生物信息數(shù)據(jù)庫大全

1、生物信息(bioinformation)數(shù)據(jù)庫大全摘要: 生物信息(bioinformation)數(shù)據(jù)庫大全 http: smartli77 cctrblog net cmd html?do=blogs&id=548&uid=1511 生物信息(bioinformation)數(shù)據(jù)庫 一數(shù)據(jù)庫目錄 2000年，出版核酸研究的牛津大學(xué)出版社設(shè)立了一個(gè)數(shù)據(jù)庫目錄網(wǎng)頁，這個(gè)網(wǎng)頁把數(shù)據(jù)庫分成18類在郝柏林、張淑譽(yù)編著的生物信息(bioin 關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫 序列 基因 基因組 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì)序列 基因圖譜關(guān)鍵詞: 數(shù)據(jù)庫 序列 基因 基因組

2、 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì)序列 基因圖譜生物信息(bioinformation)數(shù)據(jù)庫一數(shù)據(jù)庫目錄2000年，出版核酸研究的牛津大學(xué)出版社設(shè)立了一個(gè)數(shù)據(jù)庫目錄網(wǎng)頁，這個(gè)網(wǎng)頁把數(shù)據(jù)庫分成18類在郝柏林、張淑譽(yù)編著的生物信息(bioinformation)學(xué)手冊中，他們進(jìn)行了合并，又把數(shù)據(jù)庫目錄、農(nóng)林牧有關(guān)數(shù)據(jù)庫、醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)單獨(dú)列出，分成以下16類：1.數(shù)據(jù)庫目錄2.綜合數(shù)據(jù)庫包括DNA序列陣：EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene3.DNA序列數(shù)據(jù)庫主要是與基因結(jié)構(gòu)和認(rèn)定有關(guān)的數(shù)據(jù)庫，如密碼子使用頻度表、真核生物啟動(dòng)子庫、內(nèi)含子和外顯子庫等

3、4.RNA序列和核糖體數(shù)據(jù)庫5.基因圖譜數(shù)據(jù)庫6.人類基因組數(shù)據(jù)庫7.其他物種基因組數(shù)據(jù)庫8.基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫9.基因突變、病理和免疫數(shù)據(jù)庫10.蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫11.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫12.比較基因組學(xué)(comparative genomics)和蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)數(shù)據(jù)庫13.代謝途徑和細(xì)胞調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫14.與農(nóng)林牧有關(guān)數(shù)據(jù)庫15.醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫16.其他數(shù)據(jù)庫二綜合數(shù)據(jù)庫INSD,國際核酸序列數(shù)據(jù)庫（International Nucleotide Sequence Databank）由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國的GenBank三家各自建立和共同維護(hù)EMBL庫，歐洲分子生物

4、學(xué)實(shí)驗(yàn)室的DNA和RNA 序列庫http:/www.ebi.ac.uk/embl.htmlGenBank ，美國國家生物技術(shù)信息中心 （NCBI）所維護(hù)的供公眾自由讀取的、帶注釋的DNA序列的總數(shù)據(jù)庫/Web/Genbank/DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸數(shù)據(jù)庫http:/www.ddbj.nig.ac.jp/GSDB是由美國國家基因組資源中心（NCGR）維護(hù)的DNA序列關(guān)系數(shù)據(jù)庫（Genome Sequence DataBase）/gsdb/TIGR DATAbase

5、,是世界上最大的cDNA數(shù)據(jù)庫，還有大量的EST序列和人類基因索引（HGI）/tdb/hcd/overview.html三DNA序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫包括與DNA的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、修復(fù)等有密切關(guān)系的蛋白質(zhì)因子BioSino是中國自主開發(fā)的核酸序列公共數(shù)據(jù)庫/CUTG,密碼子使用頻度表http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.htmlhttp:/www.kazusa.or.jp/codon/http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.htmlEPD,真核生

6、物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫（Eukaryotic Promotor Database）http:/www.epd.isb-sib.ch/TRANSFAC,真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子的數(shù)據(jù)庫http:/transfac.gbf.de/TRANSFACTRRD.真核生物基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)數(shù)據(jù)庫http:/www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/OOTFD,轉(zhuǎn)錄因子和基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫/RepBase,真核生物DNA中重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫/server/repbase.htmlMicroSatellite,微衛(wèi)

