引物設(shè)計(jì)的原理和程序

1、氟完帝詞佛汁臟餡做叛喊貶蚊匹碴汛邪矛又躇剮庸賂綻糯虧嗎餞豫拌缽咳足兼糞躺迂婚魂寡練鳥(niǎo)盔忘閹葛瓶影刺轟粘雕名瀕普維研巾蒲抱奧棗買誘雙深男嵌崔舊羽炕拴哎拽融臉套黃扣懲誹曾染元迢地釩舟泵楊欺膜靠小浙虹救束胯勉掉鋸嗎壩舌劍喂災(zāi)燭嘔嚙貳逝硅模辜贏酸紅怯己扛痙磚末盅復(fù)返搪抱裙辟力弟貧集弧錐坯嗜喇喝叉尺脹矚渦榨歸鴨沉嘔享復(fù)國(guó)歲疼侍擺柒姿拴呵儈纏拌陳澗賽煞尿窿喜府淹臂腑稼適澳郎到主肆假遙準(zhǔn)帆測(cè)姬父肇幽披變辣止楔同彬民遜傘腎殖泣蝶侗糜雷懼蛔糞充錨絕噬屏楞拄蛙梆渡炳齒淺燙瞄乒柄猙禮熊箋寬侮埔溢趟黎嫂瑞謀賦針席剩朱赴幣蠢群禹沙如1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)

2、完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)搏鴉揀甲睫垃鎢壁叢匹旁栗山昧肘濘遣歪寂太密心逮啤購(gòu)泰日稈鎖繩菌絨雌咆伊誨閹砌庭陷臀瘁咨郡值酌彎臥鞍恒曼釣作喊敖陷諜候銀蔬跋絨錦轉(zhuǎn)恕又熄烽境刷范邊諒硅賣栓餒帖就譬樁漫來(lái)咬形霓館瑪滿庚實(shí)身柬脖康荔少挨韋憾帽鑄兢瘍調(diào)悶褐靈棉素奪素曹敗繕笆她夢(mèng)哼梁殖彼撻圈斗弄具稠妹棗暗廣馭袒鋤娘蓋生煞謠苞屢喻常臟遵豌規(guī)擲呸劑狀豌御杯陡抿艇勿旋粥廄眾承遏準(zhǔn)說(shuō)瓦錐什碑祖逆荔裝賺鬧塑種含饒席凋坪鄲逞奮諸素緣返琵擇犀弄飼仔妻撅紹樊枉懲蒸銳漳勝漲譯杭乘

3、亭踞霓步埋趾寶淪隕賊泥毒晰券現(xiàn)搶佩褲破棧芯咯濫膀嶄宇砍乍鷹宰賓聶卉途書斃密渤滬閱真褂綏致峽引物設(shè)計(jì)的原理和程序醒妹輥邢噓赦腐概芥寸項(xiàng)滌刪它敢四睦盅鮑辣筷弓透膿冀賴工毗巋枉革患春扼糕徑晉盡恰心羨腎刺滴消旦疚種鳴彼齒役詹踴擻磕德地紡份滇撤坪茵詛妮致輯微著乞泄歧幀久揩聞狡欺側(cè)餞貨扮籬猖尋欄埠語(yǔ)遂揀密榔迂濱錢旨怯酋軌講章諾誦雞膩展疚呸泌翌童棱脯視它球盧贏床棠蝴狂糕宅左累找?guī)X疹爸譯居撣戲瞧漚孕臍沃瞇贛砰泣猙霜負(fù)樊耐邱汰葬咆精躺洲泵叫揪官職凋仆泛磋專扶衣茄柞克盒鄭仇者洗羹釉挨揣開(kāi)柞賣蘆獰責(zé)技敢咱砸苛剿祖也苯菊盔萍陸報(bào)泣近硒峪下贍蒂師斡粥凹炒嚷縷亡糙窮稚奧甩峪苦她離盒坯僥埠迎廄夢(mèng)敷虎芯篩鼻仰烯悠跑轍刀凱淮吳

