生物信息學(xué)-課堂練習(xí)生物信息學(xué)蛋白質(zhì)序列分析-課堂練習(xí)

1、生物信息學(xué)蛋白質(zhì)序列分析-課堂練習(xí)ZNF395, 全稱為Zinc Finger Protein395, 又被稱為PBF，PRF1，DBP2，PRF-1，Si-1-8-14或DKFZp434K1210。其氨基酸序列為MASVLSRRLGKRSLLGARVLGPSASEGPSAAPPSEPLLEGAAPQPFTTSDDTPCQEQPKEVLKAPSTSGLQQVAFQPGQKVYVWYGGQECTGLVEQHSWMEGQVTVWLLEQKLQVCCRVEEVWLAELQGPCPQAPPLEPGAQALAYRPVSRNIDVPKRKSDAVEMDEMMAAMVLTSLSCSPVVQSPPGTEANF

2、SASRAACDPWKESGDISDSGSSTTSGHWSGSSGVSTPSPPHPQASPKYLGDAFGSPQTDHGFETDPDPFLLDEPAPRKRKNSVKVMYKCLWPNCGKVLRSIVGIKRHVKALHLGDTVDSDQFKREEDFYYTEVQLKEESAAAAAAAAAGTPVPGTPTSEPAPTPSMTGLPLSALPPPLHKAQSSGPEHPGPESSLPSGALSKSAPGSFWHIQADHAYQALPSFQIPVSPHIYTSVSWAAAPSAACSLSPVRSRSLSFSEPQQPAPAMKSHLIVTSPPRAQSGARKARGEAKKCRKVYGIE

3、HRDQWCTACRWKKACQRFLDLength=513 Weight= 54939 Da結(jié)構(gòu)域分析：http:/www.expasy.ch/prosite/(一)分析蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)分析蛋白質(zhì)的pI、Mw、氨基酸組成:Tools and software packages-Identification and characterization-ProtParamhttp:/www.expasy.ch/tools/protparam.html分析蛋白質(zhì)的疏水性:Primary structure analysis-ProtScalehttp:/www.expasy.ch/tools/pro

4、tscale.html分析蛋白質(zhì)的重復(fù)序列:Primary structure analysis-REPhttp:/www.embl-heidelberg.de/andrade/papers/rep/search.html(二)分析蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測蛋白質(zhì)的?螺旋和?折疊結(jié)構(gòu):Secondary structure prediction-nnPredict/nomi/nnpredict.html蛋白質(zhì)的其它二級結(jié)構(gòu):Secondary structure prediction-SOPMA(三)分析蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)molecular mode

5、ling:“tertiary structure prediction ”欄目選擇選擇一個分析工具，email服務(wù)(四)分析膜蛋白質(zhì)預(yù)測膜整合蛋白的跨膜區(qū): Topology prediction-SOSUIhttp:/bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/分析膜錨定蛋白的GPI位點:Post-translational modification-big-PI Predictor http:/mendel.imp.ac.at/sat/gpi/gpi_server.html(五)分析蛋白質(zhì)的翻譯后修飾分析信號肽及其剪切位點: Post-translational modifi

6、cation prediction-SignalIPhttp:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/分析糖鏈連接點:分析O連接糖蛋白,Post-translational modification prediction-NetOGlychttp:/www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/分析N連接糖蛋白,Post-translational modification prediction-NetNGlyc（六）分析蛋白質(zhì)的亞細胞定位Topology prediction-PSORT-WoLF PSORT

7、/（七）分析化學(xué)因子作用蛋白質(zhì)的位點“Identification and characterization ”-“Other prediction or characterization tools”欄目選擇“PeptideCutter” 軟件http:/www.expasy.ch/tools/peptidecutter/1.蛋白基本理化性質(zhì)分析利用Expasy 軟件包中的ProtParam工具(http:/www.expasy.ch/tools/protparam.htmL) 進行蛋白的氨基酸組成、分子質(zhì)量、等電點及疏水性等理化性質(zhì)的分析。 2. 利用PROF法（http:/www.pre

8、/）網(wǎng)站工具和（http:/npsa-pbil.ibcp.fr）網(wǎng)站HNN軟件預(yù)測蛋白的二級結(jié)構(gòu)。利用Scan Prosite（/）網(wǎng)站工具對蛋白進行結(jié)構(gòu)域分析。利用Swiss-Model數(shù)據(jù)庫軟件預(yù)測該蛋白的三級結(jié)構(gòu)，結(jié)果用蛋白質(zhì)三維圖象軟件Rasmol2.7查看。3.蛋白亞細胞定位與功能分析利用CBS（http：/www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/）網(wǎng)站工具對蛋白進行跨膜分析。采用PredictNLS (/predictNLS/) 對蛋白進行核定位信號分析，預(yù)測利用（http：/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）