3圖解：如何在NCBI上找到HNF-4基因第4個外顯子的序列ppt課件

1、如何在如何在NCBIHNF-4基因第基因第4個外顯子的序列個外顯子的序列1;.2事實上，在事實上，在NCBI有很多種辦法可以確定某個基因的外顯子或者內(nèi)含子，當(dāng)然有很多種辦法可以確定某個基因的外顯子或者內(nèi)含子，當(dāng)然還有還有UTR區(qū)域。今天只介紹一種。通過區(qū)域。今天只介紹一種。通過Blast是一種辦法，但不夠直觀，需要是一種辦法，但不夠直觀，需要判斷的條件要多一些，經(jīng)驗也需要多一些。如果條件允許的話，我們可以借判斷的條件要多一些，經(jīng)驗也需要多一些。如果條件允許的話，我們可以借助其它一些專門的軟件助其它一些專門的軟件,讓事情變得容易。讓事情變得容易。3準(zhǔn)備工作準(zhǔn)備工作首先介紹首先介紹NCBI的其中一

2、個軟件，的其中一個軟件，Splign （點擊（點擊online，在線運行），在線運行）Splign -通過通過mRNA或或EST序列與所在的基因組序列比對，用于單個基因結(jié)序列與所在的基因組序列比對，用于單個基因結(jié)構(gòu)圖（外顯子內(nèi)含子）顯示構(gòu)圖（外顯子內(nèi)含子）顯示, 用戶每次只能提交一個基因序列。用戶每次只能提交一個基因序列。45進(jìn)入進(jìn)入Genbank頁面頁面或直接進(jìn)入或直接進(jìn)入NCBI主頁主頁GeneHNF-46查詢結(jié)果查詢結(jié)果選擇選擇mouse的的HNF4基因作為今天的例子基因作為今天的例子Mus musculus 小家鼠小家鼠Hnf4a點擊這里點擊這里基因名會隨著版本的升級而變化，當(dāng)然，以前

3、使用過的基基因名會隨著版本的升級而變化，當(dāng)然，以前使用過的基因名也會保留著。而基因名會對應(yīng)一個因名也會保留著。而基因名會對應(yīng)一個GeneID，無論名，無論名字如何改變，字如何改變，GeneID是唯一的。是唯一的。7以下幾張都是結(jié)果頁面以下幾張都是結(jié)果頁面肝細(xì)胞核因子肝細(xì)胞核因子48GenemRNAProtein從圖中看出這個基因有從圖中看出這個基因有10個外顯子個外顯子9在在HNF-4基因的基因的RefSeq區(qū)域，我們將可以看到這個基因的參考序列，有區(qū)域，我們將可以看到這個基因的參考序列，有mRNA和編碼蛋白質(zhì)序列。這個區(qū)域不一定每個基因都有。和編碼蛋白質(zhì)序列。這個區(qū)域不一定每個基因都有。NM

4、_開頭的序列都是開頭的序列都是mRNA序列。序列。10這里是這里是HNF4基因所在的基因組序列基因所在的基因組序列好像有多個基因組可選。其實它們是好像有多個基因組可選。其實它們是不同的人測出的?？梢远帱c幾個看看不同的人測出的。可以多點幾個看看11 接下來我們進(jìn)入接下來我們進(jìn)入Splign的的online界面（見前），你可以通過界面（見前），你可以通過mRNA和基因和基因組的組的Accession或是它們或是它們Fasta格式的序列進(jìn)行對比，要注意基因組的序列格式的序列進(jìn)行對比，要注意基因組的序列不要太長。推薦直接在下拉框選項里選擇，一般常用的生物都在。不要太長。推薦直接在下拉框選項里選擇，一般常用的生物都在。12這里你可以輸入這里你可以輸入mRNA的的accession或或Fasta全序列全序列直接在這里選一個基因組（直接在這里選一個基因組（Mus musculus ）Align開始比對開始比對13 結(jié)果一目了然，結(jié)果一目了然，10個外顯子，而且還顯示個外顯子，而且還顯示mRNA以及對應(yīng)的基因組比對的序以及對應(yīng)的基因組比對的序列，并且還