DNAStar詳細中文使用說明書

1、Seque nee An alysis Software for Mae in tosh and Win dowsGETTING STARTEDIn troductory Tour of the LASERGENE SystemMAY 2001DNASTAR, I nc.1228 South Park StreetMadiso n, Wisc on si n53715(608) 258-7420Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.All rights reserved. Reproducti on, adaptati on, or tran slati on wi

2、thout prior writte npermission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, I nc.Sixth Editio n, May 2001Prin ted in Madiso n, Wisco nsin, USATrademark In formati onDNASTAR, Laserge ne, Laserge ne99, SeqEasy, SeqMa n, SeqMan II, EditSeq, MegAlig n, Ge n

3、eMa n, Protea n, MapDraw, PrimerSelect,Gen eQuest, GeneFont , and the Method Curtai n are trademarksor registered trademarks of DNASTAR,nc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc. Win dows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism373, 377 and 3700 are registeredtrademarks of Applera Corp

4、., ALFis a registered trademark of Pharmacia Biotech A.B.,MacVertor. and GCG. are registered trademarks of Pharmacopeia, Inc.Disclaimer & LiabilityDNASTAR, Inc. makes no warra nties, expressed or implied, in cludi ng without limitati on the implied warra nties of mercha ntability and fit ness fo

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10、EditSeq開始21從GeneQuest開始31從MapDraw開始44從MegAlign開始54從PrimerSelect開始65從Protean開始78從SeqMan II開始8919L A S E R G E N Ef o rWi n d o w s & M a c i n t o s hDNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 43 9e m a i l : s u p p o r t d n a s t a r. c o m在蘋果機(Macintosh )上的安裝與升級通過因

11、特網(wǎng)升級必備條件 下載升級程序軟件安裝必備條件從 CD安裝 Laserge ne77網(wǎng)絡(luò)安裝必備條件8定義8Dongle安裝10效勞器安裝10終端機安裝11疑難解答系統(tǒng)配置沖突與網(wǎng)絡(luò)問題12解決網(wǎng)絡(luò)問題的其他工具13授權(quán)錯誤報告14程序使用與更多的授權(quán)信息15通過英特網(wǎng)升級如果您以前已經(jīng)安裝了 Lasergene而且目前有升級和效勞聯(lián)系，您就可 以通過英特網(wǎng)來升級您現(xiàn)有的版本，各種模塊 module都是以自解壓形式存儲的，你可以選擇性的下載安裝。必備條件您的用戶名和會員號是必需的，可以在安裝盤上找到。程序升級備份您已有的Lasergene,找到您要升級的程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份的 文件夾中。連接

12、到 DNAstar的主頁(.dnastar.)，從菜單中的Customers 中點擊Lasergene Updates點，安提示輸入密碼和用戶名(與會員名相 同)，這樣就會翻開下載頁面，找到Macin tosh軟件(Mac in toshSoftware )，就可以下載您想要的模塊了。模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮到已經(jīng)安裝的DNAstar文件夾中替換舊的模塊文件。用Macintosh Finder翻開Lasergene瀏覽器，找到DNAstar文件夾，從 FILE MEN選擇UpdateApplications ，然后插入安裝盤，等待升級完畢。 軟件安裝本節(jié)介紹假設(shè)何從CDS蘋果機(M

13、acintosh )上安裝Lasergene。注意安裝 是盡量關(guān)閉所有其它程序以保證安裝順利進行。必備條件 一個人的Lasergene安裝盤;一 Laserge ne軟件光碟；足夠的硬盤空間和存：至少 30M啲硬盤，32M啲RAM從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊圖標(biāo)，E! 那么出現(xiàn)下面的窗口，點擊繼q.:辰kxme tv the In曲Ikr續(xù)那么出現(xiàn)安裝窗口。Ttu hKrtdkr 沖rssuppliriLicnE.曲污工 Uni cLi 詣 in M niAFT hl fcr 刊衣i胡窗口中有兩種安裝選擇：簡易安裝和一般安裝。簡易安裝可以運行于68K-family a

14、nd PowerMac in toshes。而一般安裝可以安裝工作站文件、執(zhí)行文件和樣品資料，我們推薦使用簡易安裝，如果使用一般安裝可以節(jié)省 5Mt的空間。注意安裝完畢后，要重新啟動計算機。網(wǎng)絡(luò)安裝Laserge ne網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)是可以運行于局域網(wǎng)計算機上的軟件。他有兩局部 組成：一是資料效勞器，效勞器要有較大的硬盤和較高的運行速度；二 是與效勞器相連的終端機。后者通過一個稱為dongle的Lasergene硬盤設(shè)備相連進行管理。必備條件 安裝磁盤效勞器版客戶端磁盤，包括安裝盤終端版和 Disk 1 終端版。Laserge ne軟件光盤DNAstar網(wǎng)絡(luò)用 dongle盤足夠的硬盤空間和存：效勞器

