蛋白質PDB文件說明

1、字符集合只是一些非控制型字符，象空格和結束符，出現(xiàn)在PDB文件記錄中。也就是：abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ 1234567890 - = ; ' , . / ! # $ % & * ( ) _ + | : " < > ? 空格和結束符。結束符根據(jù)系統(tǒng)而定，Unix用一行字符，而其他的系統(tǒng)可能就用一個回車來表示。特殊字符希臘字母就詳細的拼寫出來。比如：, , 原子用DOT表示。右箭頭用->表示。左箭頭用<-表示。上標用兩個等號表示開始和結束。比如：S2+下標用一個等號來表

2、示開始和結束。比如：F=c=如果等號兩邊至少有一邊有一個空格，那么這個字符就是表示等號。比如：2 + 4 = 6逗號，冒號和括號用來表示文檔中的分界苻，也就是下面幾種中的一種：List SList Specification List Specification 如果逗號，冒號或者括號在任何一片文檔中使用不是作為分界苻的話，那么肯定有字符被漏掉了。比如下邊例子中第四行的""：COMPND MOL_ID: 1;COMPND 2 MOLECULE: GLUTATHIONE SYNTHETASE;COMPND 3 CHAIN: NULL;COMPND 4 SYNONYM: GAM

3、MA-L-GLUTAMYL-L-CYSTEINE:GLYCINE LIGASECOMPND 5 (ADP-FORMING);COMPND 6 EC: 6.3.2.3;COMPND 7 ENGINEERED: YESCOMPND MOL_ID: 1;COMPND 2 MOLECULE: S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE;COMPND 3 CHAIN: A, B;COMPND 4 SYNONYM: MAT, ATP:L-METHIONINE S-ADENOSYLTRANSFERASE;COMPND 5 EC: 2.5.1.6;COMPND 6 ENGINEERED:

4、YES;COMPND 7 BIOLOGICAL_UNIT: TETRAMER;COMPND 8 OTHER_DETAILS: TETRAGONAL MODIFICATION數(shù)據(jù)類型-該部分該部分主要用來描述試驗和記錄中該大分子的一些基本信息,有以下幾種記錄:HEADER,OBSLTE,TITTITLE,CAVEAT,COMPND,SOURCE,KEYWDS,EXPDTA,AUTHOR,REVDAT,SPRSDE,JRNL和REMARK部分。以下來具體說明一下各個記錄。記錄類型-按照在記錄中出現(xiàn)的頻率區(qū)分:SINGLE一個文件中只出現(xiàn)一次.按字母順序列出如下:記錄類型 說明 CRYST1 晶胞參

5、數(shù) END 結束 HEADER 分子類，公布日期，ID號 MASTER 版權擁有者 ORIGXn 直角PDB坐標 SCALEn 直角部分結晶學坐標 如果這些記錄在一個記錄中重復出現(xiàn)是錯誤的。SINGLE CONTINUED在記錄中概念性的只出現(xiàn)一次,但信息內容可能超過了可利用列的數(shù)目.因次這些記錄在后來的排列中會繼續(xù).按字母順序列出如下: 記錄類型 說明 AUTHOR 結構測定者 CAVEAT 可能的錯誤提示 COMPND 化合物名稱 EXPDTA 測定結構所用的試驗方法 KEYWDS 關鍵詞 OBSLTE 注明該id號已改為新號 SOURCE 化合物來源SPRSDE 已撤消或更改的相關記錄

6、TITLE 說明試驗方法類型 MULTIPLE大部分記錄類型多次出現(xiàn),經常出現(xiàn)在這些組中,組中的信息理論上并沒有連接,但已呈現(xiàn)為列表的組成部分.這種記錄類型中的許多習慣連載可能不僅僅制定記錄還和其他記錄相聯(lián).按字母順序列出如下:記錄類型 說明 ANISOU 溫度因子 ATOM 標準基因的原子坐標 CISPEP 順勢殘基 CONECT 有關記錄 DBREF 其他序列庫的有關記錄 HELIX 螺旋 HET 非標準殘基 HETSYM 非標準殘基的同義字 HYDBND 氫鍵 LINK 殘基間化學鍵 MODRES 對標準殘基的修飾 MTRIXn 顯示非晶相對稱 REVDAT 修訂日期及相關內容 SEQA

