為b-D-核糖。這一構(gòu)造上的差異使得DNA分子較RNA分子在
化學(xué)上更為穩(wěn)定,從而被自然選擇作為生物遺傳信息的儲(chǔ)存載體。為區(qū)別于堿基中的碳原子
編號(hào),核糖或脫氧核糖中的碳原子標(biāo)以C-l´、C-2´(圖2-2)等。
堿基和核糖或脫氧核糖通過(guò)糖行健(glycosidicbond)縮合形成核昔或脫氧核甘,連接位
置是C-l&acule;。DNA和RNA中的核昔構(gòu)成及其中英文對(duì)照見(jiàn)表2-1。
(三)核昔與磷酸通過(guò)酯鍵結(jié)合即構(gòu)成核昔酸或脫氧核昔酸。生物體內(nèi)多數(shù)核甘酸都是
5´核甘酸,即磷酸基團(tuán)位于核糖的第五位碳原子C-5&acuto;上(圖2?3)。根據(jù)磷
酸基團(tuán)的數(shù)目不一樣,有核甘一磷酸(nucleosidemonophosphate,NMP)、核甘二磷酸
(nucleosidediphosphate,NDP)、核昔三磷酸(nucleosideti'iphosphate,NTP)的命
名方式;根據(jù)堿基成分的不一樣,有AMP(adenosinemonophosphate)、ADP(adenosine
diphosphate)、ATP(adenosinetriphosphate)等命名。
圖2-2核糖和核首
(四)核甘酸除了構(gòu)成核酸大分子以外,還參與多種物質(zhì)代謝的調(diào)控和多種蛋白質(zhì)功能的調(diào)
整。例如ATP和UTP在能量代謝中均為重要的底物或中間產(chǎn)物;環(huán)腺甘酸(cyclicAMP,
cAMP)和環(huán)鳥(niǎo)甘酸(cyclicGMP,cGMP)等則在細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過(guò)程中具有重要調(diào)控作用。
圖2-3不一樣類型核甘酸的構(gòu)造
二、核酸的一級(jí)構(gòu)造
(一)定義:核酸的一級(jí)構(gòu)造是指DNA和RNA分子中核甘酸的排列次序,也稱核甘酸序列。由
于核酸分子中不一樣核昔酸之間的差異僅在于堿基的不一樣,因此也稱為堿基序列。
(二)連接方式:磷酸二酯鍵。四種脫氧核甘酸按照一定的排列次序以化學(xué)鍵:3',5,磷酸
二酯鍵(phosphodiesterlinkage)相連形成的多聚脫氧核甘酸(polydeoxynucleotides)
鏈稱為DNA。多聚核甘酸(polynucleotides)鏈則稱為RNA。這些脫氧核甘酸或核甘酸的連
接具有嚴(yán)格的方向性,由前一位核甘酸的3´-OH與下一位核甘酸的5´位磷酸
基之間形成3´,5´磷酸二酯鍵,從而構(gòu)成一種沒(méi)有分支的線性大分子(圖2-
4)o它們的兩個(gè)末端分別稱為5&acule;末端(游離磷酸基)和3&acule;末端(游離羥
基)。書(shū)寫規(guī)則應(yīng)從5&ac」te;末端到3´末端。(見(jiàn)六版教材圖2-4)
圖2-4DNA的一級(jí)構(gòu)造及其書(shū)寫方式
(三)DNA和RNA一級(jí)構(gòu)造的差異:
RNA是生物體內(nèi)另一大類核酸,它與DNA的差異是:①構(gòu)成它的核俘酸的戊糖不是脫氧核
糖而是核糖;②RNA中的啼嚏成分為胞喘噓和尿喀呢,而不具有胸腺喀啜,因此構(gòu)成RNA
的基本四種核甘酸是AMP、GMP、CMP和UMP,其中U替代了DNA中的T。
DNA和RNA對(duì)遺傳信息的攜帶和傳遞,是依東堿基排列次序變化而實(shí)現(xiàn)的。
第二節(jié)DNA的空間構(gòu)造與功能
