交通大學應用數(shù)學ARAComputingSystem操作手冊

1、ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.交通大學應用數(shù)學交通大學應用數(shù)學ARAComputing System操作手冊操作手冊簡嘉宏0982838185ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved. Par

2、t I: 使用者須知與操作說明ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.ArchitectureCompute NodeService NodeNIS/NFSWAN/LANNISNFS:/dataSwitch//250GB專案範圍Intel 5430Intel 5570Intel 5570Intel 5570Compiler:Intel11.1-059Plot:Tecplot360Matlab2008aMatlab20

3、09a（五人同時使用授權）（五人同時使用授權）ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.帳號管理帳號管理帳號帳號管理管理:註一：/data/V下還細分課程名稱，例如FEM課程，則為/data/V/FEM註二：/data 為NFS的分享目錄分類分類帳號名稱帳號名稱UID群組名稱群組名稱GID家目錄家目錄教職員T1000T1000/data/T博、碩士生S2000S2000/data/S修課學生或其他V3000V3000/data/VARAVision Proprietary and Confidential. All

4、rights reserved.資源限制資源限制政策硬碟空間限制設定方式顯示空間限制可在任何一臺計算主機上執(zhí)行，以個人身份，查詢自己的空間限制$ quota硬碟空間限制記憶體限制程序數(shù)量限制T (教職員)20Gb無無S (博、碩士生)2Gb24Gb15V (修課學生或其他)100Mb4Gb8ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.帳號整理帳號整理原舊帳號保留，密碼未設，無法登入帳號名稱帳號名稱UIDGID目錄目錄shuming501500dl320:/home/shumingcchuang502500/data/c

5、chuangdl320:/home/cchuangsung503500/data/sungwwlin504500/data/wwlinqiang505500/data/qiangtcwu506500/data/tcwugiang507500/data/giangmin508500/data/minyeno326509500/data/yeno326yen0326510500/data/yen0326femstu1511500/data/femstu1femstu2512500/data/femstu2femstu3513500/data/femstu3femstu4514500/data/fe

6、mstu4femstu5515500/data/femstu5test1516500/data/test1test2517500/data/test2test3518500/data/test3guest519500/data/guestellie520500clw01:/home/elliechuang521500clw01:/home/chuangARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.帳號整理帳號整理(續(xù)續(xù))原舊帳號移至T群組的UID/GID分配、目錄與預設密碼廠商管理群組廠商管理帳號帳號名稱帳號名稱UIDG

7、ID家目錄家目錄其他目錄其他目錄預設密碼預設密碼billing10011000/data/T/billingclw01:/home/billingmatlabuser10021000/data/T/matlabusersmchang10031000/data/T/smchangdl320:/home/smchangytli10041000/data/T/ytlidl320:/home/ytlimclai10051000/data/T/mclaiclw01:/home/mclaictw10061000/data/T/ctwclw01:/home/ctw帳號名稱帳號名稱UIDGID家目錄家目錄註：

8、註：aracity600600/home/aracitydl320,clw0104都有單獨的家目錄/home/aracity群組名稱群組名稱GIDaracity600ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.如何登入系統(tǒng)如何登入系統(tǒng) - 在在 Windows 環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)(1)系統(tǒng)遷入 使用putty這隻freeware程式 把google大神請出來，搜尋putty，找到網(wǎng)站，然後下載 您可以選擇下載至您的桌面，以便以後使用。 請點兩下開啟 在Host Name下，輸入您要登入的主

9、機IP，例如：要登入clw04，請輸入05 接著按Open，開啟terminal 輸入您的帳號，按Enter 接著輸入您的密碼，按EnterARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.如何登入系統(tǒng)如何登入系統(tǒng) - 在在 Windows 環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)(2)檔案傳遞 使用winscp這隻程式，也是免費的 一樣，把google大神請出來，找到下載點下載 安裝完畢後，桌面出現(xiàn)WinSCP的圖案 點兩下，出現(xiàn)WinSCP登入畫面，請點新增 出現(xiàn)新增畫面，接著，輸入您要登