7、DV PDB與其它記錄的出入 SEQRES 殘基序列 SHEET 片層 SIGATM 標準差 SIGUIJ 溫度因子 SITE 特性位點 SLTBRG 鹽橋 SSBOND 二硫鍵 TURN 轉折 TVECT 轉換因子 Multiple Continued在記錄中概念性的出現(xiàn)多次,但信息內容可能超過了可利用列的數(shù)目.因次這些記錄在后來的排列中會繼續(xù).按字母順序列出如下:記錄類型 說明 FORMUL 非標準殘基化學式 HETATM 非標準集團原子坐標 HETNAM 非標準殘基的化學名稱 Grouping有三種記錄類型用來聚合其他記錄. 按字母順序列出如下:記錄類型 說明 ENDMDL 亞基結束 M

8、ODEL 多亞基時，示亞基號 TER 鏈末端 MODEL/ENDMDL 記錄包圍著 ATOM, HETATM, SIGATM, ANISOU, SIGUIJ,和 TER 記錄. TER 記錄預示鏈的末端.Other其他記錄類型有詳細的內部結構.按字母順序列出如下:記錄類型 說明 JRNL 發(fā)表坐標集的文獻 REMARK 注解記錄的表示                      

9、      PDB數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)都應按照一定的規(guī)定來出現(xiàn)，強制記錄類型必須出現(xiàn)在所有的記錄中，當強制數(shù)據(jù)沒有提供,記錄名必須出現(xiàn)在記錄中并以NULL表示當此條件存在時選擇項表就變成強制記錄類型。以下表格是對這兩種類型的具體劃分和描述：記錄類型 說明變?yōu)閺娭频臈l件HEADER 強制OBSLTE可選個別記錄中強制TITLE 強制CAVEAT 可選該記錄中有錯誤COMPND 強制SOURCE 強制KEYWDS 強制EXPDA 強制AUTHOR 強制RE

10、VDAT 強制SPRSDE 可選在被替代的記錄中JRNL 可選出版物描述了該試驗REMARK 1 可選出版物描述了該試驗REMARK 2強制REMARK 3強制REMARK N可選一定條件下強制,如記錄在備注描述DBREF 可選每個縮氨酸鏈的長度大于十個殘基并且核酸記錄存在于核算蛋白庫中（NDB）SEQADV 可選有序列沖突SEQRES 可選ATOM記錄存在MODRES 可選有修飾存在HET 可選有不標準的殘基除了水分子HETNAM 可選有不標準的殘基除了水分子HETSYN 可選FOR

11、MUL 可選有不標準的殘基或水HELIX可選SHEET 可選TURN可選SSBOND 可選有二硫鍵存在LINK 可選HYDBND可選SLTBRG 可選CISPEP 可選SITE 可選CRYST1 強制ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3 強制SCALE1 SCALE2 SCALE3 強制MTRIX1 MTRIX2 MTRIX3  可選完全不對稱單元非晶相對稱TVECT 可選MODEL可選記錄中多于一個MODELATOM 可選有標準的殘基存在SIGATM

12、 可選ANISOU 可選SIGUIJ 可選TER可選有ATOM記錄存在ENDMDL可選有MODEL存在CONNECT可選不標準的團存在MASTER強制END 強制記錄部分的劃分Title大概描述 HEADER, OBSLTE, TITLE,CAVEAT, COMPND, SOURCE,KEYWDS, EXPDTA, AUTHOR,REVDAT, SPRSDE, JRNLRemark 參考書目，最大分辨率,注解等REMARKs 1, 2, 3 and othersPrimary structure一級結構 氨基酸或核苷酸序列和PDB序列

13、與其他序列庫的有關記錄 DBREF, SEQADV, SEQRES,MODRESHeterogen 不標準組的描述 HET, HETNAM, HETSYN, FORMULSecondary structure二級結構 HELIX, SHEET, TURNConnectivity annotation化學元素連接SSBOND, LINK, HYDBND, SLTBRG,CISPEP Miscellaneous feature 大分子的特征SITECrystallographic晶體細胞描述 CRYST1Coordinate t

