TCMD中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書

T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 1 1 T T TC C C MDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 1 TCMD 產(chǎn)品特性及內(nèi)容 3 1 1 產(chǎn)品研制背景和意義 3 1 2 TCMD 體現(xiàn)了科學(xué)性和實(shí)用性的統(tǒng)一 3 1 3 TCMD 產(chǎn)品的應(yīng)用領(lǐng)域 3 1 4 TCMD 2003 1 版本的內(nèi)容 3 1 4 1 9127 種化合物 3 1 4 2 3922 種中藥藥用植物 4 1 4 3 9127 種化合物的三維結(jié)構(gòu)庫(kù) 4 1 5 TCMD 產(chǎn)品的檢索功能和用途 5 2 ISIS Base 平臺(tái)使用說(shuō)明 5 2 1 文本查詢 5 2 1 1 SBF 方式 5 2 1 2 QB 方式 5 2 2 結(jié)構(gòu)查詢 5 2 2 1 SBF 方式 5 2 2 2 QB 方式 6 2 3 交叉查詢 6 2 3 1 SBF 方式 6 2 3 2 QB 方式 6 3 TCMD 產(chǎn)品的應(yīng)用實(shí)例 6 實(shí)例 01 化合物 ID 號(hào)檢索 6 實(shí)例 02 化合物中文名稱檢索 6 實(shí)例 04 化合物分子式檢索 7 實(shí)例 05 化合物分子量檢索 7 實(shí)例 06 化合物的物化性質(zhì)檢索 7 實(shí)例 07 從植物檢索化合物 從化合物表出發(fā) 7 實(shí)例 08 從植物檢索化合物 從植物表出發(fā) 8 實(shí)例 09 檢索某科植物中的全部化合物 8 實(shí)例 11 某科植物化學(xué)成分的藥理活性分布 8 實(shí)例 12 檢出某屬植物中含有的化合物 8 實(shí)例 13 指定中藥的功效檢索有關(guān)化合物 8 實(shí)例 14 指定中藥的適應(yīng)癥檢索有關(guān)化合物 8 實(shí)例 15 抑制劑及其藥理模型檢索 10 實(shí)例 16 復(fù)合檢索例 10 實(shí)例 17 參考文獻(xiàn)查詢 10 實(shí)例 19 定題檢索 11 實(shí)例 20 三維藥效團(tuán)檢索實(shí)例 搜尋和 GABAA 受體結(jié)合的配體 11 4 動(dòng)畫演示實(shí)例 11 5 結(jié)果數(shù)據(jù)導(dǎo)出 11 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 2 2 5 1 Excel 表格 11 5 2 SDF RDF ISIS Base 格式 12 6 聯(lián)系咨詢 12 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 3 3 1 TCMD 產(chǎn)品特性及內(nèi)容產(chǎn)品特性及內(nèi)容 1 1 產(chǎn)品研制背景和意義 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) Traditional Chinese Medicines Database TCMD 2003 1 是中科院過(guò)程工程研究所分子設(shè)計(jì)課題組在長(zhǎng)期從事藥物 設(shè)計(jì)方法研究的背景下 對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)工具的國(guó)內(nèi)外需求進(jìn)行分析 經(jīng)多年努力研制成功的科學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)產(chǎn)品 是一個(gè)支持新藥研發(fā)和中藥 現(xiàn)代化研究的新型工具 與其內(nèi)容相近的英文專著 Traditional Chinese medicines 第二版已于 2003 年 3 月在國(guó)外廣泛發(fā)行 現(xiàn)推出中文 版產(chǎn)品以滿足國(guó)內(nèi)各方面的需要 1 2 TCMD 體現(xiàn)了科學(xué)性和實(shí)用性的統(tǒng)一 采用確切的立體化學(xué)方式表達(dá)化學(xué)結(jié)構(gòu)信息 采用規(guī)范的格式化表達(dá)處理化合物生物活性和中藥功效 適應(yīng)癥和藥理信息 采用嚴(yán)格的植物分類系統(tǒng) 鄭萬(wàn)鈞分類系統(tǒng)和恩格勒分類系統(tǒng) 表達(dá)中藥源植物 安裝在通用的 MDL 公司 ISISBase 