FGF家族生物信息學(xué)分析及FGF91620亞家族在羅非魚性腺發(fā)育中的可能作用

1、FGF家族生物信息學(xué)分析及FGF91620亞家族在羅非魚性腺發(fā)育中的可能作用 獨(dú)創(chuàng)性聲明學(xué)位論文題目:鯉塞迭生塹焦壑堂堂金盤區(qū)曼窆絲堊塞篋查芝韭魚性膣發(fā)直生煎要能笠用本人提交的學(xué)位論文是在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。論文中引用他人已經(jīng)發(fā)表或出版過的研究成果,文中已加了特別標(biāo)注。對(duì)本研究及學(xué)位論文撰寫曾做出貢獻(xiàn)的老師、朋友、同仁在文中作了明確說明并表示衷心感謝。學(xué)位論文作者: 簽字日期: 枷年月丌日嗨互學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書本學(xué)位論文作者完全了解西南大學(xué)有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定,有權(quán)保留并向國(guó)家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和磁盤,允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)西南大學(xué)研究生院

2、籌可以將學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索,可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文。保密的學(xué)位論文在解密后適用本授權(quán)書,本論文:口不保密,口保密期限至 年 月止.導(dǎo)師簽名:學(xué)位論文作者簽名:、皆互陀奪簽字日期:如,埤口月日 簽字日期:泓彬年多月日,理學(xué)碩士學(xué)位論文/,家族生物信息學(xué)分析及/亞家族在羅非魚性腺發(fā)育中的可能作用動(dòng)物學(xué)專業(yè)碩士研究生 曾圣指導(dǎo)教師王德壽教授本研究受國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目 、國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目、 、國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展規(guī)劃、教育部博士點(diǎn)基金 、國(guó)家高科技研究發(fā)展計(jì)劃項(xiàng)目、教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)、西南大學(xué)優(yōu)博項(xiàng)目、 資助。西南大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院二零一二

3、年五月一苓一一,平直月中國(guó)?重慶 / : , ,; 西:; .。.,:一.?目錄摘要?.?.第章文獻(xiàn)綜述.、家族成員?.、家族成員的結(jié)構(gòu)。、家族進(jìn)化。、家族基因功能./亞家族./亞家族?./亞家族?. / /亞家族. /亞家族./亞家族?./亞家族?.、本研究的立項(xiàng)依據(jù)和目的意義第章尼羅羅非魚家族成員的分離及生物信息學(xué)分析、前言?.、材料與方法?.五種麗魚科魚類基因組本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建?.尼羅羅非魚家族成員基因序列的分離?.尼羅羅非魚家族成員系統(tǒng)進(jìn)化分析?。.尼羅羅非魚與人類基因共線性分析、實(shí)驗(yàn)結(jié)果?.尼羅羅非魚家族序列分析.尼羅羅非魚家族系統(tǒng)進(jìn)化分析?.尼羅羅非魚粥基因家族共線性分析.尼羅羅非

4、魚家族基因性腺轉(zhuǎn)錄組分析?、討論?.第章尼羅羅非魚/亞家族成員的分子克隆及功能的初步研究?.、前言?.、材料與方法?.實(shí)驗(yàn)動(dòng)物.試劑、耗材和儀器?.有關(guān)試劑的配制.藥物處理?.尼羅羅非魚以及兩個(gè)同源基因的克隆?.系統(tǒng)發(fā)生和共線性分析.尼羅羅非魚、表達(dá)模式分析.性腺發(fā)育過程中和的表達(dá)以及性逆轉(zhuǎn)對(duì)其表達(dá)的影響?.原位雜交,、實(shí)驗(yàn)結(jié)果?.序列及系統(tǒng)發(fā)生分析?.共線性分析?.組織表達(dá)模式分析?.尼羅羅非魚性腺發(fā)育過程中和 的表達(dá).藥物處理誘導(dǎo)性逆轉(zhuǎn)對(duì)和表達(dá)的影響?.和粥門在性腺表達(dá)的細(xì)胞類型?、討論?.:結(jié)論參考文獻(xiàn)?.致謝在讀期間所發(fā)表的文章?。專利申請(qǐng)情況.在讀期間參加科研情況?.俑娶家族生物信息

5、學(xué)分析及/亞家族在羅非魚性腺發(fā)育中的可能作用曾圣動(dòng)物學(xué)專業(yè)碩士研究生:指導(dǎo)教師:王德壽教授摘要成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子 ,是一類小型分泌多肽生長(zhǎng)因子,被證明參與到各種各樣重要的生物學(xué)進(jìn)程中,如生長(zhǎng)、發(fā)育、性別決定與分化、細(xì)胞分化、增殖、遷移、凋亡等。迄今為止,哺乳動(dòng)物中已分離到的成員有個(gè)粥,.刀,人類是小鼠的直系同源基因斑馬魚中有個(gè),而在其他物種還沒有詳細(xì)完整的報(bào)道。目前對(duì)的功能特別是在性別決定與分化過程中作用的研究主要集中于哺乳動(dòng)物,而魚類中只有少量報(bào)道,為了研究家族成員在魚類性別決定與分化以及性腺發(fā)育過程中的潛在作用,我們從基因組水平以及轉(zhuǎn)錄組水平對(duì)新近完成基因組測(cè)序的尼羅羅非魚的家族成員進(jìn)行了

6、系統(tǒng)分析,并對(duì)/亞家族在性腺發(fā)育中的可能作用進(jìn)行了探討。本研究通過同源搜索比對(duì),結(jié)合基因組與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)在尼羅羅非魚中分離到了個(gè)成員。其中個(gè)刪、為首次發(fā)現(xiàn)。根據(jù)分離到的尼羅羅非魚序列,還在三棘刺魚、青鰳、紅鰭東方純、黑青斑河豚以及新近完成基因組測(cè)序的另外種麗魚科魚類一伯氏樸麗魚、布氏新亮麗鯛、奈里樸麗魚和斑馬宮麗魚的基因組中分離到.個(gè)成員。結(jié)果表明在已知硬骨魚基因組中都不存在的同源基因,而上述種麗魚科魚類擁有數(shù)目最多的成員。新分離到的成員中,僅存在于種麗魚科魚類基因組中;僅存在于鱸形目魚類中:僅存在于種麗魚科魚類及紅鰭東方純中;在紅鰭東方芻屯和斑馬魚中不存在;在三棘刺魚、紅鰭東方魚屯以及青鰳中不