14、ransformation坐標描述 ORIGXn, SCALEn, MTRIXn, TVECTCoordinate 原子坐標數(shù)據(jù) MODEL, ATOM, SIGATM,ANISOU, SIGUIJ, TER, HETATM, ENDMDLConnectivity化學鍵連接 CONECTBookkeeping 概要信息和結束標志MASTER, END對數(shù)據(jù)類型的說明               &

15、#160;   數(shù)據(jù)類型描述Achar 一個英文字母(A-Z,a-z)Atom 原子名Character ASCII碼和空格Continuation如果一行描述不完用此表示序列號，占兩個字符右對齊，第一個用空格Date 占九個字符dd-mmm-yy, DD表日期,右對齊不足左補零;MMM表月份用常用的三個英文字母表示;YY表20世紀的一年,他們都必須是有效日期IDcode 占四個字符，第一個是阿拉伯數(shù)字(0-9),余下的三個由希臘數(shù)字組成,字母必須是大寫的。若第一個是阿拉伯數(shù)字零則對此蛋白質的描述中沒有坐標數(shù)據(jù)In

16、teger右對齊，不足的用空格填充的整型數(shù)據(jù)Token 由一組沒有空格的字符組成，結尾部分緊跟著冒號和空格List 一個由逗號分開的字符串Lstring 字符串，任何空格都有意義必須保存LString(n) 有N個字符的LstringReal(n,m) 實型Record name 記錄的名字，由六個字符組成，左對齊，不足的用空格補充Residue name右對齊格式標準氨基酸或核苷酸中的一個,后有列表.不標準組分在HET中詳細說明Slist 由一些內容組成的字符串，有分號分開Specification由一些token記錄組成

17、的字符串,由冒號分開Specification list由Specifications組成的序列，由分號分開String由字符組成的序列，可能有些空格，但應該詳細說明String(n) 由N個字符組成StringSymOP由46個數(shù)字組成的整數(shù),右對齊格式.詳細資料在Appendix 1殘基名字在PDB格式中出現(xiàn)的標準殘基的名字:殘基類型殘基名字氨基酸ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, GLN, GLU, GLY, HIS, ILE, LEU, LYS核酸 A, C, G, T, U, I, +A, +C, +G, +T, +U, +I其他 UNK(

18、unknown)Appendix 4中有更多關于標準殘基名和縮寫的信息, Appendix 5中有他們的化學式和分子量.標題部分HEADER(分子類，公布日期、ID號)綜述該記錄包含三個方面的內容：蛋白質的種類，被該數(shù)據(jù)庫接收的日期和唯一區(qū)分該蛋白質的id CODE.記錄格式列 數(shù)據(jù)類型字段名稱 定義描述1 6Record name"HEADER"11 50String(40) classification 該蛋白質的分類51 59Date depDate被數(shù)據(jù)庫接收的日期63 66IDcode idCode

19、60;唯一標識某個蛋白 細節(jié)改分類表示是左對齊的，并且由于分給字符位的限制，有時分類名太長，要用簡寫表示。在KEYWDS記錄中存著改分類的全稱。示例         1         2         3         4   

20、60;     5         6         71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890HEADER    MUSCLE PROTEIN          &#

21、160;               02-JUN-93   1MYSHEADER    HYDROLASE (CARBOXYLIC ESTER)            08-APR-93   2PHIHEADER    COMPLEX (LECTI

22、N/TRANSFERRIN)            07-JAN-94   1LGB OBSLTE (注明此ID號已改為新號)          綜述該記錄出現(xiàn)在已經被收回的蛋白質的描述中，可以作為一個標志。任何新的記錄都能代替別回收的記錄.這個版本允許多個新紀錄代替現(xiàn)有記錄.記錄格式列數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 6Record name"OB

23、SLTE"9 10Continuationcontinuation 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號12 20Date repDate被替代的日期22 25IDcode idCode 該記錄的id code32 35IDcode rIdCode 替換的id code37 40IDcode rIdCode 替換的id code42 45IDcode rIdCode 替換的id code47 - 50 IDcode rIdCode 替換的id code52

24、- 55 IDcode rIdCode 替換的id code57 60IDcode rIdCode 替換的id code62 65IDcode rIdCode 替換的id code67 70IDcode rIdCode 替換的id code細節(jié)只有第一個提交記錄的人才有權利收回改蛋白質,所有回收的記錄都有研究用途.示例         1       