15、至少30Mb勺硬盤，8Mb勺RAM終端機至少1M的硬盤，32M啲RAM定義在安裝Lasergene網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)之前要熟悉以下術(shù)語：應(yīng)用程序：指 EditSeq, GeneMan, GeneQuest, MapDraw,MegAlign,PrimerSelect, Protean, and SeqMan II 。應(yīng)用程序效勞器：是指存儲應(yīng)用程序的電腦，通常與 don gle效勞器 是同一個效勞器， 但也可以不同， 當(dāng)在局部硬盤上安裝網(wǎng)絡(luò)程序時， 也可以在同一個網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)中同時存在多個不同的應(yīng)用程序效勞器， 而且應(yīng)用程序效勞器不一定是蘋果機，儲存應(yīng)用程序的機器也不一 定必須能夠運行該程序，僅僅是儲存而已

16、。終端機安裝又稱工作站安裝，安裝網(wǎng)絡(luò)版本Lasergene運行的最 小軟件局部，它包括以下在： LicenseKeeper ， Navigator ，和系統(tǒng) 資源。終端機：這可以是任何不作為 Dongle Server 的網(wǎng)絡(luò)上的機器。終端 機是任何最少穿過終端機安裝的機器， 這樣是使得Lasergene應(yīng)用程 序運行需要的最少、最低限度的軟件。Dongle: Dongle是網(wǎng)絡(luò)版Lasergene需要的硬件裝置。每個網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng) 都需要單獨的 Dongle。 dongle 是末端上帶 1個短的電纜的小的矩形的 裝置。有 2不同的種類的 dongles :一種是在計算機背后可與調(diào)制解 調(diào)器端口連起

17、來，有9個pin插頭；另一種有4個別針陽插頭，連接鼠 標(biāo)和鍵盤。Dongle效勞器：這是裝有Dongle的機器，它肯定是最少穿過終端機 安裝的蘋果計算機，這機器應(yīng)該始終保持運行。Navigator ：是為了更簡單的進行 Lasergene 應(yīng)用設(shè)計的工具。在必 要的情況下， Navigator 將自動安裝網(wǎng)絡(luò)組件， 而且為網(wǎng)絡(luò)安裝診斷 工具。LicenseKeeper :和Dongle交流的持有人的系統(tǒng)擴展局部。它告訴 dongle 哪個應(yīng)用被開始，這樣， dongle 才允許末個機器程序運行。 效勞器安裝：指Laserge ne軟件的完整安裝，包括應(yīng)用程序、LicenseKeeper 、Na

18、vigator 和系統(tǒng)資源。Dongle安裝使Lasergene網(wǎng)絡(luò)版能夠運行的第一個操作就是安裝 dongle。在你安裝 之前，請檢查你的 dongle 是否有 9-別針連接器 (connector) 或4-別針連 接器( connector) 。關(guān)閉你打算裝 dongle 效勞器那臺蘋果計算機的電源。如果你的 dongle 有9- 別針連接器( connector) ，把它連接到你的計 算機調(diào)制解調(diào)器的端口上。 調(diào)制解調(diào)器端口是一個有 9個外置接口的 設(shè)備，位于你的蘋果計算機的后面的展示板上，聽筒圖標(biāo)的附近。如果你的dongle有4-別針連接器，從鍵盤斷開鼠標(biāo)，把dongle接在鍵盤上，接

19、著，把你的鼠標(biāo)接在 dongle上。重新啟動蘋果計算機。如果你的dongle被接在蘋果計算機上，你必須按照dongle效勞器那樣進行軟件安裝。如果你打算將這機器作為文件效勞器，請安效勞 器安裝的方法安裝。如果你不打算將這機器作為文件效勞器，請安 終端機安裝的方法安裝。在對dongle效勞器施行成功的軟件安裝之后，在啟動時應(yīng)該出現(xiàn)右面的效勞器._/ 圖l5EF?/Eld 標(biāo)。效勞器安裝(Server Installation )這個安裝和在第5頁上所描述的軟件安裝過程根本相同的。由于大部分的網(wǎng)絡(luò)包括機器很多的不同的種類的68 K,和 Power Maci ntosh機器)，所以我們推薦您選擇簡易