平臺(tái)上 在 Windows 環(huán)境下運(yùn)行 用戶無(wú)需編程 也不要求具有專門的計(jì)算機(jī)知識(shí) 檢索 瀏覽 和輸出方便自如 同時(shí)也可方便地和 Tripos Accelrys 等其他分子設(shè)計(jì)軟件系統(tǒng)相連接 1 3 TCMD 產(chǎn)品的應(yīng)用領(lǐng)域 TCMD 是一個(gè)多學(xué)科交叉的科學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) 涉及中藥現(xiàn)代化研究 中藥化學(xué) 藥物化學(xué) 植物化學(xué) 化學(xué)信息學(xué) 中藥藥理學(xué) 分子藥 理學(xué) 藥物設(shè)計(jì)學(xué) 天然產(chǎn)物研究與開(kāi)發(fā) 新藥創(chuàng)制 新劑型中藥研發(fā) 新農(nóng)藥及其它農(nóng)用化學(xué)品的研發(fā)等諸多研究及開(kāi)發(fā)領(lǐng)域 相 信只要初步了解了它所包含的信息類別和內(nèi)容 上述領(lǐng)域的工作者都可以在自己的領(lǐng)域中找到令人興奮的用途 1 4 TCMD 2003 1 版本的內(nèi)容 該產(chǎn)品 2003 1 版本包含三部分內(nèi)容 化合物 中藥藥用植物 和一個(gè)三維結(jié)構(gòu)庫(kù) 1 4 1 9127 種化合物 該產(chǎn)品第一部分內(nèi)容是從 1800 多篇 部 中英文書籍和研究論文中收集的 9127 種從中草藥中分離出來(lái)的化合物信息 每種化合物下列 10 項(xiàng)數(shù)據(jù) 唯一代碼 中文名稱 英文名稱 CAS 登錄號(hào) 分子式 分子量 物理化學(xué)性質(zhì) 晶體形態(tài) 熔點(diǎn) 沸點(diǎn) 旋光度等 格 式化的生物活性數(shù)據(jù) 即藥理模型實(shí)驗(yàn)結(jié)果 3000 種化合物有此數(shù)據(jù) 含有該化合物的中藥名單 含立體化學(xué)信息的結(jié)構(gòu)式和參考文 獻(xiàn) 以人參皂甙 Rd 和紫杉醇示例 中藥生物活性化合物信息舉例 3368 Ginsenoside Rd 人參皂甙 Rd Gypenoside VIII 52705 93 8 C48H82O18 947 18 物化性質(zhì) 白色粉末 乙醇 正丁醇 1 1 mp 206 209 C D22 19 38 c 1 03 甲醇 藥理活性 抗心律失常 BaCl2引起的大白鼠心律不齊 抗病毒 抑制 HSV 1 的復(fù)制 大白鼠肝臟勻漿的抗 氧化劑 H2O2所致 IC50 12 0 0 8 g ml by FeSO4 IC50 457 5 15 4 g ml 11 羥甾類脫氫酶抑制劑 cAMP 磷酸二酯 酶抑制劑 in vitro IC50 84 M 促進(jìn)軟毛霉素和長(zhǎng)春花鹼的細(xì)胞毒作用 促進(jìn)皮質(zhì)酮血漿分泌 ED50 112 mumol kg 調(diào)節(jié)腎功能和抑制腎小球再生 血管擴(kuò)張劑 原植物 絞股藍(lán) 秦嶺珠子參 人參 西洋參 參考文獻(xiàn) 4 87 451 900 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 4 4 O OH OH OH O OH O OH OH OH O OH O OH OH OH O OH H H H H 8160 Taxol 紫杉醇 Paclitaxel 33069 62 4 C47H51NO14 853 93 物化性質(zhì) D 49 甲醇 mp 213 216 C D 54 甲醇 mp 194 197 C D 42 甲醇 mp 198 203 C D 54 甲醇 mp 205 208 C D 21 吡啶 藥理活性 抗腫瘤 用于治療卵巢癌 乳 房癌 肺癌和鼻咽癌 原植物 短葉紅豆杉 海南粗榧 醬果紫杉 喜馬拉雅紅豆杉 云南紅豆杉 紫杉 參考文獻(xiàn) 5 6 202 662 O OH O O H O O O OH N H H O O O H OH O O 1 4 2 3922 種中藥藥用植物 該產(chǎn)品第二部分內(nèi)容是與上述 9127 種化合物相關(guān)的 3922 種藥用植物 少數(shù)為動(dòng)物 的中藥學(xué)系統(tǒng)描述 這 3922 種源植物分為四類 第 一類 代表性源植物 1934 種 第二類 等效源植物 381 種 共 2315 種傳統(tǒng)中藥 第三類 中藥同屬植物 1289 種 是國(guó)內(nèi)外用現(xiàn) 代模式研究中藥資源的寶貴資料 體現(xiàn)了傳統(tǒng)中藥知識(shí)和現(xiàn)代研究成果的連接 第四類 當(dāng)前受關(guān)注的藥用植物 318 種 