研究上皮細(xì)胞的分化動態(tài)組會文獻(xiàn)分享課程PPT實(shí)施課件

1、研究上皮細(xì)胞的分化動態(tài)組會文獻(xiàn)分享differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell宣講人：XXX 時(shí)間：20XX.XX背景方法結(jié)果總結(jié)目錄目錄01組會文獻(xiàn)分享背景02組會文獻(xiàn)分享方法03組會文獻(xiàn)分享結(jié)果04組會文獻(xiàn)分享總結(jié)組會文獻(xiàn)分享背景組會文獻(xiàn)分享背景第一部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiatio

2、n dynamics of mammary組會文獻(xiàn)分享背景NATURE COMMUNICATIONSDIFFERENTIATION DYNAMICSEPITHELIALCELLS REVEALEDCELL RNA SEQUENCING組會文獻(xiàn)分享方法組會文獻(xiàn)分享方法第二部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary組會文獻(xiàn)分享方法nulliparous: 未生小鼠期（8周歲）gestati

3、on：懷孕期lactation：哺乳期（6天）involution：斷奶期（11天）組會文獻(xiàn)分享方法 平臺： 10X Chromium RNA seq加工：Cell Ranger組會文獻(xiàn)分享結(jié)果組會文獻(xiàn)分享結(jié)果第三部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary組會文獻(xiàn)分享結(jié)果t SNEt SNE分析和分析和相關(guān)性發(fā)現(xiàn)生相關(guān)性發(fā)現(xiàn)生物重復(fù)性物重復(fù)性很好很好（ t-t-分布領(lǐng)分布領(lǐng)域嵌入算法）

4、域嵌入算法）以等級聚類的以等級聚類的方法分群，去方法分群，去掉內(nèi)皮細(xì)胞和掉內(nèi)皮細(xì)胞和免疫細(xì)胞免疫細(xì)胞群群組會文獻(xiàn)分享結(jié)果以等級聚類的方法分群，去掉內(nèi)皮細(xì)胞和免疫細(xì)胞群，最終分成了15個(gè)群（23,184個(gè)細(xì)胞）通過Krt18, Krt8,Krt5, Krt14 和 Acta2, 將15個(gè)群分為兩類：luminal型和 basal型basal型通過Krt18luminal型Krt14 和 Acta2組會文獻(xiàn)分享結(jié)果基因表達(dá)Luminal型根據(jù)激素受體（hormone receptors）基因表達(dá)的高低分為兩類Luminal型根據(jù)激素受體在低緯度下面，計(jì)算細(xì)胞之間的距離，代表著分化過程diffusi

5、on maps 重建組會文獻(xiàn)分享結(jié)果diffusion maps 重建在低緯度下面，計(jì)算細(xì)胞之間的距離，代表著分化過程發(fā)現(xiàn)luminal型和basal型之間有個(gè)明顯的分離，沒有有任何的轉(zhuǎn)移diffusion diffusion 組會文獻(xiàn)分享結(jié)果說明了在正常的組織中都是自穩(wěn)態(tài)的）在luminal有兩條分支一條是朝著激素感應(yīng)方向C6 C2 C4、C5 C6 C10 C8 感應(yīng)方向感應(yīng)方向組會文獻(xiàn)分享結(jié)果降低細(xì)胞數(shù)目100% 50% 25%HVGPCA選擇與 luminal型有關(guān)的基因降低細(xì)胞利用pseudotime分析，通過細(xì)胞的演化來排列細(xì)胞排列細(xì)胞組會文獻(xiàn)分享結(jié)果利用pseudotime分析，

6、通過細(xì)胞的演化來排列細(xì)胞，可以在細(xì)胞分化過程中鑒定基因表達(dá)的改變456個(gè)擬時(shí)依賴性表達(dá)的基因1005個(gè)branch特異基因細(xì)胞的演化組會文獻(xiàn)分享總結(jié)組會文獻(xiàn)分享總結(jié)第四部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary組會文獻(xiàn)分享總結(jié)但是發(fā)現(xiàn)又與未生小鼠的狀態(tài)不同C6、C7之間的差異表達(dá)基因最多PI前體細(xì)胞保持了經(jīng)歷懷孕和哺乳的經(jīng)歷哺乳期后，又返回到了懷孕前狀態(tài)組會文獻(xiàn)分享總結(jié)分成了15個(gè)細(xì)胞群重建分化過程擬時(shí)分析Luminal 前體到腺泡的分化但是都是Luminal 前體；C6 主要是未生孕；C7 主要是產(chǎn)后鑒定C7仍然是Luminal 前體研究上皮細(xì)胞的分化動態(tài)組會文獻(xiàn)分享differentiation