20、安裝。EdR L<i4U? LAC tl Special在完成軟件安裝之后，如右圖操作共享Laserge ne應(yīng)用程序文件夾，這樣,其他的網(wǎng)絡(luò)用戶才可以使用。 如果你不能確定怎樣操作，請和你的網(wǎng)絡(luò)管Weiu r«l(jerPrintdense iLlndDU"芻IVGet 1nfnMlI 5harinnw.wOupiliicHtp比3£0UsaUE Hiia$Put Flujiai|levFinrl.(wtrFind Rgnin9£SPaqetup.File理員聯(lián)絡(luò)。終端機安裝(Client Installation 終端機安裝必須在全部需要對La

21、sergene效勞器操作的機器，但不是 文件效勞器的機器。插入安裝磁盤終端機版本，然后按照在第 5頁上軟件安裝的方法安 裝。隨后通過蘋果機菜單的選擇命令將文件效勞器和終端機相連。一些 網(wǎng)絡(luò)可以使用其他的方法進行相連。如果這步你有問題，請和你的 網(wǎng)絡(luò)管理員聯(lián)絡(luò)。從終端機上的DNASTA文件夾中運行瀏覽器。從文件菜單，選擇尋找應(yīng)用程序，你應(yīng)該收到如下信息：全部應(yīng)程 序用都被瀏覽器找到了?，F(xiàn)在就可以從文件效勞器運行 Laserge ne應(yīng)用程序了。疑難解答系統(tǒng)配置沖突一些系統(tǒng)配置可能會在安裝過程沖突，如果你不能從Laserge ne光盤成功地安裝，可以關(guān)上不必要的配置：用計算機控制板上的配置管理器關(guān)

22、閉任何不必要的擴展程序?；蛑匦聠幽愕臋C器，繼續(xù)安裝。網(wǎng)絡(luò)疑難找不到dongle效勞器是網(wǎng)絡(luò)問題中最常見的問題。當(dāng)你開始運行DNASTAS用程序時，你會遇到這問題，提示信息顯示：DNASTA許可服 務(wù)器沒有應(yīng)答，請再試一次。可能有以下幾個原因：是否裝有dongle的計算機被關(guān)閉，如果是重啟dongle機器即可。 是否don gle沒有接在蘋果計算機上，或者不在調(diào)制解調(diào)器端口或鼠 標(biāo)接口，按照第8頁Dongle Installation命令在蘋果計算機上重新安裝dongle。記住在除掉或者插入dongle之前先關(guān)閉計算機。如果你的dongle被接在IIfx ， Quadra 900或Quadra

23、 950等機子上,】：'Serini Smitrh=.wr l.lalOFjfrIWrmoRlfifn n er £ !: m I ii 葉皿 P*呻 rim unk-；i申塾 MrIs- ifm-C d K "0閃.川匕W 1你不僅需要重新安裝，還要進行如下操作：從菜單中選擇Control Panels 中的SerialSwitch 雙擊，就會出現(xiàn)右面的窗口。將Faster換成Compatible。然后重啟計算機。如果dongle已適當(dāng)?shù)乇唤釉谡{(diào)制解調(diào)器端口上，但是計算機不識別，那可能是你的計算機在booting期間里不是別調(diào)制解調(diào)器端口的記號。用LicenseK

24、eeper按下面的方法尋找調(diào)制解調(diào)器端口：Lkmsir.«Htier 血紳阿DUC1Diiiiijlf PtirftmelrtsDonqlf OMQif H«(iiD.Mrarfl meurjHE tauntlnme U ut mterul lEect-iISei Ini Id llotlo n Dkiki Se t Lice-nse Keeper啟動 Navigator。按 Optio n NETWORK MENUSet LicenseKeeper 的順序打 開右邊的LicenseKeeper對話 框。把Dongle Delay參數(shù)放到3秒上。單擊 LicenseKeep

25、er，接著 Done重啟蘋果計算機。如果問題還沒解決，和DNASTAR絡(luò)其他解決網(wǎng)絡(luò)問題方法要了解您的計算機和全部可通過網(wǎng)絡(luò)運行DNASTAR dongle效勞器，選擇 NETWORK MEN 的Diag nose Lice nseKeeper計算機將告訴您是否HIrh-lion& Mappifi4|dongle被安裝到你的計算LjuriiK b Qllyniivenlipqupm inq Pro 1 Mfiniaiipvrknl機上，是否存在FninerLicenseKeeper 系統(tǒng)配置。Help i. 4同時顯示 LicenseKeeper 站Quit點識別和版本編號。無論你的計