是國(guó)內(nèi)外研 究熱點(diǎn) 對(duì)前兩類 2315 種源植物中的每一種 都含下列 9 項(xiàng)數(shù)據(jù) 唯一代碼 中藥名 拉丁名 科屬 藥用部位 傳統(tǒng)功效 適應(yīng)癥 現(xiàn)代藥理以及該植物含有的化合物名單 對(duì)后兩類同屬及研究熱點(diǎn)植物 也都列有其化合物名單 以當(dāng)歸為例 用屬名 Angelica 檢索 中藥藥用植物信息舉例 642 DANG GUI 當(dāng)歸 Angelica sinensis Oliv Diels 傘形科 Umbelliferae 藥用部位 根 功效 養(yǎng)血調(diào)經(jīng) 活血止痛 潤(rùn)腸解秘 適應(yīng)癥 婦女病 血虛諸證 月經(jīng)失調(diào) 閉經(jīng)痛經(jīng) 貧血痛經(jīng) 血栓靜脈炎 神經(jīng)痛 關(guān)節(jié)炎 慢性腎炎 狹 窄性主動(dòng)脈炎 血虛 惡性貧血 葉酸不足型貧血 痢疾 肝炎 Raynaud 氏病 神經(jīng)痛 腰痛 血瘀風(fēng)濕痹證之各種疼 痛 瘡瘍 癰 便秘 胃腸道潰瘍 皮膚病 濕疹 皮炎 神經(jīng)性皮炎 牛皮癬 現(xiàn)代藥理 降壓 抗心肌缺血 抗心律 失常 擴(kuò)張冠狀血管 增強(qiáng)耐缺氧能力 降血脂 抗動(dòng)脈粥樣硬化 擴(kuò)張外周血管 抗癌 增強(qiáng)造血功能 抗血小 板聚集 抗凝血 抗血栓 改善腎功能 保肝 利膽 抑制平滑肌 解痙 抗細(xì)菌 抗氧化 免疫增強(qiáng) 增強(qiáng)單核 巨噬細(xì)胞吞噬功能 抗炎 抗變態(tài)反應(yīng) 化合物成份 158 159 160 161 310 457 491 764 921 958 1035 1119 1125 1219 1272 1320 1372 1529 1704 1706 2268 2356 2380 2504 2510 2532 2535 2603 2951 2952 2955 3070 3109 3580 3821 4376 4413 4898 5614 6114 6270 6761 6770 6818 7601 7614 7933 7934 7963 8268 8270 8740 8795 8800 8908 8910 8910 和當(dāng)歸同屬的中藥有 白芷 東當(dāng)歸 獨(dú)活 前胡 土當(dāng)歸 都有和上面類似的信息 和當(dāng)歸同屬的植物有 北方當(dāng)歸 北海當(dāng)歸 長(zhǎng)邊花當(dāng)歸 光滑當(dāng)歸 厚果當(dāng)歸 凱氏當(dāng)歸 曲膝當(dāng)歸 日本當(dāng)歸 施氏當(dāng)歸 藥用當(dāng)歸 圓當(dāng)歸 直根當(dāng)歸 都有和上面類似的 化合物成份名單 1 4 3 9127 種化合物的三維結(jié)構(gòu)庫(kù) 第三部分內(nèi)容是含有 9127 種化合物的三維結(jié)構(gòu)庫(kù) 這是一個(gè)非常有用的發(fā)現(xiàn)新藥的化合物結(jié)構(gòu)信息源 可用來(lái)進(jìn)行基于藥效團(tuán)的三維 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋 或是進(jìn)行基于分子對(duì)接的數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋 用來(lái)發(fā)現(xiàn)新的先導(dǎo)化合物 也支持 3D QSAR 研究 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 5 5 1 5 TCMD 產(chǎn)品的檢索功能和用途 多途徑的文字及數(shù)據(jù)檢索功能 含立體化學(xué)的二維結(jié)構(gòu)檢索功能 是對(duì)中藥傳統(tǒng)功效 有效成分 現(xiàn)代藥理三類信息進(jìn)行連接及整合 是用綜和方法研究中藥現(xiàn)代化的有用工具 是藥物設(shè)計(jì)學(xué)中進(jìn)行 QSAR 研究的豐富的數(shù)據(jù)源 是從系統(tǒng)的中草藥有效成分結(jié)構(gòu)信息出發(fā) 發(fā)現(xiàn)新先導(dǎo) 進(jìn)而創(chuàng)制新藥的有用工具 例如應(yīng)用 3DFS 軟件進(jìn)行三維藥效團(tuán)檢索 直接得到先導(dǎo)物的侯選物 或用 Docking 方法尋找和特定蛋白受體相契合的先導(dǎo)物 是從中草藥資源出發(fā) 開(kāi)發(fā)中藥新劑型產(chǎn)品的有用工具 2 ISIS Base 平臺(tái)使用說(shuō)明平臺(tái)使用說(shuō)明 ISIS Base 有兩種基本的查詢方式 一種是通過(guò)表來(lái)查詢 