10、入的主機名稱，例如：05用戶名稱：密碼：ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.如何登入系統(tǒng)如何登入系統(tǒng) - 在在 Windows 環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)(3)Xming Server 遠端X桌面設定 Xming，這隻程式也是免費的，可以到http:/ 下載完裝完成後，桌面出現(xiàn)X-lanch的圖案，點兩下，選擇Multiple windows，接者一路點下去，設定完畢後，最後會在佇列處出現(xiàn)Xming Server的圖案 下次再啟動X時，直接去點選Xming即可。AR

11、AVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.如何登入系統(tǒng)如何登入系統(tǒng) - 在在 Windows 環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)(4)設定PUTTY連線時，將X11 Forward過來 接著，在使用putty遷入系統(tǒng)時，別急著按Open，先到Category中，Connection - SSH - X11 將Enable X11 forwarding選項打開 接著再按Open，打開terminal 輸入帳號密碼，登入系統(tǒng)ARAVision Proprietary and Confidential. All

12、rights reserved.如何登入系統(tǒng)如何登入系統(tǒng) - 在在 Windows 環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)(5)Xming Server遠端X桌面使用 輸入xterm，$ xterm 看是否能出現(xiàn)如右畫面，出現(xiàn)表示成功。 X-ming的好處是可以將系統(tǒng)上好用的一些GUI工具如gnuplot，或者單位所採購的tecplot所顯示出的圖形給打到你的桌面上。 如果要啟用tecplot，請在putty登入clw04之後，輸入$ tec360之後按Enter，tecplot的圖形介面就會顯示到您的桌面上了。ARAVision Proprietary and Confidenti

13、al. All rights reserved.如何登入系統(tǒng)如何登入系統(tǒng) - 在在 Linux 環(huán)境下的客戶端連結本系統(tǒng)環(huán)境下的客戶端連結本系統(tǒng)我們使用aracity這個帳號來展示，請在使用時，依實際情況，換成您的帳號名稱。系統(tǒng)遷入如果您是在xwindow下，請先開啟 terminal使用ssh連入：$ ssh aracity05檔案傳遞如果您是在 xwindow下，請先開啟terminal第一招 - 使用sftp$ sftp aracity05sftp put 將檔案放上去sftp get 將檔案傳回來第二招 使用scp將檔案file.dat傳

14、上去到家目錄目錄下$ scp file.dat aracity05:/home/aracity將在Cluster上的檔案/home/aracity/file.dat給傳回來$ scp aracity05:/home/aracity/file.dat ./將目錄myjob整個傳上去到家目錄下$ scp r myjob aracity05:/X11桌面：不需設定，在使用ssh連入時加上-X就可以了 $ ssh X 05ARAVision Proprietary and Confidential. All

15、 rights reserved.系統(tǒng)登入與環(huán)境設定系統(tǒng)登入與環(huán)境設定系統(tǒng)登入本系統(tǒng)預設使用者能夠登入clw01,clw02,clw03,clw04這四部計算伺服器在從您個人電腦登入時，請以實體IP的方式或是Domain Name方式登入在您登入到任何一臺計算伺服器後，若要再登入到其他計算伺服器，請直接使用該計算伺服器的主機名稱全域共享目錄透過網(wǎng)路檔案系統(tǒng)(NFS)將檔案伺服器上的目錄輸出給每個計算伺服器，使得所有的計算節(jié)點都可以共享該目錄。使用者家目錄： /dataex : /data/T/smchang每一位使用者都會有自己的家目錄主機名稱主機名稱IPDomain Nameclw01140

16、.113.22.122.twARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.系統(tǒng)登入與環(huán)境設定系統(tǒng)登入與環(huán)境設定使用者的預設環(huán)境 本系統(tǒng)的預設環(huán)境為bash 原則上，使用者可以透過ypchsh來更改自己登入的SHELL，但是，本系統(tǒng)的設定以ba

