單晶結(jié)構(gòu)解析XP作圖

1、單晶結(jié)構(gòu)解析XP作圖：1、 畫結(jié)構(gòu)圖打開Shelxtl軟件導(dǎo)入res文件打開XP程序輸入fmolkill $qkill $henvi （中心對(duì)稱原子）回車后尋找不同于1555對(duì)稱操作的代碼如2555sgen 2555proj(查看結(jié)構(gòu))利用操作按鈕轉(zhuǎn)動(dòng)結(jié)構(gòu)找出最佳擺放位置(高度不能大于寬度)labl 2 500(2 500是默認(rèn)的大小) telp 0 -30 0.05 0(后面四個(gè)數(shù)據(jù)分別確定結(jié)構(gòu)的模型和一些參數(shù)) 回車回車直到出現(xiàn)Plotfile：(在這里輸入名字，這里畫結(jié)構(gòu)圖，可以統(tǒng)一命名為jiegou) 后回車將會(huì)出現(xiàn)命名所有原子的圖（根據(jù)鼠標(biāo)位置提醒依次在原子周圍左鍵點(diǎn)擊）draw j

2、iegou回車后會(huì)出現(xiàn)SLPT deviceL:（輸入a或者h(yuǎn)）再回車輸入jiegou，然后回車直到光標(biāo)不閃位置出現(xiàn)了xp圖標(biāo)說(shuō)明結(jié)構(gòu)圖已經(jīng)畫好quit注：紅色字體為結(jié)構(gòu)需要對(duì)稱操作才能顯示一個(gè)完整的分子結(jié)構(gòu)所進(jìn)行的操作。在這里必須輸入命名，否者打不開。圖片操作解析在這里找到res文件的位置2導(dǎo)入res文件后，打開XP操作系統(tǒng)輸入fmol后回車3輸入kill $h $q利用這些按鈕旋轉(zhuǎn)得到最佳擺放模式如下圖4 proj后出現(xiàn)下圖所示5 按步驟畫圖命名所有原子當(dāng)出現(xiàn)這個(gè)時(shí)表明圖已經(jīng)畫好二、作堆積圖Fmolmatr 1(代表a方向堆積) pbox 15 15pack 然后點(diǎn)擊按鈕sgen/fmol

3、保存（倒數(shù)第二個(gè)）proj celltelp cell命名duiji 后出現(xiàn)一個(gè)命名原子的圖框，標(biāo)出O a b cdraw duijia或hduijiquit1、這個(gè)鍵保存此步驟可有可無(wú)標(biāo)出Oabc即可后按B鍵保存退出后面是一樣的，quit退出程序三、畫弱相互作用：氫鍵、p···、···、M···M等首先要找到氫鍵的位置，然后再根據(jù)對(duì)稱操作找到氫鍵畫法基本步驟為 fmolkill $quniq 原子1 原子2(為氫鍵鏈接的兩個(gè)原子如uniq C5 N4) envi N4 3(通過(guò)N4對(duì)稱操作找到C5的操作

4、代碼不能為1555如為2555) sgen 2555join 3 H5 N4(3代表虛線、注意氫鍵鏈接的因?yàn)镠5和N4非C5和N4，如鏈接錯(cuò)誤，可用undo C5 N4來(lái)斷開這之間的鏈接) pick（殺掉無(wú)關(guān)的原子：回車鍵為殺原子，空白鍵為跳過(guò)，/鍵為保存，注意殺完后不是按/鍵退出的將沒有保存）telp后面畫圖步驟與上面一致(只需要標(biāo)出C5和N4原子)···畫法對(duì)稱出兩個(gè)需要連接的苯環(huán)后sgen后cent/x C5 C6 C7 C8 C9 C10(定義苯環(huán)C5C6C7C8C9C10的中心為X1A) cent/x C15 C16 C17 C18 C19 C20(定義

5、苯環(huán)C15C16C17C18C19C20的中心為X1B) join 3 X1A X1Bproj擺放最佳picktelp（畫···鍵不需要命名原子telp后命名后出現(xiàn)的命名原子框可以之間按B鍵退出）以下面畫C15-H15A···N3為例經(jīng)過(guò)對(duì)稱操作后應(yīng)該為H15C和N3相連此時(shí)若不需要再畫其他氫鍵了，可以將兩邊沒有連鍵的原子殺掉如下圖殺完原子后按/鍵保存退出將顯示所殺掉的原子數(shù)依次telp只需要命名兩個(gè)鏈接相關(guān)的原子即可enter為跳過(guò)原子，然后按B鍵保存退出，或者一直enter到最后也可以保存退出。然后draw與上面一致。在同一個(gè)圖中畫多個(gè)氫鍵相對(duì)復(fù)雜一些，按步驟進(jìn)行，畫完一個(gè)連接一個(gè)，保留需要畫氫鍵所需要對(duì)稱的那個(gè)原子所在的結(jié)構(gòu)，然后殺掉其余不需要用到的