7、存在;在三棘刺魚、黑青斑河豚和青鯔中不存在;而月凹則能在所有已公開基因組的魚類中分離到。系統(tǒng)發(fā)生分析表明脊椎動(dòng)物的家族成員可以劃分為個(gè)亞家族:/、/、/、/、/、/、/。系統(tǒng)進(jìn)化樹的聚類以及精確的共線性分析表明,本研究分離到的新成員除兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文了以外為魚類特有,都是相應(yīng)的人類的同源基因。對(duì)已知的同咫/,/亞家族成員基因結(jié)構(gòu)以及系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)生的研究,我們可以肯定/亞家族在進(jìn)化歷程中具有其獨(dú)特性,并且其在進(jìn)化的早期最早可能發(fā)生在腔腸動(dòng)物?？磁c其他亞家族發(fā)生了分離。通過對(duì)孵化后天、天、天、天尼羅羅非魚雌、雄性腺共個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行的分析,我們發(fā)現(xiàn)尼羅羅非魚個(gè)基因中有個(gè)在性腺表達(dá)。其中個(gè)存在較

8、為明顯的性別差異,個(gè)成員粥,口、在雌性中的表達(dá)明顯高于雄性,個(gè)成員粥砣、在雄性中的表達(dá)明顯高于雌性。在哺乳動(dòng)物性別決定與分化過程中具有至關(guān)重要的作用,但是/亞家族成員在硬骨魚性腺發(fā)育中的功能還沒有報(bào)道。通過和技術(shù),我們從尼羅羅非魚中克隆了/亞家族中的三個(gè)成員、和。系統(tǒng)發(fā)生、生物信息學(xué)以及共線性分析表明這三個(gè)克隆的就是和加的同源基因。我們的研究還進(jìn)一步支持了硬骨魚基因組中不存在同源基因,以及的復(fù)制僅存在于硬骨魚類中的觀點(diǎn)。通過進(jìn)行的組織分布表明在包括精巢和卵巢在內(nèi)的多個(gè)組織中表達(dá);在腦、垂體、脾臟而不在性腺中表達(dá);在腦、垂體、腸和卵研究了和巢中表達(dá),而在精巢中沒有表達(dá)。我們還通過.在正常以及性逆

9、轉(zhuǎn)性腺發(fā)育過程中的表達(dá)模式。這兩個(gè)基因在卵巢和雌激素 誘導(dǎo)的卵巢中的表達(dá)都遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于在精巢和芳香化酶抑制劑以及雌激素受體抑制劑誘導(dǎo)的精巢中的表達(dá),并且都在孵化后天達(dá)到最高。原位雜交顯示和的陽(yáng)性信號(hào)集中在二時(shí)相的卵母細(xì)胞內(nèi)。這些數(shù)據(jù)表明/亞家族可能在雌性生殖細(xì)胞的發(fā)育過程中起重要作用。綜上所述,我們?cè)谀崃_羅非魚基因組中分離到個(gè)基因,其中有個(gè)為本研究新分離。這些新分離的成員在新近完成基因組測(cè)序的種麗魚科基因組中都存在,而在其他已公開的硬骨魚基因組中僅部分存在。轉(zhuǎn)錄組分析表明個(gè)尼羅羅非魚基因中有個(gè)成員在性腺表達(dá),它們?cè)谛詣e決定與分化以及性腺發(fā)育過程中的作用,還有待進(jìn)一步研究。對(duì)/亞家族的表達(dá)研究表明,

10、和可能參與調(diào)控卵巢卵母細(xì)胞的的發(fā)育過程。關(guān)鍵詞:成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子、性腺、基因組、轉(zhuǎn)錄組 / /:,. ,砣,丹,. ,橢.,/ /. ,、 刀. ? . , ,.他 .,; 如; 內(nèi); ; ;.:兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文:/,/,/,/,/,/ ./,代 . /,/ / , .,. .,.。 , /. 甌 ., . ., , , 。 。 。 . ,. 加 . /. .,. 陀 ./.:,第章文獻(xiàn)綜述第章文獻(xiàn)綜述成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子 ,是一類小型分泌多肽生長(zhǎng)因子,以與肝素的高親和性以及與細(xì)胞表面肝素硫酸蛋白聚酶的相互作用為特征,這種相互作用對(duì)信號(hào)傳導(dǎo)必不可少。在發(fā)育個(gè)體和成體組織中廣泛表達(dá),在體內(nèi)和

11、體外都具有各種生物學(xué)活性,包括血管生成、促有絲分裂、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞生存、細(xì)胞趨性、細(xì)胞黏附、細(xì)胞遷移、細(xì)胞分化、細(xì)胞增殖和組織損傷修復(fù)等 .,。、家族成員迄今為止,在包括人類 在內(nèi)的哺乳及小鼠動(dòng)物中,.基因已得到分離。由于人類是小鼠的直系同源基因,因此人類和小鼠家族成員共有個(gè),其各成員之間的氨基酸相似性在.%之間 。然而在其他四足類中存中在多少個(gè)家族成員目前還沒有明確的報(bào)道。近來在斑馬魚.,發(fā)現(xiàn)個(gè)新的月卯基因,使得只鈕家族成員的命名擴(kuò)展到。由于魚類特有的基因組復(fù)制,斑馬魚中存在個(gè)月凹家族成員,、粥,、以及粥砣存在旁系同源基因,而在斑馬魚中不存在 ,。其他硬骨魚類中存在多少家族成員也還沒有明確報(bào)

12、道。家族成員在諸如大腸桿菌、釀酒酵母等單細(xì)胞生物中還沒有被發(fā)現(xiàn)。目前知道的擁有基因的最原始的后生動(dòng)物是線蟲。經(jīng)鑒定,線蟲中存在個(gè)月覦基因:。果蠅 經(jīng)鑒.和.,定共有個(gè)基因:、和個(gè)月卯中存在; 。海葵基因,其中有個(gè)是?？赜?.,。尾索動(dòng)物海鞘中存在個(gè)基因 .,而頭索動(dòng)物文昌魚。.,中存在個(gè)基因通過系統(tǒng)發(fā)生重建,脊椎動(dòng)物家族成員可以劃分為個(gè)亞家族:/亞家族,其成員有和;/亞家族,其成員有、和;/亞家族,其成員有、和;/亞家族,其成員有、和;/亞家族,其成員有、兩南大學(xué)碩學(xué)位論文和,斑馬魚也屬于該亞家族;/亞家族,其成員有、和求;/亞家族,其成員有、和 ; : 凡咄。、家族成員的結(jié)構(gòu)家族除了有與肝

13、素和肝素樣氨基葡聚糖的高親和性這?特征外,還具有一個(gè)氨基酸左右在不同成員之間都高度同源的中央核心。這個(gè)中央核心折疊進(jìn)個(gè)反向平行的鏈中一起形成一個(gè)由可變的氨基和羧基末端封閉的圓柱體 .,: .,; .,如圖。有趣的是,家族的這種結(jié)構(gòu)在空間構(gòu)象上與自介素,相同 .。雖然定義家族特征的是其結(jié)構(gòu),但這些蛋白中的第一個(gè)成員卻是以其生物學(xué)活性來命名,隨后的這些分子都被命名為現(xiàn)在的并以數(shù)字進(jìn)行編號(hào)排序。這種命名法本意不是為了說明這些因子都具有成纖維細(xì)胞刺激效應(yīng)就沒有刺激成纖維細(xì)胞的作用而是為了指出由于結(jié)構(gòu)上的相.似性他們應(yīng)當(dāng)被歸類到同一個(gè)家族中。.,圖人類蛋白結(jié)構(gòu)。引自陀.。. . 大多數(shù)是具有可裂解.末端