26、算機的授權(quán)狀態(tài)如何,Navigator 都會報告所有已連接的dongle效勞器的狀態(tài)。許可效勞器報告在網(wǎng)絡(luò)地帶附 近形成，可顯示全部對你的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)答的dongle效勞器的用戶名，站點識 別和版本編號。通常，你的LAN包括單一的dongle效勞器，但是，大的 網(wǎng)絡(luò)上可以有幾個。如果你的計算機被接在大的 LAN上，翻開這個報告可能會慢一些。確定全部LicenseKeeper效勞器的地點要求networkrequest被送到在LAN上每個區(qū)。至少需要1秒鐘才能確定是否有回應(yīng)。LicenseKeeper 錯誤報告如果授權(quán)系統(tǒng)沒有安裝，或者和 dongle效勞器連接困難，Navigator將 會發(fā)現(xiàn)問題，

27、報告錯誤信息。下面斜體為錯誤類型，其后是各自的原因。LicenseKeeper系統(tǒng)擴展沒在系統(tǒng)文件夾或擴展文件夾中。重新安裝 Lasergene客戶端軟件。Navigator不能和系統(tǒng)擴展連接，也沒在系 統(tǒng)文件夾中發(fā)現(xiàn)。對于 System 7或較晚的 Macintoshes ，如果你重啟 計算機時按下 Shift 鍵，那么可能發(fā)生這問題。 當(dāng)計算機起動的時候，按下了鼠標(biāo)按鈕或 Shift 鍵。重啟你的機器 。 因為系統(tǒng)擴展在啟動時被失活了， 所以 Navigator 不能和系統(tǒng)擴展交 流。你的機器上安裝了較老版本的Ma機網(wǎng)絡(luò)協(xié)議。安裝53或更新版本的Mac 機網(wǎng)絡(luò)協(xié)議。安裝的Ma機網(wǎng)絡(luò)協(xié)議不支

28、持系統(tǒng)擴展。在小的網(wǎng)絡(luò)或 closely-knit 的安裝上，這將不是問題，因為dongle效勞器與其他的客 戶機在同一個區(qū)。如果必要， DNASTAR為較新版本的Mac機網(wǎng)絡(luò)協(xié)議 (AppleTalk )提供驅(qū)動和 installation script。不能在網(wǎng)上注冊LicenseKeeper。和DNASTAR絡(luò)。由于你的計算機上有太多的其他的網(wǎng)絡(luò)處理，系統(tǒng)擴展不能進行網(wǎng)絡(luò)操作。這種情 況很少見，但如果您的計算機是網(wǎng)絡(luò)中介的話，有時也會發(fā)生。LicenseKeeper系統(tǒng)擴展所需的存不夠。關(guān)閉不必要的系統(tǒng)擴展。如 果你的操作系統(tǒng)在你的計算機上使用了全部的存，這也會發(fā)生。 系統(tǒng)文件夾被保護。

29、去除系統(tǒng)文件夾保護，重啟計算機 。系統(tǒng)文件 夾里的文件和已經(jīng)使用的文件不能夠保存。磁盤壓縮和口令保護的 擴展時會發(fā)生這些問題。重新安裝Lasergene工作站軟件。系統(tǒng)擴展使用的系統(tǒng)文件夾里的文 件不存在了。應(yīng)用程序的使用為了了解已連接的用戶的數(shù)目，用戶使用了什末程序，程序使用的時間, 可以從NETWORK ME翻開Application Usage 。窗口中還會顯示有關(guān)諸 如客戶/效勞器狀態(tài)，站點識別和LicenseKeeper系統(tǒng)擴展的版本編號等 一般信息。當(dāng)這窗口翻開時， Navigator將沒10秒鐘更新一次應(yīng)用程序 的使用信息。更多的LicenseKeeper信息計算機啟動時，Lic

30、enseKeeper將自動尋找網(wǎng)絡(luò)的區(qū)信息和每個區(qū)的dongle效勞器。只有標(biāo)識號與LicenseKeeper系統(tǒng)擴展相符的dongle服務(wù)器才能夠被識別。這允許1臺以上dongle效勞器在相同的網(wǎng)絡(luò)的圍操 作。如果網(wǎng)絡(luò)管理員改變了有don gle效勞器的區(qū)名并重新啟動don gle個圖標(biāo)效勞器，那末區(qū)外的所有終端機也必須重新啟動。LLKHI系統(tǒng)擴展作為Dongle Server成功啟動時，在啟動期間會出現(xiàn)這系統(tǒng)擴展作為終端機成功啟動時，在啟動期間會出現(xiàn)這個圖標(biāo)。系統(tǒng)擴展被安裝,但是由于較少的存或失活啟動時按下了鼠標(biāo)而不能啟動時會出現(xiàn)這個圖標(biāo)。WINDOWS勺安裝與升級18通過因特網(wǎng)升級必備條

