研基于EFNB2 基與精神分裂癥樣本關(guān)聯(lián)

1、研基于efnb2 基與精神分裂癥樣本關(guān)聯(lián)文章來源 畢業(yè)論文網(wǎng) 1.引言精神分裂癥在人群中大約有1%的發(fā)病率，表現(xiàn)為錯(cuò)覺，幻覺，認(rèn)知改變，情緒激動和行為異常。在已知各種致病因素中，遺傳因素大約占據(jù)了80%的作用，表現(xiàn)為多個(gè)微效基因共同作用的結(jié)果。許多研究都證明了染色體12q22-34 與精神分裂癥之間的連鎖關(guān)系。近年來，位于染色體13q33 的兩個(gè)重疊基因：daoa (d 型-氨基酸氧化酶激活劑) 和 g30, 被報(bào)道與精神分裂癥顯著性相關(guān)。在此后的獨(dú)立的研究中，也報(bào)道了這種關(guān)聯(lián)。然而，也有幾項(xiàng)研究沒能重復(fù)出這種結(jié)果。此外，還有其他幾項(xiàng)研究表明，在這一區(qū)域可能存在不止一個(gè)易感位點(diǎn)?；騟phri

2、n-b2 (efnb2)位于daoa 基因下游1mb 處，在染色體13q33 上占據(jù)約45kb的區(qū)域。它編碼酪氨酸激酶家族成員的一個(gè)蛋白質(zhì)成員(ephrin)，參與調(diào)節(jié)生長發(fā)育，尤其是神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育。因此，根據(jù)其位置和功能特點(diǎn)，efnb2 基因很可能是這個(gè)區(qū)域內(nèi)精神分裂癥的一個(gè)新的易感基因。為了進(jìn)一步研究efnb2 基因座位在精神分裂癥中的易感性，我們使用中國漢族人的病例-對照樣本，在該基因所在區(qū)域選取了幾個(gè)snps，進(jìn)行遺傳標(biāo)記的單位點(diǎn)，多位點(diǎn)和單倍型的遺傳分析。2.材料和方法2.1 研究對象此研究得到地方精神病研究道德倫理委員會的支持并且得到所有研究對象的同意。此項(xiàng)研究共包括846 份樣本

3、，其中477 例精神病患者(273 例男性，平均年齡為42.3?9.8歲，平均發(fā)病年齡為24.6?16.3 歲；204 例女性，平均年齡為46.0?12.6 歲，平均發(fā)病年齡為27.0?8.3 歲)和369 例正常對照(215 例男性，平均年齡為29.4?14.4 歲；163 例女性，平均年齡為29.6?14.2 歲)。由西安交通大學(xué)第一附屬醫(yī)院根據(jù)精神分裂癥的diagnostic andstatistical manual of mental disorders (dsm-iv)標(biāo)準(zhǔn)，結(jié)合患者病例記錄及臨床問診，對所有的患者進(jìn)行診斷。兩位資深的精神分裂癥醫(yī)師分別獨(dú)立地對患者資料進(jìn)行復(fù)核。正常

4、對照者來自當(dāng)?shù)刂驹刚咭约白栽斧I(xiàn)血者。全部對照者均無神經(jīng)或精神方面疾病，以及家族患病史。所有的研究對象都是漢族血統(tǒng)。中國醫(yī)學(xué)論文網(wǎng)專業(yè)提供醫(yī)學(xué)論文發(fā)表服務(wù)，并提供大量醫(yī)學(xué)畢業(yè)論文，如有業(yè)務(wù)需求請咨詢網(wǎng)站客服人員！2.2 基因分型我們在 hapmap 數(shù)據(jù)庫中選擇efnb2 基因區(qū)域的三個(gè)tagsnps(rs9520087, rs11069646 和rs8000078)，又在ncbi 數(shù)據(jù)庫中選取了rs1046775，這是在efnb2 座位上導(dǎo)致組氨酸到酪氨酸的唯一一個(gè)錯(cuò)義突變。如圖1 所示。然而，當(dāng)對這些位點(diǎn)進(jìn)行基因分型時(shí)，我們發(fā)現(xiàn)rs1046755 并不具有多態(tài)性，因此該位點(diǎn)被排除在研究之外。