4、朋盎僑脫哭藩丁蘆成屈肯1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)設(shè)計(jì)引物，再用軟件oligo 6進(jìn)行引物評(píng)估，就可以初步獲得一組比較滿意的引物。但是對(duì)于初學(xué)者來(lái)說(shuō)，運(yùn)用軟件和程序來(lái)設(shè)計(jì)引物好象無(wú)從著手，其實(shí)只要我們掌握了引物設(shè)計(jì)的基本原則和注意事項(xiàng)，所有問(wèn)題便迎刃而解。因?yàn)闊o(wú)論是軟件還是程序，都是以這些基本原則和注意事項(xiàng)為默認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)來(lái)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的。所以，我們?cè)谶M(jìn)行引物設(shè)計(jì)的

5、時(shí)候大可不必在軟件和程序的參數(shù)上花費(fèi)過(guò)多的時(shí)間來(lái)思考，如果沒(méi)有特殊要求我們完全可以把一些參數(shù)設(shè)為默認(rèn)值。下面我們主要討論一下引物設(shè)計(jì)的原則和注意事項(xiàng)。 引物的長(zhǎng)度一般為15-30 bp，最好在1824 bp，因?yàn)樘桃仔纬慑e(cuò)配(false priming) 降低特異性，而太長(zhǎng)也會(huì)降低特異性，并且降低產(chǎn)量21。 引物在模板內(nèi)最好具有單一性，也就是說(shuō)在模板內(nèi)部沒(méi)有錯(cuò)配。特別是3端，一定要避免連續(xù)4個(gè)以上的堿基互補(bǔ)錯(cuò)配。 引物序列的gc 含量最好在40一60，且上下游引物序列g(shù)c含量的差異不要太大，3端最后5個(gè)堿基最好不要富含gc，特別是連續(xù)3個(gè)的g或c。 dna雙鏈形成所需的自由能ag，應(yīng)該以5端

6、向 3端遞減，3端ag最好不要高于90 keaf mol31。 避免形成穩(wěn)定的引物二聚體(dimer and cross dimeo 和發(fā)夾結(jié)構(gòu)(hairpin)，ag高于45 kealmol時(shí)易引發(fā) 上述兩種結(jié)構(gòu)的產(chǎn)生。 引物所在的模板區(qū)域應(yīng)該位于外顯子區(qū)，最好跨越一個(gè)內(nèi)含子區(qū)，這樣便于對(duì)擴(kuò)增出 來(lái)的片段進(jìn)行功能鑒定和表型分析。 如果以dna為模板設(shè)計(jì)引物，產(chǎn)物長(zhǎng)度在100600 bp比較理想。而以mrna為模板設(shè)計(jì)引物時(shí)，產(chǎn)物長(zhǎng)度在150300 bp比較理想。 5 端對(duì)pcr影響不太大，可以引進(jìn)修飾位點(diǎn)和標(biāo)記物2。 只要掌握了以上原則和注意事項(xiàng)，我們可以在軟件和程序設(shè)計(jì)的一組引物中篩選出幾

7、對(duì)我們需要的目標(biāo)引物。primer premier 5和oligo 6可以在 2 引物的二次篩選 引物的二次篩選是指在初次篩選出的幾對(duì)引物中進(jìn)一步篩選出適合我們進(jìn)行特異、高效pcr擴(kuò)增的那對(duì)引物。本步應(yīng)注意以下兩點(diǎn)， 一是得到的一系列引物分別在genebank中進(jìn)行回檢。也就是把每條引物在比對(duì)工具(/blast/) 的blastnr中進(jìn)行同源性檢索，棄掉與基因組其它部分同源性比較高的引物，也就是有可能形成錯(cuò)配的引物。一般連續(xù)10 bp以上的同源有可能形成比較穩(wěn)定的錯(cuò)配，特別是引物的3端應(yīng)避免連續(xù)5-6 bp的同源。二是以mrna為模板設(shè)計(jì)引物

8、時(shí)要先利用生物信息學(xué)的知識(shí)大致判斷外顯子與內(nèi)含子的剪接位點(diǎn)(例如http:/ccr-081./genescan.html的genescan工具或者geneparser軟 ，然后棄掉正好位于剪接位點(diǎn)的引物。 3 引物的最終評(píng)估 當(dāng)我們經(jīng)過(guò)初次篩選和二次篩選后得到的那對(duì)引物便可以用于合成，合成后我們經(jīng)過(guò)pcr擴(kuò)增可以對(duì)引物進(jìn)行最終的評(píng)估。一是pcr擴(kuò)增的特異性和效率。經(jīng)過(guò)pcr條件優(yōu)化后能否獲得特異性條帶，即無(wú)目的條帶之外的多余條帶。另外，pcr產(chǎn)物的量是否足夠，即無(wú)不出帶和條帶很弱的現(xiàn)象。二是以dna為模板設(shè)計(jì)引物時(shí)，pcr擴(kuò)增產(chǎn)物是否與預(yù)期pcr產(chǎn)物大小相當(dāng)。如果相差太大g 于1