31、件下載升級程序18軟件安裝必備條件19從 CD安裝 Laserge ne19通過英特網(wǎng)升級如果您以前已經(jīng)安裝了 Lasergene而且目前有升級和效勞聯(lián)系，您就可 以通過英特網(wǎng)來升級您現(xiàn)有的版本，各種模塊 (module)都是以自解壓 形式存儲的，你可以選擇性的下載安裝。必備條件您的用戶名和會員號是必需的，可以在安裝盤上找到。程序升級備份您已有的Lasergene,找到您要升級的執(zhí)行程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份的文件夾中。連接到DNAstar的主頁(.dnastar.)，從菜單中的Customers中點擊Lasergene Updates點，安提示輸入密碼和用戶名(與會員名相同)， 這樣就會翻開下載

32、頁面。找到 windows軟件(Windows 95/98/NT Software .)，就可以下載您想要的模塊了。模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮完畢。看至U“ Application namehas been updated. 說明升級完畢軟件安裝本節(jié)介紹假設(shè)何從C在 PO( Windows上安裝Lasergene。注意安裝是盡 量關(guān)閉所有其它程序以保證安裝順利進行。必備條件一個人的Lasergene安裝盤；一 Laserge ne軟件光碟；足夠的硬盤空間和存：至少 30M啲硬盤，32M啲RAM從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊安裝圖標(biāo)，那么出現(xiàn)下面的窗口，點擊繼續(xù)

33、那么出現(xiàn)安裝窗口。隨后一次出現(xiàn)下面窗口，請按照提示做出選擇然后點擊Next，直至完成安裝。8 - / 90從EditSeq開始EditSeq是能夠迅速、正確地輸入，并且修改 DNA或蛋白質(zhì)序列工 具。每個EditSeq文件都可以分為三個可編輯的局部， 上邊的一局部為 序列文件，中間的一局部里是評論，底部是序列的注釋。EditSeq能讀取大局部的序列格式一一包括 FASTA GenBank ABI、GC昏口 ASCII格式。你可以使用菜單命令或拖拽方式輸入序列文件。另 外，序列也許通過使用鍵盤輸入，或者從其他地方復(fù)制、粘貼得到。 經(jīng)Entrez或BLAST檢索得到的序列可以直接從因特網(wǎng)或企業(yè)部互

34、聯(lián)網(wǎng) 效勞器下載。序列被翻開后，EditSeq能使用標(biāo)準或者指定的遺傳密碼進行翻譯， 或者反翻譯，尋找開放讀框，還可以進行閱讀校對。另外，EditSeq能以Gen Bank FASTA和GCG式輸出序列。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTA聯(lián)絡(luò)。：608258-7420,: 608 258-7439，電子信件：supportdnastar.，或者經(jīng).dn astar.翻開已有序列23尋找開放讀框24DNA序列翻譯24遺傳密碼選擇使用25遺傳密碼修改25序列的反向互補與反向轉(zhuǎn)換26BLAS檢索27序列信息查看28序列校讀29序列的保存與輸出29翻開已有序列我們從用蘋果計算機翻開“ TE

35、THIS21MA和用Windows翻開“ tethis21.seq 開始。假設(shè)序列的末尾有載體序列污染。我們在用EditSeq翻開序列的同時，用Set Ends命令去除5'和3'污染序列從文件菜單FILE MENU，選擇Opee翻開文件夾“ Demo Sequence單擊選定序列“ TETHIS21'iki業(yè)卑町TTTAA .巫 bp單擊位于對話框右下角的 Set Ends按鈕。Set Ends被翻開如右。在5'框和3'框中鍵入50和850,點擊OK單擊Open翻開序列' 當(dāng)EditSeq窗口翻開時，序列長度顯示在右上角。通過“setting e

36、nds, 現(xiàn)在你只有最初序列中的801 bp的片段。Set Ends選擇在全部Lasergene應(yīng)用程序中都可以使用。LengthTriple Irdimtar Paation/SeI&c4ion RangeProdicin/DNA bpn ，-> "745 - E P匚1CTHI821MA: SEOLJENCEHF掃口 1 hp氣.i.,帆丨北甲呼間 UENCEWindwpcine Dividerbp Range Fedure Key /note iedFEATURES卩 rodreadl AbudPeuse Proofread nc'nAffiHAT-RAT

