如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列1、在GeneBank 中查找基因序列只要輸入accession號(hào)就可以了 ，下面網(wǎng)址就是一個(gè)基因的全部序列信息的例子，/Sitemap/samplerecord.html，在記錄的末尾有各種記錄的詳細(xì)說(shuō)明，如果你沒(méi)有accession號(hào)，可以把你手頭的編號(hào)用source等信息源轉(zhuǎn)換成accession號(hào)，中文教程太古老了，如果你是初學(xué)者一定要養(yǎng)成看英文文獻(xiàn)的習(xí)慣，要是特別想看中文翻譯的話，書店里隨便一本生物信息學(xué)書里都會(huì)介紹數(shù)據(jù)庫(kù)的，不過(guò)有些翻譯過(guò)來(lái)的東西真的很別扭，希望對(duì)你有幫助。2、關(guān)于在GeneBank中查找序列我有幾點(diǎn)體會(huì)：最直接、最簡(jiǎn)單的方法是手頭有基因的accession號(hào)；如果沒(méi)有就需要明確兩個(gè)重要的內(nèi)容，即基因名稱及物種信息（如果有最好是拉丁全名），基因名稱盡可能詳細(xì)，避免搜出一些不相關(guān)的信息；搜索的時(shí)候建議先用NCBI的Gene數(shù)據(jù)庫(kù)搜索，這樣得到的accession號(hào)是屬于NCBI工作人員重新整理過(guò)的Refseq的序列，這樣會(huì)比較可靠；當(dāng)然這個(gè)要看你的分析目的，如果你是要對(duì)該序列進(jìn)行下游的分子生物學(xué)操作or分析，選這種序列我覺(jué)得會(huì)比較好，如果是要進(jìn)行多序列的分析or其他目的需要全面分析該序列的，可能需要其他序列做補(bǔ)充，但是我覺(jué)得序列越多問(wèn)題越說(shuō)不清楚，因?yàn)楫吘共皇亲约旱男蛄校绻鸊ene數(shù)據(jù)庫(kù)里沒(méi)有收錄，那就只有在Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)里找了，但是還是建議采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：Accession prefixMolecule typeCommentAC_GenomicComplete genomic molecule, alternate assemblyNC_GenomicComplete genomic molecule, reference assemblyNG_GenomicIncomplete genomic regionNT_GenomicContig or scaffold, clone-based or WGSaNW_GenomicContig or scaffold, primarily WGSaNS_GenomicEnvironmental sequenceNZ_bGenomicUnfinished WGSNM_mRNANR_RNAXM_cmRNAPredicted modelXR_cRNAPredicted modelAP_ProteinAnnotated on AC_ alternate assemblyNP_ProteinYP_cProteinXP_cProteinPredicted modelZP_cProteinPredicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.b An ordered collection of WGS for a genome.c Computed.其他值得考慮的是，對(duì)于真核生物最好找注釋為全長(zhǎng)的mRNA序列，原核生物最好有起始密碼子和終止密碼子；其他未盡事宜大家補(bǔ)充！3、如何在genbank查找某個(gè)細(xì)菌的基因序列？你輸入這個(gè)細(xì)菌的名字直接查，一般會(huì)有的而且一般第一個(gè)會(huì)是全基因組序列進(jìn)入ncbi的首頁(yè)，database選nucleotide，輸入你的關(guān)鍵詞,如果庫(kù)里收錄里就會(huì)有的4、如何查找基因序列？在Genbank中尋找目的基因的實(shí)例 （1） 根據(jù)文獻(xiàn)搞reasearch肯定要讀文獻(xiàn)的，如果你曾經(jīng)在文獻(xiàn)中看到過(guò)你感興趣的基因，而且文中還提到了該基因在Genbank中的ID號(hào)，那就好辦了，直接打開(kāi) ，在Search后的下拉框中選擇Nucleotide，把Genbank ID號(hào)輸入GO前面的文本框中，點(diǎn)“GO”，就可以找到他了。