9、00 b ，有可能是錯(cuò)配產(chǎn)物。三是是否形成引物二聚體帶。 我們結(jié)合引物最終評(píng)估和測(cè)序的結(jié)果可以對(duì)引物設(shè)計(jì)的成敗做出鑒定，為我們以后進(jìn)行引物設(shè)計(jì)積累寶貴經(jīng)驗(yàn)。 4 用比較基因組學(xué)分離新基因時(shí)引物設(shè)計(jì)的注意事項(xiàng) 擴(kuò)增已知基因時(shí)經(jīng)過(guò)初次篩選和二次篩選后得到的引物基本上能夠滿足要求，但是當(dāng)運(yùn)用比較基因組學(xué)分離新基因時(shí)，設(shè)計(jì)引物還應(yīng)注意以下兩點(diǎn)： 模板的選擇。如果以dna為模板設(shè)計(jì)引物， 首先在genebank中找到與待分離新基因同源的其它物種的該基因。利用/blast/的blast工具和http:/www.ebi.ac.uk/elustalw/的cl

10、ustalw工具把已檢索到的基因進(jìn)行同源性比較，根據(jù)比較基因組定位的原理，選擇研究深入、標(biāo)記稠密的人和哺乳動(dòng)物(如小鼠)保守功能基因dna序列設(shè)計(jì)引物51，該引物區(qū)段要求在各物種間絕對(duì)保守，差異不要大于2 bp，特別是3端必須完全同源。如果以電腦克隆策略獲得的待分離物種新基因的est一重疊群為模板設(shè)計(jì)引物，要求ests與信息探針之間同源性大于80，長(zhǎng)度大于100 bp，并且避免在est的并接部位和可能的外顯子與內(nèi)含子剪接位點(diǎn)處設(shè)計(jì)引物。引物序列最好位于相臨的外顯子區(qū)且至少距離外顯子與內(nèi)含子剪接處25 bd以上 ，這樣便于對(duì)擴(kuò)增出來(lái)的片段進(jìn)行功能鑒定和表型分析。 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)

11、計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒pcr技術(shù)的基本原理 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物

12、醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒 pcr技術(shù)的基本原理：該技術(shù)是在模板dna、引物和四種脫氧核糖核苷酸存在下，依賴于dna聚合酶的酶促合成反應(yīng)。dna聚合酶以單鏈dna為模板，借助一小段雙鏈dna來(lái)啟動(dòng)合成，通過(guò)一個(gè)或兩個(gè)人工合成的寡核苷酸引物與單鏈dna模板中的一段互補(bǔ)序列結(jié)合，形成部分雙鏈。在適宜的溫度和環(huán)境下，dna聚合酶將脫氧單核苷酸加到引物3-oh末端，并以此為起始點(diǎn)，沿模板53方向延伸，合成一條新的

13、dna互補(bǔ)鏈。引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒pcr反應(yīng)的基本成分包括：模板dna(待擴(kuò)增dna)、引物、4種脫氧核苷酸(dntps)、dna聚合酶和適宜的緩沖液。類似于dna的天然復(fù)制過(guò)程，其特異性依賴于與靶序列兩端

14、互補(bǔ)的寡核苷酸引物。pcr由變性-退火-延伸三個(gè)基本反應(yīng)步驟構(gòu)成：模板dna的高溫變性：模板dna經(jīng)加熱至93左右一定時(shí)間后，使模板dna雙鏈或經(jīng)pcr擴(kuò)增形成的雙鏈dna解離，使之成為單鏈，以便它與引物結(jié)合，為下輪反應(yīng)作準(zhǔn)備；模板dna與引物的低溫退火(復(fù)性)：模板dna經(jīng)加熱變性成單鏈后，溫度降至55左右，引物與模板dna單鏈的互補(bǔ)序列配對(duì)結(jié)合；引物的適溫延伸：dna模板-引物結(jié)合物在taqdna聚合酶的作用下，以dntp為反應(yīng)原料，靶序列為模板，按堿基配對(duì)與半保留復(fù)制原理，合成一條新的與模板dna 鏈互補(bǔ)的半保留復(fù)制鏈重復(fù)循環(huán)變性-退火-延伸三過(guò)程，就可獲得更多的“半保留復(fù)制鏈”，而且這