37、 RTCCPATCRGRFCKRJARflHGflR.R TFTC2RHT CfttftTjCITITTTfl RTflGRflGflrRCflGFICTGGflFSHRGHRRRBR HGFHffiGGRTAHTCCftGRRHHRHHrCHTRRTTflTaiRflRTRTHRHT RFAWGHAAflqAflG7flFFAAHrCCRTITflTC3rC：CFRGRRf1GCTAMV ov OV& 0 & 0112Hnd NextixarchFind Previous尋找開放讀框在這入門的一局部中，我們將確定序列中最大的ORF并翻譯它:Sea rrh曰 初< 扉01

38、'山QliteriiiAiia>rAA)biiurey營儷f.fiincl l*rcvia幗Hud從 SEARCH MENU至U ORF 點擊翻開會出現(xiàn)右邊的對話框。單擊 Find Next 尋找第一個ORF的位置。繼續(xù)點擊Find Next直到你把 ORF的位置選定在位置 183-455。ORF的坐標(biāo)會出現(xiàn)在EditSeq窗口的頂端附近。DNA序列翻譯這一節(jié)中我們介紹如何翻譯我們的 ORF不過任何序列中的讀框局部都 可以用下面的方法進行翻譯。 如果你的選擇是在三聯(lián)碼的讀框， 三聯(lián)碼Inplef ifuiprr_XEbtUS J?tE 口Q千 Q WW2QE J SIGq I?.

39、1 , Ll、$r1.LOCUS勺師bEFIhjlTTtlH T. -tMer-rop hiL i racr CESSiai M31331Mi翔詞珅 ij臚i：怖工餌a帖 <5指示棒顯示為實心黑線如左圖。如果你的 選擇是不在三聯(lián)碼的讀框，左邊的箭頭和右 面的箭頭顯示向左或向右移動一個 bp,以使 所選序列成為三的倍數(shù)。選定ORF從GOODIES MENU單中選擇翻譯Tran slate 。翻譯的蛋白質(zhì)序列出現(xiàn)在一個新的未 命名窗口中如右圖。它是使用標(biāo)準 的遺傳密碼翻譯的。intraed Pro *2 : photennm.M乳第ElQ .F洛占斗FK UKL NimAE KEDYPT R

40、UFF H羈斤應(yīng) LEE i e kkkh irqxkMzq n t 糾在 k 呻 i pf 卜HIP麗IF P|. LKtGBWqW>3K 'SF aTSSRSDSTLII'iYFPfiR., TL - w盯了；.J帀ttf印 鄒 PL 舟 TFYPHHSl PTF 與 PtYPIRF 護巧 LL301I 20I 50r bdIron- late Clu Seaquence TETHIUlhHd. 8BI) Hfi th Ciliats HocmrwElcir Ccdfl.'taleculiir314ftl .BL DoIpdtm2&4 Mine lic

41、idsI : :口ElimM腮LHUHEBnilundfitd tenelit： CiideMncrnnur lP<irEthlnDdffrmate Milo ImiFBrtebrate Mito Mnld Mrlw tl Mjyc-ouhsirio Plaflil Milo roioE-Don Mino lirrlRhriilH Miln TvveI Mitv 日吐bl E.tflli Rei? Trtin% uegen. t.toiii Beu 1 rans Mfliifl Hid liiQin Kffll II CIIH iumt Eaii Reu irans V«a(l

42、 Rmj Tran i Mod 阿 enm 使用其它遺傳密碼根據(jù)你的序列的來源，你可以選擇使用非標(biāo)準的遺傳密碼進行翻譯等操 作。在這節(jié)中，我們將標(biāo)準的遺傳密碼轉(zhuǎn)換成Ciliate Macro nu clear密碼。從 GOODIES MEN菜單項選擇擇 GeneticCodes翻開，子菜單顯示如左。單擊“ Ciliate Macro nuclear就實現(xiàn)了遺傳密碼的轉(zhuǎn)換，EditSeq現(xiàn)在使用的就 是 Ciliate Macronuclear的遺傳密碼。同樣可以將遺傳密碼轉(zhuǎn)換為其它類型。遺傳密碼的編輯這一節(jié)中我們修改Ciliate Macro nuclear的遺傳密碼Gode EddtaiR從