Search by Form SBF 也可以通過(guò)建立 query builder 來(lái)查詢 SB 2 1 文本查詢 2 1 1 SBF 方式 單擊菜單欄 query 進(jìn)入 query 頁(yè)面 選定化合物表 compound 或植物表 plent 或參考文獻(xiàn)表 refer 雙擊該表中的指定結(jié)構(gòu)域 輸入規(guī)則 如下 2 1 1 1對(duì)于單字節(jié)的域 例如化合物名 植物名 拉丁名 科 藥用部位可直接輸入準(zhǔn)確的查詢文本即可 2 1 1 2對(duì)于多字節(jié)的域 如活性 性質(zhì) 藥效 適應(yīng)癥等 輸入方式為 like 查詢內(nèi)容 2 1 1 3分子式直接輸入 2 1 1 4分子量可與 and 等布爾操作符結(jié)合作范圍查詢 2 1 2 QB 方式 單擊菜單欄 query 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉菜單中選擇 query builder 進(jìn)入 query builder 窗口 在 database field 欄中雙擊選中 要查詢的域 再在 operator 欄中選擇合適的操作符 是確切相同 多字節(jié)則用 like 要查詢的內(nèi)容 數(shù)值型字節(jié)則結(jié)合 等建立查詢 最后點(diǎn)擊 OK 2 2 結(jié)構(gòu)查詢 2 2 1 SBF 方式 單擊菜單欄 query 進(jìn)入 query 頁(yè)面 選定化合物表 compound 雙擊化合物表 compound 中的結(jié)構(gòu)域 Structure 從而進(jìn)入 ISIS Draw 分子 編輯環(huán)境 畫出想查詢的分子結(jié)構(gòu)式 單擊頁(yè)面左上方的 ISIS Base 按鈕回到 query 頁(yè)面 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉菜單中選中 by form 即可得到查詢結(jié)果 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 6 6 2 2 2 QB 方式 單擊菜單欄 query 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉菜單中選擇 query builder 進(jìn)入 query builder 窗口 在 database field 欄中選擇雙擊 sturcture 在 operator 欄中選擇雙擊 sss 操作符 單擊 Read structure 選好問(wèn)題結(jié)構(gòu)文件所在的子目錄 雙擊事先存好的 MQUERY 結(jié) 構(gòu)文件 文件名必須是 MQUERY MQUERY1 MQUERY2 等 此時(shí) Structures 欄中出現(xiàn)該文件名 雙擊該文件名則自動(dòng)寫入命令 最后 點(diǎn)擊 OK 即可 2 3 交叉查詢 2 3 1 SBF 方式 只需在想查詢的多個(gè)域中按規(guī)則輸入內(nèi)容即可查詢 2 3 2 QB 方式 在 query builder 中結(jié)合 and or 等關(guān)系預(yù)算符就可建立交叉查詢 3 TCMD 產(chǎn)品的應(yīng)用實(shí)例產(chǎn)品的應(yīng)用實(shí)例 實(shí)例 01 化合物 ID 號(hào)檢索 庫(kù)中 9127 個(gè)化合物各有一個(gè)唯一的 ID 號(hào) 用 SBF 方式 單擊菜單欄 query 激活 ID 域 鍵入指定 ID 號(hào)或 ID 號(hào)范圍 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可 檢索結(jié)果見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 化合物號(hào)12341 單項(xiàng) SBF 化合物號(hào)Between 300 500201 單項(xiàng) SBF 化合物號(hào) 9000127 單項(xiàng) SBF 化合物號(hào) 10099 實(shí)例 02 化合物中文名稱檢索 有兩種情況 一是從中文全名檢索 此時(shí)用 SBF 方式 單擊菜單欄 query 激活中文名 Name 域 直接鍵入化合物中文名稱全名 乙酰丁香 油酚 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可 另一種是中文部分名檢索 用 SBF 方式 單擊菜單欄 query 激活中文名 Name 域 鍵入 Like 相思子 此處相思子為化合物中文部分名稱 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可檢出中文名 