Gel-Pro操作示范手冊（精編版）

1、Gel-PRO ANALYZER凝膠定量分析軟件操作示范手冊GelPro ANALYZER是方便快捷，功能強大的凝膠定量分析軟件，為幫助您快速掌握 GelPro ANALYZER的功能，我們在以下的八個章節(jié)中給出一些常用功能的使用詳解，讓您輕松深入地了解Gel-PRO Analyzer凝膠定量分析軟件的常見操作以及應(yīng)用領(lǐng)域。概 述泳道分析DNA分析分子量計算單一條帶分析單一條帶Dot-blot電 泳 分析 Dot-blot電泳菌落計數(shù)菌落計數(shù)測量面積 / 密度測量面積 / 密度報告輸出 報告生成器實驗報告輸出宏 Macro宏的功能與應(yīng)用第一章概述 -泳道分析1. 蛋白質(zhì)電泳分析第一步 :打開圖

2、“ “啟動個GelPro 程序后，首先會看到以下畫面?？稍谠搶υ捒蛑羞x擇實驗類型（如圖1），并輸入相關(guān)數(shù)據(jù)：圖 一 a圖一 b打開圖“ “之后，會出現(xiàn)圖二工具框，或單擊工具欄中1D- Gel”。第二步 :使用 Rotate旋轉(zhuǎn)功能（如圖2）：凝膠成像泳道往往沒有與圖片框平行，利用 Rotate功能對其進行校正。如圖二 a 和 圖二 b 所示。 旋轉(zhuǎn)角度輸入” Angel”框中。圖二 a圖二 b第三步 :自動尋找泳道，點擊“ Lanes”，出現(xiàn)圖五，單擊“ Find Lanes ”，軟件將自動尋找泳道（如圖3）（ 圖 三）（圖四）第四步 :調(diào)整泳道范圍框的長度利用鼠標點擊泳道邊框，調(diào)整泳道范圍，

3、（如圖四）。第五步 :使用“ Lanes”窗口的功能進行調(diào)整有時因凝膠照片的原因，需要添加或刪除泳道。單擊“ Delet Lanes”后， 出現(xiàn)一對話框， 點擊對應(yīng)泳道，刪除該泳道后，可再用Add Lanes 進行添加?！癈urve Lanes” 可對彎曲泳道進行校正，點擊“Labels ”，再選擇相應(yīng)泳道進行標簽設(shè)置。（圖五 ） 第六步 :泳道的密度輪廓窗口點擊“ Find Lanes”后會同時出現(xiàn)一單一泳道的光密度輪廓的窗口（如圖六），也可在” Plot ”下拉菜單中選擇“ show all lanes”顯示全部泳道密度輪廓曲線（如圖七）（圖六）（圖七）第七步 :使用“ Bands” 窗口

4、的基本功能在“ Bands”窗口中，“ Min. band height：”可對泳帶靈敏度進行調(diào)節(jié)（如圖八-1/2/3/4）， 通過“ Min. band height：”指標的調(diào)整，觀察該指標對設(shè)定自動選擇BAND的靈敏度所起到的作用。（圖八-1 ）（圖八 -2 ）（圖八-3 ）（圖八 -4 ）第八步 :“Slant窗口的功能使用“ Slant ”（如圖 九），” Auto Slant Lines ”功能將自動對傾斜電泳的矯正，也可通過” Add Slant Line ”, 先將鼠標放于相應(yīng) Band 之上（這時光標會變?yōu)樾菭睿?，至少選擇兩條以上 Bands（如圖 十），點擊提示框中的“

5、OK”即可，“ Next MW”，將對下一條 Line 進行校正。（圖九）（圖十）第九步 :設(shè)定分子量標準單擊” 1D- Gel”中” MWStandard ”，可在下面對話框中（如圖十一）設(shè)定分子量；設(shè)定的分子量可顯示在圖像中（如圖十二）。（如圖十一）（如圖十二）第十步 :計算結(jié)果（圖十三）（圖十四）軟件對總量（如圖十三）、分子量（如圖十四）、匹配比較（如圖十五）、OD值（如圖十六）的計算結(jié)果顯示如下。（圖十五）（圖十六）單擊” 1D- Gel”中” Result ”即將顯示上述數(shù)據(jù)表格，數(shù)據(jù)計算包括分子量和帶的含量，在菜單” Show” 中可以選擇顯示其中之一或二者同時顯示。帶的量以下列形