SpacestructureandfunctionofDNA
一、DNA的二級(jí)構(gòu)造一一雙螺旋構(gòu)造模型
(一)雙螺旋構(gòu)造的研究背景
1.堿基構(gòu)成的Chargaff規(guī)則:①A=T,C=G;②不一樣種屬的DNA堿基構(gòu)成不一樣;③同一
種體不一樣器官、不一樣組織的DNA具有相似的堿基構(gòu)成。
2.DNA纖維的X線圖譜分析顯示DNA是螺旋型分子,且為雙鏈分子。
3.RosalindFranklin獲得了高質(zhì)量的DNA的X線衍射照片,顯示出DM是螺旋形分子,
并且從密度上提醒DNA是雙鏈分子。1953年Watson和Crick總結(jié)前人的研究成果,提出了
DNA的雙螺旋構(gòu)造模型。
(二)DNA雙螺旋構(gòu)造模型的要點(diǎn)
1.DNA是一反向平行的互補(bǔ)雙鏈構(gòu)造:DNA分子是由兩條反向平行的脫氯多核甘酸鏈構(gòu)
成,一條鏈的走向是5,一3',另一條鏈的走向是3,~>5'。在DNA雙鏈構(gòu)造中,外側(cè)是
由親水的脫氧核糖基和磷酸基構(gòu)成的骨架,內(nèi)側(cè)是堿基,兩條鏈的堿基之間以氫鍵結(jié)合即A
與T配對(duì);C與G配對(duì)。兩個(gè)配對(duì)的堿基構(gòu)造幾乎在一種平面上,并且此平面與線性分子的
長(zhǎng)軸相垂直(圖2-5)。
2.DNA是右手螺旋構(gòu)造DNA線性長(zhǎng)分子通過(guò)初始的折疊形成一種右手螺旋式構(gòu)造,螟旋直
徑為2nm,螺旋一周包括了10對(duì)堿基,螺距為3.4nm。外觀上,DNA雙螺旋分子存在一種大
溝和一種小溝,此溝狀構(gòu)造也許與蛋白質(zhì)和DNA間的識(shí)別有關(guān)(圖2-5)。
圖2-5DNA雙螺旋構(gòu)造示意圖
3.疏水力和氫鍵維系DNA雙螺旋構(gòu)造的穩(wěn)定DNA雙螺旋構(gòu)造的穩(wěn)定性橫向*兩條鏈間互補(bǔ)
堿基的氫鍵維系,縱向則*堿基平面間的疏水性堆積力維持,由后來(lái)者更為重要。
(三)DNA構(gòu)造的多樣性
不一樣的環(huán)境條件下,DNA的構(gòu)造不一樣,自然界存在的DNA有:
B-DNA右手螺旋(Watson-Crick模型構(gòu)造)
Z-DNA左手螺旋
A-DNA右手螺旋
體內(nèi)不一樣構(gòu)象的DNA在功能上有所差異,也許參與基因體現(xiàn)的調(diào)整和控制。(見(jiàn)六版教材
圖2-6)
圖2-6不一樣類型的DNA雙螺旋構(gòu)造
二、DNA的超螺旋構(gòu)造及其在染色質(zhì)中的組裝
DNA是十分巨大的信息高分子,DNA的長(zhǎng)度規(guī)定其必須形成緊密折疊扭轉(zhuǎn)的方式才可以存在
于很小的細(xì)胞核內(nèi)。
(―)DNA的超螺旋構(gòu)造
DNA雙螺旋鏈再盤繞即形成超螺旋構(gòu)造(superhelix或supercoil)。盤繞方向與DNA雙螺
旋方同相似為正超螺旋(positivesupercoi1);盤繞方向與DNA雙螺旋方向相反則為負(fù)超
螺旋(negativesupercoil),>自然界的閉合雙鏈DNA重要是以負(fù)超螺旋形式存在。
(二)原核生物DNA的高級(jí)構(gòu)造
絕大部分原核生物的DNA都是共價(jià)封閉的環(huán)狀雙螺旋分子。在細(xì)胞內(nèi)深入盤繞,并形成類核
(nucleoid)構(gòu)造,以保證其以較致密的形式存在于細(xì)胞內(nèi)。在細(xì)菌基因組中,超螺旋可以
互相獨(dú)立存在,形成超螺旋區(qū)(圖2-7),各區(qū)域間的DNA可以有不一樣程度的超期旋構(gòu)