中有三字的化合物種 如相思子堿 各種相思子皂醇 相思子醌等 檢索結(jié)果見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 中文名乙酰丁香油酚1 單項(xiàng) SBF 中文名Like 相思子 19 單項(xiàng) SBF 中文名Like 烯 700 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 7 7 實(shí)例 03 化合物英文名稱檢索 檢索方法和上例相同 只是要激活英文名 Eng Name 域 下面檢索結(jié)果表中給出了英文名中含字符串 taxol 的化合物 21 個(gè) 含字符 串 olean 齊墩果 的化合物 30 個(gè) 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 英文名taxol1 單項(xiàng) SBF 英文名Like taxol 21 單項(xiàng) SBF 英文名Like olean 30 實(shí)例 04 化合物分子式檢索 在 query 表中激活分子式 Formula 域 直接鍵入分子式 或是 like 部分分子式 或是分子式范圍 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中 的 by form 即可 檢索結(jié)果見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 分子式C20H30O28 單項(xiàng) SBF 分子式C17H19N1O38原子數(shù)為 1 時(shí)要寫出 1 或是后跟空格 單項(xiàng) SBF 分子式C17 H19 N O38原子數(shù)為 1 時(shí)要寫出 1 或是后跟空格 單項(xiàng) SBF 分子式C17H19NO30不合法的寫法 單項(xiàng) SBF 分子式Like C4095 單項(xiàng) SBF 分子式Like O8430 單項(xiàng) SBF 分子式Like C10 H 14 18 202H 原子數(shù)范圍是 14 18 實(shí)例 05 化合物分子量檢索 在 query 表中激活分子量 MW 域 鍵入分子量或分子量區(qū)間 單擊菜單欄 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可 具體健入命令及檢 索結(jié)果見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 分子量37632自動(dòng) 0 5 單項(xiàng) SBF 分子量Between 375 37638 單項(xiàng) SBF 分子量Between 376 2 376 31 實(shí)例 06 化合物的物化性質(zhì)檢索 在化合物的物化性質(zhì)欄中 主要有結(jié)晶形態(tài) 熔點(diǎn) 沸點(diǎn) 旋光等物化性質(zhì) 下表中給出用兩種方式檢出熔點(diǎn)數(shù)據(jù)的例子 在 SBF 方式 中 除激活域是 property 外 檢索過(guò)程和上面實(shí)例 01 實(shí)例 06 相同 在 QB 方式中 單擊菜單欄 query 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉 菜單中選擇 query builder 進(jìn)入 query builder 窗口 在 database field 欄中雙擊選中要查詢的域 property 再在 operator 欄中選擇合適的操 作符 like 要查詢的內(nèi)容 最后點(diǎn)擊 OK 注意在 mp 和數(shù)字之間必需有空格 具體健入命令及檢索結(jié)果見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 理化性質(zhì)like mp 153 17 單項(xiàng)QB理化性質(zhì)Property like mp 153 17 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 8 8 實(shí)例 07 從植物檢索化合物 從化合物表出發(fā) 給定一種中藥藥用植物 問(wèn)該種植物都含有哪些化合物 嚴(yán)格的說(shuō)法是 都有哪些化合物被從該種植物中分離并進(jìn)行了結(jié)構(gòu)確定 TCMD 庫(kù)能方便地完成這個(gè)任務(wù) 以三七為例 在方式下 在 query 表中激活植物源 Source 域 簡(jiǎn)單地鍵入三七時(shí) 系統(tǒng)將僅僅檢出三 七中特有的化合物 而當(dāng)鍵入 Like 三七 時(shí) 系統(tǒng)將擴(kuò)展地檢出各種三七中含有的全部化合物 