6、式之一表示：帶單位的質(zhì)量 （在表格上方選擇框中選擇” Amount”），在整個泳道中含量的百分比（選擇”%”），相對豐度（選擇”，這里相對豐度值也就是百分比的數(shù)值形式） ；絕對積分光密度（選擇”IOD”，即帶在整個泳道中的量）；最大積分光密度（選擇”，即在整個泳道中的光密度最大值）。分子量由用戶在第九步設(shè)定標準（Marker ）泳道后，其余泳道參照Marker 算出。各帶分子量有以下兩種顯示方式：1. In rows of equal Mol.Weight/Rf，同排表格中的帶分子量有相似的數(shù)據(jù)，最大相差間隔可在Amounts Calibration Options對話框中調(diào)整，默認值為3%。

7、如選擇In rows of equal Rf，則分子量根據(jù)事 先選定的分子量參考數(shù)據(jù)得出。2. Packed，緊湊型：每一帶以在泳道中的順序表現(xiàn)。同排表格中數(shù)據(jù)不一定有相似的分子量。帶的含量計算有以下幾種顯示方式：1. 在” Loads”中設(shè)定每條泳道上樣的總質(zhì)量，在表格中各帶的質(zhì)量參照各泳道上樣的總質(zhì)量計算獲得。同時在” Calibrate : Ratio to Band/Lane”選擇” The amount loaded in lans”。2. 在” Calibrate : Ratio to Band/Lane”中選擇” The amount in the same band in 列數(shù)

8、 ”，數(shù)據(jù)將選中列的各帶量為標準或1，其余帶參考其值計算。3. 在” Calibrate : Ratio to Band/Lane”中選擇” The amount in band onrow in 行數(shù) ”，數(shù)據(jù)將選中行的各帶量為標準或1，其余帶參考其值計算。4. 在” Calibrate : Ratio to Band/Lane”中選擇” The band in lane row ”，數(shù)據(jù)將選中所在行，列的帶含量為標準或1，其余帶參考其值計算。5. 根據(jù)標準刻度計算” the standard calibration” 。 其 后 在 ” Calibrating amounts from k

9、nown bands”對話框進行調(diào)整。如圖調(diào)整時先單擊Add/Change 按紐，然后在相應(yīng)帶上點擊，對 Band amount 中出現(xiàn)的質(zhì)量進行調(diào)整即可，至少應(yīng)選擇兩點進行曲線校正。在其它電泳的處理中，校正方法與此類似。圖十七顯示方式選項的旁邊有一選擇框”Rel/Band ”。如果80 ng 質(zhì)量樣品上樣，帶的量為整個泳道的15%，則帶的質(zhì)量為80 x = 12 ng。因為帶之間的間隔關(guān)系，所有帶之和未必是80（百分比形式則不為1），選擇該項調(diào)整，所有帶之和可為80（百分比形式為1）。在對話框” File ”中可將數(shù)據(jù)輸出到剪貼板，文件或Excel 。在” Show”下拉菜單中選擇選擇”Ma

10、tch”，會出現(xiàn)匹配比較的結(jié)果，即與參考泳道比較后找出是否存在與參考泳道中帶分子量一致的帶，如有以綠色標記和1 表示，如無用紅色標記和0 表示，如比較的泳道有參考泳道中沒有的帶，則這些帶以藍色標記和-1表示。 通過概述您應(yīng)了解Gel-Pro分析軟件的基本操作流程，以及結(jié)果顯示的不同方式以及數(shù)據(jù)的校正。第二章 DNA分析 分子量計算1.DNA電泳分析第一步 :打開圖“ “ ( 如 圖十七 )選擇實驗類型” DNA ANALYZE”R ：( 圖十八 )(圖十九 )第二步 :應(yīng)用 Best fit功能，自動圖像的對比度、亮度，使圖像更便于觀察分析( 如 圖十八 )第三步 :選擇“ Lanes”自動尋

11、找泳道( 如 圖十九 ) ，應(yīng)用添加“ Add Lanes”加入未找到的泳道（如圖二十）。（圖二十 a）（圖二十b）第四步 :選擇“ Bands”窗口矯正“Bands”的彎曲度( 如 圖二十一 ) ，選擇“ Add Curves ”（如圖二十二）。( 圖二十一 )(圖二十二 )第五步 :選擇“ Bands”窗口矯正“ Bands”的彎曲度( 如 圖二十三 ) ，選擇“ Add Curves ”矯正（如圖二十四）。( 圖二十三 )(圖二十四 )第六步 :利用“ Bands”窗口中“ Labels ”標注功能( 如 圖二十五 ) ，結(jié)果（如圖二十六）。( 圖二十五 )(圖二十六 )第七步 :設(shè)定分