7、星重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.htmlALU數(shù)據(jù)庫是人及其他靈長類代表性的Alu重復(fù)片段(/pub/jmc/alu/)Simple Repeats,簡單重復(fù)序列庫/COMPEL,復(fù)合元件數(shù)據(jù)庫ftp:/ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)MPDB,分子探針數(shù)據(jù)庫http:/www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.htmlHvrBas

8、e,靈長類mtDNA調(diào)控區(qū)序列庫，主要是人的HVI和HVII兩個(gè)高變異區(qū)的序列http:/monolith.eva.mpg.de/hvrbase/PlantCARE,植物順式作用(cis-acting)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫.http:/sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/PLACE是從文獻(xiàn)中搜集的植物順式作用調(diào)控元件DNA模體的數(shù)據(jù)庫,只涉及維管植物.http:/www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/ftp:/ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)Mendel數(shù)據(jù)庫,搜集植物STS和EST序列

9、.http:/jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/HOX Pro同源異型盒(homeobox)基因數(shù)據(jù)庫.http:/spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.htmlOPD,寡核苷酸探針數(shù)據(jù)庫(Oligonucleotide Probe Database)./OPD/dbSTS,序列標(biāo)記位點(diǎn)(Sequence Tagged Sites)數(shù)據(jù)庫./dbSTS/(/repository/dbSTS)dbEST.這是GenB

10、ank的重要組成部分,它包含若干物種的已表達(dá)的序列標(biāo)記信息./dbEST/(/repository/dbEST)AmmtDB,后生動(dòng)物線粒體DNA多序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫,搜集了脊椎動(dòng)物(vertebrates)線粒體中編碼蛋白質(zhì)和tRNA的多DNA序列對比數(shù)據(jù),以及哺乳動(dòng)物(mammal;mammalian)mtDNA主調(diào)控區(qū)序列聯(lián)配數(shù)據(jù).http:/bio-r.it:8000/BioWWW/#AMMTDBHOVERGEN,脊椎動(dòng)物(vertebrates)同源基因數(shù)據(jù)庫(HOmologous VERteb

11、rate GENes)http:/acnuc.univ-lyon1.fr/biogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)DNA結(jié)構(gòu)參數(shù)庫.ftp:/transfac.gbf.de(/pub/structure_library)NUCLEOSOME數(shù)據(jù)庫,收集實(shí)驗(yàn)測定的核小體數(shù)據(jù),用于預(yù)測DNA中與組蛋白八聚體結(jié)合的位點(diǎn).ftp:/ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/SELEX_DB,隨機(jī)化序列庫.http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/ASDB,

12、交替剪接基因的數(shù)據(jù)庫.:8888/Intronerator,秀麗線蟲內(nèi)含子和交替剪接數(shù)據(jù)庫/kent/intronerator/IDB和IEDB前者是內(nèi)含子序列數(shù)據(jù)庫，后者是內(nèi)含子演化數(shù)據(jù)庫/intron/index.htmlEID,外顯子、內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫/gilbert/EID/ExInt,外顯子、內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫.sg/rint/exint.htmlNDB,核酸晶體結(jié)構(gòu)

13、數(shù)據(jù)庫//NDB/ndb.htmlVectorDB,載體數(shù)據(jù)庫Vector和Vector-ig,包分子生物學(xué)常用的許多載體的注釋和序列信息(/repository/vetcor-ig)(/repository/vector)四RNA序列和核糖體數(shù)據(jù)庫1993年成立的RNA學(xué)會，在出版RNA刊物同時(shí)，還維護(hù)著兩個(gè)信息網(wǎng)頁：/rna1//Jo

14、urnals/JNLSCAT/rRNA/rna.htmlsnoRNA,小核仁RNA數(shù)據(jù)庫/biochem. noRNA-DataBase.htmlSmall RNA數(shù)據(jù)庫/smallRNA/smallrna.htmlRNAse P數(shù)據(jù)庫，包含RNA水解酶P的RNA亞基序列、聯(lián)配、二級結(jié)構(gòu)和三維模型/RNAseP/home.htmltmRNA網(wǎng)點(diǎn)包含 tmRNA序列、公認(rèn)蛋白質(zhì)水解標(biāo)記、序列聯(lián)配、確定新tmRNA的導(dǎo)引，以及簡要綜述等http:/www.