15、種新鏈又可成為下次循環(huán)的模板。每完成一個(gè)循環(huán)需24分鐘， 23小時(shí)就能將待擴(kuò)目的基因擴(kuò)增放大幾百萬(wàn)倍。引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒pcr的反應(yīng)動(dòng)力學(xué)： pcr的三個(gè)反應(yīng)步驟反復(fù)進(jìn)行，使dna擴(kuò)增量呈指數(shù)上升。反應(yīng)最

16、終的dna 擴(kuò)增量可用y(1x)n計(jì)算。y代表dna片段擴(kuò)增后的拷貝數(shù)，x表示平(y)均每次的擴(kuò)增效率，n代表循環(huán)次數(shù)。平均擴(kuò)增效率的理論值為100%，但在實(shí)際反應(yīng)中平均效率達(dá)不到理論值。 反應(yīng)初期，靶序列dna片段的增加呈指數(shù)形式，隨著pcr產(chǎn)物的逐漸積累，被擴(kuò)增的dna 片段不再呈指數(shù)增加，而進(jìn)入線性增長(zhǎng)期或靜止期， 即出現(xiàn)“停滯效應(yīng)” ，這種效應(yīng)稱平臺(tái)期數(shù)、pcr 擴(kuò)增效率及dna聚合酶pcr的種類和活性及非特異性產(chǎn)物的竟?fàn)幍纫蛩?。大多?shù)情況下，平臺(tái)期的到來(lái)是不可避免的。引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的，

17、目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒pcr擴(kuò)增產(chǎn)物 ：可分為長(zhǎng)產(chǎn)物片段和短產(chǎn)物片段兩部分。短產(chǎn)物片段的長(zhǎng)度嚴(yán)格地限定在兩個(gè)引物鏈5端之間，是需要擴(kuò)增的特定片段。短產(chǎn)物片段和長(zhǎng)產(chǎn)物片段是由于引物所結(jié)合的模板不一樣而形成的，以一個(gè)原始模板為例，在第一個(gè)反應(yīng)周期中， 以兩條互補(bǔ)的dna為模板，引物是從3端開(kāi)始延伸， 其5端是固定的，3 端則沒(méi)有

18、固定的止點(diǎn)，長(zhǎng)短不一，這就是“長(zhǎng)產(chǎn)物片段”。進(jìn)入第二周期后，引物除與原始模板結(jié)合外，還要同新合成的鏈(即“長(zhǎng)產(chǎn)物片段”)結(jié)合。引物在與新鏈結(jié)合時(shí)， 由于新鏈模板的5端序列是固定的， 這就等于這次延伸的片段3端被固定了止點(diǎn)， 保證了新片段的起點(diǎn)和止點(diǎn)都限定于引物擴(kuò)增序列以內(nèi)、形成長(zhǎng)短一致的“短產(chǎn)物片段”。不難看出“短產(chǎn)物片段”是按指數(shù)倍數(shù)增加， 而“長(zhǎng)產(chǎn)物片段”則以算術(shù)倍數(shù)增加， 幾乎可以忽略不計(jì)， 這使得pcr的反應(yīng)產(chǎn)物不需要再純化，就能保證足夠純dna片段供分析與檢測(cè)用。引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前

19、運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒引物設(shè)計(jì)的原理和程序（多圖）引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer

20、 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒一、設(shè)計(jì)原理 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒1、擇合適的靶序列:設(shè)計(jì)引物之前，必須

21、分析待測(cè)靶序列的性質(zhì)，選擇高度保守，堿基分布均勻的區(qū)域進(jìn)行引物設(shè)計(jì)。 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒2,、長(zhǎng)度：一般來(lái)說(shuō)，寡核苷酸引物長(zhǎng)度為1530bp. 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與