25、60; 2         3         4         5         6         7123456789012345678901234567890123456789012345

26、6789012345678901234567890OBSLTE     31-JAN-94 1MBP      2MBPTITLE(說明實驗方法類型)                 綜述該記錄描述試驗的題目或者對它的一些分析。該記錄唯一區(qū)分一個蛋白質。記錄格式列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱定義描述1 - 6 Record n

27、ame"TITLE "9 - 10Continuation 順序 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號11 - 70String 標題試驗題目細節(jié)1. 描述記錄內容和區(qū)別相似記錄得程序或條件,使錄入者有機會著重強調做這些特殊試驗得根本目的. 2. TITLE可能包括得一些項目: -實驗類型                      

28、;   -對突變的描述                         -記錄中只給出-碳原子. 示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890TITLE RHIZOPUSPEPSIN COMPLEXED WITH

29、 REDUCED PEPTIDE INHIBITORTITLE BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE, ALPHA CARBON COORDINATES ONLYCAVEAT(可能的錯誤提示)                   綜述警告在蛋白質記錄中中出現(xiàn)的錯誤。記錄格式列 數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6 Record name"CAVEAT"9 - 10&#

30、160;Continuationcontinuation 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號12 - 15IDcode idCode 蛋白質的ID code20 - 70String comment警告的原因細節(jié)1. PDB在還未回收的錯誤記錄中加此記錄,用的比較保守只在外部評論后用. 2. PDB不能核實轉化回晶胞時注意此記錄,此時分子結構依然正確. 示例         1         2

31、         3         4         5         6         712345678901234567890123456789012345678901234567890

32、12345678901234567890CAVEAT     1ABC    THE CRYSTAL TRANSFORMATION IS IN ERROR BUT ISCAVEAT   2 1ABC    UNCORRECTABLE AT THIS TIMECOMPND(化合物分子組成)                

33、   綜述描述蛋白質的組成記錄格式列 數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6 Record name"COMPND"9 - 10 Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號11 - 70Specification list compound 對分子成分的描述細節(jié)對蛋白質組成的描述又細分為如下：記號確切涵義描述MOL_ID 每一成分的數(shù)目MOLECULE 分子名CHAIN 逗號分開鏈標識符,若空白用"NULL"表示FRAG

34、MENT 對結構域或具體部分的詳細描述SYNONYM MOLECULE同義部分,逗號分開EC 酶學委員會相關號碼,不止一個時用逗號分開ENGINEERED 分子通過重組產生或純化學合成MUTATION 自野生型突變的描述BIOLOGICAL_UNIT完整功能單元描述OTHER_DETAILS增加的注釋對MUTATION以下舉例說明慣用的幾種突變類型:突變類型描述 形式簡單替代 Asn替代His 57 只在C鏈中Asn替代His 57 H57NChain C, H57AN插入突變 His and

35、Pro 插入Lys 48前 INS(HP-K48)缺失突變A鏈和C鏈的Arg 141缺失,B鏈中的不缺失 His 23到ARG 26缺失 DEL(23-26)只B鏈的His 23C和Arg 26缺失 Chain A, C, DEL(R141)DEL(23-26)Chain B, DEL(H23C,R26)如有多于十種突變: - 所有突變在SEQADV記錄中列出                  -

36、 一些突變可能在COMPND的MUTATION中列出來強調錄入者認為最重要的部分.示例         1         2         3         4         5 &

37、#160;       6         71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890COMPND    MOL_ID: 1;COMPND   2 MOLECULE: HEMOGLOBIN;COMPND   3 CHAIN: A, B, C, D;COMPND   4

38、ENGINEERED: YES;COMPND   5 MUTATION: CHAIN B, D, V1A;COMPND   6 BIOLOGICAL_UNIT: HEMOGLOBIN EXISTS AS AN A1B1/A2B2COMPND   7 TETRAMER;COMPND   8 OTHER_DETAILS: DEOXY FORMCOMPND    MOL_ID: 1;COMPND   2 MOLECULE: COWPEA CHLOROTIC MOTTLE