43、 GOODIESMENU菜單項選擇擇 Edit Selected Code 。這將翻開右 面的窗口，窗口顯示遺傳密碼是怎 樣翻譯DNA和RNA序列的。如以DNA形式展示密碼，點擊 DNA 按鈕。編輯時，單擊任何要編輯的密碼，從其目前的位置拖到新氨基酸對應(yīng)的位置那么可。如使用不同的啟始密碼子，單擊 Set Starts按鈕。第二的遺傳密碼 窗就會被翻開，可以進行起始密碼子選擇。單擊任何氨基酸(或者codon位置)，該密碼子就會變成綠色，而且 旁邊出現(xiàn)一個箭頭，它就被設(shè)定為起始密碼子了。如要去除，只需 單擊它即可。如不保存，那么單擊取消；如要保存，單擊保存為。序列的反向互補與反向轉(zhuǎn)換下面的步驟可以

44、用于反向測定的序列的正確輸入。選定序列。從 GOODIES MEN菜單，選反向互補序列(Reverse Complement)，或者把序列顛倒過來(Reverse Sequenee )命令，那么被選定的序列就被翻轉(zhuǎn)互補或翻轉(zhuǎn)過來了BLAST檢索下面我們將在 NCBI的BLAST效勞器上對TETHIS21序列進行相似性比 較。注意為了進行BLASTS找必須保證因特網(wǎng)的連接。 如果你沒有連接 因特網(wǎng)，跳過這局部，繼續(xù)下一局部。選定序，或者從EDIT菜單中選擇Select All 。fU# 5T0I 忡仔 Plrhun TFTHih?1klA<1>8IM)從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單NET SEARC

45、IMEN選擇 BLAST查找。BLASTCancel對話框就會出現(xiàn)。程序默認為blastn，數(shù)據(jù)庫默認是nr，參數(shù)轉(zhuǎn)換請參照幫助單擊0K開始查找。如下。上邊的局部是按可能性的順序顯示尋找結(jié)果顯示為兩局部檢索到的序列的名字，下面的局部顯示上面局部選定序列與提交序列上邊序列比擬的具體結(jié)果。有關(guān)“score 和“ expectation 的詳細的信息在NCBI' s網(wǎng)點一.n cbi. nlm. /BLAST.可以找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation 提示較好的相似性。BLAST結(jié)果窗最上邊的3鈕被用來翻開，或者保存檢索到的序列， 或者讓你了解更多的

46、有關(guān)信息。F面我們從用“ Create Docume nt鈕來翻開評分最高的5序列開始:單擊 Create Document。一個小的對話框出現(xiàn)。在左上角有一個下拉菜單顯示| I仃| 5 IsEquences：ID MDC5-tnr； iMlUDSEfilAeniGC口匕 ratitu'| jricel |14默認default 。單擊下拉菜單，選頂端Top。并在右面的文本框中寫入5單擊OK EditSeq自動查對多余序列。如果 EditSeq提示至少2序 列是同一個，請點擊OK EditSeq將從因特網(wǎng)數(shù)據(jù)庫下在單一的序 列，并分別翻開一個單獨的 EditSeq窗口。F面我們用“ B

47、atch Save 鈕將3-10序列保存為EditSeq文件：選定從頂端起第3個序列。單擊Batch Save。小的灰色的對話框出 現(xiàn)。單擊下拉菜單，選Next。并在右面的文本框中寫入 8。點擊Set Location ，顯示文件夾對話框。選定你要保存序列的位置。單擊0K回到灰色的對話框。單擊OK保存序列，文件擴展為“ .seq 。在下載過程期間，EditSeq 自動查對重復(fù)的序列。如果 EditSeq提示至少2序列是同一個，請 點擊0K除非你收到錯誤信息，否那么可以認為你的序列已經(jīng)成功下載。最后我們可以使用“ Launch Browser 鈕查看序列的詳細信息Nucleotide QUERY

48、選定序列。選 擇 LaunchBrowser。你的網(wǎng)絡(luò)瀏覽器將翻開右面的窗。如刊zr I !旻u |一呷州r L3 I TLDLpjTl. L HP憶Mi NEiWiteiTHTiISaW 颶 b 5UW*5 W-帶和>Ef IMI1 AJh T - tfe-mqzi-ii Lc raznamic. jr ha rtane, rl2S-l:.: Le Ie 匚En心環(huán)心工Fll>EttFBF.tmz、in缶r=jW監(jiān)£T -Up rakrjrpjt Irjr UnA.,UHjMISM TeitndhinieTiQ Whemcphkj|Eumrjioiiflts miudw

49、idrinL emorruts；. Almlntii; ciiwnarn; WqnlrjlflnEnrmE； Nkmtnm柚 如：Ttmynrnlung： Te iruhjirH.EEfEK3JJZ5 L tCSM 1 to 36)mumjiswwsaigajH-d dn 電 w >md m io J.TFIEChrrarenzc*icn of 牌 ofHZ qsrp» Fkci rmcrnnurl elw Teetcbjmro 出singnlnTijw,Mf lecc £fLdB IW. 15f 彌 1 巧命(1 鷄門»1E11IL=I- ULTUIEII