5、最終，剩下的三個(gè)位點(diǎn)的跨度大約為45kb 的區(qū)域，平均間隔約為22.5kb。我們使用等位基因特異性pcr 的方法進(jìn)行基因分型，這種方法在其他研究中已有報(bào)道。pcr 引物由tetra-primer arms-pcr 引物設(shè)計(jì)程序設(shè)計(jì)。引物序列。為了確定所獲的基因型的正確性，我們隨機(jī)選了80 個(gè)dna 樣本對這三個(gè)snps 再次進(jìn)行基因分型。所有的基因型都與第一次的基因分型結(jié)果一致，未發(fā)現(xiàn)基因分型錯(cuò)誤。2.3 數(shù)據(jù)分析使用 hwsim 軟件程序?qū)θ齻€(gè)snps 進(jìn)行哈迪-溫伯格平衡檢驗(yàn)。對于病例-對照組，運(yùn)用epi_info 軟件程序?qū)z傳標(biāo)記的等位基因分布進(jìn)行卡方檢驗(yàn)。使用2ld 軟件程序計(jì)算出d

6、’值，以衡量兩兩snps 之間的連鎖不平衡程度，從而構(gòu)建單倍型。使用phase 程序的2.2版本模擬各種單倍型頻率。bonferroni 校正被用于進(jìn)行各項(xiàng)統(tǒng)計(jì)結(jié)果的校正。使用g*power程序進(jìn)行統(tǒng)計(jì)效力計(jì)算，當(dāng)設(shè)置參數(shù)為0.2 時(shí)（代表基因作用“微效”），當(dāng)前使用的樣本數(shù)量對于關(guān)聯(lián)研究而言，具有89%的統(tǒng)計(jì)效力。3.結(jié)果在兩組樣本中，這三個(gè)snps 位點(diǎn)都具有高度的多態(tài)性。其中兩個(gè)snp (rs11069646 和rs8000078)在病例和對照中的基因型分布均符合哈迪-溫伯格平衡 (p>0.05)。對于rs9520087，在對照組(p=0.018

7、)和病例組(p=5.2x10-22)中均發(fā)現(xiàn)對哈迪-溫伯格平衡的背離。在 477 例中國漢族人的精神分裂癥患者樣本中，位于基因efnb2 區(qū)域的3 個(gè)snps 的等位基因的頻率，以及相對應(yīng)的369 例正常對照樣本的等位基因頻率如表2 所示。對于遺傳標(biāo)記rs9520087，在病例和對照組的樣本之間(x2=8.11, p=0.0044)以及兩組女性之間(x2=6.97,p=0.0083)存在及其顯著性差異。經(jīng)過多重檢驗(yàn)校正后，這種顯著性差異仍然存在(分別為p=0.013 和p=0.025)。近來，zou 等人發(fā)現(xiàn)1）哈迪-溫伯格平衡檢驗(yàn)不能用來鑒定基因分型的錯(cuò)誤；2）在檢驗(yàn)等位基因與疾病的關(guān)聯(lián)之前

8、進(jìn)行哈迪-溫伯格平衡的驗(yàn)證，是不必要的甚至是有害的。相反的，應(yīng)該運(yùn)用趨勢檢驗(yàn)，使人們對背離哈迪-溫伯格平衡的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析33。有鑒于此，我們重新分析了我們的數(shù)據(jù)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)遺傳標(biāo)記rs9520087 與精神分裂癥存在關(guān)聯(lián)(在所有樣本中xa2=6.11, p=0.0135；在女性樣本中xa2=5.11, p=0.0229)。經(jīng)過bonferroni 校正，遺傳標(biāo)記rs9520087 仍然保持顯著性差異(在所有的樣本中p=0.04)。我們在單倍型分析中，使用這三個(gè)snps(rs9520087, rs11069646 和rs8000078)進(jìn)行構(gòu)建，并且觀察到了8 種單倍型，如表4 所示。我們發(fā)現(xiàn)單倍

9、型的分布與精神分裂癥相關(guān)(總體p=0.0065)。在病例組和對照組之間比較單倍型頻率時(shí)，我們發(fā)現(xiàn)單倍型ttc 表現(xiàn)出及其顯著性的差異(p=0.004)，其頻率在病例組中偏高(8.85% 比5.18%)；而單倍型ctc 也顯示出了顯著性的差異(p=0.046)，其頻率在病例組中偏低(38.17% 比42.90%)。我們進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，單倍型ttc 在男性群體中與精神分裂癥關(guān)聯(lián)(p=0.029)。對上述結(jié)果，進(jìn)行嚴(yán)格的修正(8 種單倍型和3 個(gè)等位基因的比較)后，我們發(fā)現(xiàn)單倍型ttc 仍然保持了顯著性的差異(p=0.044)。4.討論我們此次研究的目的是為了檢驗(yàn)efnb2 基因座位和精神分裂癥之間

