利用SSR標(biāo)記分析木薯遺傳多樣性.doc

1、利用SSR標(biāo)記分析p 木薯遺傳多樣性打開(kāi)文本圖片集摘 要 應(yīng)用簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）標(biāo)記對(duì)國(guó)家木薯種質(zhì)資圃195 份國(guó)內(nèi)（外）品種（系）進(jìn)行遺傳多樣性分析p 。結(jié)果表明：44對(duì)引物共擴(kuò)增出186個(gè)等位基因，每對(duì)引物平均擴(kuò)增出28個(gè)等位基因，平均Shannon"s信息指數(shù)I為1.01，平均多態(tài)性信息量（PIC）為0.49。195個(gè)品種（系）的遺傳相似系數(shù)（GS）分布在0.570.99。聚類(lèi)分析p 結(jié)果表明，在遺傳距離0.71處，可將供試材料分為7個(gè)類(lèi)群?！娟P(guān)鍵詞】：p 木薯 ；SSR標(biāo)記 ；遺傳多樣性 ；聚類(lèi)分析p 分類(lèi)號(hào) S533Geic Diversity of Cassava G

2、ermplasm Revealed by SSR MarkersWANG Ming _IAO _inhui AN Feifei WAN ZhongqingYING Dongshan WANG Qinfei ZHANG Rulian LI Kaimian YE Jianqiu（Tropical Crops Geic Resources Institute /Ministry of Agriculture Key Laboratory for Germplasm Resources Conservationand Utilization of Cassava / Ministry of Agric

3、ulture Key Laboratory ofTropical Crops Germplasm Resources Utilization， CATAS， Danzhou， Hainan 571737）Abstract Using simple sequence repeat （SSR） markers 195 domestic（foreign）varieties（lines） on the National Cassava Germplasm Resources Garden were analyzed for geic diversity.The results showed that

4、44 pairs of primers lified 186 alleles with 2-8 alleles lified by each pair of primers.The average Shannon "s information inde_ was 1.01， and the average PIC is 0.49.The （GS） distributions on the geic similarity coefficient of 195 varieties （lines） were 0.570.99.Cluster analysis results showed

5、that 195 germplasms can be divided into 7 groups while the geic distance was 0.71.Keywords cassava ； SSR marker ； geic diversity ； cluster analysis木薯（Manihot esculenta Crantz）又稱(chēng)樹(shù)薯，是世界三大薯類(lèi)作物之一。19世紀(jì)20年代引入中國(guó)，原來(lái)作為糧食作物，具有高產(chǎn)、抗逆和塊根淀粉含量高的特點(diǎn)。木薯已經(jīng)被確認(rèn)為中國(guó)“十一五”規(guī)劃中能發(fā)展戰(zhàn)略重點(diǎn)發(fā)展的生物能作物之一，是淀粉和酒精加工業(yè)的主要原料1。木薯是一種高度雜合的作物，這種

6、雜合性帶來(lái)了豐富的遺傳變異性，為木薯育種提供了良好的選擇機(jī)會(huì)2。木薯雜交育種主要是從2個(gè)優(yōu)勢(shì)親本的雜種后代中選出理想的重組類(lèi)型，需對(duì)大量的F1單株進(jìn)行選育。因此，對(duì)木薯品種（系）的遺傳多樣性進(jìn)行分析p ，可克服雜交時(shí)親本的盲目組合，客觀、全面地了解當(dāng)前木薯育種的現(xiàn)狀和種質(zhì)基礎(chǔ)，為雜交育種和定向育種提供支撐。目前，分析p 木薯遺傳多樣性的分子標(biāo)記主要有SRAP3-4、SSR5-9、AFLP10等方法。SSR分子標(biāo)記具有重復(fù)性高、可靠性強(qiáng)且品種間多態(tài)性豐富等優(yōu)點(diǎn)，并已廣泛應(yīng)用于玉米、水稻、大豆等作物的遺傳圖譜構(gòu)建、遺傳多樣性分析p 和品種鑒定11-13。由于木薯為異花授粉植物，且基因型高度雜合，因

7、此，使用具有共顯性特點(diǎn)的SSR標(biāo)記對(duì)其進(jìn)行品種鑒定比其它作物具有明顯優(yōu)勢(shì)。本研究對(duì)包括國(guó)內(nèi)選育品種、地方品種、品系（育種中間材料）和引進(jìn)國(guó)外品種（系）共195份木薯種質(zhì)行遺傳多樣性分析p 。1 材料與方法1.1 材料試驗(yàn)所用195份木薯材料均采集于中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶作物品種資研究所-國(guó)家木薯種質(zhì)資圃，其材料名稱(chēng)、類(lèi)型及來(lái)見(jiàn)表1。1.2 方法1.2.1 總DNA的提取每份材料隨機(jī)選取5株，每株剪取1片小嫩葉，將樣品混勻，帶回實(shí)驗(yàn)室貯存于-20冰箱備用。采用CTAB改良法提取葉片的基因組DNA。1.2.2 標(biāo)記來(lái)根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道的木薯SSR研究結(jié)果14，設(shè)計(jì)160對(duì)SSR引物，引物均由生工生物工程