50、fiMtlfiAitLHl iMftnSfiLIWIP.AFF.firar T 空1= T* IMS QJMU/d&2 c rrf=1 Hi 4inEMLlB3,nTO</nate'f 1 nilVB. (irujr >31 i. 3* md pul.J; puhcLijE1序列信息查看選定序列的一局部。如果你倒是 希望全選序列，從EDIT MEN菜單，選擇 Select All 。從 GOODIES MEN菜單，選 DNAnMi弘秋創(chuàng)cQB.E：Lnt InFn djnut IE TH SZlIttf 1, ®6>T-tsl Fn-Jlicr cf

51、 baE4-；ii隔3右予廂尸眄1 6 li .47U13T - ». J3：Mi匚U婦MJJ aiLIIlU-5 血PIi t*r 軸 M壓呵1- 3) 57I?財0 iiE'ts-Ln jR'th Haiti mg Tsmj C?7.29/jLLace Tripwk現(xiàn)在我們要使用EditSeq菜單指令查看有關(guān)翻開的 TETHIS21序列的信Statistics。就會出現(xiàn)右面的窗口，顯示序列信息序列校讀在我們學(xué)習(xí)保存和輸出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校讀功能這功能能幫助你校正測序膠中的錯讀。選定序列。單擊校對發(fā)音圖標(biāo)序列窗口底部開的嘴，或者從 SPEECH

52、MENU選Proof-Read Sequenee。電子的音聲就會開始朗讀所選的序列。注：如果你聽不見任何聲音，檢查你的計算機的喇叭是否已經(jīng)翻開。要改變音聲read-back的速度，從SPEECHMEN菜單，選擇Faster orSlower。要停止校讀，點擊圖標(biāo)手，或者從 SPEECH ME菜單，選擇Proof-Read Sequenee。序列的保存與輸出首先創(chuàng)立一個用于保存的序列。從文件菜單，選New中的NewDNA或者New Protein。將序列寫入出現(xiàn)的窗口。如果你輸入非法字符，計算時機發(fā)出警告。然后，我們將序列保存為EditSeq文件：從文件菜單，選Save。選定保存位置。給序列命名

53、。單擊保存那么可。以Ge nBa nl或GC格式保存序列：從文件菜單，選Export。選定保存位置。為sequences 選格式。給sequence(s)命名。單擊保存那么可。以FAST格式保存序列：從文件菜單，選Export 1個序列，或者Export All As One 多個序列。當(dāng)使用Export All As One 的時候，如果DNAS蛋白質(zhì)文 件同時存在，激活窗口的序列類型與你保存的類型是一致的。EditSeq僅僅將寫入的序列保存為FASTA&式。選定保存位置。選FAST格式。給sequences命名。單擊保存那么可。從Gen eQues開始Gen eQuest可以幫助你

54、發(fā)現(xiàn)和注釋 DNA序列中的基因，并幫助您操 作生物學(xué)所關(guān)心的DNA勺其他feature :包括ORFS拼接點連接，轉(zhuǎn)錄因 子結(jié)合為點、重復(fù)序列、限制性且酶酶切位點等。通過應(yīng)用“methods到序列，序列的feature可以以圖形的形式展示出來。你可以在序列上 注釋任何你發(fā)現(xiàn)的feature。和其它的Lasergene應(yīng)用程序一樣，GeneQues也提供整合的BLAS和Entrez尋找功能。GeneQues能直接翻開DNASTARABI和 GenBanl文件。其他格式的 序列文件也可以使用EditSeq改為DNASTAlR式。如果你知道Genbanl序 列的登錄號或名稱，你可以直接翻開序列。另外

55、，你還可以在En trez數(shù)據(jù)庫進行序列查找和輸入。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTA聯(lián)絡(luò)。：608258-7420,: 608 258-7439，電子信件：supportdnastar.，或者經(jīng).dn astar.容翻開已有分析文件33Gen eQues 的 DNA 析方法34用分析方法操作35方法參數(shù)改變36結(jié)果展示優(yōu)化37Feature 注釋38BLAS檢索39Entrez Database 檢索41Gen eQues的其他特點42保存分析文件43翻開已有分析文件在這一節(jié)中，我們將對已有的 Gen eQuest文件也叫做Gen eQuest分析Do nt?CpmnihirLpipnl Jilts90“ Nematode R01H10. 進行操作。從文件菜單，選擇Open翻開一個和右邊相似的窗口。在蘋果計算