17、sh及csh為主。使用者自行更改SHELL可能會造成無法預期的環(huán)境變數(shù)未設置的狀況發(fā)生。bash 環(huán)境檔一般設定檔（不能更改，由管理者訂定）/etc/bashrc/etc/profile 個人設定檔（可以更改，自訂環(huán)境）/.bashrc/.bash_profilecsh/tcsh環(huán)境檔 一般設定檔（不能更改，由管理者訂定）/etc/csh.cshrc/etc/csh.login 個人設定檔（可以更改，自訂環(huán)境）/.cshrc/.loginARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.一般使用者如何更改密碼？一般使用者如何

18、更改密碼？範例： 使用aracity帳號，請登入clw01clw04任何一臺電腦 請勿登入dl320上去更改密碼，會無法更改成功 $ yppasswdChanging NIS account information for aracity on dl320.Please enter old password:- 鍵入舊密碼Please enter new password: - 鍵入新密碼Please retype new password:- 再鍵入一次新密碼The NIS password has been changed on dl320.- 出現(xiàn)這行，表示成功更改密碼囉！ARAVisi

19、on Proprietary and Confidential. All rights reserved.Intel編譯器的使用編譯器的使用請登入至clw04(05, .tw)裡序列程式，沒有多執(zhí)行緒的單線緒程式一般最佳化icc(ifort) O2 xS myprogram.c(myprogram.f90) o myprogram.exe完全最佳化icc(ifort) -fast myprogram.c o myprogram.exe註：但在clw04以完全最佳化編譯好的程式無法到clw01跑，因為CPU架構不 Compiler f

20、lags for optimized compiling Optimized job compiled General OptimizedIPO : if you dont link other library icc(ifort) O3 ipo -static xTGeneral : if you want to link other libraryicc(ifort) O2 xT General SSE vectorized optimized with Pentium4icc(ifort) O2 axW (with SSE2 extensions) icc(ifort) O2 axT (

21、with SSE3 extensions)icc(ifort) O2 axS (with SSE4.1 extensions)Because libraries are often compiled by using “ O2” flag without “-ipo” optimizationARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.Intel編譯器的使用編譯器的使用Precision Improve Maintain the floating point precision Sometimes compiler d

22、o the optimization overly, it will cause the precision problem icc(ifort) mp icc(ifort) mp1 ( speed impact is less than mp )General Compiling Flag include directory -I ex: ifort I /myinclude Link Libraries -L -l ex: You have a library named libfftw.a and placed in /mylib ifort L /mylib lfftw give th

23、e execution filename -o ex: ifort . o myprogram.exeARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.Intel編譯器的使用編譯器的使用Parallel Job compile OMP job c pragma or fortran directive inline: icc fast openmp myprogram.c o myprogram.exe ifort fast openmp myprogram.f90 o myprogram.exe auto-parallel

24、ized: icc fast -parallel myprogram.c o myprogram.exeARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.執(zhí)行你的工作執(zhí)行你的工作Sequential Job 使用ssh登入到任一計算節(jié)點clw01clw04 更改目錄(ex /myprogram)到置放執(zhí)行檔(ex:a.out)的地方$ cd myprogram 執(zhí)行$ ./a.outOMP Parallel Job 使用ssh登入到任一計算節(jié)點clw01clw04 更改目錄(ex /myprogram)到置放執(zhí)行檔(ex:a

25、.out)的地方$ cd myprogram set OMP number of threads runtime environment variable : export OMP_NUM_THREADS= Set OMP runtime stacksize export KMP_STACKSIZE=128m 執(zhí)行$ ./a.outARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.Tecplot360的使用方式的使用方式請參照投影片的如何登入系統(tǒng)如何登入系統(tǒng) - 在在 Windows 環(huán)境的客戶端下連結本系統(tǒng)環(huán)境的客戶端下連