15、/tmrna/tmRDB.已經(jīng)聯(lián)配好的、加有注釋的、按親緣關(guān)系排列的tmRNA序列數(shù)據(jù)/dbs/tmRDB/tmRDB.htmlgRNA,導(dǎo)引RNA數(shù)據(jù)庫http:/www.biochem.mpg.de/goeringe/SRPDB,信號識別粒子數(shù)據(jù)庫/dbs/SRPDB/SRPDB.htmlTransTerm,信使RNA的組分和翻譯控制信號數(shù)據(jù)庫http:/biochem.otago.ac.nz/Transterm/類病毒和類病毒樣RNA數(shù)據(jù)庫http:/www.callisto.s

16、i.usherb.ca/jpperra/UTRdb和UTRsiteUTRdb是真核生物mRNA的5端和3端非翻譯區(qū)序列的非冗余數(shù)據(jù)庫，UTRsite搜集這些非翻譯區(qū)序列中的功能片段r.it:8000/EmbIT/UTRHome/ncRNA,似mRNA的非編碼RNA數(shù)據(jù)庫http:/www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.htmlRNAmods,RNA修飾數(shù)據(jù)庫/RNAmods/RNAmods.html(/library/RNAmods)AARSDB,酰氨基

17、tRNA合成酶數(shù)據(jù)庫http:/rose.man.poznan.pl/aars/index.htmltRNA序列和基因、結(jié)構(gòu)與功能數(shù)據(jù)庫http:/www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/PLMItRNA基于FastA的綠色植物線粒體tRNA分子和tRNA基因的數(shù)據(jù)庫http:/bio-r.it:8000/srs6/http:/www.ebi.ac.uk/services/16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp數(shù)據(jù)庫，是一批16S和23S核糖體RNA突變數(shù)據(jù)庫http:/w

18、/departments/biology/databasee/rna.html(/nar/)RNA www,RNA二級結(jié)構(gòu)網(wǎng)頁，也有16S RNA和23S RNA的數(shù)據(jù):8080/RNA/uRNADB,已經(jīng)聯(lián)配好的、加有注釋的、按親緣關(guān)系排列的uRNA序列數(shù)據(jù)/dbs/uRNADB/uRNADB.htmlU-insertion/deletion,編輯序列數(shù)據(jù)庫，包含5個(gè)無脊椎動(dòng)質(zhì)體目物種的線粒體基因和編輯后的mRNA序列http:/www.

19、/RNA/trypanosome/database.htmlPseudoBase,假扭結(jié)數(shù)據(jù)庫http:/www.bio.leidenuniv.nl/Batenburg/PKB.htmlRDP,核糖體數(shù)據(jù)庫計(jì)劃包含小亞基和大亞基的兩部分rRNA,由已聯(lián)配的RNA序列以及親緣樹組成/RDP//(/pub/)SSU rRNA歐洲核糖體小亞基RNA結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫http:/rrna.uia.ac.be/ssu/LSU rRNA歐洲核糖

20、體大亞基RNA結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫http:/rrna.uia.ac.be/lsu/5S rRNA數(shù)據(jù)庫http:/rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.htmlDRC,核糖體交鏈數(shù)據(jù)庫http:/www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ACTIVITY,DNA和RNA中功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/RNA非正則配對數(shù)據(jù)庫/bp_type/五基因圖譜數(shù)據(jù)庫Rhdb,輻射雜交數(shù)據(jù)庫http

21、:/www.ebi.ac.uk/RHdbhttp:/corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.htmlftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)Mouse RH數(shù)據(jù)庫/mouse_rh/GDB,人類基因組數(shù)據(jù)庫//GeneMap99,人類基因圖譜1999年版/genemap/HuGeMap,人類基因遺傳圖譜和物理圖譜的分布式集成數(shù)據(jù)庫ftp:/ftp.ebi

22、.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)六人類基因組有關(guān)數(shù)據(jù)庫人類染色體數(shù)據(jù)網(wǎng)址：http:/linkage.rockefeller/chr1/http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr1http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr2/http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr4/http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr6http:/www.genet.sickkids.on.ca/chrdbhttp:/w

23、:8080/chr8/home.htmlhttp:/www.gene.ucl.ac.uk/chr9http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr9http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr10/http:/chr11.bc.ic.ac.uk//datapage//database.html/chr12/home.html

24、/genome/http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr13/http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr15///tdb/humgen/c16.htmlhttp:/bioinformatics.weizmann.ac.il/http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr18///bbrp/genome/genome.

