基因組數(shù)據(jù)庫檢索的幾個(gè)問題

1、整理ppt基因組數(shù)據(jù)庫檢索的幾個(gè)問題基因組數(shù)據(jù)庫檢索的幾個(gè)問題整理ppt分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中常見的問題分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中常見的問題我要研究的基因（或序列）在哪？我要研究的基因（或序列）在哪？有人研究過嗎？研究到什么程度有人研究過嗎？研究到什么程度?有哪些經(jīng)典文獻(xiàn)？有哪些經(jīng)典文獻(xiàn)？這個(gè)基因有什么功能？這個(gè)基因有什么功能？有幾個(gè)外顯子？產(chǎn)物有多大？有幾個(gè)外顯子？產(chǎn)物有多大？設(shè)計(jì)設(shè)計(jì)PCR引物？文獻(xiàn)上的引物準(zhǔn)不準(zhǔn)？引物？文獻(xiàn)上的引物準(zhǔn)不準(zhǔn)？cDNA序列到哪里找？有無可變剪接？序列到哪里找？有無可變剪接？小鼠等其他生物的基因組中有無同源基因？小鼠等其他生物的基因組中有無同源基因？整理ppt公共生物信息數(shù)據(jù)庫

2、公共生物信息數(shù)據(jù)庫美國國立生物技術(shù)信息中心美國國立生物技術(shù)信息中心 (NCBI)UCSC(University of California,Santa Cruz)基因組瀏覽器基因組瀏覽器EMBL EBI整理ppt如何找到一個(gè)感興趣的基因及相關(guān)信息？如何找到一個(gè)感興趣的基因及相關(guān)信息？ 一旦基因在圖譜上被定位，又如何方便地找一旦基因在圖譜上被定位，又如何方便地找到同一區(qū)域的其它基因？到同一區(qū)域的其它基因？問題一問題一整理pptv美國國立生物技術(shù)信息中心美國國立生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 的的Entrez GeneNCBI主頁網(wǎng)址為主頁網(wǎng)址為http:/ vUCSC(University of

3、 California,Santa Cruz)基因組瀏覽器基因組瀏覽器UCSCUCSC主頁主頁網(wǎng)址網(wǎng)址為為/整理ppt利用利用NCBI的的Entrez Gene輸入基因名稱輸入基因名稱整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt染色體染色體STSSTS數(shù)據(jù)庫編號數(shù)據(jù)庫編號蛋白、疾病、基因蛋白、疾病、基因整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt如何找到一個(gè)基因的序列？此序列除了含如何找到一個(gè)基因的序列？此序列除了含有所有已注釋的外顯子和內(nèi)含子外，還有有所有已注釋的外顯子和內(nèi)含子外，還有用于

4、引物設(shè)計(jì)的一些堿基？用于引物設(shè)計(jì)的一些堿基？問題二問題二整理ppt整理ppt第一外顯子第一外顯子SNPSNP整理ppt整理ppt整理ppt整理pptEnsemblEMBL EBI（European Molecular Biology Laboratory和European Bioinformatics Institute）以及the Sanger Institute共同支持。包含各種真核生物基因組信息。 http:/整理ppt整理ppt整理ppt外顯子信息外顯子信息整理pptNCBI、UCSC及Ensembl有時(shí)對同一基因使用不同的符號，但是數(shù)據(jù)基本一致。這3個(gè)站點(diǎn)之間可以自由地穿梭。整理pp

5、t整理ppt問題三問題三已知一段已知一段mRNA序列，怎樣在人類基因組序列，怎樣在人類基因組圖譜中找到對應(yīng)的圖譜中找到對應(yīng)的DNA片段？片段？一旦它的位置確定，如何找到選擇性剪接一旦它的位置確定，如何找到選擇性剪接位點(diǎn)位置？位點(diǎn)位置？整理pptmRNA登錄號登錄號BG334944獲得序列獲得序列NCBI確定位置確定位置UCSC一段序列一段序列GGCCTAAGTCGCCGCAGAACTGCCACGTGGGGATGAGATTTGCTGGGCTGGTAGCGGCGGCTGCTGCGGG GTCCCGCCCACGTGAAGCCAGCCTAACTGAGCTCTGGACTT.整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt問題四問題四如何找出兩個(gè)遺傳標(biāo)記（比如序列標(biāo)簽位點(diǎn)如何找出兩個(gè)遺傳標(biāo)記（比如序列標(biāo)簽位點(diǎn)STS）之間的所有基因？）之間的所有基因？整理ppt兩個(gè)兩個(gè)STSSTS之間用；號隔開之間用；號隔開整理ppt整理ppt以此類推，通過選擇頁面顯示選項(xiàng)，可以找到某以此類推，通過選擇頁面顯示選項(xiàng)，可以找到某兩個(gè)標(biāo)記之間的其他信息：表達(dá)序列標(biāo)簽兩個(gè)標(biāo)記之間的其他信息：表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）、單核苷酸多態(tài)（）、單核苷酸多態(tài)（SNP）、簡單重復(fù)序）、簡單重復(fù)序列等等。列等等。