10、的關(guān)系。三個(gè)snps位點(diǎn)在染色體13q33 上大約覆蓋了45kb 的區(qū)域，其中包括efnb2 基因，我們在中國漢族人的樣本中對這三個(gè)snps 位點(diǎn)進(jìn)行基因分型。我們的樣本中，遺傳標(biāo)記rs9520087 和精神分裂癥之間顯著相關(guān)，但對這個(gè)結(jié)果我們保持謹(jǐn)慎的態(tài)度，因?yàn)樵谖覀兊臉颖局邪l(fā)現(xiàn)遺傳標(biāo)記rs9520087 背離了哈迪-溫伯格平衡(p<0.05)。但對于遺傳標(biāo)記rs9520087 的背離，至少從三個(gè)方面看來都不是一種假陽性結(jié)果。第一，基因型頻率的背離在病例組中極其顯著(p=5.2x10-22)，當(dāng)在對照組中則非常微弱(p=0.018)。第二，該遺傳標(biāo)記的等位基因頻率在病例和對照組中存在極

11、其顯著性的差異(p=0.0044)。第三，經(jīng)過對背離哈迪-溫伯格平衡的數(shù)據(jù)的趨勢校正后，遺傳標(biāo)記rs9520087依然顯示了同疾病的顯著性關(guān)聯(lián)(p=0.0135)。此外，我們還發(fā)現(xiàn)遺傳標(biāo)記rs9520087 的等位基因頻率在對照組中為0.323。這與hapmap數(shù)據(jù)庫中報(bào)道的0.663 存在很大的不同。這種差異可能是由于各自相對較小的樣本數(shù)量引起的，即dbsnp 為84 人，我們的樣本量為369 人。當(dāng)前對于此現(xiàn)象還不能給出很好的解釋，未來隨著更多研究報(bào)道的出現(xiàn)，會有更多中國漢族人的數(shù)據(jù)報(bào)道，那時(shí)再來探討二者的正誤可能更為合適。另一個(gè)方面，盡管我們在研究中沒有發(fā)現(xiàn)任何基因分型的錯(cuò)誤，但是基因分

12、型的錯(cuò)誤依然不能完全避免。當(dāng)然，僅僅從單個(gè) snp 位點(diǎn)分析而得到的信息是有限的。因此，為了獲得更加有力的證據(jù)，我們又進(jìn)行了單倍型分析。而單倍型分析是在遺傳標(biāo)記之間，利用連鎖的有關(guān)信息進(jìn)行的。由于這三個(gè)snp 之間不存在連鎖不平衡(d’<0.5 和r2 <0.8)，我們將三個(gè)位點(diǎn)全部用來構(gòu)建單倍型。結(jié)果顯示，遺傳標(biāo)記rs9520087-rs11069646-rs8000078 的單倍型分布頻率與精神分裂癥之間顯示了顯著性關(guān)聯(lián)(總體p=0.0065)。當(dāng)在病例組和對照組間對每種單倍型進(jìn)行比較和分析時(shí)，我們發(fā)現(xiàn)單倍型ttc (p=0.004) 存在很強(qiáng)的顯著性差異，而單倍型

13、ctc(p=0.046)也存在較弱的顯著性差異。我們的結(jié)果表明，單倍型ttc 很可能是精神分裂癥的一個(gè)風(fēng)險(xiǎn)單倍型。另外，遺傳標(biāo)記snp rs9520087 (c to t)位于基因efnb2 的3’-utr 區(qū)，這表明該位點(diǎn)很可能參與調(diào)節(jié)efnb2 基因的表達(dá)。而實(shí)際上，至少有兩個(gè)理由可以認(rèn)為3’-utr 區(qū)在調(diào)節(jié)基因表達(dá)方面起著重要的作用：1）3’-utr 區(qū)參與了mrna 的3’ 末端的形成，mrna 的穩(wěn)定性和降解，以及mrna 的亞細(xì)胞定位。研究發(fā)現(xiàn)3’-utr 區(qū)是microrna(mirna) 的靶標(biāo)序列， 而mirna 對基因表達(dá)的調(diào)節(jié)作用主要是通過mirna-mrna 3’-utr 的相互作用實(shí)現(xiàn)的。目前已知，efnb2 基因參與調(diào)節(jié)個(gè)體的生長發(fā)育，尤其是神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育。此外，谷氨酸能神經(jīng)遞質(zhì)系統(tǒng)的異常在精神分裂癥的發(fā)展中起著特別的作用。另一方面，efnb2基因位于染色體13q33，該區(qū)域在精神分裂癥的遺傳連鎖研究中恰好是一個(gè)熱點(diǎn)區(qū)域。因此，無論從功能還是位置來講，efnb2 基因都是精神分裂癥的一個(gè)引人注目的候選基因。還需要指出的是，本項(xiàng)研究中我們在efnb2 基因上選擇了數(shù)個(gè)snp 位點(diǎn)，而沒有選擇全部的snp 位點(diǎn)。這種選擇可能使這些snp 位點(diǎn)的分析結(jié)果被認(rèn)為不具有代表性。此外