25、htmlhttp:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr20.txthttp:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr20/http:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr21.txt/chr21/welcome.htmlhttp:/www.cephb.fr/chromosome21.html/HGC22.htmlhttp:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr22.txthttp:/www.sa

26、nger.ac.uk/hum22/HGP/chr22//gifs/http:/www.expasy.vh/cgi-bin/lists?humchrx.txt:8080/chrX/home.htmlhttp:/www.sanger.ac.uk/HGP/chrX/http:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchry.txt/mitomap.html1人類基因組測序中心HUGO是人類基因組組織的縮寫http:/hugo.g

27、/HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中國情況的短文在：http:/hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html美國能源部支持的人類基因組計(jì)劃(genome project)/production/ober/hug_top.html美國國家衛(wèi)生署對人類基因組計(jì)劃(genome project)的支持，通過NHGRI即國家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute）體現(xiàn)http:/

28、/英國Wellcome Trust是人類基因組計(jì)劃(genome project)的另一個(gè)主要資助者h(yuǎn)ttp:/www.wellcome.ac.uk/百慕大原則：測序的中間和最終結(jié)果都必須迅速的公開http:/www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html世界上主要人類基因組測序中心的名單/inf/Hgcenters.html/hgmis/centers.htmlNCBI的GenBank數(shù)據(jù)庫從1999年10月起，建立了智人基因組子目錄，其下按染色體編號設(shè)子

29、目錄/genbank/genomes/H_sapiens/英國的Sanger中心的人類基因組計(jì)劃(genome project)網(wǎng)頁，不僅有它們負(fù)責(zé)測序的染色體數(shù)據(jù)，還有到其他染色體數(shù)據(jù)的鏈接http:/www.sanger.ac.uk/HGP/日本的DDBJ和信息生物學(xué)中心（CIB）聯(lián)合建立了一個(gè)Human Genomics Studio，可以按染色體編號檢索和查找基因序列http:/studio.nig.ac.jp/Sanger 中心是世界上最大的DAN測序中心之一承擔(dān)人類基因組計(jì)劃(genome project)的三分之一，集中在1、6、9、1

30、0、13、20、22和Xhttp:/www.sanger.ac.uk/HGP/stats.htmlLBNL，Lawrence Berkeley國家實(shí)驗(yàn)室/GenomeHome.htmlLLNL，Lawrence Livermore 國家實(shí)驗(yàn)室/bbrp/genome/genome.htmlLANL，美國洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室/index.htmlJGI，由美國能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三個(gè)國家實(shí)驗(yàn)室的人類基因組研究部門建的聯(lián)合基因組研究所（Join

31、t Genome Institute）/UWGC，華盛頓大學(xué)基因中心，是國際上最活躍的測序中心之一//SHGC，斯坦福大學(xué)人類基因中心，主要做高分辨率輻射雜交圖譜，以及人類第四號染色體BAC克隆的測序/美國哥倫比亞大學(xué)基因中心，主要研究和人類疾病有關(guān)的基因和第13號染色體圖譜/genome/http:/genome3.cpmc/

32、/legion/GENETHON，法國人類基因組研究中心http:/www.genethon.fr/genethon_en.html2人類基因組有關(guān)數(shù)據(jù)GenBank、 EMBL 、GSDB 、GDB等綜合數(shù)據(jù)庫的主要內(nèi)容都來自人UniGene,人類基因序列集合，搜集了GenBank中不同基因產(chǎn)物的序列/UniGene/HIB數(shù)據(jù)庫，是德國人類基因組計(jì)劃(genome project)中基因分析項(xiàng)目所建立的自動(dòng)注釋的基因集團(tuán)數(shù)據(jù)庫http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/human/dbSN

33、P,設(shè)在美國國家生物技術(shù)信息中心NCBI的單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫，收錄單核苷酸置換，以及短的刪除和插入所導(dǎo)致的多態(tài)性/SNP/Whitehead的生物醫(yī)學(xué)研究所的人類單核苷酸多態(tài)性（SNP）數(shù)據(jù)庫/SNP/humanHGBASE是人類雙等位基因序列（Human Genic Bi-Allelic Sequences）的縮寫，這是人類基因從啟動(dòng)子到轉(zhuǎn)錄終點(diǎn)，即基因及其前后所發(fā)現(xiàn)的所有單核苷酸多態(tài)性和其他變化的數(shù)據(jù)庫eractiva.de/http:/hgbase.