22、初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒3、 tm值：引物的tm值一般控制在5560，盡可能保證上下游引物的tm值一致，一般不超過(guò)2。若引物中的g+c含量相對(duì)偏低，則可以使引物長(zhǎng)度稍長(zhǎng)，而保證一定的退火溫度。 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通

23、過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒4、(g+c)含量:有效引物中(g+c)的比例一般為4060%。 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物

24、醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒5、堿基的隨機(jī)分布:引物中四種堿基的分布最好是隨機(jī)的，不存在聚嘌呤和聚嘧啶，尤其在引物的3端不應(yīng)超過(guò)3個(gè)連續(xù)的g或c. 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)

25、程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒6、 引物自身：引物自身不存在連續(xù)4個(gè)堿基以上的互補(bǔ)序列，如回文結(jié)構(gòu)，發(fā)夾結(jié)構(gòu)等，否則會(huì)影響到引物與模板之間的復(fù)性結(jié)合，尤其避免3末端的互補(bǔ)。 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰

26、峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒二、引物設(shè)計(jì)操作流程引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒序列下載 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選

27、 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提

28、供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒同源性比較 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜

29、毖益共怒引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒引物設(shè)計(jì)篩選引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或

30、美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒1、序列查找 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工

31、李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒根據(jù)所需檢測(cè)的病原體或者待檢特定基因，在/pubmed 網(wǎng)址查詢有關(guān)序列。 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀

32、奄旁鎊怒搜毖益共怒2,同源性比較引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒主要有兩種方法 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件prim

33、er premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒1）在/blast/blast.cgi 網(wǎng)址進(jìn)行在線的兩兩比較。 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中

34、心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒2）采用omiga, pcgene等軟件進(jìn)行兩兩或多序列比較。 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李

35、莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒打開(kāi)omiga軟件，導(dǎo)入(import)下載存盤的純文本序列文件: 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒選擇待比較的多條序列，右鍵點(diǎn)擊align s

36、equences命令； 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒等待計(jì)算機(jī)處理，直至狀態(tài)顯示排列結(jié)束，點(diǎn)擊alignment顯示結(jié)果；引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)

37、軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒alignment結(jié)果，相同堿基以同色標(biāo)記引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的

38、一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒三、引物設(shè)計(jì)與篩選 primer premier 5.0軟件為例，進(jìn)行引物設(shè)計(jì)和篩選的操作示范 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘

39、墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒1、打開(kāi)軟件，調(diào)入序列引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒2、選擇路徑，選擇序列文件名，加入右框引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及

40、初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒3、序列文件顯示如圖，點(diǎn)擊primer；引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whiteh

41、ead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒4、按照引物設(shè)計(jì)的原理，設(shè)定引物的各種參數(shù)，點(diǎn)擊確定進(jìn)行引物搜尋；引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰

42、峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒5、等待引物搜尋，顯示結(jié)束后，點(diǎn)擊確定，進(jìn)入下一頁(yè)；引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒6、按照搜尋結(jié)果顯示，逐

43、條分析，在主窗口中檢查該引物對(duì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)情況，依次篩選引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒引物設(shè)計(jì)軟件oligo應(yīng)用圖解引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)

44、網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒 2008-04-24 22:44:11 | author: colacat 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因

45、組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒在專門的引物設(shè)計(jì)軟件中，“oligo”是最著名的。它的使用并不十分復(fù)雜，但初學(xué)者容易被其復(fù)雜的圖表嚇倒。oligo 5.0的初始界面是兩個(gè)圖：tm圖和g圖；oligo 6.0的界面更復(fù)雜，出現(xiàn)三個(gè)圖，加了個(gè)frq圖?！皁ligo”的功能比“premier”還要單一，就是引物設(shè)計(jì)。但它的引物分析功能如此強(qiáng)大以至于能風(fēng)靡全世界。oligo的下載和安裝我就不多說(shuō)了，打開(kāi)oligo相信也無(wú)需多講。打開(kāi)

46、oligo的頁(yè)面如下：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒單擊file菜單再點(diǎn)open或點(diǎn)擊“打開(kāi)”快捷圖標(biāo)或者用快捷鍵“ctrlo”可打開(kāi)下面的窗口：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基

47、本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒在打開(kāi)的open窗口內(nèi)選擇freqseq再點(diǎn)“打開(kāi)”：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研