造。
圖2-7環(huán)狀DNA的超螺旋構(gòu)造示
(三)DNA在真核生物細(xì)胞核內(nèi)的組裝
在真核生物,DNA以非常致密的形式存在于細(xì)胞核內(nèi)。在細(xì)胞周期的大部分時(shí)間里以分散存
在的染色質(zhì)(chromatin)形式出現(xiàn),在細(xì)胞分裂期形成高度組織有序的染色體
(chromosome)染色質(zhì)的基本構(gòu)成單位被稱為核小體(nucleosome),由DNA和5種組蛋白
(histone,H)共同構(gòu)成。核小體中的組蛋白分別稱為Hl,H2A,H2B,H3和H4。各兩分子
的H2A,H2B,H3和H4共司構(gòu)成八聚體的關(guān)鍵組蛋白,DMA雙螺旋鏈纏繞在這一關(guān)鍵上形成
核小體的美鍵顆粒(coreparticle)o核小體的關(guān)鍵顆粒之間再由DNA(約60bp)和組蛋
白H1構(gòu)成的連接區(qū)連接起來(lái)形成串珠樣的構(gòu)造(圖2-8)。
圖2?8核小體的構(gòu)造示意圖
核小體是DNA在核內(nèi)形成致密構(gòu)造的第一層次折疊,使得DNA的整體體積減少約6倍。第二
層次的折疊是核小體卷曲(每周6個(gè)核小體)形成直徑30nm>在染色質(zhì)和間期染色體中都
可以見(jiàn)到的纖維狀構(gòu)造和番狀構(gòu)造,DNA的致密程度增長(zhǎng)約40倍。第三層次的折疊是30nm
纖維再折疊形成柱狀構(gòu)造,致密程度增長(zhǎng)約1000倍,在分裂期染色體中增長(zhǎng)約1000C倍,
從而將約1米長(zhǎng)的DNA分子壓縮,容納于直徑只有數(shù)微米的細(xì)胞核中(圖2-9)。
圖2-9DNA在染色質(zhì)中的組裝
人類的基因組2.8X109bp
DNA的構(gòu)造特點(diǎn)是具有高度的復(fù)雜性和穩(wěn)定性,可以滿足遺傳多樣性和穩(wěn)定性的需要。
第三節(jié)RNA的空間構(gòu)造與功能
Spacestructureandfur.ctionofRNA
RNA在生命活動(dòng)中同樣具有重要作用。它和蛋白質(zhì)共同負(fù)責(zé)基因的體現(xiàn)和體現(xiàn)過(guò)程的調(diào)控。
RNA分子遠(yuǎn)不不小于DNA分子,分子大小的差異變化大,小的僅有數(shù)十個(gè)核甘酸,大的由數(shù)
千個(gè)核昔酸構(gòu)成。
RNA分子一般以單鏈形式存在,局部有二級(jí)構(gòu)造或三級(jí)構(gòu)造。
RNA的種類具有多樣性,同步RNA的功能也是多樣性的。(表2—2)
表2-2動(dòng)物細(xì)胞內(nèi)重要RNA的種類及功能
一、信使RNA(messengerRNA,mRNA)的構(gòu)造與功能
mRNA的長(zhǎng)短差異很大,半期最短,由幾分鐘到數(shù)小時(shí)不等,在細(xì)胞核內(nèi)合成的mRNA初級(jí)產(chǎn)
物比成熟的mRNA分子大得多,此種初級(jí)產(chǎn)物稱為不均一RNA(heterogeneousnuclear
RNA,hnRNA),通過(guò)剪接成為成熟的mRNA并移位至細(xì)胞質(zhì)。
圖2-10真核細(xì)胞mRNA的構(gòu)造示意圖
構(gòu)造特點(diǎn):
1.5'端具有帽子構(gòu)造:大多數(shù)真核生物的mRNA在轉(zhuǎn)錄后5´-末端以7-甲基鳥(niǎo)喋
吟-三磷酸鳥(niǎo)背為起始構(gòu)造,這種m7GpppN構(gòu)造被稱為帽構(gòu)造(capsequence)o5´