14、信號(hào)肽的分泌型蛋白 。特別是/亞家族的成員,一直以來被認(rèn)為是內(nèi)分泌激素樣蛋白,。最近的研究表明是一種磷酸代謝類激素 /亞家族的成員、和雖然沒有明顯的可裂解的信號(hào)肽序列,但具有一個(gè)特殊的.末端區(qū)域以及一個(gè)包含基序的中央疏水區(qū),第章文獻(xiàn)綜述它們能編碼一種非經(jīng)典式的分泌信號(hào),因此也是可分泌蛋白.,。相反,、沒有;.末端的疏水序列,不是典型的分泌蛋白。和可能從受損的細(xì)胞內(nèi)或.,者通過一種獨(dú)立于內(nèi)質(zhì)網(wǎng).高爾基體通路的胞吐機(jī)制釋放到細(xì)胞外。雖不分泌,但在細(xì)胞內(nèi)行使功能,。、家族進(jìn)化在基因進(jìn)化過程中,多數(shù)基因家族都是在兩個(gè)主要的階段擴(kuò)張的。第一階段的復(fù)制發(fā)生在原口動(dòng)物和后口動(dòng)物分離之前的后生動(dòng)物,另一階段發(fā)

15、生在早期的脊索動(dòng)物,;?；蚣易宓臄U(kuò)張也經(jīng)歷了這樣的兩個(gè)階段。原始后生動(dòng)物中存在兩到三個(gè)基因。如線蟲中的.和、果蠅中的、也稱為和也稱為,在脊索動(dòng)物進(jìn)化以前,通過基因復(fù)制月凹基因由兩到三個(gè)擴(kuò)張到六個(gè)海鞘,這個(gè)擴(kuò)張的家族一直被認(rèn)為是現(xiàn)代脊椎動(dòng)物月竹基因亞家族的的祖先。 ;.,。和認(rèn)為,線蟲.基因的內(nèi)含子.夕、顯子結(jié)構(gòu)與./,熟脊椎動(dòng)物?一樣,而與海鞘和脊椎動(dòng)物的其他粥風(fēng)不同。因此,曰吼.可能是由.粥,朋刀和脊椎動(dòng)物的祖先基因進(jìn)化而來。相對(duì)而言,的內(nèi)含子.外顯子結(jié)構(gòu)與脊椎動(dòng)物的結(jié)構(gòu)不同,表明祖先基因可能沒有進(jìn)化到脊椎動(dòng)物的基因。果蠅的屢洛、嬲、基因以及海鞘和脊椎動(dòng)物的大部分基因的內(nèi)含子.夕、顯子結(jié)構(gòu)

16、基本相同。其中凡的核心區(qū)域與大多數(shù)海鞘和脊椎動(dòng)物的核心區(qū)域最相似,表明的祖先可能進(jìn)化出了脊索動(dòng)物其他的。海鞘六個(gè)基因中的五個(gè),包括.、 ./、 ./、 .莉./可能是由脊椎動(dòng)物亞家族的祖先基因進(jìn)化而來。海鞘家族的第六個(gè)成員在脊椎動(dòng)物中找不到任何的同源基因。早期脊椎動(dòng)物進(jìn)化過程中,經(jīng)歷了兩次大規(guī)模的基因復(fù)制事件甚至是全基因組復(fù)制,產(chǎn)生了現(xiàn)今脊椎動(dòng)物的全部成員。然而,系統(tǒng)發(fā)生研究并沒能很好地闡明尾索動(dòng)物與脊椎動(dòng)物之間的這種同源關(guān)系。最近,在文昌魚中發(fā)現(xiàn)了個(gè)基因,系統(tǒng)發(fā)生分析與精確的共線性分析表明所有脊椎動(dòng)物的同源群在文昌魚中都有一個(gè)原始直系同源基因。這表明了脊索動(dòng)物基因的分離是發(fā)生在頭索動(dòng)物而不是

17、在尾索動(dòng)物 .,。但兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文是,月凹家族具體的進(jìn)化歷程仍然沒有完全闡明。、家族基因功能./亞家族又被稱為酸性 ,它在刺激合成、炎癥反應(yīng)、損傷修復(fù)以及再狹窄等過程中起到重要作用 .,; 。., ., ; ,;又稱為堿性 ,它與具有極高的序列相似性,廣泛地分布于神經(jīng)外胚層和中胚層起源的組織中?；蚯贸龑?shí)驗(yàn)證實(shí),在心血管、骨骼以及神經(jīng)元的形成中起到重要作用。在小鼠精原干細(xì)胞的自我更新和擴(kuò)張以及小鼠和牛 的睪丸精子發(fā)生過程中必不可少.,:. .,。體外實(shí)驗(yàn)表明也能夠支持牛濾泡顆粒細(xì)胞的增殖.,。在青鰳.,發(fā)育中的卵巢作為旁分泌因子影響濾泡細(xì)胞并調(diào)控卵黃發(fā)生的起始,同時(shí)也作為顆粒細(xì)胞和濾泡細(xì)

18、胞增殖和分化的調(diào)節(jié)因子 .,。. /亞家族;,又名.,因其是小鼠乳房腫瘤病毒經(jīng)常結(jié)合的位點(diǎn)而得名。最初被認(rèn)為是小鼠乳房腫瘤發(fā)生過程中的一種激活基因,隨后的研究表明在內(nèi)耳上皮細(xì)胞的形態(tài)發(fā)生和背部圖式發(fā)育過程中起重要作用 .,。在斑馬魚中的研究表明,還參.,。與了斑馬魚腺垂體早期的特化以及之后的存活在胎兒肺也稱角質(zhì)化細(xì)胞生長(zhǎng)因子的間葉組織中表達(dá),在體內(nèi)發(fā)育的肺中異常表達(dá)將阻礙肺分支形態(tài)的發(fā)生,促進(jìn)上皮細(xì)胞增殖引起囊腺癌 .,。它在肺部.,;的炎癥反應(yīng)以及損傷修復(fù)中也起到重要作用,。還參與調(diào)控輸尿管芽的生長(zhǎng)以及毛囊的生長(zhǎng)。與和除了具有很高的序列相似性外,還具有諸多相似的功能,如對(duì)角質(zhì)化細(xì)胞的促有絲分