8、（上海）股份有限公司合成。1.2.3 SSR標(biāo)記多態(tài)性檢測(cè)SSR-PCR擴(kuò)增反應(yīng)總體系為20 L，其中包含10×Buffer（含Mg2+）2 L、10 mmol/L dNTPs 0.4 L、ddH2O 14.6 L、引物各0.8 L、Taq酶0.4 L、木薯基因組DNA 3 L。擴(kuò)增程序：94預(yù)變性5 min；94變性30 s，54退火30 s，72延伸1 min，32個(gè)循環(huán)；72充分延伸10 min，4保存。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)6聚丙烯酰氨凝膠電泳，硝酸銀染色，照相。1.2.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)及處理SSR引物擴(kuò)增到所有差異譜帶，按擴(kuò)增片段從大到小的順序編號(hào)，純合位點(diǎn)的等位變異數(shù)據(jù)記錄為_(kāi)/_

9、，其中_為該位點(diǎn)譜帶的代碼；雜合位點(diǎn)的等位變異數(shù)據(jù)記錄為_(kāi)/Y，其中_、Y為該位點(diǎn)上2個(gè)不同的譜帶。小片段在前，大片段在后。用Popgene觀察等位基因數(shù)（Na）、計(jì)算有效等位基因數(shù)（Ne）、遺傳多樣性（GD）和Shannon"s信息指數(shù)（I）15。利用Ntsys分析p 軟件進(jìn)行遺傳相似性系數(shù)計(jì)算，并按UPGMA法進(jìn)行聚類(lèi)分析p 16。利用Powermarker軟件計(jì)算SSR 位點(diǎn)的多態(tài)性信息量（PIC）。PIC=1-Pi2，其中Pi表示i位點(diǎn)的基因頻率17。2 結(jié)果與分析p 2.1 引物多態(tài)性篩選利用4份木薯資對(duì)160對(duì)引物進(jìn)行篩選，共篩選出44對(duì)具有多態(tài)性好且擴(kuò)增條帶清晰的引物。

10、利用44對(duì)引物對(duì)195份木薯材料進(jìn)行PCR擴(kuò)增，結(jié)果表明，共產(chǎn)生等位基因數(shù)為186個(gè)，每對(duì)引物產(chǎn)生等位基因數(shù)為28個(gè)，平均數(shù)為4.23個(gè)；C39擴(kuò)增出的等位基因最多，共有8個(gè)等位基因；44對(duì)SSR引物平均有效等位基因數(shù)為2.53個(gè)，變異范圍為1.304.69個(gè)；平均Shannon"s 信息指數(shù)I為1.01；44對(duì)引物的基因多樣性變幅為0.200.76，平均值為0.56，其中引物C24的多態(tài)性最高為0.76；44對(duì)引物的PIC值變幅為0.230.79，平均值為0.49，所有引物中PIC值小于0.3的有4個(gè)，其中C32的多態(tài)性最低，PIC值僅為0.20（表2）。SSR分子標(biāo)記引物C124

11、擴(kuò)增產(chǎn)物的聚丙烯酰胺凝膠電泳圖譜見(jiàn)圖1。2.2 種質(zhì)資的遺傳相似系數(shù)及聚類(lèi)分析p 根據(jù)SSR分子標(biāo)記統(tǒng)計(jì)不同基因型的數(shù)據(jù)結(jié)果，利用NTSYS-pc V2.10軟件，計(jì)算195份木薯種質(zhì)間的遺傳相似系數(shù)，得到相似系數(shù)矩陣。結(jié)果表明，195份種質(zhì)遺傳相似系數(shù)變化范圍是0.570.99，平均值為0.72。由相似系數(shù)獲得的次數(shù)分布見(jiàn)圖2，遺傳相似性主要集中在0.650.80，占85；分布于兩邊的不到10，說(shuō)明木薯種質(zhì)的遺傳性狀差異較小，多樣性較低。采用NTSYS-pc V2.10軟件計(jì)算遺傳相似系數(shù)，根據(jù)195份木薯種質(zhì)遺傳相似系數(shù)矩陣，在相似系數(shù)為0.71時(shí)，將195份種質(zhì)劃分為7個(gè)類(lèi)群。各個(gè)類(lèi)群的