-帽構(gòu)造是由鳥(niǎo)甘酸轉(zhuǎn)移酶加到轉(zhuǎn)錄后的mRNA分子上的,與mRNA中所有其他核甘酸呈相反
方向。帽構(gòu)造中的鳥(niǎo)甘酸及相鄰的A或G都可以發(fā)生甲基化,由于甲基化位置的差異可產(chǎn)生
數(shù)種不一樣的帽構(gòu)造。
mRNA的帽構(gòu)造可以與一類稱為帽結(jié)合蛋白(capbindingproteins,CBPs)的分子結(jié)合。
這種mRNA和CBPs復(fù)合物對(duì)于mRNA從細(xì)胞核向細(xì)胞質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)、與核蛋白體的結(jié)合、與翻譯
起始因子的結(jié)合、以及mRNA穩(wěn)定性的維系等均有重要作用。
2.3'末端有polyA尾巴:直核生物mRNA3'末端有數(shù)十至一百多種腺甘酸連接而成,稱
為多聚A尾[poly(A)]。。poly(A)構(gòu)造也是在mRNA轉(zhuǎn)錄完畢后來(lái)額外加入的,催化這一
反應(yīng)的酶為poly(A)轉(zhuǎn)移酶。poly(A)在細(xì)胞內(nèi)與poly(的結(jié)合蛋白(poly(A)-binding
protein,PABP)相結(jié)合而存在。這種3´-末端多聚A尾構(gòu)造和5´一帽構(gòu)造共
同負(fù)責(zé)mRNA從核內(nèi)向胞質(zhì)的轉(zhuǎn)位、mRNA的穩(wěn)定性維系以及翻譯起始的調(diào)控。清除多聚A尾
和帽構(gòu)造是細(xì)胞內(nèi)mRNA降解的重要環(huán)節(jié)。
3.mRNA的功能:是轉(zhuǎn)錄核內(nèi)DNA遺傳信息的堿基排列次序,并攜帶至細(xì)胞質(zhì),指導(dǎo)蛋白質(zhì)
合成中的氨基酸排列次序。mRNA分子從5´-末端的AUG開(kāi)始,每3個(gè)核昔酸為一
組,決定肽鏈上一種氨基酸,稱為三聯(lián)體密碼(tripletcode)或密碼子(codon)。
二、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(transferRNA,IRNA)的構(gòu)造與功能
細(xì)胞內(nèi)分子量最小的?類核酸,由74到95個(gè)核甘酸構(gòu)成。
1.構(gòu)造特點(diǎn):
(1)tRNA分子中具有10$一20%的稀有堿基如:雙氫尿嚅噓(DUH)、假尿喘噬(力,
pseudouridinc)、甲基化的喋吟(mG,mA)
(2)tRNA能形成莖環(huán)構(gòu)造:構(gòu)成tRNA的幾十個(gè)核甘酸中存在著某曲能局部互補(bǔ)配對(duì)的區(qū)
域,可以形成局部的雙鏈。這些局部雙鏈呈莖狀,中間不能配對(duì)的部分則膨出形成環(huán)或禊狀
構(gòu)造,稱為莖環(huán)(slem-hop)構(gòu)造或發(fā)夾構(gòu)造。由于這些莖環(huán)構(gòu)造的存在,使得IRNA整個(gè)
分子的形狀類似于三葉草形(cloverleafpattern)o此構(gòu)造稱為三葉草構(gòu)造。
(3)tRNA分子末端有氨基酸接納莖:所育tRNA的3&acut。;端的最終3個(gè)核甘酸序歹J均為
CCA,是氨基酸的結(jié)合部位,稱為氨基酸接納莖(acceptorstem)o
(4)tRNA序列中有反密碼子:每個(gè)tRNA分子中均有3個(gè)堿基與mRNA上編碼對(duì)應(yīng)氨基酸的
密碼子具有堿基反向互補(bǔ)關(guān)系,可以配對(duì)結(jié)合,這3個(gè)堿基被稱為反密碼子
