DNA序列比對(duì)同源性分析圖解BLAST

1、1、進(jìn)入網(wǎng)頁(yè)：/BLAST/ 2、點(diǎn)擊 Search for short, nearly exact matchesWV-% VYiw-wl I i 5a1ff1aHwQ QJ- Th wh Ji1 11nvw»d i>b.li J I 4 i5 « W l<Nucleotide v?v?W-bbiooxoir P Quickly search for hhly simidr sequences (meqablast) Quickly search for dvergent sequences (dsconti

2、gu 口 u$ megablast) NudE<it:rie -nucleot ide BLAST fhastn)discontiguous megablastTranslated* Translated query vs. proteh database(Uastx)3、在search 欄中輸入引物系列：注：文獻(xiàn)報(bào)道 ABCG2 的引物為 5'-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3'；5'-TGCCCATCACAACATCATCT-3'(1 )輸入方法可先輸入上游引物，進(jìn)行 blast程序，同樣方法在進(jìn)行下游引物的 blast程序。 這種方法叫繁

3、瑣，而且在結(jié)果分析特異性時(shí)要看能與上游引物的匹配的系列，還要看與下游引物匹配的系 列 之后看兩者的交叉。CTGAGATCC TGAGCCTTTGGNow:53。(2)簡(jiǎn)便的做法是同時(shí)輸入上下游引物：有以下兩種方法。輸入上下游引物系列都從A、輸入上游引物空格 輸入下游引物與“亨From:To：Now.BLAST!333.bbiQQ.C9 防B、輸入上游引物回車 輸入下游引物4、 在 options for advanced blasting中:select from欄通過(guò)菜單選擇 Homo sapiensExpect 后面的數(shù)字改為10W33.bbiQQ.，Q府艱虹t fromHomo sapi

4、ens ORGNOptions for advancedbhstingLinut by entrezq-iy Low complexity EH Human r«電0出§以7 vrlooliip table only CJ Misk 1cQthwi advanced5、在 format 中：select from欄通過(guò)菜單選擇 Homo sapiensExpect后面的數(shù)字填上0 1033W.bbiQQ£QmFonnatShow 回0Linfc口ul HS“iueflc電 Ritneval 0NCBLgi Alignment CDSfeMurtMadang Chr

5、acM Lower Cggv M asking Colo vNumber of: 口電裁理tigs 100印 v Gt蛙hicpyem納 1 0口Autofomt©, Semrauto "6、 點(diǎn)擊網(wǎng)頁(yè)中最下面的 “BLAST! ”Aut口f- Semiiauto vX ，Get the URL with preset vsdues 77、 出現(xiàn)新的網(wǎng)頁(yè)，點(diǎn)擊 Format !Your request has been succes$6Jly submitted and put into the Blast QueueQuety = (40 letters)Your sea

6、rch was limited by an Entrez query Homo sapiens ORGNThe request ED 畛 1166094202-17628-08962526090 BUkSTO2The re fulls are estimated to be ready m 15 seconds but maybe done sooner.8、 等待若干秒之后，出現(xiàn) results of BLAST 的網(wǎng)頁(yè)。該網(wǎng)頁(yè)用三種形式來(lái)顯示blast的結(jié)果(1 )圖形格式：Distiiburion of 95Hi零 on Hi妙 QnryMouse-over to show define

7、 and scores, click to shw alignments圖中代表這些序列與上游引物匹配、并與下游引物互補(bǔ)的得分值都位于4050分圖中代表這些序列與上游引物匹配的得分值位于4050分，而與下游引物不互補(bǔ)圖中代表這些序列與下游引物互補(bǔ)的得分值小于40分，而與上游引物不匹配通過(guò)點(diǎn)擊相應(yīng)的bar可以得到匹配情況的詳細(xì)信息。(2 )結(jié)果信息概要:Sequences ptaducia9 siQnilicant aligntuents:_ _(Bits)3Tb32mMH O。4827.，ffog d4plens ATP-binding cassetcB42_U1115$3277Q1 qtol

8、 口出98467. 1, hcm sapiens ATP-bindlng cftjsttte. .42 1 61 口3”27321幽|»0695 507，11 Hone sapiens clone FLH18S081 .OIL; 4. 比 1 白工19之111之口，08弓. i| Homo sapiens clone JAR Ele S ABCG2., 姓.5從左到右分別為:A、數(shù)據(jù)庫(kù)系列的身份證：點(diǎn)擊之后可以獲得該序列的信息B、系列的簡(jiǎn)單描述C、高比值片段對(duì)(high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的計(jì)算公式=匹配

9、的堿基X2 + 0.1 o舉例：如果有20個(gè)堿基匹配，則其得分為40.1 oD、E值：代表被比對(duì)的兩個(gè)序列不相關(guān)的可能性。E值最低的最有意義，也就是說(shuō)序列的相似性最大。設(shè)定的E值是我們限定的上限，E值太高的就不顯示了E、最后一欄有的有 UEG的字樣，其中：U代表：Unigene 數(shù)據(jù)庫(kù)E代表：GEO profiles 數(shù)據(jù)庫(kù)G代表：Gene數(shù)據(jù)庫(kù)(3)結(jié)果詳細(xì)信息：0/21 ，0Mntltiej - 21/21 1。*). Gaps - and-Plud/PiuJ213W33 bbiQQ.GQR)CTGAGATCCTGAGCCTTTGCT±143 C TGAGATCC TG AGC

10、C TTTGGT>re 40.1 bits (20), Expect " nellies 20/20 (100*)Gap andwPiu?/Nlnu3Y 20 GTGCCCATCACAACATCATCI Hill II I I I HIIIH I IX 29379 CTQCCCATC kC AAC ATATC圈出來(lái)的部分代表序列的信息第一個(gè)大括號(hào)代表上游引物與該序列的正鏈的匹配情況:共有21個(gè)堿基匹配，得分 42.1分，E值為0.020上游引物與序列的21432163 位點(diǎn)匹配第二個(gè)大括號(hào)代表下游引物與該序列的負(fù)鏈的匹配情況：共有 20 個(gè)堿基匹配，得分 40.1 分， E 值

11、為 0.077下游引物與該序列的29360 29379位點(diǎn)互補(bǔ)注意點(diǎn)：上游引物為20 個(gè)堿基，為什么會(huì)變成21 個(gè)堿基呢？這是因?yàn)橄掠我锏牡谝粋€(gè)堿基為 T ，剛好與系列的 2163 位點(diǎn)的 T 匹配，因此下游引物的開(kāi)頭的第一個(gè)堿基被當(dāng)成了上游引物了。同理，上游引物的最后一個(gè)堿基為G,被當(dāng)成了下游引物了。通過(guò)尋找有沒(méi)有與120位點(diǎn)、2040位點(diǎn)完全匹配的序列，就可以避免這個(gè)因素的干擾了。為什么與上下游引物匹配的 ABCG2 序列有多種？A 、 為同一個(gè)基因來(lái)源的不同的mRNA 片段B 、 為該基因的 DNA 系列C 、為同一個(gè)基因來(lái)源的不同的cDNA 片段。結(jié)果判斷：驗(yàn)證文獻(xiàn)報(bào)道的引物是否正確：如果你可以在所顯示的結(jié)果中找出你的目的基因，一般說(shuō)明