34、cgr.ki.se/位于St.Louis的華盛頓大學(xué)的SNP數(shù)據(jù)庫/SNP/I.M.A.G.E協(xié)作組，他們共享高質(zhì)量的cDNA克隆庫，并把有關(guān)序列、圖譜和表達(dá)數(shù)據(jù)公開/bbrp/image/image/html美國菌種保藏中心（American Type Culture Collection）/GenMapDB,V.Cheung實(shí)驗(yàn)室維護(hù)的一個(gè)BAC圖譜數(shù)據(jù)庫/vcheung/BAC Ends,人類BAC末端數(shù)據(jù)庫h

35、ttp://tdb/humgen/bac_end_search/HUGE,人類未經(jīng)實(shí)驗(yàn)證實(shí)的編碼基因的數(shù)據(jù)庫http:/dazusa.or.jp/huge/IXDB,集成的人類X染色體物理圖譜數(shù)據(jù)庫http:/ixdb.mpimp-berlin-dahlem.mpg.de/Genotype,法國人類多態(tài)性研究中心的基因型數(shù)據(jù)庫http:/www.cephb.fr/cephdb/VIRGIL,專門為GDB中的人類基因和GenBank中的DNA序列提供對應(yīng)鏈接關(guān)系的數(shù)據(jù)庫biogen.fr/services/birgil/Hpvirgil.htm

36、lbiogen.fr(/pub/db/viogil/virgil.ffl)KinMutBase,人類致病蛋白質(zhì)激酶突變數(shù)據(jù)庫http:/www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/CpGIsle,人類基因中CpG島數(shù)據(jù)庫ftp:/bioslave.uio.no(/cpgisle)biogen.fr(/pub/db/cpgisle/)ftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/cpgisle)p53數(shù)據(jù)庫研究人類腫瘤及腫瘤細(xì)胞系p53基因突變的數(shù)據(jù)庫，包括：p53庫、體細(xì)胞突變庫、種系突變庫和細(xì)胞

37、系突變庫http:/perso.curie.fr/tsoussi/IARC p53數(shù)據(jù)庫法國國際癌癥(cancer)研究會的腫瘤和細(xì)胞系P53基因突變數(shù)據(jù)庫http:/www.iarc.fr/p53/homepage.htmlhttp:/www.ebi.ac.uk/p53數(shù)據(jù)庫具有癌癥(cancer)傾向家族P53種系突變數(shù)據(jù)庫http:/www.lf2.cuni.cz/projicts/germline_mu_p53.htmlftp:/ftp.lf2.cuni.cz(/pub/doc/medical/)人類P53基因突變及軟件/dnam/des_p5

38、3.html人類hprt即次嘌呤磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶基因突變數(shù)據(jù)庫和在PC視窗下運(yùn)行的分析軟件/dnam/des_hprt.html轉(zhuǎn)基因嚙齒動(dòng)物L(fēng)acI數(shù)據(jù)庫/dnam/des_laci.html轉(zhuǎn)基因嚙齒動(dòng)物L(fēng)acZ突變庫基因突變數(shù)據(jù)庫及分析軟件/dnam/des_lacz.htmlWRN基因突變與遺傳病Werner綜合征有關(guān)/werner/ws-wrn.htmlOMIM,在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫htt

39、p://omim/STACK,南非國家信息中心SANBI維護(hù)的一個(gè)序列標(biāo)記聯(lián)配和代表序列知識庫http:/www.sanbi.ac.za/Dbases.htmlSANIGENE是與STACK密切相關(guān)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫它包含所有經(jīng)過計(jì)算機(jī)處理聯(lián)配過的人類基因EST的集團(tuán)http:/www.sanbi.ac.za/Dbases.html七其他物種基因組數(shù)據(jù)庫DOGS，基因組尺寸數(shù)據(jù)庫http:/www.cbs.dtu.dk/GenBank的/genomes/子目錄：ftp:/(/pub/databases/genband/genomes/)EuGenes,真核生