(anticodon),位于反密碼環(huán)內(nèi)&
tRNA的三級(jí)構(gòu)造:X射線衍射構(gòu)造分析表明,IRNA的共同三級(jí)構(gòu)造是倒L型。(圖2-
11b)
圖2-11tRNA的構(gòu)造示意圖
2.tRNA的功能:在蛋白質(zhì)合成過(guò)程中作為氨基酸的載體并將其轉(zhuǎn)呈給mRNA
三、核蛋白體RNA(ribosomalRNA,rRNA)的構(gòu)造與功能
核蛋白體RNA(ribosomalRNA,rRNA)是細(xì)胞內(nèi)含量最多的RNA,約占RNA總量的80%以
上。rRNA與核蛋白體蛋白(ribosomalprotein)共同構(gòu)成核蛋白體或稱為核糖體
(ribosome)。原核生物和真核生物的核蛋白體均由易于解聚的大、小兩個(gè)亞基構(gòu)成。
原核生物的rRNA共有5S,16S,23S三種;而真核生物的rRNA有18S,5S,5.8S,28S四
利它們分別與蛋白質(zhì)?起構(gòu)成核蛋白體的大亞基和小亞基,然后由大小亞基共同構(gòu)成核蛋
白體完畢其功能。真核生物的18srRNA的二級(jí)構(gòu)導(dǎo)致花狀(圖2-12)
圖272真核生物18srRNA的二級(jí)構(gòu)造示意圖
rRNA的功能:rRNA與核蛋白體蛋白共同構(gòu)成核蛋白體,為蛋白質(zhì)的合成提供場(chǎng)所。
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注冊(cè):-4-3
第4樓
四、其他小分子RNA及RNA組學(xué)
除了上述三種RNA外,細(xì)胞的不一樣部位還存在著許多其他種類的小分子RNA,這些小RW
被統(tǒng)稱為非mRNA小RNAIsmailnon-messengerRNA,snmRNAs)。有關(guān)snmRNAs的研究近
年來(lái)受到廣泛重視,并由比產(chǎn)生了RNA組學(xué)(RNomics)的概念。
SnmRNAs重要包括核內(nèi)小RNA(smallnuclearRNA,snRNA)、核仁小RNA(small
nucleolarRNA,snoRNA)、胞質(zhì)小RNA(smallcytoplasmicRNA,scRNA)、催化性小RNA
(smallcatalyticRNA)、小片段干擾RNA(smallinterferingRNA,siRNA)等。這些
小RNA在hnRNA和rRNA的轉(zhuǎn)錄后加工、轉(zhuǎn)運(yùn)以及基因體現(xiàn)過(guò)程的調(diào)控等方面具有非常重要
的生理作用
核酹:某些小RNA分子具有催化特定RNA降解的活性,在RNA合成后的剪接修飾中具有重要
作用。這種具有催化作用的小RNA亦被稱為核酶(ribozyme)或催化性RNA(catalytic
RNA)o
小片段干擾RNA:近年siRNA的研究受到了尤其關(guān)注。siRNA是生物宿主對(duì)于外源侵入的基
因所體現(xiàn)的雙鏈RNA進(jìn)行切割所產(chǎn)生的、具有特定長(zhǎng)度(21個(gè)核甘酸)和序列的小片段
RNA。它可以與外源基因體現(xiàn)的mRNA相結(jié)合,并誘發(fā)這些mRNA的降解。
第四節(jié)核酸的理化性質(zhì)
Phisicochemicalpropertyofnucleicacid
一、核酸的一般理化性質(zhì):
1.核酸是多元酸,有較強(qiáng)的酸性
2.DNA是線性高分子,機(jī)械作用下易發(fā)生斷裂,而RNA分子遠(yuǎn)不不小于DNA
3.DNA粘度較大,而RNA的粘度要小得多