39、VIRUS;COMPND   3 CHAIN: A, B, C;COMPND   4 SYNONYM: CCMV;COMPND   5 MOL_ID: 2;COMPND   6 MOLECULE: RNA (5'-(*AP*UP*AP*U)-3');COMPND   7 CHAIN: D, F;COMPND   8 ENGINEERED: YES;COMPND   9 MOL_ID: 3;COMPND  10 MOLECULE:

40、RNA (5'-(*AP*U)-3');COMPND  11 CHAIN: E;COMPND  12 ENGINEERED: YESCOMPND    MOL_ID: 1;COMPND   2 MOLECULE: HEVAMINE A;COMPND   3 CHAIN: NULL;COMPND   4 EC: 3.2.1.14, 3.2.1.17;COMPND   5 OTHER_DETAILS: PLANT ENDOCHITINASE/LYSOZY

41、MESOURCE(化合物來源)                     綜述用來詳細描述記錄中每個生物大分子的生物或化學來源。用習慣命名和系統(tǒng)命名共同描述.記錄格式列 數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6 Record name "SOURCE"9 - 10 Continuation continuation允許多重記錄串聯(lián)表示不

42、同行的順序號11 - 70 Specification listsrcName 分子來源名細節(jié)同COMPND一樣，對SOURCE描述也細分為如下：記號 確切涵義描述MOL_ID 分子數(shù)目SYNTHETIC 化學合成來源FRAGMENT 分子結構域或片段的詳細描述ORGANISM_SCIENTIFIC 生物體的系統(tǒng)命名ORGANISM_COMMON 生物體的習慣命名STRAIN標識鏈VARIANT標識參數(shù)CELL_LINE實驗細胞鏈ATCCAmerican Type Culture Collection 號碼ORGA

43、N 有特殊功能的組織TISSUE 一般功能和結構的組織細胞CELL 標識特殊的細胞類型ORGANELLE細胞組織結構SECRETION 標識分泌物如唾液,尿液,毒液等CELLULAR_LOCATION標識細胞位置PLASMID 識別包含基因的質體GENE 標識基因EXPRESSION_SYSTEM 重組大分子表達系統(tǒng)EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN 生物體的張力EXPRESSION_SYSTEM_VARIANT生物體的參數(shù)EXPRESSION_SYSTEM_CELL_LINE 細胞排列EX

44、PRESSION_SYSTEM_ATCC_NUMBER 標識ATCC numbeEXPRESSION_SYSTEM_ORGAN 標識表達分子的特殊器官EXPRESSION_SYSTEM_TISSUE 標識表達分子的特殊組織EXPRESSION_SYSTEM_CELL 表示細胞類型EXPRESSION_SYSTEM_ORGANELLE標識細胞器官EXPRESSION_SYSTEM_CELLULAR_LOCATION 標識位置EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE 標識載體類型如質粒,病毒,粘粒等EXPRESSION_

45、SYSTEM_VECTOR 標識常用載體EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID 在重組試驗中常用質粒EXPRESSION_SYSTEM_GENE 重組試驗中常用的基因的名OTHER_DETAILS 表示別處給出的信息來源示例         1         2         3  

46、       4         5         6         71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890SOURCE    MOL_ID: 1;SOURCE&

47、#160;  2 ORGANISM_SCIENTIFIC: AVIAN SARCOMA VIRUS;SOURCE   3 STRAIN: SCHMIDT-RUPPIN B;SOURCE   4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;SOURCE   5 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PRC23INSOURCE    MOL_ID: 1;SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: GALLUS GAL

48、LUS;SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: CHICKEN;SOURCE   4 ORGAN: HEART;SOURCE   5 TISSUE: MUSCLEKEYWDS(關鍵詞)                         綜述該部分主要用來描述關于該蛋白質的一些關鍵字，用

49、逗號分開。記錄格式列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱定義描述1 - 6 Record name"KEYWDS"9 - 10 ContinuationContinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號11 70 List keywds 各個不同的關鍵字用逗號分開細節(jié)在該記錄中描述的關鍵字的內容可以是：功能分類，代謝角色，在生物或化學上的活性，結構分類等。示例         1    

50、0;    2         3         4         5         6         71234567890123456789012345678