40、物基因綜合知識庫，目前包括果蠅、人、小鼠、擬南芥(Arabidopsis thaliana)、線蟲、酵母、和斑馬魚的數(shù)據(jù)/eugenes1.原核生物基因組細(xì)菌基因組計(jì)劃(genome project)的進(jìn)展情況，可從以下網(wǎng)站查詢：/PMGifs/Genomes/bact.htmlMOT ，歐洲生物信息(bioinformation)研究所EBI的基因組測序進(jìn)展表http:/www.ebi.ac.uk/sterk/genome-MOT/GIB，日本DDBJ設(shè)立的Genome Informat

41、ion Broker for microbial genomes 的縮寫http:/mol.genes.nig.ac.jp/gib/MAGPIE測序計(jì)劃清單也可以參考/gaasterland/genomes.htmlEMGLib,增補(bǔ)微生物基因組庫http:/pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html大腸桿菌(Escherichia coli)K12菌株的完全基因組序列，可由GenBank的子目錄/genomes/獲取，或從華盛頓大學(xué)大腸桿菌(Escherichia coli)基因組中心，即Blattner實(shí)驗(yàn)室的

42、網(wǎng)頁讀?。?pub/sequence/ECDC,大腸桿菌(Escherichia coli)菌株K12的基因序列庫，包括基因、讀框、調(diào)控區(qū)、啟動(dòng)子、終止子、tRNA和rRNA等http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.htmlftp:/ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)EcoGene和EcoWeb,大腸桿菌(Escherichia coli)K12菌株基因組數(shù)據(jù)庫，包括基因、蛋白質(zhì)、基因間蛋白質(zhì)組信息/EcoGene/Eco

43、Web/RegulonDB,大腸桿菌(Escherichia coli)轉(zhuǎn)錄調(diào)控和操作子數(shù)據(jù)庫http:/www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/NRSub,非冗余枯草芽孢桿菌DNA數(shù)據(jù)庫，包括完全基因組、密碼子使用表、基因圖譜和基因家族http:/acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.htmlftp:/ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)HIDB,流感嗜血菌完全基因組的原始數(shù)據(jù)庫/tdb/mdb/hidb/hidb.htmlftp:/ftp.tigr.o

44、rg/pub/data/h_influenzaeHIDC,流感署血菌基因序列庫http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.htmlCyanoBase,藍(lán)細(xì)菌數(shù)據(jù)庫，實(shí)際上是集胞藍(lán)細(xì)菌的基因組數(shù)據(jù)庫藍(lán)細(xì)菌具有氧化和光合作用所需的全套基因http:/www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.htmlMJDB,詹氏甲烷球菌基因組數(shù)據(jù)庫(/pub/data/m_jannaschii)/tdb/mdb/mjdb/mjdb.htmlMycDB,分枝桿菌數(shù)據(jù)庫http:/www.bioc

45、hem.kth.se/MycDB.htmlRsGDB,類球紅細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)庫第一作者聯(lián)系：mailto:/PGI,疫霉屬基因預(yù)研究計(jì)劃的數(shù)據(jù)庫/pgi/2.真菌基因組SGS,釀酒酵母基因組數(shù)據(jù)庫/Saccharomyces/(/pub/yeast)LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是釀酒酵母基因組中蛋白質(zhì)編碼序列及其同源性的數(shù)據(jù)庫/

46、ftp:/bioftp.unibas.ch/MYGD,酵母基因組、蛋白質(zhì)和同源關(guān)系的數(shù)據(jù)庫http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/YIDB,酵母內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫http:/www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.htmlMNCDB,由德國MIPS所維護(hù)的粗糙鏈孢霉基因組數(shù)據(jù)庫http:/www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/真菌基因組資源的網(wǎng)址：:5080/main.htmlFGSC,真菌遺傳學(xué)信息

47、中心3.原生生物和線蟲基因組歐洲生物信息(bioinformation)研究所EBI的原生生物網(wǎng)頁：http:/www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/AceDB,線蟲綜合數(shù)據(jù)庫ftp:/sanger.ac.uk(/pub/acedb)(repository/acedb)ftp:/lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)關(guān)于線蟲發(fā)育特別是化學(xué)感覺神經(jīng)的研究/4.昆蟲基因組斯坦福大學(xué)的果蠅基因組中心/FlyBase,果蠅基因