要嚴(yán)格地檢出三七中含有的全部化 合物 需要寫下表中最后兩條較為復(fù)雜的命令 當(dāng)用戶要求嚴(yán)格地檢出某種植物中含有的全部化合物時(shí) 我們不推薦從化合物表出發(fā)的 方法 而是推薦從植物表出發(fā)的方法 見(jiàn) 實(shí)例 08 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 植物來(lái)源三七17檢出三七中特有的化合物 單項(xiàng) SBF 植物來(lái)源人參40檢出人參中特有的化合物 單項(xiàng) SBF 植物來(lái)源Like 三七 67檢出各種三七中含有的全 部化合物 單項(xiàng)QB植物來(lái)源source like 三七 or source like 三七 55 三七中含有的全部化合物 為何少一個(gè) 查原始文件 格式錯(cuò) 單項(xiàng)QB植物來(lái)源source like 人參 or source like 人參 122人參中含有的 122 個(gè)化合 物 實(shí)例 08 從植物檢索化合物 從植物表出發(fā) 從植物表出發(fā)檢索特定植物中的全部化合物是我們推薦的方法 上面 7 個(gè)例子都是從化合物表出發(fā)進(jìn)行檢索的 本例則是從植物表出 發(fā)的 在 SBF 方式下 在 query 植物表中激活中文名 Name 域或拼音名 Pin Yin Name 域 直接鍵入三七或 SAN QI 然后單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可得到結(jié)果 對(duì)三七 人參 大黃 貫眾 甘草 烏頭等中藥的成份檢索結(jié)果見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 植物表 中文名三七56三七中的 56 個(gè)化合物 單項(xiàng) SBF 植物表 拼音名SAN QI56三七中的 56 個(gè)化合物 單項(xiàng) SBF 植物表 中文名人參122人參中的 122 個(gè)化合物 單項(xiàng) SBF 植物表 拼音名REN SHEN122人參中的 122 個(gè)化合物 單項(xiàng) SBF 植物表 中文名大黃55大黃中的 55 個(gè)化合物 單項(xiàng) SBF 植物表 中文名貫眾27貫眾中的 27 個(gè)化合物 單項(xiàng) SBF 植物表 拼音名GAN CAO81甘草中的 81 個(gè)化合物 單項(xiàng) SBF 植物表 拼音名WU TOU17烏頭中的 17 個(gè)化合物 實(shí)例 09 檢索某科植物中的全部化合物 從植物表出發(fā) 在 query 植物表中激活中文科名 Family 域 直接鍵入中文科名 然后單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 即可得到 結(jié)果 也可以激活拉丁科名 Lat Family 域 直接鍵入拉丁科名 然后單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 可得到同樣結(jié)果 在本例中還給出了一個(gè) 單項(xiàng)順序 檢索的例子 先是從拉丁科名檢出了紅豆杉科植物中的 347 個(gè)化合物 隨后單擊 search 單擊下拉 菜單中的 Set Search Domain to 再單擊橫拉菜單中的 Current List 此時(shí)從全數(shù)據(jù)庫(kù)檢索切換到當(dāng)前子庫(kù)檢索 再用 QB 方式 單擊菜單 欄 query 單擊菜單欄 Search 按鈕 在下拉菜單中選擇 query builder 進(jìn)入 query builder 窗口 鍵入命令 Activity like 抗腫瘤 or Activity like 細(xì)胞毒 這個(gè)命令將檢出體內(nèi)和體外兩類數(shù)據(jù) 因?yàn)樵?TCMD 庫(kù)中 所有的體內(nèi)抗癌數(shù)據(jù)都是用 抗腫瘤 表達(dá)的 而 所有的體外抗癌數(shù)據(jù)都是用 細(xì)胞毒 表達(dá)的 最后點(diǎn)擊 OK 就得到 347 個(gè)紅豆杉科植物中化合物中有 29 個(gè)有詳細(xì)的體外或體內(nèi)抗癌 定量數(shù)據(jù) 各例的具體檢索結(jié)果見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 9 9 單項(xiàng) SBF 植物表 中文科 名 豆科748豆科植物中的 748 個(gè)化合 物 單項(xiàng) SBF 植物表 中文科 名 like 紅豆杉科 347紅豆杉科植物中的 347 個(gè) 化合物 單項(xiàng) SBF 植物表 拉丁科 名 Taxaceae347紅豆杉科植物中的 