pymol學(xué)習(xí)筆記

1、精品文檔Pymol 學(xué)習(xí)筆記（一）：簡(jiǎn)介&安裝Pymol 是一個(gè)開放源碼，由使用者贊助的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件，由Warren Lyford DeLano編寫，并且由DeLanoScientific LLC負(fù)責(zé)商業(yè)發(fā)行。Pymol 被用來創(chuàng)作高品質(zhì)的分子（特別是生物大分子如蛋白質(zhì)）三維結(jié)構(gòu)。據(jù)軟件作者宣稱，在所有正式發(fā)表的科學(xué)論文中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖像中，有四分之一是使用Pymol 來制作的。Pymol 名字的來源： “Py”表示該軟件基于python 這個(gè)計(jì)算機(jī)語(yǔ)言，“Mol”則是英文分子（ molucule ）的縮寫，表示該軟件用來顯示分子結(jié)構(gòu)。由于實(shí)驗(yàn)需要，本人正在學(xué)習(xí)該軟件，在這里把

2、學(xué)習(xí)過程記錄下來，希望對(duì)有需要的朋友有所幫助。今天先來說說安裝吧。自 2006 年 8 月 1 日起， DeLano Scientific對(duì)事先編譯好的PyMOL執(zhí)行程序（包括beta 版）采取限定下載的措施。目前，只有付費(fèi)用戶可以取得。不過源代碼目前還是可以免費(fèi)下載，供使用者編譯。如果你和我一樣，不想為此花錢的話：1. 如果你是 Windows用戶，首先下載 Pymol 的源代碼。然后安裝 CygWin，并且確保正確安裝以下模塊：C+ (gcc or g+ package name)PythonOpenGLPNG然后在源代碼目錄里面依次運(yùn)行：2. 如果你是 Linux 用戶，首先確保以下東東

3、已安裝：Python。1 歡迎下載精品文檔PmwOpenGL driver （我用的是 NVdia）libpngSubversion client（下載源代碼需要）然后下載 Pymol 的源代碼$ mkdir pymol-src然后進(jìn)入源代碼目錄# cd pymol-src開始依次編譯# python setup.py install# python setup2.py install拷貝執(zhí)行腳本到某個(gè)$PATH，安裝就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果運(yùn)行時(shí)得到錯(cuò)誤信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你應(yīng)該運(yùn)行#

4、 python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，請(qǐng)確保編譯python 時(shí)添加了 tcl/tk支持，否則運(yùn)行是會(huì)提示錯(cuò)誤"ImportError: No modulenamed _tkinter"。2 歡迎下載精品文檔# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我們就可以進(jìn)入Pymol 的世界了。Pymol 學(xué)習(xí)筆記（二）：基本的鼠標(biāo)操作這里主要介紹一下Pymol 的基本操作，包括窗口菜單、加載文件、圖像的基本鼠標(biāo)操作等等。當(dāng)你打開 Pymol 后，你將會(huì)看到如下圖所示的界面：該界面分為2 窗口，

5、上面的外部GUI 窗口（ External GUI ）和下面的Viewer Window 。 Viewer Window 又分為左右兩塊，左邊用來顯示結(jié)構(gòu)圖像的（Viewer ），右邊則是一個(gè)內(nèi)部GUI 窗口（ Internal GUI)。Viewer 自身包含一個(gè)命令行（如圖中左下方的PyMOL>提示符），可以用來輸入Pymol 命令；在 Inernal GUI中則可以選定一些特定的對(duì)象并完成一些操作。External GUI則包含一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)菜單、一個(gè)輸出區(qū)、一個(gè)命令行輸入?yún)^(qū)以及右邊的一些常用命令按鈕。請(qǐng)注意，標(biāo)準(zhǔn)的“復(fù)制、剪切和粘貼 ”操作只。3 歡迎下載精品文檔能在 External

6、 GUI中完成，并且必須使用“Ctrl C、Ctrl X以及 Ctrl V”來完成，這也是這個(gè)所謂的外部GUI 的最重要的優(yōu)點(diǎn)。加載文件，有二種方法：1.在 External GUI中選擇 File Open2. 使用命令行：load <filename>例如我們現(xiàn)在從上下載了一個(gè)離子通道蛋白的pdb 文件（ PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROMERWINIA CHRYSANTHEMI），名字為2vl0.pdb ，然后用 pymol 打開它：load 2vl0該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)就被顯示出來啦，如下圖：基本的圖像操作 :是不是覺得上面的那個(gè)三維

7、結(jié)構(gòu)圖看起來亂七八糟的阿，那是因?yàn)榈鞍踪|(zhì)分子都是由成千上萬個(gè)原子組成的，而 Pymol 打開 pdb文件時(shí)是默認(rèn)把所有的原子都顯示在那個(gè)小小的Viewer 窗口里面的，當(dāng)然看起來就很亂了。這時(shí)候就需要我們對(duì)這個(gè)圖像進(jìn)行。4 歡迎下載精品文檔一些操作，來得到漂亮的清晰的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)圖。先說說鼠標(biāo)吧。任意旋轉(zhuǎn)圖像：對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)左鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)。放大 / 縮小圖像：對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)右鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)：向上是縮小，向下則是放大。移動(dòng)圖像：對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)中鍵或者滾輪，然后移動(dòng)鼠標(biāo)。設(shè)定圖像旋轉(zhuǎn)中心：CtrlShift 鼠標(biāo)中鍵或滾輪。移動(dòng)剪切平面：Shift鼠標(biāo)右鍵。鼠標(biāo)上

8、下移動(dòng)：調(diào)整前剪切平面（離你近的）；鼠標(biāo)左右移動(dòng)：調(diào)整后剪切平面（離你遠(yuǎn)的）。最后一項(xiàng) “移動(dòng)剪切平面 ”有點(diǎn)不容易理解，需要多試幾次。配合下面的示意圖你會(huì)發(fā)現(xiàn)Pymol 的這項(xiàng)設(shè)定其實(shí)很方便。5 歡迎下載精品文檔今天沒時(shí)間了，明天還要出遠(yuǎn)門，就學(xué)到這里吧，用下面這個(gè)圖作為結(jié)束，其實(shí)就是用cartoon的形式顯示了上面的那個(gè)蛋白質(zhì)，不過還比較難看。Pymol 學(xué)習(xí)筆記（三）：基礎(chǔ)Pymol 命令這里主要介紹一下Pymol 的一些基本命令操作。就像Linux 一樣，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol 是區(qū)分大小寫的，不過目前為止Pymol 還是只用小寫，所以記住，所有的命令都是使用小寫字母的。當(dāng)你開始用 Pymol 來完成一個(gè)項(xiàng)目時(shí)，你也許想會(huì)讓Pymol 自動(dòng)保存你所有輸入過的命令，以方便日后你再次讀取并修改。這個(gè)可以通過創(chuàng)建一個(gè)log 文件來達(dá)到，該文件的后綴名應(yīng)為.pml ，記住， Pymol 像 Linux 一樣支持 Tab 鍵命令補(bǔ)全：Pymol> log_openlog-file-name.pml如果你想終止記錄，只需要鍵入：Pymol> log_