26、結本系統(tǒng)(1),(3)(5)這三張slides本軟體為單機永久授權，故同一時間僅能一人使用，請注意。GUI圖形操作介面如右展示本軟體安裝在clw04主機上，使用時請登入至clw04，配合使用Putty + Xming，將GUI圖形操作介面從遠端給打到近端的桌面上來。登入方法：開啟Xming Server開啟Putty，輸入05，並記得開啟X11 Forwarding登入後，輸入# tec360ARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.MatLab的使用方式的使用方式使用putty + Xmin

27、g 啟動請登入到相關的計算節(jié)點上，如要使用matlab2008a，則登入到clw01，如要使用matlab2009a，則登入到clw02clw042008a（安裝在clw01） $ matlab $ matlab2008a2009a（安裝在clw01 clw04，有五個人的浮動授權） $ matlab2009aARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserved.Linux環(huán)境下常用科學繪圖工具環(huán)境下常用科學繪圖工具 - gnuplot在Linux下進行高性能計算，得到數(shù)據(jù)後的簡易XY繪圖，最常用的就是gnuplot他的好處是免

28、費，而且輕薄短小，不佔太多記憶體資源，是一套跨平臺的數(shù)學繪圖自由軟體，可以繪製數(shù)學函數(shù)圖形，也可以從純文字檔讀入大量數(shù)據(jù)，繪製統(tǒng)計圖表等。並且，對於以質(zhì)點為主的資料的繪以質(zhì)點為主的資料的繪圖特別拿手圖特別拿手除了提供Unix版的之外，也提供windows版，windows版下載處 http:/ gp422win32x11.zip這個是cygwin版的，必須先安裝cygwin才行 gp422win32.zip這個是原生版的，下載來，直接解開後就可以使用 gnuplot-4.2.2.pdf這個則是document在本課程中，將教大家使用gnuplot來為程式執(zhí)行後的結果繪圖。ARAVision P

29、roprietary and Confidential. All rights reserved.Linux環(huán)境下程式開發(fā)常用編譯工具環(huán)境下程式開發(fā)常用編譯工具 - makemake是編譯大量的source code一定要用到的工具。當我們程式寫的很大，分成好幾個模組，就是一個一個小檔案時，這個時候，make就能很方便地幫助我們進行量程式編譯。 最常用的就是寫一個Makefile，而make就會根據(jù)Makefile中所敘述的目標所定義的規(guī)則來作編譯動作，並創(chuàng)造出可執(zhí)行的工具來。一個典型的Makefile(也可以是makefile)，內(nèi)容如下： CC=gccCFLAGS=-O3 funroll-

30、all-loops fomit-frame-pointerOBJ = main.o input.o compute.o output.omyprog:$(OBJ)$(CC) $(CFLAGS) o myprog $(OBJ)clean:rm *.o *準備好Makefile好後，只需要執(zhí)行make，就可以進行編譯。make會自動搜尋Makefile檔，或是makefile檔來進行。 $ make $ make f mymakefile如果名稱不是 Makefile或makefileARAVision Proprietary and Confidential. All rights reserv

31、ed.Linux環(huán)境下程式開發(fā)常用編輯器環(huán)境下程式開發(fā)常用編輯器 vi or gvimvi 為 Linux環(huán)境下最常被使用的編輯器它支援c/c+/fortran以及bash/tcsh的各種語法，為各種語法設定不同顏色，以供閱讀如果是X-Window下，可以使用圖形式的vi編輯器 gvim使用 vi ，並開啟檔案myprog.c進行編輯 $ vi myprog.cvi 有分為編輯模式，命令列模式一、從命令到編輯模式 a ：將游標放到目前游標後一個字元，開始文字編輯模式。insert i ：將游標放在目前游標位置，開始文字編輯模式。append o ：將游標放到下一行起始位置，開始文字編輯模式。open new line 比較常用就是i,a,o,I,A,O了，將來多試幾次就好了，就很熟悉了。 二、從編輯到命令 模式 按ESC鍵：沒事多按逃脫鍵，有益身體健康。ARAVisio