4.DNA和RNA溶液均具有260nm紫外吸取峰(圖2-13),因此可進(jìn)行定量分析。
圖2-13幾種堿基的紫外吸取光譜圖
二、DNA的變性:
1.變性:在某些理化原因作用下,DNA分子互補(bǔ)堿基對(duì)之間的氫鍵斷裂,使DNA雙螟旋構(gòu)
造松散,變成單鏈,即為變性。DNA變性只變化其二級(jí)構(gòu)造,不變化它的核甘酸排列。
變性的措施:強(qiáng)酸、強(qiáng)堿、加熱以及變性試劑(如尿素、乙醇、丙酮等)
變性的本質(zhì):雙鏈間氫鍵的斷裂,即空間構(gòu)造的破壞,不波及一級(jí)構(gòu)造的變化。
理化原因的變化:A260的值增長(zhǎng)、粘度下降、比旋度下降、浮力密度升高、酸堿滴定曲線
變化、生物活性喪失
2.增色效應(yīng)(hyperchroniceffect):在DNA解鏈過(guò)程中,由于更多的共挽雙鍵得以暴
露,DNA在紫外區(qū)260nm處的吸光值增長(zhǎng),并與解鏈程度有一定的比例關(guān)系,這種關(guān)系稱
為DNA的增色效應(yīng)(hyperchromiceffect)o(可通過(guò)測(cè)A260的變化來(lái)監(jiān)測(cè)DNA與否發(fā)生
變性)
3.解鏈曲線:在持續(xù)加熱DNA的過(guò)程中以溫度對(duì)A260的關(guān)系作圖,所得的曲線稱為解鏈曲
線(圖2?14)。
圖2T4DNA的解鏈曲線
從曲線中可以看出,DW的變性從開(kāi)始解鏈到完全解鏈,是在?種相稱窄的溫度內(nèi)完畢的。
在這一范圍內(nèi),紫外光吸取值到達(dá)最大值的50%時(shí)的溫度稱為DNA的解鏈溫度(molting
temperature,Tm)又稱融解溫度。
4.Tm值:核酸分子內(nèi)的30%雙鏈構(gòu)造被解開(kāi)時(shí)的溫度
Tm值的大小與堿基中的G+C比例有關(guān),G+C比例越高,Tm值越大。
計(jì)算公式為:Tm=4(G+C)+2(A+T)
三、DNA的復(fù)性與分子雜交
1.復(fù)性:變性的DNA分子在合適條件下,兩條互補(bǔ)鏈可重新恢豆天然的雙螺旋構(gòu)象,稱為復(fù)
性。DNA的復(fù)性速度受溫度的影響,只有溫度緩慢下降才可使其重新配對(duì)復(fù)性。一般認(rèn)為,
比Tm低25C的溫度是DNA復(fù)性的最佳條件。
2.退火(annealing):熱變性的DNA經(jīng)緩慢冷卻后即可復(fù)性,此過(guò)程稱為退火。
注意:DNA受熱變性后,溫度緩慢冷卻才能復(fù)性,如迅速冷卻至如下,則幾乎不能及性。
一般認(rèn)為,比Tm值低25℃的溫度是DNA復(fù)性的最佳條件。
3.分子雜交(hybridization):在DNA復(fù)性過(guò)程中,不一樣來(lái)源的DNA單鏈分子或者
DNA和RNA分子之間,序列完全互補(bǔ)或者不完全互補(bǔ)的兩個(gè)單鏈核酸分子之間能形成雙鏈,
這種現(xiàn)象稱為分子雜交。(見(jiàn)六版教材圖2T5)
圖2-15核酸分子雜交原理示意圖
第五節(jié)核酸酶
nucleases
一、核酸酶(nucleases)是指所有可以水解核酸的酶。常用于DNA重組技術(shù)中。
二、分類:
1.按作用的底物分:DNA酶(DNase)和RNA酶(RNase)
2.按作用的部位分:
核酸外切酶:作用于多核甘酸鏈的5'末端或3'末端(5’末端外切酶和3'末端外切酶)
核酸內(nèi)切酶:作用于多核甘酸鏈的內(nèi)部,如有嚴(yán)格的序列依賴性則稱為限制性核酸內(nèi)切酶。
核酸的底物是核酸,因此從功能上來(lái)講也屬于核酸內(nèi)切醛,且為序列特異性的核酸內(nèi)切的.