19、裂作用.,、對(duì)腎臟不同階段的調(diào)控作用.,;.,、對(duì)上皮一間質(zhì)相互作用信號(hào)的調(diào)控 .,以及對(duì)心血管發(fā)育的調(diào)控作用 .,等。是該亞家族中最晚發(fā)現(xiàn)的成員,其在皮膚發(fā)育和修復(fù) .,第章文獻(xiàn)綜述、促進(jìn)抑制性突觸前末端的形成 .,中起到重要作用。. /亞家族又名或,是于人胃癌細(xì)胞 和卡波西肉瘤 樣本篩選出可以轉(zhuǎn)化成纖維細(xì)胞的基因過程中發(fā)現(xiàn)的一種。其在誘導(dǎo)精子發(fā)生 .,、調(diào)控爪蛙血液和肌肉的特化 .,以及斑馬魚左右內(nèi)臟器官的圖示發(fā)育.,過程中起重要作用。大量實(shí)驗(yàn)證實(shí),在毛囊發(fā)育的過程中起著關(guān)鍵性作用., ,此外,還能影響人類的血壓. .,;。又名,最早是基于其與的序列相似性而分離出來。基因敲除等實(shí)驗(yàn)表明,在

20、肌發(fā)生、肌肉再生., ; .,等方面具有重要作用。. /亞家族該亞家族除具有、和外在硬骨魚類中還有。,又名雄激素誘導(dǎo)的生長(zhǎng)因子.的,最早是于雄激素依賴性小鼠乳腺癌.細(xì)胞系中作為一種支持乳腺癌細(xì)胞雄激素依賴性生長(zhǎng)因子而分離出來。研究表明,其在哺乳動(dòng)物雄性生殖道導(dǎo)管的形成 ., 以及控制內(nèi)耳形成 .,的過程中必不可少。與在功能上有一定的相似性,如在大腦新皮層的圖示發(fā)育過程。同時(shí),還具有其特有的功能,如在聽覺以及在無限增殖和腫瘤中腦的結(jié)構(gòu)和功能發(fā)育過程的重要作用 .,形成的前列腺上皮細(xì)胞中作為一種自分泌生長(zhǎng)因子 .,。,同與一樣,在中后腦邊界.表達(dá) .,是骨骼的生長(zhǎng)與發(fā)育過程中軟骨發(fā)生和硬骨發(fā)生一種

21、必不可少的生長(zhǎng)因子.,; .,; .,。是家族中最晚發(fā)現(xiàn)的一個(gè)成員,現(xiàn)只在硬骨魚類中有發(fā)現(xiàn),根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生重構(gòu),其被歸類到/亞家族。它能促進(jìn)斑馬魚后部中胚層發(fā)育.,、胸鰭的形成 .,以及腹部胰腺的特化西南大學(xué)碩士學(xué)位論文.,。./亞家族最初是在神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞系中分離得到,基于其活性最初被命名為膠質(zhì)。除了在肺部發(fā)育 .,細(xì)胞激活因子以及長(zhǎng)骨修復(fù)中的軟骨發(fā)生和硬骨發(fā)生 .,起重要作用外,在哺乳動(dòng)物的性別決定與分化過程中還起到了至關(guān)重要的作用。哺乳動(dòng)物性腺的命運(yùn)是由與的對(duì)抗作用控制的。哺乳動(dòng)物雄性性別決定開關(guān)的作用是使與之間的平衡發(fā)生改變,而傾向于雄性方向,即方向,使得雙向潛能性腺分化為精巢 .,圖。其

22、在哺乳動(dòng)物睪丸支持細(xì)胞增殖、精索形成以及出生后的精索發(fā)育中也起重要作用 .,:.,; .,。而在小鼠中,的缺失將導(dǎo)致性逆轉(zhuǎn)現(xiàn)象的出現(xiàn) .,。蔞舅渺吶州嗍.帕暑器喘黜昔參.詘。哪圖雙向潛能性臃中掊抗信號(hào)調(diào)控性別決定。一種遺傳或環(huán)境開關(guān)通過改變和之間的不平衡來起始雄性通路。在哺乳動(dòng)物中,這種不平衡是通過的上調(diào)來實(shí)現(xiàn)。上調(diào),維持,在性腺中形成了一個(gè)正向前饋環(huán)。在這種情況.與信號(hào)之間的平衡就偏向于,雄性通路的主導(dǎo)地位戟建立了。在與之間的前饋環(huán)缺失的情況下如在性腺中,阻礙了,起始了雌性通路。引自.,顫棚伽 . . 煳鋤. .娜。衛(wèi) 唰。,加文黜 。. 第蘋文獻(xiàn)綜述 . ., , , . .,據(jù)報(bào)道,在小

23、鼠和大鼠胚胎晚期以及成體的心臟.,; .,;組織、胚胎的褐色脂肪細(xì)胞中表達(dá),; .,; .,同時(shí),它還在小鼠昕板、發(fā)育中的聽囊、咽頭內(nèi)胚層、鰓弓、嗅板以及發(fā)育中的內(nèi)耳表達(dá) .,;.,表明其在感覺嵴的發(fā)育中起到重要作用。能促進(jìn)心肌細(xì)胞的增殖和分化、增強(qiáng)成體大腦中多巴胺神經(jīng)元的存活以及促進(jìn)鰭條再生 .,; .,。此外,還有許多與相似的功能,如促進(jìn)小鼠腭皺的發(fā)育 .,和齒發(fā)生 .,。. 亞家族/亞家族成員又被命名為成纖維細(xì)胞因子同源因子。,與其他家族成員不同的是它們?cè)诩易暹M(jìn)化的早期即與其他成員分離,在結(jié)構(gòu)上由于它們不存在信號(hào)肽序列,因此不分泌到胞外,但在胞內(nèi)行使功能。又名,其在神經(jīng)細(xì)胞瘤、視網(wǎng)膜母細(xì)

24、胞瘤和腦瘤中的表達(dá),暗示了其在腫瘤發(fā)生中的重要作用。又名,在小鼠背根神經(jīng)節(jié)感受傷害的神經(jīng)元中表達(dá).,它還能在胞內(nèi)抑制由輻射產(chǎn)生的細(xì)胞凋亡,表明了其在損傷修復(fù)過程中的.,。重要作用.,在多種組織中表達(dá),如心臟、中樞神經(jīng)系統(tǒng)等神經(jīng)系統(tǒng)的分化 。在爪蛙以及調(diào)控表皮膨脹層、基底層細(xì)胞功能中具有至關(guān)重要的作用.,。是中樞神經(jīng)系統(tǒng)鈉離子通道的一種獨(dú)有的調(diào)節(jié)子 .,它還在空間學(xué)習(xí)功能以及突觸可塑性方面具有重要作用.,。. /亞家族該亞家族是目前唯一一個(gè)具有內(nèi)分泌功能的亞家族。近年來,這一亞家族成員得到了許多研究人員極大的關(guān)注,成為了熱門研究對(duì)象。兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文小鼠的是人的直系同源基因,是一種對(duì)成纖維細(xì)