51、901234567890123456789012345678901234567890KEYWDS    LYASE, TRICARBOXYLIC ACID CYCLE, MITOCHONDRION, OXIDATIVEKEYWDS   2 METABOLISMEXPDTA(測定結構所用的實驗方法)          綜述該記錄用來描述關于試驗的一些信息,主要是做試驗時用的方法：電子衍射，光纖衍射，熒光傳遞，中子衍射，NMR(核磁共振)，理論模型，

52、X光衍射等。記錄格式列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱定義描述1 - 6 Record name"EXPDTA"9 - 10 ContinuationContinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號11 70 SList technique 試驗用的方法細節(jié)該記錄是必須出現(xiàn)的；如果有多于一種的方法被使用，用分號分開。對某一方法的評論出現(xiàn)在分號前面。示例         1     

53、;    2         3         4         5         6         712345678901234567890123456789

54、01234567890123456789012345678901234567890EXPDTA    X-RAY DIFFRACTIONEXPDTA    NEUTRON DIFFRACTION; X-RAY DIFFRACTIONEXPDTA    NMR, 32 STRUCTURESAUTHOR(結構測定者)                &#

55、160;    綜述該記錄存儲有關科學家的名字信息。多個名字用逗號分開。記錄格式列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱定義描述1 - 6 Record name"AUTHOR"9 - 10 ContinuationContinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號11 - 70 List authorList 作者的名字，用逗號分開細節(jié)個人姓名的表示: -First names和middle names在姓之前大寫于詞首,后跟一句點.   &#

56、160;            -只有作者的姓完整給出.                -若為作者名字的一部分可用連字號.                -姓可用省略符號表示 &#

57、160;              - Junior不是簡略.                -變音或其他字符修改都未給出個人姓名的結構: -詞首大寫字母和其后的句點后么沒有空格.           

58、0;    -空格只用在姓中或姓和Junior, II,或 III之間                -縮寫作為姓的一部分如St.或 Ste.與其后的姓的下一部分之間有一句點和空格.集體名字的表示: -所有作者的團體名字應該完整拼寫.                -大

59、團體的名稱應在其細分名稱之前,如某所大學的化學系.特殊情況:       -名字若有英文譯本就用英文表示,否則就用不本土語言,必要時可音譯.示例         1         2         3        

60、 4         5         6         71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890AUTHOR    M.B.BERRY,B.MEADOR,T.BILDERBACK,P.LIANG,M.GLASER,AUTH

61、OR   2 G.N.PHILLIPS JUNIOR,T.L.ST. STEVENSAUTHOR    C.-I.BRANDEN,C.J.BIRKETT-CLEWS,L.RIVA DI SANSAVERINOREVDAT(修訂日期及相關內容)              綜述該記錄用來描述曾經修改過的歷史記錄。記錄格式列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Reco

62、rd name "REVDAT"8 10 Integer modNum 修改的號碼11 - 12Continuation continuation 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號14 - 22 Date modDate 更改的日期,不再重復24 - 28 String(5) modId 標識這個特殊修改32 Integer modType 用一個整數(shù)來表示更改的類型40 - 45 LString(6) 

63、record 更改的記錄的名字47 - 52LString(6) record 更改的記錄的名字54 - 59LString(6) record 更改的記錄的名字61 - 66 LString(6) record 更改的記錄的名字細節(jié)對蛋白質的每一次修改，標識其修改的號碼就增一；該記錄出現(xiàn)的次序是遞減的，最近的修改先出現(xiàn)。修改類型用數(shù)字表示如下:              &#

64、160;       0      最初發(fā)布的記錄                      1      混雜的         

65、0;            2      修改CONECT記錄.                      3      修飾坐標或構型   

66、0;                  4 - 9  沒有定義示例         1         2         3    

67、60;    4         5         6         71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890REVDAT   3   15-OCT-89 1PRCB 

68、60; 1       REMARKREVDAT   2   19-APR-89 1PRCA   2       CONECTREVDAT   1   09-JAN-89 1PRC    0SPRSDE(已撤銷或更改的相關記錄)          綜

69、述存儲已經作廢了的ID code及替換的ID code.一條記錄可能代替很多,只有結構的主要調查人才有權收回它.記錄格式列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name "SPRSDE"9 10 Continuation continuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號12 - 20 Date sprsdeDate替換日期,不重復22 - 25 IDcode idCode 原來的ID code,不重復32 - 35 I

