TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題知識講解.ppt

TCGA數(shù)據(jù)庫介紹專題 上海爾云 云生信團隊2015 9 20 目錄 前言 01 TCGA theCancergenomeATLAS 癌癥種類豐富 樣本量大34kindsofcancer325samplesonaverage http cancergenome nih gov 數(shù)據(jù)產(chǎn)生歷程 02 TCGA數(shù)據(jù)的產(chǎn)生歷程 1 組織樣本和臨床數(shù)據(jù)來源網(wǎng)站 TSS 收集的數(shù)據(jù)發(fā)送到Biospecimen核心資源 BCRs 2 BCRs提交臨床數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)到數(shù)據(jù)協(xié)調(diào)中心 DCC 和測序中心 GSCs 獲取組織變異數(shù)據(jù) 然后提交給DCC 3 GSCs提交跟蹤文件 序列比對后文件到癌癥基因組學中心 CGHub 4 提交給DCC和CGHub的數(shù)據(jù)可供研究團隊和基因組數(shù)據(jù)分析中心 GDACs 使用 5 分析pipeline以及由GDACs產(chǎn)生的數(shù)據(jù)結(jié)果通過DCC保存到研究社區(qū) community 中 http cancergenome nih gov abouttcga overview barcode解讀 03 詳細請見 https wiki nci nih gov display TCGA TCGA barcode DaTATYPESANDLEVELS 04 DATATYPES DATALEVLES 注意 低水平的測序數(shù)據(jù)存儲在CGHubhttps cghub ucsc edu 申請下載時需要DUNSnumber TheCancerGenomicsHub CGHub isasecurerepositoryforstoring cataloging andaccessingcancergenomesequences alignments andmutationinformationfromtheCancerGenomeAtlas TCGA consortiumandrelatedprojects 目前已有的癌癥種類 05 癌癥種類豐富 樣本量大34kindsofcancer325samplesonaverage 詳細見 TCGApublicationguideline http cancergenome nih gov publications publicationguidelines 數(shù)據(jù)下載及解讀 06 最簡單的方法 https tcga data nci nih gov tcga tcgaHome2 jsp 第1封郵件通知下載申請已經(jīng)提交 第2封給出下載鏈接 Step4 Step4文件內(nèi)容 File manifest txt 對所下載文件的說明 臨床數(shù)據(jù)解讀 CDE CommonDataElementshttps tcga data nci nih gov