347 個(gè) 化合物 實(shí)例 10 化合物藥理數(shù)據(jù)檢索 在全庫(kù)的 9127 種化合物中 3000 種化合物有藥理活性數(shù)據(jù) 這是研究 QSAR SAR 關(guān)系的珍貴信息 用 SBF 方式 激活 activity 域后 鍵 入 Like 藥理關(guān)鍵字 之后單擊 search 單擊 by form 就得到下表中的結(jié)果 亦可采用 QB 方式 見(jiàn)下表中中間的三個(gè)例子 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 生物活性Like 金黃色葡萄球菌 135135 個(gè)化合物有抗金黃色 葡萄球菌數(shù)據(jù) 單項(xiàng)QB生物活性Activity like 抗腫瘤 442442 個(gè)化合物有抗腫瘤數(shù) 據(jù) 單項(xiàng)QB生物活性Activity like 抗高血壓 208208 個(gè)化合物有抗高血壓 數(shù)據(jù) 單項(xiàng)QB生物活性Activity like 抗腫瘤 or activity like 細(xì)胞毒 740740 個(gè)化合物有抗癌數(shù)據(jù) 單項(xiàng) SBF 生物活性Like 抗瘧 4343 個(gè)化合物有抗瘧數(shù)據(jù) 實(shí)例 11 某科植物化學(xué)成分的藥理活性分布 這是一個(gè)單項(xiàng)順序查詢的例子 也是子庫(kù)查詢的例子 可用來(lái)調(diào)查某科植物化學(xué)成分的藥理活性分布 現(xiàn)以菊科為例 先用 SBF 方式從 全庫(kù)中檢出了個(gè)化合物是從菊科植物中分離鑒定的 隨后用上面例 9 中同樣方法得到各種藥理數(shù)據(jù)的分布 對(duì)抗高血壓 抗炎 抗真菌 和抗癌的結(jié)果詳見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 植物表 中文科 名 菊科858菊科植物中的 858 個(gè)化合 物 子庫(kù)查詢 SBF current list 生物活性like 抗高血壓 21其中 21 個(gè)有抗高血壓數(shù) 據(jù) 子庫(kù)查詢 SBF current list 生物活性like 抗炎 50其中 50 個(gè)有抗炎數(shù)據(jù) 子庫(kù)查詢 SBF current list 生物活性like 抗真菌 40其中 40 個(gè)有抗真菌數(shù)據(jù) 子庫(kù)查詢 QB current list 生物活性Activity like 抗腫瘤 or Activity like 細(xì)胞毒 123其中 123 個(gè)有抗癌數(shù)據(jù) 實(shí)例 12 檢出某屬植物中含有的化合物 烏頭屬含有多種中藥 用 SBF 方式 激活植物表中的植物拉丁名 Lat Name 域 鍵入 like Aconitum 命令 TCMD 庫(kù)涉及的植物屬名 有 2800 個(gè) 詳見(jiàn)說(shuō)明書中的 檢索關(guān)鍵詞表 可檢出烏頭屬中藥中有個(gè)化合物 見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 植物表 拉丁 名 like Aconitum 烏頭屬 87烏頭屬植物中的 87 個(gè)化 合物 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 10 10 實(shí)例 13 指定中藥的功效檢索有關(guān)化合物 本例中檢出有清熱解毒功效的中藥中含有的全部化合物 用 SBF 方式 激活植物表中功效 Effect 域 鍵入 like 清熱解毒 命令 然 后單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 就得到下表結(jié)果 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 植物表 功效like 清熱解毒 1272從清熱解毒中藥分離的 1272 個(gè)化合物 實(shí)例 14 指定中藥的適應(yīng)癥檢索有關(guān)化合物 本例中檢出治療肝炎的中藥中含有的全部化合物 用 SBF 方式 激活植物表中適應(yīng)癥 Indication 域 鍵入 like 肝炎 命令 單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 就得到從治療肝炎中藥分離的 1120 個(gè)化合物 進(jìn)一步 可用例 9 中同樣的子庫(kù)檢索方法檢出這些化 合物中 有 32 個(gè)化合物有抗肝毒藥理數(shù)據(jù) 見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 植物表 適應(yīng) 