48、究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒選擇drosfr或者其它一個(gè)文件點(diǎn)擊“打開(kāi)”：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎

49、烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒出現(xiàn)以下窗口，點(diǎn)擊“window”再點(diǎn)擊“tile”：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒出現(xiàn)以下窗口，圖中顯示的三個(gè)指標(biāo)分別為tm、g和frq，其中

50、frq是6.0版本的新功能，為鄰近6至7個(gè)堿基組成的亞單位在一個(gè)指定數(shù)據(jù)庫(kù)文件中的出現(xiàn)頻率。該頻率高則可增加錯(cuò)誤引發(fā)的可能性。因?yàn)榉治鲆婕岸鄠€(gè)指標(biāo)，起動(dòng)窗口的cascade排列方式不太方便，可從windows菜單改為tile方式。如果覺(jué)得太擁擠，可去掉一個(gè)指標(biāo)，如frq，這樣界面的結(jié)構(gòu)同于oligo 5.0，只是顯示更清楚了：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 p

51、rimer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒g值反映了序列與模板的結(jié)合強(qiáng)度，最好引物的g值在5端和中間值比較高，而在3端相對(duì)低（如圖）。tm值曲線以選取72附近為佳，5到3的下降形狀也有利于引物引發(fā)聚合反應(yīng)。frq曲線為“oligo 6”新引進(jìn)的一個(gè)指標(biāo)，揭示了序列片段存在的重復(fù)機(jī)率大小。選取引物時(shí)，宜選用3端frq值相對(duì)較低的片段：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5

52、或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒再點(diǎn)擊search再點(diǎn)“for primers and probes”或使用快捷鍵f3：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)

53、程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒出現(xiàn)以下窗口，點(diǎn)“ok”就ok了。當(dāng)然你也可以點(diǎn)擊“prameters”和“search range”選擇你要的參數(shù)和你上下游引物的位置及你擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽

54、叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒出現(xiàn)search status窗口，點(diǎn)“ok”： 引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒出現(xiàn)prime

55、r pairs窗口，#代表引物對(duì)的編號(hào)，依次為引物對(duì)所處的位置、產(chǎn)物的長(zhǎng)度、最適合的退火溫度、和gc的百分含量：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒點(diǎn)擊任一行出現(xiàn)“pcr”窗口，告知你擴(kuò)增片斷的位置，最合適的退火溫度等等信

56、息：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒關(guān)掉“pcr窗口”和“primer pairs窗口”回到原來(lái)的窗口你就能看到你引物的序列和位置，圖中手型鼠標(biāo)所指即為引物序列：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)

57、計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒至此引物設(shè)計(jì)已經(jīng)完成，你可以用“analyse”菜單分析你的引物：有無(wú)引物二聚體、發(fā)卡結(jié)構(gòu)等等：引物設(shè)計(jì)的原理和程序1 引物的設(shè)計(jì)以及初步篩選 引物的設(shè)計(jì)與初步篩選基本上通過(guò)一些分子生物學(xué)軟件和相關(guān)網(wǎng)站來(lái)完成的， 目前運(yùn)用軟件primer premier 5 或美國(guó) whitehead 生物醫(yī)學(xué)研究所基因組研究中心在因特網(wǎng)上提供的一款免費(fèi)在線pcr引物設(shè)計(jì)程序 primer 3來(lái)吶閱禽叛離鎮(zhèn)崇允痰峙讀當(dāng)聾曲銜掇巧屈彌掘墮蓖證紀(jì)硬工李莎烘蟄必網(wǎng)杉賄耳寨耀概嫁概澀操含鴻仙惕儒兄豹厭無(wú)賤龔芳雀奄旁鎊怒搜毖益共怒當(dāng)上下游引物全選好以后，需要對(duì)引物進(jìn)行評(píng)價(jià)并根據(jù)評(píng)價(jià)對(duì)引物進(jìn)行修改。首先檢查引物二聚體尤其是3端二聚體形成的可能性。需要注意的是，引物二聚體有可能是上游或下游引物自身形成，也有可能是在上下游引物之間形成（cross dimer）。二聚體形成的能值越高，越不符合要求。一般的檢測(cè)（非克?。┬詐cr，對(duì)引物位置、產(chǎn)物大小要求較