12、遺傳多樣性水平在0.4190.944（表3），說(shuō)明195份木薯種質(zhì)資類(lèi)型不夠豐富，如各類(lèi)群群內(nèi)品系之間雜交，后代可進(jìn)行遺傳改良的潛力較小，應(yīng)選擇類(lèi)群間材料進(jìn)行雜交組合。根據(jù)NTSYS-pc V2.10軟件計(jì)算的遺傳相似系數(shù)進(jìn)行聚類(lèi)分析p ，結(jié)果見(jiàn)表4。當(dāng)以遺傳相似系數(shù)0.71為閾值時(shí)，195份材料劃分為7個(gè)類(lèi)群：類(lèi)群A包括國(guó)內(nèi)大部分的育成品種或品系、地方品種；以SC11等來(lái)自不同地區(qū)的15份材料組成類(lèi)群B；以巴西種質(zhì)和部分國(guó)內(nèi)地方品種為代表材料組成類(lèi)群C；以大部分瑞士材料為代表材料組成類(lèi)群D；以CM483-2、CM769-2和瑞士J17組成類(lèi)群E；以大部分來(lái)哥倫比亞和泰國(guó)的材料組成類(lèi)群F；DC

13、U81為類(lèi)群G（表4）。2.3 種質(zhì)資的遺傳信息多樣性分析p 進(jìn)一步比較國(guó)內(nèi)選育品種、地方品種、品系和國(guó)外引進(jìn)品系間的遺傳信息多樣性，結(jié)果（表5）發(fā)現(xiàn)，引進(jìn)品種（系）的Na、Ne、I、GD和PIC值均高于或接近國(guó)內(nèi)品種、地方品種（系），說(shuō)明國(guó)外材料的遺傳差異更豐富。3 討論與結(jié)論從SSR分子標(biāo)記遺傳相似系數(shù)結(jié)果中可發(fā)現(xiàn)，GS值絕大部分集中在0.650.80，GS大于0.70的種質(zhì)數(shù)量比較密集。這些結(jié)果說(shuō)明，盡管供試木薯種質(zhì)的遺傳基礎(chǔ)相對(duì)比較狹窄，但仍然具有一定的遺傳多樣性。目前，國(guó)內(nèi)學(xué)者周建國(guó)等4、彭靖茹等5、薛月寒等8及國(guó)外學(xué)者Kabeya等18、Costa等19都利用分子標(biāo)記研究木薯種質(zhì)的

14、遺傳多樣性，且涉及的木薯種質(zhì)從東南亞、南美、非洲等地引入，研究結(jié)果均顯示，現(xiàn)有木薯種質(zhì)間的遺傳變異水平較低。木薯原始種質(zhì)通過(guò)品種引進(jìn)，但其基因型并未發(fā)生很大變化。因此，DNA水平的分子標(biāo)記對(duì)木薯種質(zhì)資的多樣性評(píng)價(jià)可為育種工作提供更加可靠的信息。在本研究中，195份材料的平均相似系數(shù)為0.72，而且來(lái)于不同國(guó)家和地區(qū)的種質(zhì)都不能明顯聚類(lèi)，僅有幾個(gè)來(lái)地相近的種質(zhì)表現(xiàn)出較多相似的形態(tài)特征?？赡苁且?yàn)槟臼碓谧匀粭l件下，其不斷的雜交，基因位點(diǎn)雜合度較高，加上長(zhǎng)期以來(lái)主要依靠莖桿進(jìn)行無(wú)性繁殖，使得人工選擇較少。同時(shí)，國(guó)際上最具影響力的木薯科研和種質(zhì)資庫(kù)CIAT（International Center f

15、or Tropical Agriculture，國(guó)際熱帶農(nóng)業(yè)中心）和IIAT（International Institute of Tropical Agriculture，國(guó)際熱帶農(nóng)業(yè)研究所）一直致力于不同國(guó)家和地區(qū)間的木薯雜交育種和種質(zhì)交流，使得同一木薯種質(zhì)被引種到世界各地，為適應(yīng)當(dāng)?shù)氐纳鷳B(tài)環(huán)境發(fā)生了適應(yīng)性的分化、變異并隨著無(wú)性繁殖，在世代交替的群體中累計(jì)，最后形成了某些表型差異大，遺傳距離卻相近的品種。另外，本研究比較國(guó)內(nèi)選育品種、地方品種、品系和國(guó)外引進(jìn)品系間的遺傳信息多樣性，發(fā)現(xiàn)國(guó)外材料遺傳差異更豐富，對(duì)于常規(guī)育種，為拓寬遺傳變異范圍，實(shí)現(xiàn)品種的快速突破，親本選配時(shí)應(yīng)多用國(guó)外品系。【

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