25、胞因子受體 ,具有高親和性和肝素依賴性的生長(zhǎng)因子。研究表明, 在雞內(nèi)耳的發(fā)育起始.,.,、斑馬魚晶狀體和視網(wǎng)膜的發(fā)育過程中起到重要作用。是最新發(fā)現(xiàn)和糖脂代謝有關(guān)的因子,它可以調(diào)控各種內(nèi)分泌功能。它除了可以作為一種內(nèi)源性因子抑制心肌內(nèi)皮細(xì)胞的凋亡 .,、保護(hù)胰島細(xì)胞的存活 .,還具有降脂 .,;., 等作用。主要由骨原細(xì)胞和成骨細(xì)胞產(chǎn)生和分泌,在腦、胸腺、小腸、肝臟、心臟、淋巴結(jié)、甲狀腺、甲狀旁腺、骨髓等低表達(dá),是一種最新發(fā)現(xiàn)的磷代謝激素,可以在一個(gè)相對(duì)較窄的范圍內(nèi)保持血清磷酸鹽濃度。此外,它還是監(jiān)測(cè)慢性腎臟疾病的一個(gè)重要指標(biāo) .,在骨骼塑造和重塑方面也具有重要作用,。、本研究的立項(xiàng)依據(jù)和目的意

26、義尼羅羅非魚 俗稱非洲鯽魚,為熱帶魚類,原產(chǎn)非洲的坦噶尼喀湖,在分類上隸屬鱸形目、麗魚科、口孵非鯽屬。該屬常見的有尼羅羅非魚、奧利亞羅非魚.、莫桑比克羅非魚.等。尼羅羅非魚具有生長(zhǎng)快、適應(yīng)性強(qiáng)、食性雜肉質(zhì)細(xì)膩鮮美等優(yōu)點(diǎn),是聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織向世界各國(guó)推薦的優(yōu)良養(yǎng)殖對(duì)象,也是農(nóng)業(yè)部為貫徹實(shí)施“十一五”規(guī)劃實(shí)施的“九大行動(dòng)”水產(chǎn)養(yǎng)殖重點(diǎn)推廣的個(gè)主導(dǎo)品種之一。目前,羅非魚在我國(guó)產(chǎn)量由年的不足.萬噸,增長(zhǎng)到年萬噸,占世界產(chǎn)量的.%,并在年達(dá)到萬噸。目前,我國(guó)已成為全球最大的羅非魚生產(chǎn)國(guó)和出口國(guó)。由于尼羅羅非魚雄魚生長(zhǎng)速度比雌魚快%.%,再加上具有性成熟時(shí)間短半年到一年,繁殖周期短大約天一個(gè)周期等特點(diǎn),所以

27、尼羅羅非魚全雄魚苗生產(chǎn)及其性別控制研究是各國(guó)水產(chǎn)科技工作者的熱門課題。目前,斑馬魚、紅鰭東方純幻 、日本青鯔、黑青斑河豚和三棘刺魚 基因組全序列已完成并公布。通過生物信息.,學(xué)基因組比對(duì)研究發(fā)現(xiàn),魚類在進(jìn)化上經(jīng)歷了一次獨(dú)特的基因組復(fù)制。伴隨基因組大規(guī)模測(cè)序所產(chǎn)生的基因信息學(xué);也被越來越多的運(yùn)用到生命科學(xué)的研究中。從已有的數(shù)據(jù)庫(kù)中尋找新的基因或者第蘋文獻(xiàn)綜述已知基因的類似物已經(jīng)成為非常有用而且普遍的研究方法。但是,上述魚類都是一些小型魚類,沒有任何水產(chǎn)養(yǎng)殖價(jià)值。尼羅羅非魚及其他四種與、布氏新亮麗之親緣關(guān)系較近的麗魚科魚類:伯氏樸麗魚、奈里樸麗魚鯛 、斑馬宮麗魚的全基因組測(cè)序已經(jīng)完成,基因組序列也

28、已于網(wǎng)上公開,具有良好的基因組資源,利于從基因組水平對(duì)尼羅羅非魚進(jìn)行研究。綜上所述,實(shí)驗(yàn)動(dòng)物尼羅羅非魚是進(jìn)行各項(xiàng)魚類研究的好材料,并能很好的兼顧理論和應(yīng)用兩個(gè)方面。本實(shí)驗(yàn)室在尼羅羅非魚的性別決定與分化的分子機(jī)制研究方面做了大量工作,克隆了一些與羅非魚性別決定和分化相關(guān)基因、類固醇合成酶基、 因,如、聊、 .,等; .,初步研究了這一系列基因在性別分.,;化和配子發(fā)生過程中的作用,提出轉(zhuǎn)錄因子通過調(diào)控芳香化酶的表達(dá)、控制雌激素水平從而影響硬骨魚類性分化方向的假說,并通過一系列的在體和離體實(shí)驗(yàn)加.,。以證實(shí)家族是一個(gè)生長(zhǎng)因子大家族,生物學(xué)功能多種多樣,但目前的研究普遍限于哺乳動(dòng)物,魚類中只有少量報(bào)

29、道。在哺乳動(dòng)物生長(zhǎng)、發(fā)育、性別決定和分化過程具有重要的作用,讓我們看到了其在魚類性別決定和分化以及性腺發(fā)育過程中的潛在作用。目前雖然在人類、小鼠以及斑馬魚中對(duì)進(jìn)行過系統(tǒng)的分析,并在哺乳動(dòng)物中分離到個(gè),在斑馬魚中分離到個(gè)其中刪肋為斑馬魚特有、在四足類還沒有被發(fā)現(xiàn)、粥在斑馬魚中不存在,但是在其它硬骨魚中還沒有見到詳細(xì)的報(bào)道。在尼羅羅非魚甚至是其它硬骨魚類中究竟存在多少成員,還會(huì)不會(huì)有新成員被發(fā)現(xiàn),它們?cè)谄鹪催M(jìn)化過程中會(huì)不會(huì)有特殊性,這些成員中又有哪些可能會(huì)對(duì)尼羅羅非魚的性別決定與分化以及性腺發(fā)育起作用;鑒于在哺乳動(dòng)物性別決定與分化過程中具有至關(guān)重要的作用,在尼羅羅非魚中能否找到粥矽的同源基因,或者

30、找到與相似在性別決定與分化過程中起重要作用的成員將是本研究的關(guān)鍵問題。本研究將立足于基因組以及轉(zhuǎn)錄組對(duì)尼羅羅非魚家族成員進(jìn)行系統(tǒng)全面的分析,并對(duì)其中重要成員在性腺中可能的作用做初步研究,為進(jìn)一步解析在魚類性別決定和分化以及性腺發(fā)育過程中的作用奠定基礎(chǔ)。兩南大學(xué)碩十學(xué)仲論文第章尼羅羅北魚家族成員的分離及生物信息學(xué)分析第章尼羅羅非魚家族成員的分離及生物信息學(xué)分析、前言基因家族成員表達(dá)于各種組織、器官,參與到個(gè)體生長(zhǎng)、發(fā)育、性別決定與分化等各個(gè)方面,具有極其重要的作用,是一大類小型分泌多肽生長(zhǎng)因子,以與肝素的高親和性以及與細(xì)胞表面肝素硫酸蛋白聚酶的相互作用為主要特征。家族成員具有一個(gè)氨基酸左右在不同

