Toll樣和RIG-I樣受體基因序列變異與云南家牛地方品種間抗病力差異的關(guān)聯(lián)分析

1、Toll樣和 RIG-I 樣受體基因序列變異與云南家牛地方品種間抗病力差異的關(guān)聯(lián)分析由于受云南復(fù)雜多樣的自然生態(tài)環(huán)境和多民族的社會(huì)經(jīng)濟(jì)文化的長(zhǎng)期影響,云南家牛地方品種經(jīng)歷了不同強(qiáng)度的自然選擇和人工選擇作用, 形成了許多優(yōu)良特性如抗病力強(qiáng)等。云南家牛地方品種由普通牛(taurine cattle)和瘤牛 (zebucattle)兩種類型組成 , 除了明顯的外形差異外, 二者對(duì)多種動(dòng)物疫病存在明顯的抗病力差異。例如 , 普通牛比瘤牛對(duì)錐蟲(chóng)病 (Trypanosomosis) 有更強(qiáng)的抗病力 , 而瘤牛比普通牛對(duì)泰勒蟲(chóng)病 (Theileriosis)和蜱蟲(chóng)感染 (Tick infection)有更強(qiáng)

2、的抗病力。而目前關(guān)于普通牛和瘤牛間抗病力差異的分子機(jī)理卻知之甚少。鑒于此 , 我們選擇了模式識(shí)別受體(Pattern recognition receptor, PRR)中具有代表性的 TOLL樣受體 (TLRs) 與 RIG-I 樣受體 (RLRs), 探討 TLR家族的 TLR3與 TLR8和 RLR家族的 DDX58這 3 個(gè)基因的序列變異與云南地方品種間抗病力差異之間的聯(lián)系。本研究選取了 5 個(gè)云南家牛地方品種共 144 個(gè)樣本 , 包括昭通牛32 個(gè)、文山牛 30 個(gè)、鄧川牛 30 個(gè)、滇中牛 20 個(gè)、云南高峰牛32 個(gè) , 其中云南高峰牛為瘤牛類型 , 其余 4 個(gè)品種為普通牛類

3、型。首先 , 測(cè)定了以上 5 個(gè)地方品種的 TLR3, TLR8與 DDX58三個(gè)基因的序列； 其次 , 采用了群體遺傳分析方法進(jìn)行了遺傳多樣性分析、構(gòu)建了中介網(wǎng)絡(luò)圖、檢測(cè)了選擇作用信號(hào)、開(kāi)展了變異位點(diǎn)的功能預(yù)測(cè)分析；最后 , 探討了重要序列變異位點(diǎn)與云南家牛地方品種間抗病力差異之間的聯(lián)系。 結(jié)果顯示：云南高峰牛具有較低的遺傳多樣性 , 其余 4 個(gè)地方品種都顯示出較高的遺傳多樣性；從中介網(wǎng)絡(luò)圖與單倍型分析中發(fā)現(xiàn)DDX58比 TLR3與 TLR8分化程度更大；檢測(cè)的 3 個(gè)基因中僅 TLR8在鄧川牛、文山牛與昭通牛 3 個(gè)品種中受到了平衡選擇作用：功能預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)從普通牛到瘤牛發(fā)生的氨基酸替換大多為良性。此外 , 還發(fā)現(xiàn)重要序列突變位點(diǎn)在瘤牛和普通牛之間的分布頻率存在顯著差異 (P<0.05, 卡方檢驗(yàn) ) 。以上結(jié)果提示這 3 個(gè)模式識(shí)別受體基因的序列變異與云南家牛地方品種 ( 特別是瘤牛與普通牛類型