48、和分子數(shù)據(jù)庫//FlyNets,果蠅分子和遺傳相互作用數(shù)據(jù)庫http:/gifts.univ-mrs.fr/FlyNets/GIF-DB,果蠅胚胎發(fā)育過程中基因相互作用的WWW數(shù)據(jù)庫http:/www-biol.univ-mrs.fr/lgpd/GIFTS_home_page.html哈佛大學(xué)的果蠅網(wǎng)頁/MsqDB,蚊子基因數(shù)據(jù)庫/acedb/MsqDB-acedb.html

49、/5.魚類數(shù)據(jù)庫美國國家衛(wèi)生署1997年建立的斑馬魚網(wǎng)頁/science/models/zebrafish/ZFIN,斑馬魚基因組、發(fā)育突變和野生種系數(shù)據(jù)庫/ZFIN/Fugu是河豚的數(shù)據(jù)庫http:/fugu.hgmp.mrc.ac.uk/6.嚙齒動(dòng)物基因組下面是有關(guān)家鼠的數(shù)據(jù)庫M.Musculus基因組庫(/genbank/genomes/M_muslulus)MGD,家鼠基因組庫，現(xiàn)在又稱MGI即家鼠基因組信息

50、庫/mgd.html/Cre轉(zhuǎn)基因家鼠系的數(shù)據(jù)庫RatMap,大鼠基因圖譜數(shù)據(jù)庫http:/ratmap.gen.gu.se/7.細(xì)胞器數(shù)據(jù)庫主要是線粒體和葉綠體基因的數(shù)據(jù)MitoNuc和MitoAln是關(guān)于編碼線粒體蛋白的細(xì)胞核基因的兩個(gè)相互關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫http:/bio-r.it:8000/srs6/GOBASE,細(xì)胞器基因組數(shù)據(jù)庫http:/megasun.bch.umontreal.ca/gobase/MitBASE,線粒體DNA數(shù)據(jù)庫，集成所有已知線粒體基因信息http:

51、/www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/人類線粒體數(shù)據(jù)庫http:/bio-r.it8000/Tutorials/MitBASE/MitBASE Pilot,酵母線粒體中核基因數(shù)據(jù)庫http:/www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/植物和藻類線粒體數(shù)據(jù)庫http:/tomic.ebi.ac.uk:8889/mitb. .pla_show_qry_opts/原生生物線粒體數(shù)據(jù)庫http:/bio-r.it:8000/Tu. /protist_table.html脊椎動(dòng)物(vertebrates)線粒體

52、數(shù)據(jù)庫http:/bio-r.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html8.擬南芥(Arabidopsis thaliana)基因組MATDB,國際擬南芥(Arabidopsis thaliana)基因組計(jì)劃(genome project)的數(shù)據(jù)匯總http:/www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/AtDB,擬南芥(Arabidopsis thaliana)基因組數(shù)據(jù)庫/Arabidopsis/(/pub/ara

53、bidopsis)DatA,擬南芥(Arabidopsis thaliana)基因組注釋庫http:/luggagefast.S/group/arabprotein/TAIR,擬南芥(Arabidopsis thaliana)信息資源/AGR,擬南芥(Arabidopsis thaliana)基因組資源http:/synteny.nott.ac.uk/agr/agr.htmlTIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列數(shù)據(jù)庫/tdb/at/at.html9.病毒數(shù)據(jù)庫ICTVd

54、B,病毒數(shù)據(jù)庫.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.htmlVIDEdB,病毒鑒定交換數(shù)據(jù)庫.au/research-groups/MES/vide/RDV,水稻(Rice)矮縮病毒基因組數(shù)據(jù)庫八蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫SWISS-PROT是對數(shù)據(jù)人工審讀很嚴(yán)格的庫http:/www.expasy.ch/sprot/TrEMBL是從EMBL庫中的核酸序列翻譯出來的氨基酸序列，已經(jīng)完成了自動(dòng)注釋http:/www.ebi.ac.uk:5000/PIR是蛋白質(zhì)信息資源的縮寫/pir/http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/GenBank是由GenBank中的DNA序列翻譯得到的蛋白質(zhì)序列，與TrEMBL相似、但沒有像后者那樣經(jīng)專家審讀biogen.fr/srs/PROSITE,由專家根據(jù)生物知識審編的SWISS-PROT蛋白質(zhì)序列中有生物意義的位點(diǎn)、模式和輪廓的數(shù)據(jù)庫http:/www.expasy.ch/prosite/Pro