31、成員之間都高度同源的核心序列,這個(gè)核心折疊進(jìn)個(gè)反向平行的鏈中一起形成一個(gè)由可變的氨基和羧基末端封閉的圓柱體。在人類 ,、小鼠 ,中已分離到個(gè)成員,而在斑馬魚中已分離到個(gè)成員 ,。目前對(duì)于功能的研究也主要在這三種模式生物中展開,其他物種中的研究還相對(duì)較少,在硬骨魚類中的研究更少,除了斑馬魚外只有青鯔中有少量報(bào)道。根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生重構(gòu),脊椎動(dòng)物基因家族可以分為個(gè)亞家族:/、/、/、/、/、/、/。除了/以及/亞家族成員外,其他成員都是典型的可分泌蛋白,和可能從受損的細(xì)胞內(nèi)或者通過一種獨(dú)立于內(nèi)質(zhì)網(wǎng).高爾基體通.,。雖不分泌,但路的胞吐機(jī)制釋放到細(xì)胞外在細(xì)胞內(nèi)行使具體功能,。尼羅羅非魚除了作為一種世界性養(yǎng)

32、殖魚類,在研究生長(zhǎng)、發(fā)育、性別決定與分化上還具有其獨(dú)特的特點(diǎn),近年來也逐漸成為人們關(guān)注的對(duì)象。有鑒于此,在尼羅羅非魚甚至在硬骨魚中究竟存在多少個(gè)家族成員,它們?cè)谶M(jìn)化歷程上是否存在著不同,它們?cè)谀崃_羅非魚性別決定與分化過程中是否也起到重要作用,本研究對(duì)尼羅羅非魚基因組進(jìn)行了全面的分析,從中分離了全部家族成員,并對(duì)其系統(tǒng)發(fā)生、共線性進(jìn)行了分析研究,還通過本實(shí)驗(yàn)室前期所測(cè)個(gè)尼羅羅非魚性腺轉(zhuǎn)錄組對(duì)其在性腺的表達(dá)進(jìn)行了研究,這將有助于豐富對(duì)硬骨魚類基因家族的認(rèn)識(shí),為更進(jìn)一步揭示粥家族進(jìn)化歷程提供理論依據(jù),也為進(jìn)一步深入研究硬骨魚類家族成員是否對(duì)性別決定與分化起重要作用奠定基礎(chǔ)。、材料與方法.五種麗魚科魚

33、類基因組本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建五種麗魚科魚類基因組數(shù)據(jù)從運(yùn)用上下載,:/./兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文一.一.:/./軟件構(gòu)建本地基因組數(shù)據(jù)庫(kù),用于后續(xù)基因組比對(duì)分離尼羅羅非魚月凹家族成員基因序列。.尼羅羅非魚家族成員基因序列的分離首先從:/./下載已公布的人類及斑馬魚全部序列核苷酸和蛋白質(zhì),放入本地基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)尼羅羅非魚基因組進(jìn)行同源比對(duì)和,分離出可能含有基因的片段,同時(shí)應(yīng)用:/./.網(wǎng)站預(yù)測(cè)出目的基因的序列,通過網(wǎng)上分析,并與尼羅羅非魚性腺轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì),最終確定尼羅羅非魚全部的序列。再將尼羅羅非魚的序列放入本地基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)其他四種麗魚科魚類基因組進(jìn)行同源比對(duì),分離出其他四種麗魚科魚類的全

34、部序列。同時(shí)將尼羅羅非魚和斑馬魚腳序列放入 :/./中比對(duì)已公開的其他硬骨魚基因組獲得這些硬骨魚所有的序列。.尼羅羅非魚家族成員系統(tǒng)進(jìn)化分析所有的核苷酸序列的編輯、序列對(duì)比分析都由軟件包的和完成。蛋白質(zhì)序列的比對(duì)分析采用軟件.,.軟件 ., 用于構(gòu)建和編輯,。進(jìn)化樹使用的進(jìn)化樹,進(jìn)化樹的構(gòu)建采用鄰接法序列包括本研究分離到的尼羅羅非魚全部家族成員蛋白序列以及已公布的人類和斑馬魚全部蛋白序列。其中尼羅羅非魚、為本研究克隆,其余為本研究從基因組分離得到;斑馬魚 、是從基因組中新分離得到,其余為上已公開發(fā)表序列。/亞家族所有成員序列均來自于。研究所用序列見表。.尼羅羅非魚與人類基因共線性分析人類及其相

35、鄰基因圖譜的構(gòu)建采用:/.。構(gòu)建尼羅羅非魚及其相鄰基因圖譜是通過將尼羅羅非魚性腺轉(zhuǎn)錄組獲得的序列比對(duì)到基因組上獲得。共線性分析所用到的其他尼羅羅非魚基因名稱通過系統(tǒng)發(fā)生分析確定。第章尼羅羅卜魚家族成員的分離及生物信息學(xué)分析表系統(tǒng)發(fā)生分析用到的序列的登錄號(hào) .本研究分離. 本研究分離 從 . 本研究分離鼴 本研究分離靜 本研究分離 . 本研究分離鉍 . 本研究分離 本研究分離. . . 本研究分離. 本研究分離 . 本研究分離 本研究分離. 本研究分離.本研究分離托.鼯 氣 本研究分離. . 本研究分離從 . .基因組分離. .基因組分離; . 基因組分離 .棚 . 本研究分離 . 本研究分離.

36、 本研究分離 / / . 本研究分離 . 他. 本研究分離 ./. . 本研究分離 /. 本研究分離 .洲. 乙 . 本研究分離. . 從托. 本研究分離. 本研究分離本研究分離. “ . . 本研究分離.? . 本研究分離他.本研究分離、實(shí)驗(yàn)結(jié)果.尼羅羅非魚家族序列分析通過同源比對(duì)搜索以及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析,本研究從尼羅羅非魚基因組中共分兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文離到個(gè)家族成員。除了以外的所有人類同源基因在尼羅羅非魚中都存在。其中粥,、粥艦粥,、粥,、粥,、粥砣、因基因組復(fù)制而存在旁系同源基因,尼羅羅非魚成員數(shù)目比斑馬魚已有的報(bào)道 ,要多出個(gè)、本研究還從己公開的包括三棘刺魚、青鯔、紅鰭東方純、黑青斑河

