分子模擬towhee軟件介紹

1、Towhee Towhee 軟件介紹軟件介紹Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee軟件的使用報告內(nèi)容 Towhee input 文件 模擬過程的關(guān)鍵點 下一步工作計劃Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee軟件的使用v 編譯編譯 右鍵打開終端，鍵入 ./configure cd Sourcemake towhee v 運行運行 右鍵打開終端，鍵入 sudo ln towhee_dir/Source/towhee /usr/bin/ 這樣每次直接輸入towhee就可運行 Tankertanker

2、 DesignTankertanker Design Towhee input 文件inputformat Towhee #字符型參數(shù)都要使用單引號randomseed1302002random_luxlevel #使用默認3random_allow_restart #一般使用默認，使模擬可以重復TTankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件 ensemblenpttemperature298.0d0 #單位 Kpressure101.325d0 #單位 kPanmolty #分子類型數(shù)1nmolectyp #每類分子個數(shù)90nu

3、mboxes #盒子數(shù)1stepstyle #時間步類型cycles #每一步移動N次，N為分子數(shù)nstep 1Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件pdb_output_freq ，1 loutdft #是否輸出用于Tramonto的文件.false. loutlammps #是否輸出用于lammps的文件.false.printfreq1000 blocksize 2000moviefreq100000backupfreq 1000runoutput #輸出信息。full #full代表輸出所有信息Tankertanke

4、r DesignTankertanker Design Towhee input 文件 pressurefreq 20trmaxdispfreq #平動和轉(zhuǎn)動最大位移更新頻率。頻繁一些可能會加速模擬。1000volmaxdispfreq #體積最大位移更新頻率。更新最大位移會使移動接受概率接近設(shè)定值。1000Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件potentialstyleinternal #內(nèi)置力場ffnumber #力場種類數(shù)1ff_filename #力場路徑和名稱towhee_ff_Charmm22classical

5、_potential #VDW勢Lennard-Jones classical_mixrule Lorentz-Berthelotlshift #截斷處是否為零.false. ltailc #截斷后是否使用尾部矯正.true.rmin #內(nèi)截斷，兩原子的距離不允許小于rmin1.0d0rcut #vdw 截斷10.0d0rcutin #用于CBMC的雙截斷10.0d0 electrostatic_form #靜電作用coulombcoulombstyle #庫侖作用統(tǒng)計方法ewald_fixed_kmax kalp 5.6d0kmax5dielect #介電常數(shù)1.0d0nfield #外部勢

6、0Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件 linit #是否需要生成初始構(gòu)型，若有towhee_initial文件，則選.false. .false. initboxtype #盒子類型dimensions #定義盒子的向量initstyle #生成初始構(gòu)型的方法。full cbmc #使用cbmc自動生成initlattice #初始格子的類型simple cubic initmol #初始分子數(shù)90 inix iniy iniz #每個方向初始分子數(shù)8 8 5 hmatrix #三個方向向量22.6d0 0.0d0 0.

7、0d00.0d0 22.6d0 0.0d00.0d0 0.0d0 22.6d0 Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件pmvol #體積改變0.01d0 #嘗試概率 pmvlpr #特定盒子的體積改變 1.0d0 rmvol #初始位移，單位埃。一般以rm-開頭都代表初始- 0.1d0 tavol #目標接受概率。一般以ta-開頭代表目標-（target）。 0.5d0Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee input 文件input_style #輸入類型basic co

8、nnectivity map nunit #分子中的原子數(shù)9nmaxcbmc #與nunit相同最好。9lpdbnames #是否輸入PDB名稱Fforcefield #力場名稱Charmm22charge_assignment #電荷定義manualunit ntype qqatom #依次是：原子標識，力場類型，電荷1 CT3 -0.27d0vibration #成鍵4 #鍵連數(shù)2 5 6 7 #鍵連原子improper torsion #非正常二面角個數(shù)0Tankertanker DesignTankertanker Design模擬過程的關(guān)鍵點input文件的格式比較嚴格區(qū)分大小寫，各

9、個參數(shù)的順序也是固定的，所以一般運行都是改寫例子中的文件。各種移動的接受概率不能太高也不能太低，否則效率都是不高的，需多次嘗試主要有全原子力場和聯(lián)合力場。采用聯(lián)合力場模擬過程的關(guān)鍵點Tankertanker DesignTankertanker Design非鍵作用參數(shù)非鍵作用參數(shù)成鍵作用參數(shù)成鍵作用參數(shù)鍵角參數(shù)鍵角參數(shù)鍵扭轉(zhuǎn)參數(shù)鍵扭轉(zhuǎn)參數(shù) Towhee 力場文件Tankertanker DesignTankertanker Design Towhee 力場文件 carbonyl oxygen carbonyl carbon ethers n-alkanes n-alkanesTankertanker DesignTankertanker Design模擬過程的關(guān)鍵點模擬