12、子量標準（如圖二十七）；結(jié)果顯示（如圖二十八）。（圖二十七）（圖二十八）第八步 :查看分子量計算結(jié)果“ （如圖二十九）。（圖二十九） 本節(jié)重點是加深對Gel-Pro在圖像矯正方面的特點及分子量的計算功能等。第三章單一條帶分析1.第一步 :打開圖“ ( 如 圖三十 ) ，選擇“ AOI”功能設(shè)定分析范圍( 如 圖三十一 )選擇實驗類型”SINGLE BAND ANALYZE”R：( 圖三十 )(圖三十一 )第二步 :選擇“ Lanes”自動尋找泳道，調(diào)整泳道范圍( 如 圖三十二 ) ，查看泳道輪廓窗口( 如 圖三十三 )( 圖三十二 )(圖三十三 )第三步 :選擇“ Results ”查看計算結(jié)

13、果( 如 圖三十四 )( 圖三十四 ) 本節(jié)重點是了解Gel-Pro針對單一條帶分析的解決方案。第四章Dot-blot電泳分析1.第一步 :打開圖“ ( 如 圖三十五 ) 。 選擇實驗類型”Dot-blotANALYZE”R 或單擊工具欄中” Dotblot ”：圖三十五第二步 :打開“Dots “窗口（如圖三十六），在選項功能中設(shè)定相關(guān)數(shù)值，選擇“FIND DOTS” ( 如 圖三十七) 。（圖三十六）（圖三十七）第三步 :打開“Mass /IOD“窗口，查看IOD 計算結(jié)果 ( 如 圖三十八 ) 。在該窗口菜單” Show”中可顯示積分光密度，最大光密度，最小光密度，以及經(jīng)校正后的質(zhì)量。圖

14、三十八第四步 :打開“Show“菜單中的“Options ”選項窗口，選擇參照行或列，進行相似比較( 如 圖三十九 ) 。（圖三十九）第五步 :觀察數(shù)據(jù)窗口變化( 如 圖四十 )( 圖四十 ) 本節(jié)重點是了解Gel-Pro針對 Dot-blot電泳分析的解決方案。第五章菌落計數(shù) - 培養(yǎng)皿計數(shù)1.第一步 :打開圖“ “ ( 如 圖四十一 ) 。選擇實驗類型” Colony Counting”：圖四十一第二步 :打開“ Colony Counting”窗口，選擇自動計數(shù)或手動計數(shù)功能。( 如 圖四十二 ) 。( 圖四十二 )第二步 :我們主要介紹手動計數(shù)功能，選擇“NO”，打開“計數(shù)”選項窗口(

15、 如 圖四十三 ) 。( 圖四十三 )第三步 :在“ Measure”菜單中選擇“Select Measurements”窗口選擇想要的計算結(jié)果( 如 圖四十四 )（圖四十四）第四步 :在“ Ranges”中選擇計數(shù)范圍( 如 圖四十五、四十六)通過在圖四十五Segmentation對話框中調(diào)節(jié)Level范圍，可對顯示的記數(shù)點進行選擇，被選中的點將在圖四十六中顯示出來。四十五四十六第五步 :點擊“ Count ”觀察原圖中的變化，及“Total Count”數(shù)值 ( 如 圖四十七、四十八)( 圖四十七 )（圖四十八）第六步 :點擊“ View”菜單查看不同的計算項目：“計算數(shù)據(jù)” 、“統(tǒng)計”、

16、“分布直方圖”( 如 圖四十九、圖五十、圖五十一)（圖四十九）（圖五十）（圖五十一） 本節(jié)重點是讓客戶了解Gel-Pro應(yīng)用在菌落計數(shù)等相關(guān)實驗中的解決方案。第五章測量面積 / 密度1.第一步 :打開圖“及”Area DensityTools ”窗口( 如 圖五十二 ) 。選擇實驗類型”Area Density”：圖五十二 第二步 :點擊“ Efine Region” 可以選擇以下兩種選擇范圍的工具( 如 圖五十三 )( 圖五十三 )兩種工具中前者是魔術(shù)棒工具，鼠標左鍵單擊自動選擇，按住Ctrl鍵即可多個選擇，后者為手動選擇工具。第三步 :利用上面的工具點在圖中選取需要計算的范圍，點擊鼠標右鍵確定目標，可反復(fù)操作( 如 圖五十四 )( 圖五十四 )(圖五十五 )第四步 :在”Area DensityTools ”窗口中可以實時得到相關(guān)的計算結(jié)果：“平均密度” 、“面積”等 ( 如 圖五十四 ) 本節(jié)重點是了解Gel-Pro中“ Area Density Tools”測量工具的應(yīng)用。第六章實驗報告輸出Gel-Pro具有自動生成實驗報告的功能，單擊工具欄中的”Report Generator”，選擇一模版后即可。在報考中可插入實驗中的圖像，表格，使您能輕松完成報告，并能定做具有自己特