37、豚以及新近完成測(cè)序的伯氏樸麗魚、布氏新亮麗鯛、奈里樸麗魚和斑馬宮麗魚在內(nèi)的硬骨魚類基因組中分離出了全部基因表,此外還從斑馬魚基因組中分離到個(gè)新成員。其中黑青斑河豚和青鯔中只分離到個(gè)成員;三棘刺魚中分離到個(gè);紅鰭東方嗇屯中分離到個(gè);布氏新亮麗鯛中分離到個(gè);伯氏樸麗魚、奈里樸麗魚和斑馬宮麗魚都分離到個(gè)成員。在所有已公開的硬骨魚基因組中都沒有分離到人類的同源基因。在新發(fā)現(xiàn)的個(gè)成員中,在紅鰭東方囟屯和斑馬魚中不存在:粥僅在鱸形目中存在;存在于所有硬骨魚類當(dāng)中斑馬魚為新分離;粥,乃在三棘刺魚、紅鰭東方鮑以及青鯔中不存在;在三棘刺魚、黑青斑河豚和青鯔中不存在;僅存在于種麗魚科魚類及紅鰭東方純中,腳動(dòng)僅存在

38、于種麗魚科魚類中。尼羅羅非魚月凹家族成員的長(zhǎng)度在到之間,分別編碼到個(gè)氨基酸,各成員之間氨基酸相似性從.%到.%。尼羅羅非魚家族基因結(jié)構(gòu)內(nèi)含子夕顯子結(jié)構(gòu)可以分為三種類型:除了粥心外的所有/、/、/、/、/亞家族成員都含有三個(gè)外顯子,含有四個(gè)外顯子;/亞家族成員含有五個(gè)外顯子;/亞家族成員含有五個(gè)外顯子。所有尼羅羅非魚月覦家族基因皆含有一個(gè)/亞家族為編碼核心區(qū)域的外顯子圖。第章尼羅羅魚家族成員的分離及卞物信息學(xué)分析表所有已公開的硬骨魚基因組中家族成員數(shù)目. . . . . . . . . 一 。 。簪,西南大學(xué)碩士學(xué)何論文: :/腳一。脅第章尼羅羅非魚家族成員的分離及生物信息學(xué)分析一婦一一: :/

39、一乃一: : :? :彪婦一心妨一圈尼羅羅非家族成員基因結(jié)構(gòu)。方框和雙斜線分別代表外丑子和省略的序列。數(shù)字代表外丑子和內(nèi)含子的堿基數(shù)目。和分別代表外顯子和內(nèi)含子。和:、分別代表起始密碼子和終止密碼子.艙。蚋弓.婚瞄,. 戧. .兩南大學(xué)碩七學(xué)位論文.尼羅羅非魚家族系統(tǒng)進(jìn)化分析系統(tǒng)進(jìn)化分析選取了人類、斑馬魚包括基因組新分離到的成員以及尼羅羅非魚全部家族成員。系統(tǒng)發(fā)生重構(gòu)可以看出,包括人類、斑馬魚在內(nèi)的全部家族成員可以明顯分為七個(gè)亞家族:/、/陀、/、/、/陀、/、/圖。這與在人類 以及斑馬魚 ,中的對(duì)于家族聚類的研究結(jié)果一致。同時(shí),在尼羅羅非魚中新發(fā)現(xiàn)的、也都與、聚類到同一支圖。/,懈、?,:一

40、,二一、,/圈尼羅羅非量、人類、斑馬魚家族進(jìn)化樹。進(jìn)化樹采用法以.來構(gòu)建。用于蛋白質(zhì)序列比對(duì)。進(jìn)化樹所用到的序列來源描述于材料與方法章節(jié)。代表尼羅羅非;代表人類:代表斑馬魚。 鷂協(xié)硝. 逾 . 鶴 嗽, / 碰驢 :.戳咖。囂.踟吡嗍囂玳鶴涮/; ;刪第章尼羅羅魚家族成員的分離及生物信息學(xué)分析.尼羅羅非魚基因家族共線性分析為了闡明尼羅羅非魚基因與人類基因之間的關(guān)系,我們比較了人類月與尼羅羅非魚月卯在染色體,或連鎖群 ,上的基因座位以及它們保守的基因順序。人類和以及尼羅羅非魚和的基因座位之間存在明顯的保守順序,表明尼羅羅非魚和是人類和的直系同源基因,而系統(tǒng)發(fā)生結(jié)果以及尼羅羅非魚以及復(fù)制基因的存在

41、,表明了尼羅羅非魚是的旁系同源基因圖。大多數(shù)人類,昶/,與昆羅羅漿魚/昶/亞家族成員之間都存在保守的基因順序,表明尼羅羅非魚、分別是人類粥乃、的直系同源基因。在人類與尼羅羅非魚的基因座位之間可以看到明顯的保守基因順序,表明尼羅羅非魚是人類的直系同源基因。雖然在人類與尼羅羅非魚粥之間沒有看到保守的基因順序,但是根據(jù)系統(tǒng)進(jìn)化樹尼羅羅非魚與是最接近的,所以是的旁系同源基因。人類與定位在號(hào)染色體的相鄰的座位上。尼羅羅非魚與定位在 上,而與定位在上。根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生以及蛋白質(zhì)相似性比對(duì),尼羅羅非魚粥砌與更接近于人類粥形和艦,表明它們分別是上,粥砌人類陽(yáng)彤與的直系同源基因。此外,在尼羅羅非魚和腳的基因座位也可

42、見保守的基因順序,表明陽(yáng)彤和分別是和的旁系同源基因圖。尼羅羅非魚/亞家族包括、以及。人類、座位與尼羅羅非魚、座位之間的保守基因順序表明尼羅羅非魚、是人類、直系同源基因。蛋白質(zhì)相似性分析以及保守的基因順序表明,尼羅羅非魚是人類的直系同源基因。在尼羅羅非魚座位和人類座位之間也存在一定的共線性,同時(shí)系統(tǒng)進(jìn)化研究也表明了是的旁系同源基因圖。尼羅羅非魚/亞家族包括、。尼羅羅非魚、與人類、座位之間存在保守的基因順序,表明尼羅羅非魚、是人類、的直系同源基因,系統(tǒng)進(jìn)化以及蛋白質(zhì)相似性表明尼羅羅非魚是的旁系同源基因。雖然尼羅羅非魚與人類之間不存在明顯的保守基因順序,但是尼羅羅非西南大學(xué)碩十學(xué)位論文魚的蛋白序列與

43、人類的蛋白序列最相似,表明尼羅羅非魚陽(yáng),是人類粥,的直系同源基因。在人類中,與基因在號(hào)染色體上相鄰,但是在尼羅羅非魚中,基因卻是與在 上相鄰圖。尼羅羅非魚/亞家族包括、和。保守的基因順序表明尼羅羅非魚是人類的直系同源基因。尼羅羅非魚有兩個(gè)同源基因,系統(tǒng)發(fā)生和共線性表明是人類的直系同源基因,而是人類的旁系同源基因圖。昆羅羅非魚/,亞家族包括、瓤在腆、與尼羅羅非魚、基因座位之間都存在明顯的保守基因順序。系統(tǒng)進(jìn)化以及蛋白質(zhì)相似性分析表明尼羅羅非魚、分別是人類粥,、的直系同源基阻。砥、是、的旁系同源基因圖。第章尼羅羅仁魚家族成員的分離及生物信息學(xué)分析彰刀取. ./ 、,.盂:?叫?一丑%】如.、 ?:

44、 , .勃:玉/ /:.件.:.: /。 工, ”.知:一撒:疋缸加:缸奎譬矗矗加/: 寸,.、,. .啟. 鲞/免曲, 、】.、: ./ 缸/., 矗,象譬 . 竹 三 .:耵 .:加裊屆哐 加:似知呦. :. :矗 靠 ? 矗. :,.:。 ,:秈兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文圖人類染色體以及尼羅羅非魚連鎖群或上家族基因座位圖譜。基因圖譜是使用 :/.本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建尼羅羅非魚基因組本地構(gòu)建。橫線長(zhǎng)度不代表基因之間的距離?；蛎Q是基于網(wǎng)站的描述。共線性分析使用到的尼羅羅非魚基因的同源關(guān)系由系統(tǒng)發(fā)生分析確證。這些基因序列是從我們實(shí)驗(yàn)室建立的尼羅羅非魚性腺轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中獲得。紅色標(biāo)注的基因代表尼羅羅非魚。.

45、:人類染色體,.:尼羅羅非魚連鎖群,.:尼羅羅非魚。.。:/. . . .:,.: ,.:.尼羅羅非魚家族基因性腺轉(zhuǎn)錄組分析通過對(duì)本實(shí)驗(yàn)室前期所測(cè)孵化后天、天、天、 天、性腺共計(jì)個(gè)轉(zhuǎn)錄組的分析我們發(fā)現(xiàn),在尼羅羅非魚性腺發(fā)育的不同時(shí)期,共有個(gè)成員表達(dá)于性腺中圖、圖。從孵化后天開始表達(dá),其在雌性的表達(dá)高于雄性,并于孵化后天達(dá)到最高,隨后略有降低;在孵化后天即開始表達(dá),在天時(shí)達(dá)到最高,雄性略高于雌性:從孵化后天即開始在雌性表達(dá),隨著個(gè)體的發(fā)育,在雄性的表達(dá)逐漸升高并高于在雌性的表達(dá);在孵化后天即高表達(dá),但沒有明顯的性差;也在孵化后天即開始表達(dá),雄性高于雌性,在孵化后天、天雄性以及天雌性也有少量表達(dá);

46、從孵化后天開始表達(dá),雄性高于雌性,在 天時(shí)雌性高于雄性;僅在孵化后天雌雄性腺以及天的雄性性腺少量檢測(cè)到:從孵化后天即開始表達(dá),雄性中表達(dá)低于雌性,孵化后天在雌性中達(dá)到最高值;在孵化后天的雄性性腺中有較高表達(dá),而在孵化后天和天的雌性性腺中沒有檢測(cè)到;從孵化后天開始表達(dá),孵化后天雌性略高于雄性,其他時(shí)間雄性高于雌性并于孵化后天達(dá)到最高;從孵化后天開始表達(dá),孵化后天雄性略高于次性,其他時(shí)間雌性高于雄性并于孵化后天達(dá)到最高:最早在孵化后天的雌性性腺表達(dá),隨后在雄性出現(xiàn)表達(dá)并高于在雌性的表達(dá);從孵化后天即被檢測(cè)到,其在雄性的表達(dá)一直高于雌性,并于孵化后天達(dá)到最高值;鈾從孵化后天開第章尼羅羅角.家族成員的

47、分離及生物信息學(xué)分析始表達(dá),雄性遠(yuǎn)高于雌性,隨后有所降低,但在雄性的表達(dá)一直高于雌性:粥,從孵化后天即開始少量表達(dá),孵化后天在雌性的表達(dá)達(dá)到最高峰,雄性一直處于較低水平;刪最早在孵化后天雌性性腺表達(dá),隨后在雄性開始出現(xiàn)表達(dá),并于孵化后天達(dá)到最高;在早期雌性高于雄性,隨后雄性高于雌性;粥砣從孵化后天即開始表達(dá),早期處于較低水平,隨后雌性迅速升高一直到孵化后天,而雄性一直處于較低水平;僅表達(dá)于孵化后天性腺以及天雄性性腺;在雄性的表達(dá)一直高于雌性,在孵化后天的雄性性腺最高圖。為了更加直觀地分析,我們還比較了同一時(shí)期所有在性腺表達(dá)的腓基因的表達(dá)情況。孵化后天,粥在雄性的表達(dá)量最高,粥,和次之;在雌性的

48、表達(dá)量最高,其次是;其它在這一時(shí)期要么不表達(dá),要么表達(dá)水平處于很低的水平。孵化后天,在雄性的表達(dá)量依舊最高, 次之;在雌性的表達(dá)也是最高,和次之,其它都處于較低的水平。孵化后天,許多在雌性的表達(dá)迅速升高,如、:/:/:而在雄性大多處于較低水平。孵化后天,、和在雌性的表達(dá)水平依舊很高,而鈾在雄性的表達(dá)略有升高,其它都處于較低水平圖。兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文:;.二 :,夕夕 ,夕夕爹夕夕夕夕夕 ,翻哆:葛: 一:.:爹夕夕夕夕夕 礦爹夕夕夕夕 夕夕夕, 昭崛怫,.:. :.,夕夕夕夕 ,夕夕夕 ,夕夕。,:囂;.懿:. 藝辨囈. .,夕夕 夕,夕 ,夕夕夕. 域 :。鄞:. :醛:. ,哺。.夕,夕

49、夕夕夕 夕,夕夕爹夕,夕夕多,硼, , 刪軾 嘴.三三芎 囂; 悖。.夕,夕夕夕夕夕爹,夕夕歲 夕夕夕夕夕夕夕陽(yáng),”,:.夕,夕夕夕夕 夕夕,夕夕爹圈基于尼羅羅非魚性腺八個(gè)轉(zhuǎn)錄組的尺鏟家族表達(dá)模式。代表每一百萬讀數(shù)中每一千堿基對(duì)的讀數(shù);,孵化后天:,孵化后天;,孵化后夭 ,孵化后天:,孵化后天:,孵化后天.,孵化后天;,孵化后天.螄 .腳;,【. ; ;伽 ;蛐;:;取;飄飆第章尼羅羅非魚家族成員的分離及生物信息學(xué)分析蔞駒釉一? ?.弛肌.?。?.:”?.,一 ”?二”竺.二夢(mèng):柚譬釉芑柏心?心?.蘭蘭.”舯一譬誓.? ?二二二”二.叭。蘭帥。坐一.盟圈通過轉(zhuǎn)錄組分析比較尼羅羅非家族成員在孵化后天、天、如夭和夭的表達(dá)水平。注釋同圖.,卯 ,. 鋤叫湖.。兩南大學(xué)碩十學(xué)位論文