基因檢測(cè)技術(shù)在肺癌精準(zhǔn)治療中的應(yīng)用 靶向捕獲測(cè)序與ddPCR比較

1、基因檢測(cè)技術(shù)在肺癌精準(zhǔn)治療中的應(yīng)用 靶向捕獲測(cè)序與ddPCR比較Li TH, et al. J Clin Oncol 31:1039-1049測(cè)序技術(shù)的發(fā)展帶來(lái)靶向治療的縱深研究PCR技術(shù)也經(jīng)歷了3代的進(jìn)化1987年，KRAS基因突變?cè)诋?dāng)時(shí)50%的肺腺癌患者中被發(fā)現(xiàn)。2004年，EGFR突變作為新的肺腺癌驅(qū)動(dòng)基因被發(fā)現(xiàn)。2014年，隨著TCGA計(jì)劃的完成，肺腺癌的基因突變圖譜被進(jìn)一步完善。對(duì)NSCLC驅(qū)動(dòng)基因的認(rèn)知隨著分子檢測(cè)技術(shù)的進(jìn)步在不斷深入 Ashley J. Vargas et al，Nature Reviews Cancer 16, 525537 (2016)遺傳易感性早期篩查伴隨診

2、斷用藥指導(dǎo)復(fù)發(fā)與疾病進(jìn)展監(jiān)控血液組織良惡性判斷NGS在腫瘤臨床領(lǐng)域的應(yīng)用遺傳易感性早期篩查伴隨診斷用藥指導(dǎo)復(fù)發(fā)與疾病進(jìn)展監(jiān)控良惡性或分子分型非小細(xì)胞肺癌NGS在肺癌臨床領(lǐng)域的應(yīng)用NGS+ddPCRNGS+ddPCRNGS腫瘤的異質(zhì)性對(duì)傳統(tǒng)分子組織診斷提出了挑戰(zhàn)NGS和ddPCR都是通過(guò)計(jì)算，看檢測(cè)出多少帶有突變的DNA（突變型），和檢測(cè)到的所有的DNA（野生型+突變型）的比值來(lái)確定等位基因突變頻率（AF）。等位基因突變頻率=4/14=28.5%未突變的DNA來(lái)自正常組織或腫瘤中的其他亞克隆NGS和ddPCR都能夠報(bào)告等位基因突變頻率，反映不同亞克隆的比例關(guān)系EGFR L858通過(guò)等位基因突變頻

3、率在結(jié)合樣本病理評(píng)估中的腫瘤細(xì)胞占比，我們能夠?qū)δ[瘤內(nèi)部帶有不同驅(qū)動(dòng)基因的腫瘤細(xì)胞亞克隆有一個(gè)大致的比例上的了解。對(duì)了解腫瘤異質(zhì)性有幫助。NGS和ddPCR都可分辨分子順式/分子反式K.S. Thress, et al. Nat Med, 2015. 21(6): p. 560-562.有研究發(fā)現(xiàn)T790M和C797S突變分子順式/分子反式信息影響EGFR TKI治療療效；NGS和ddPCR都能夠提供EGFR突變的in cis/in tran信息，具有重要的臨床意義，傳統(tǒng)PCR檢測(cè)則會(huì)遺漏這一信息；基于靶向捕獲的NGS能夠同時(shí)檢測(cè)已知突變和未知突變ddPCRCapture NGS熱點(diǎn)1熱點(diǎn)2熱

4、點(diǎn)3熱點(diǎn)4檢測(cè)基因NCCN指南建議初診患者進(jìn)行多靶點(diǎn)平行檢測(cè)針對(duì)非小細(xì)胞肺癌的8個(gè)基因NGS可以完全覆蓋NGSNGS與與ddPCRddPCR在肺癌在肺癌8 8基因檢測(cè)對(duì)比基因檢測(cè)對(duì)比檢測(cè)基因型檢測(cè)基因型NGSNGS組織組織NGSNGS血液血液ddPCRddPCR組織組織ddPCRddPCR血液血液EGFR突變檢測(cè)已知+未知檢測(cè)已知+未知已知已知ALK融合檢測(cè)已知+未知檢測(cè)已知+未知已知難（已知）HER2突變檢測(cè)已知+未知檢測(cè)已知+未知已知已知BRAF突變檢測(cè)已知+未知檢測(cè)已知+未知已知已知MET擴(kuò)增可以難很好好MET14外顯子跳讀檢測(cè)已知+未知檢測(cè)已知+未知已知已知ROS1融合檢測(cè)已知+未知檢

5、測(cè)已知+未知已知難（已知）KRAS突變檢測(cè)已知+未知檢測(cè)已知+未知已知已知MET 14 exon skipping，HER2 20 exon insertion等情況復(fù)雜的突變EGFR等熱點(diǎn)基因的非熱點(diǎn)突變位點(diǎn)ALK等熱點(diǎn)基因的非常見(jiàn)融合方式約3/4 ALK融合為經(jīng)典的EML4-ALK融合，但有1/4為與其他基因的融合，包括：STRN-ALKCATSPERB-ALKACVR1-ALKCLIP1-ALKDPH6-AS1-ALKKIF5B-ALKRP11-320M2.1-ALKUGP2-ALK罕見(jiàn)的EGFR-19Del 可能會(huì)造成PCR方法假陰性 NGS能夠覆蓋傳統(tǒng)方法和ddPCR無(wú)法檢測(cè)的突變種

6、類NGS能夠發(fā)現(xiàn)新的耐藥機(jī)制15例患者一代TKI進(jìn)展，T790M+，應(yīng)用AZD9291后耐藥，經(jīng)檢測(cè)發(fā)現(xiàn)三種類型：6例出現(xiàn)C797S5例仍保持T790M，無(wú)C797ST790M消失 Thress KS et al, Nat Med.2015 Jun;21發(fā)現(xiàn)AZD9291獲得性耐藥機(jī)制-C797S突變與EGFR不同ALK-TKI的耐藥機(jī)制更加復(fù)雜 NGS檢測(cè)EGFR和ALK的耐藥位點(diǎn)都沒(méi)有問(wèn)題。 ddPCR只能做T790M這種比較集中出現(xiàn)的耐藥位點(diǎn)檢測(cè)。隨著建庫(kù)技術(shù)和生物信息分析策略的進(jìn)步NGS液體活檢敏感性已經(jīng)遠(yuǎn)超ddPCRu在腫瘤克隆進(jìn)化的過(guò)程中，勞拉替尼耐藥相關(guān)亞克隆L1198F重拾對(duì)克唑替尼的敏感性Shaw AT et al, N Engl J Med. 2016;374(1):54-61.Bordi P et al, N Engl J Med. 2016;374(18):1790. u評(píng)論：相比反復(fù)活檢在臨床面臨的巨大挑戰(zhàn)，ctDNA動(dòng)態(tài)隨訪是對(duì)腫瘤克隆進(jìn)化監(jiān)控的最佳方式NGS檢測(cè)能夠幫助分析腫瘤克隆的進(jìn)化N. Rizvi et al, Science, vol 348, 2