人工合成的寡聚脫氧核甘酸片段也具有序列特異性降解RNA的作用,稱為催化性DNA
(DNAzyme)0催化性DNA與催化性RNA相比,具有更好的化學(xué)穩(wěn)定性和生物學(xué)穩(wěn)定性,在
疾病治療方面的將有更好的前景。尚未發(fā)現(xiàn)天然的催化性DNA的存在。
小結(jié)
Summary
核酸是以核甘酸為構(gòu)成單位的線性多聚生物信息分子,分為DNA和RNA兩大類。DNA由脫氧
核糖核昔酸連接而形成,RNA的基本構(gòu)成單位則是核糖核甘酸。DNA分了?中的脫氧核糖核首
酸的堿基成分為A、G、C和T四種;而RNA分子中核糖核甘酸的則由A、G、C和U四種堿基
構(gòu)成。堿基與戊糖結(jié)合形成核甘。脫氧核昔中的戊糖是b-D-2-脫氧核糖;核昔中的戊糖
為b-D-核糖。核甘與磷酸通過(guò)酯鍵連接形成核甘酸。
DNA的一級(jí)構(gòu)造是指DNA分子中的核甘酸的堿基排列次序,DNA對(duì)遺傳信息的貯存正是運(yùn)用
堿基排列方式變化而實(shí)現(xiàn)的。DNA是雙鏈構(gòu)造,兩條鏈呈反向平行走向。DNA雙鏈中的腺喋
吟一直與胸腺唯咤配對(duì)存在,形成兩個(gè)氫鍵;鳥(niǎo)噪吟一直與胞喀咤配對(duì)存在,形成二個(gè)氫
鍵。DNA雙鏈?zhǔn)怯沂致菪龢?gòu)造。DNA在形成雙鏈螺旋式構(gòu)造的基礎(chǔ)上在細(xì)胞內(nèi)還將深入折疊
成為超螺旋構(gòu)造,并且在蛋白質(zhì)的參與下構(gòu)成核小體。DNA的基本功能是作為生物遺傳信息
復(fù)制的模板和基因轉(zhuǎn)錄的模板。
RNA是生物體內(nèi)的另一大類核酸。mRNA以DNA為模板合成后轉(zhuǎn)位至胞質(zhì),在胞質(zhì)中作為蛋白
質(zhì)合成的模板。成熟的mRNA的構(gòu)造特點(diǎn)是具有特殊5´-末端帽和3´-末端的
多聚A尾構(gòu)造。mRNA分子上每3個(gè)核昔酸為一組,決定肽鏈上一種氨基酸,稱為三聯(lián)體密
碼或密碼子。tRNA的構(gòu)造特點(diǎn)包括存在反密碼子、莖環(huán)構(gòu)造和具有稀有堿基等。tRNA的功
能是在細(xì)胞蛋白質(zhì)合成過(guò)程中作為多種氨基酸的運(yùn)載體并將其轉(zhuǎn)呈給mRNAorRNA與核蛋白
體蛋白共同構(gòu)成核蛋白體,核蛋白體是細(xì)胞合成蛋白質(zhì)的場(chǎng)所。核蛋白體中的rRNA和蛋白
質(zhì)共同為mRNA.tRNA和肽鏈合成所需要的多種蛋白因子提供結(jié)合位點(diǎn)和互相作用所需要的
空間環(huán)境。RNA組學(xué)研究細(xì)胞中snmRVAs的種類、構(gòu)造和功能。同畢生物體內(nèi)不一樣種類的
細(xì)胞、同一種細(xì)胞在不一樣步間、不一樣狀態(tài)下SnmRNAs的體現(xiàn)具有時(shí)間和空間特異性。
核酸具有多種重要理化性質(zhì)。核酸的紫外吸取特性被廣泛用來(lái)對(duì)核酸、核甘酸、核甘和堿基
進(jìn)行定性定量分析。核酸的沉降特性用于超速離心法純化核酸。DNA的變性和復(fù)性是核酸最
重要的理化性質(zhì)之一。
DNA變性的本質(zhì)是雙鏈的解鏈。DNA的變性從開(kāi)始解鏈到完全解鏈,紫外光吸取值到達(dá)最大
值的50%時(shí)的溫度稱為DNA的解鏈溫度(Tm)。在Tm時(shí),核酸分子內(nèi)50%的雙鏈構(gòu)造被解
開(kāi)。熱變性
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