70、Dcode sIdCode 替換的ID code37 - 40 IDcode sIdCode 替換的ID code42 - 45 IDcode sIdCode 替換的ID code47 - 50 IDcode sIdCode 替換的ID code52 - 55 IDcode sIdCode 替換的ID code57 - 60 IDcode sIdCode 替換的ID code62 - 65 IDcode s

71、IdCode 替換的ID code67 - 70 IDcode sIdCode 替換的ID code細節(jié)ID code列表在第一個空白的sIDcode區(qū)域結束示例         1         2         3        

72、4         5         6         71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890SPRSDE     17-JUL-84 4HHB      1HH

73、BSPRSDE     27-FEB-95 1GDJ      1LH4 2LH4JRNL(發(fā)表坐標集的文獻) JRNL(發(fā)表坐標集的文獻)                  綜述存儲用來描述試驗的文獻引用。 記錄格式列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Reco

74、rd name "JRNL "13 - 70 LString text 看下面的詳細描述細節(jié)如下表格用來描述該記錄的亞記錄,細分為：1. AUTHOR(作者)包含引用的著明出版刊物上的論文或投稿的作者的列表. 列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name"JRNL "13 - 16 LString(4) "AUTH" 出現(xiàn)在所有連續(xù)記錄中17 - 18Continuationcontinuati

75、on 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號20 - 70 List authorList 作者名單2. TITL(參考書的標題)詳細說明參考書目的標題.列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name"JRNL "13 - 16 LString(4) "TITL" 17 - 18Continuationcontinuation 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號20 - 70 LString titl

76、e 文章的標題3. EDIT(編輯)編輯非定期刊物上的相關參考.列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name"JRNL "13 - 16 LString(4) "EDIT" 17 - 18Continuationcontinuation 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號20 - 70 ListeditorList 編者的名單4. REF(參考)分兩種情況：4a. 如果參考書目還沒有被出版,亞記錄類型有如下格式:列 

77、;數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name"JRNL "13 - 16 LString(3) "REF"17 - 18LString(15) "TO BE PUBLISHED"4b. 參考書目已經出版了,REF亞記錄類型包括適當領域關于出版物名稱,附錄,報告,卷,頁,年等的信息.列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name"JRNL "13 - 16 LStrin

78、g(3) "REF"17 - 18Continuationcontinuation 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號20 - 47LString pubName N出版物的名字50 - 51 LString(2)"V."只出現(xiàn)在第一個亞記錄中52 - 55 String volume右對齊空格補足說明: 只出現(xiàn)在第一個亞記錄中57 - 61 String page 文章的第一頁, 出現(xiàn)在第一個亞記錄中63 - 66Integeryear 出版的

79、時間, 出現(xiàn)在第一個亞記錄中5. PUBL(出版者的名字或出版的地方)列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name"JRNL "13 - 16 LString(4) "PUBL"17 - 18Continuationcontinuation 允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號20 - 70 LString pub 出版的城市和出版者的名字6. REFN(對引用參考書目的編碼)分兩種情況：4a. 引用沒有被出版REFN亞記錄類型的格式:

80、列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name"JRNL "13 - 16 LString(4)"REFN"67 - 70 LString(4)"0353" 未出版著作的CCDC/PDB分類編號4b. 引用被出版REFN亞記錄類型的格式:列 數(shù)據(jù)類型 字段名稱 定義描述1 - 6 Record name"JRNL "13 - 16 LString(4) "R

81、EFN"20 - 23 LString(4) "ASTM"25 - 30LString(6) astm ASTM 設計分類編號33 - 34LString(2)country 在OCLC/MARC目錄形式中詳細說明的出版國家(可選隨意)36 - 39LString(4)"ISBN" or "ISSN"國際標準書名號或"ISSN"國際標準序號41 - 65Lstringisbn ISSN or ISBN號碼(最后一個數(shù)字可能是字母并包含一個或多個破

82、折號).67 - 70 LString(4)coden CCDC/PDB分類編號列表代碼.示例         1         2         3         4       &

83、#160; 5         6         71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890JRNL        AUTH   N.THANKI,J.K.M.RAO,S.I.FOUNDLING,W.J.HOWE,JRNL