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1、單晶結(jié)構(gòu)解析XP作圖:1、 畫結(jié)構(gòu)圖打開Shelxtl軟件導(dǎo)入res文件打開XP程序輸入fmolkill $qkill $henvi (中心對(duì)稱原子)回車后尋找不同于1555對(duì)稱操作的代碼如2555sgen 2555proj(查看結(jié)構(gòu))利用操作按鈕轉(zhuǎn)動(dòng)結(jié)構(gòu)找出最佳擺放位置(高度不能大于寬度)labl 2 500(2 500是默認(rèn)的大小) telp 0 -30 0.05 0(后面四個(gè)數(shù)據(jù)分別確定結(jié)構(gòu)的模型和一些參數(shù)) 回車回車直到出現(xiàn)Plotfile:(在這里輸入名字,這里畫結(jié)構(gòu)圖,可以統(tǒng)一命名為jiegou) 后回車將會(huì)出現(xiàn)命名所有原子的圖(根據(jù)鼠標(biāo)位置提醒依次在原子周圍左鍵點(diǎn)擊)draw j
2、iegou回車后會(huì)出現(xiàn)SLPT deviceL:(輸入a或者h(yuǎn))再回車輸入jiegou,然后回車直到光標(biāo)不閃位置出現(xiàn)了xp圖標(biāo)說(shuō)明結(jié)構(gòu)圖已經(jīng)畫好quit注:紅色字體為結(jié)構(gòu)需要對(duì)稱操作才能顯示一個(gè)完整的分子結(jié)構(gòu)所進(jìn)行的操作。在這里必須輸入命名,否者打不開。圖片操作解析在這里找到res文件的位置2導(dǎo)入res文件后,打開XP操作系統(tǒng)輸入fmol后回車3輸入kill $h $q利用這些按鈕旋轉(zhuǎn)得到最佳擺放模式如下圖4 proj后出現(xiàn)下圖所示5 按步驟畫圖命名所有原子當(dāng)出現(xiàn)這個(gè)時(shí)表明圖已經(jīng)畫好二、作堆積圖Fmolmatr 1(代表a方向堆積) pbox 15 15pack 然后點(diǎn)擊按鈕sgen/fmol
3、保存(倒數(shù)第二個(gè))proj celltelp cell命名duiji 后出現(xiàn)一個(gè)命名原子的圖框,標(biāo)出O a b cdraw duijia或hduijiquit1、這個(gè)鍵保存此步驟可有可無(wú)標(biāo)出Oabc即可后按B鍵保存退出后面是一樣的,quit退出程序三、畫弱相互作用:氫鍵、p···、···、M···M等首先要找到氫鍵的位置,然后再根據(jù)對(duì)稱操作找到氫鍵畫法基本步驟為 fmolkill $quniq 原子1 原子2(為氫鍵鏈接的兩個(gè)原子如uniq C5 N4) envi N4 3(通過(guò)N4對(duì)稱操作找到C5的操作
4、代碼不能為1555如為2555) sgen 2555join 3 H5 N4(3代表虛線、注意氫鍵鏈接的因?yàn)镠5和N4非C5和N4,如鏈接錯(cuò)誤,可用undo C5 N4來(lái)斷開這之間的鏈接) pick(殺掉無(wú)關(guān)的原子:回車鍵為殺原子,空白鍵為跳過(guò),/鍵為保存,注意殺完后不是按/鍵退出的將沒有保存)telp后面畫圖步驟與上面一致(只需要標(biāo)出C5和N4原子)···畫法對(duì)稱出兩個(gè)需要連接的苯環(huán)后sgen后cent/x C5 C6 C7 C8 C9 C10(定義苯環(huán)C5C6C7C8C9C10的中心為X1A) cent/x C15 C16 C17 C18 C19 C20(定義
5、苯環(huán)C15C16C17C18C19C20的中心為X1B) join 3 X1A X1Bproj擺放最佳picktelp(畫···鍵不需要命名原子telp后命名后出現(xiàn)的命名原子框可以之間按B鍵退出)以下面畫C15-H15A···N3為例經(jīng)過(guò)對(duì)稱操作后應(yīng)該為H15C和N3相連此時(shí)若不需要再畫其他氫鍵了,可以將兩邊沒有連鍵的原子殺掉如下圖殺完原子后按/鍵保存退出將顯示所殺掉的原子數(shù)依次telp只需要命名兩個(gè)鏈接相關(guān)的原子即可enter為跳過(guò)原子,然后按B鍵保存退出,或者一直enter到最后也可以保存退出。然后draw與上面一致。在同一個(gè)圖中畫多個(gè)氫鍵相對(duì)復(fù)雜一些,按步驟進(jìn)行,畫完一個(gè)連接一個(gè),保留需要畫氫鍵所需要對(duì)稱的那個(gè)原子所在的結(jié)構(gòu),然后殺掉其余不需要用到的
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