舉例說(shuō)明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出現(xiàn)了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”輸入GO前面的文本框中，點(diǎn)“GO”，就可以找到該基因了（當(dāng)然包括基因序列等相關(guān)信息）。在出現(xiàn)了檢索結(jié)果界面（下圖）后，直接點(diǎn)擊紅箭頭所指的 AY047586就可以看到基因的相關(guān)信息了.（呵呵，是不是有點(diǎn)太.easy了）這里需要指出一下，在顯示基因的頁(yè)面右側(cè)有一個(gè)Link，點(diǎn)擊后出現(xiàn)一個(gè)小菜單，里面是與該基因相關(guān)的鏈接，很有用的，值得一個(gè)一個(gè)地去看看，這里我就不多說(shuō)了。（2）點(diǎn)擊 AY047586后出現(xiàn)的界面如下：如果你只想獲得序列（例如去設(shè)計(jì)PCR引物的時(shí)候），那就可以選擇FASTA，這樣就得到了FASTA格式的序列文件，沒(méi)有其他數(shù)字和格式的干擾。 這就是FASTA格式的序列： 正如路漫漫所說(shuō)，如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？還是舉例說(shuō)明，比如我想做的基因名稱是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？還是一步一步來(lái).打開(kāi)/在search后面的下拉框中選擇Gene，然后在中間的文本框中輸入基因名稱“VEGF”，點(diǎn)擊GO. 搜索結(jié)果出來(lái)了，let me see. 啊，怎么這么多？689條，哪一條是我想要的基因呢？（作者注：這也許是大多數(shù)人對(duì)Genbank的第一印象，即東西太多了，不知道是哪個(gè)。）點(diǎn)擊箭頭所指的LimitsLimits的意思其實(shí)就是高級(jí)檢索，你可以在這里對(duì)檢索詞進(jìn)行很多限制，這樣能大大精簡(jiǎn)查詢結(jié)果。我們接著來(lái)，在Limits這個(gè)界面，先選擇查詢的限定范圍。我們要找什么基因來(lái)著？想起來(lái)了，是人的VEGF基因，那就開(kāi)始選擇：先選Gene name(基因名稱)；然后再選擇Limit by Taxonomy（生物分類限定）中的Homo sapiens（人類），然后再點(diǎn)擊“GO”哇，只有一個(gè)結(jié)果，是不是搞定了？（呵呵，好有面子哦）直接點(diǎn)擊基因名稱“VEGFA”就可以看到有關(guān)基因的信息了。需要指出的是，在Genbank中，基因有很多別名（Aliases），和Genbank中記錄的名稱有可能不一致，大家要睜大眼睛哦。比如在這里，VEGFA是Genbank中記錄的基因名稱，而它還有很多別名，比如MGC70609, VEGF（這就是我們要找的基因名稱 ）, VEGF-A, VPF；還有，在這里可以看到該基因在染色體上的位置.點(diǎn)擊VEGFA后出現(xiàn)界面再往下看，可以看到Genomic regions, transcripts, and products，這里顯示了該基因在基因組中的位置，以及轉(zhuǎn)錄本的生成情況：就看見(jiàn)了目的基因的mRNA的鏈接（如NM_001025366.1）和蛋白質(zhì)的鏈接（如NP_001020537.2 ）這里得說(shuō)兩句，有的基因也許只有一個(gè)編碼序列，但有的基因有很多的mRNA剪接體，但都是歸在一個(gè)基因名稱下面。比如，在VEGF基因下面有7個(gè)序列，分別是vascular endothelial growth factor A isoform a, isoform c, isoform d, isoform e, isoform f , isoform g, isoform b precursor ，但是哪個(gè)是自己想找的基因呢？這就需要根據(jù)你自己查閱的文獻(xiàn)以及在這些基因序列后面的解釋來(lái)確定了。如果我想找的基因是第一個(gè)序列即isoform a, 就可以點(diǎn)擊NM_001025366.1，得到如