癥 like 肝炎 1120從治療肝炎中藥分離的 1120 個(gè)化合物 子庫(kù)查詢 SBF current list 生物活性like 抗肝毒 32其中 32 個(gè)化合物有抗肝 毒藥理數(shù)據(jù) 實(shí)例 15 抑制劑及其藥理模型檢索 用 SBF 方式 激活化合物表中 Activity 域 鍵入 like 抑制劑 命令 單擊 search 單擊下拉菜單中的 by form 檢出各種抑制劑 385 種 進(jìn)一步用子庫(kù)查詢方法 可檢出特指的抑制劑 如血小板聚集抑制劑 109 種 再進(jìn)一步 用子庫(kù)查詢方法可檢出不同的藥理模型的 數(shù)據(jù) 如能抑制花生四烯酸誘導(dǎo)的血小板聚集的化合物 23 種 能抑制膠原誘導(dǎo)的血小板聚集的化合物 28 種 等 詳見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 生物活性like 抑制劑 385檢出各種抑制劑 385 種 單項(xiàng) SBF 生物活性like 醛糖還原酶抑制劑 52檢出醛糖還原酶抑制劑 52 種 單項(xiàng) SBF 生物活性like 血小板聚集抑制劑 109檢出血小板聚集抑制劑 109 種 子庫(kù)查詢 SBF current list 生物活性like 花生四烯酸 23其中花生四烯酸誘導(dǎo)的 23 種 子庫(kù)查詢 SBF current list 生物活性like 膠原 28其中膠原誘導(dǎo)的 28 種 子庫(kù)查詢 SBF current list 生物活性like PAF 28其中 PAF 誘導(dǎo)的 28 種 子庫(kù)查詢 SBF current list 生物活性like 凝血酶 2其中凝血酶誘導(dǎo)的 2 種 實(shí)例 16 復(fù)合檢索例 這個(gè)例子是 有多少抗癌活性的化合物是來(lái)自清熱解毒的中藥 可以用復(fù)合檢索方法回答 用 QB 方式 構(gòu)造含有 or and 操作符 的命令 Activity like 抗腫瘤 or activity like 細(xì)胞毒 and PEffect like 清熱解毒 就可得到下表中的結(jié)果 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 復(fù)合QB功效 Activity like 抗腫瘤 or activity like 細(xì)胞毒 and PEffect like 清熱解毒 141141 個(gè)體內(nèi)或體外抗癌化 合物來(lái)自清熱解毒的中藥 T T TC C CMDMDMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中文版用戶說(shuō)明書 11 11 實(shí)例 17 參考文獻(xiàn)查詢 從參考文獻(xiàn)表 refer 出發(fā) 可檢索涉及參考文獻(xiàn)的信息 如下表所示 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 參考文獻(xiàn)表 參考文獻(xiàn) like 2001 2332001 年參考文獻(xiàn) 233 篇 單項(xiàng) SBF 參考文獻(xiàn)表 參考文獻(xiàn) like Phytochemstry 378引自 Phytochemstry 的為 378 篇 實(shí)例 18 結(jié)構(gòu)檢索 結(jié)構(gòu)及子結(jié)構(gòu)檢索是 TCMD 庫(kù)特有的功能 這一功能的實(shí)現(xiàn)對(duì)進(jìn)行 QSAR 研究 進(jìn)而研發(fā)新藥提供了巨大的幫助 這里只舉出最簡(jiǎn)單 的例子 將黃酮類化合物的特征分子骨架放入 SBF 方式下的 structure 檢索域 從庫(kù)中檢出包含黃酮骨架的化合物 511 個(gè) 具體命令見(jiàn) 2 2 節(jié) 用 D 葡萄糖的分子骨架 含確切的立體化學(xué)信息 提問(wèn) 得到 1455 個(gè)命中化合物 其它例子見(jiàn)下表 類別類別方式方式檢索域檢索域鍵入鍵入命中數(shù)命中數(shù)注解及說(shuō)明注解及說(shuō)明 單項(xiàng) SBF 二維結(jié)構(gòu) O O 511黃酮類化合物 511 個(gè) 單項(xiàng) SBF 二維結(jié)構(gòu) O O 146二氫黃酮類化合物 146 個(gè) 單項(xiàng) SBF 二維結(jié)構(gòu) OO 278香豆素類化合物 278 個(gè) 單項(xiàng) SBF 二維結(jié)構(gòu) O O H O O 60洋地黃毒強(qiáng)心甙 60 個(gè) 單項(xiàng) SBF 二維結(jié)構(gòu) O O O O O O 1455含 D