幾款軟件構建生物進化樹的方法比較

1、生物進化樹的構建 目錄 前言2. 一、NCBI6. 二、Mega8. 三、DNAMAN12 四、DNAStar1.6 五、Bioedit1.9 刖百 1 .背景資料 進化樹（evolutionarytree）又名系統(tǒng)樹（phylogenetietree）進化樹， 用來表示物種間親緣關系遠近的樹狀結構圖。在進化樹中，各個分類單元（物種）依據(jù)進化關系的遠近，被安放在樹狀圖表上的不同位置。所以，進化樹簡單地表示生物的進化歷程和親緣關系。已發(fā)展成為多學科（包括生命科學中 的進化論、遺傳學、分類學、分子生物學、生物化學、生物物理學和生態(tài)學，又包括數(shù)學中的概率統(tǒng) 計、圖論、計算機科學和群論）交叉形成的一個

2、邊緣領域。 歸納總結生物進化的總趨勢有以下幾類: 結構上：由簡單到復雜 生活環(huán)境上：由水生到陸生 進化水平上：由低等到高等 一般來說，進化樹是一個二叉樹。它由很多的分支和節(jié)點構成。根據(jù)位置的不同，進化樹的節(jié)點分為外部節(jié)點和內部節(jié)點，外部節(jié)點就是我們要進行分類的分類單元（物種）。而物種之間的進化關系則用節(jié)點之間的連線表示。內部節(jié)點表示進化事件發(fā)生的地方，或表示分類單元進化的祖先,在同一個進化樹中，分類單元的選擇應當標準一致。進化樹上不同節(jié)點之間的連線稱為分支，其中有一端與葉子節(jié)點相連的分支稱為外枝，不與葉子節(jié)點相連的分支稱為內枝。哺乳類 被子植物 節(jié)辰祠 皖腸動物 原生動打 物 蕨類 進化樹一般

3、有兩種：有根樹和無根樹。有根樹有一個鮮明的特征，那就是它有一個唯一的根節(jié)點。這個根節(jié)點可以理解為所有其他節(jié)點的共同祖先。所以，有根樹能可以準確地反映各個物種的進化順序，從根節(jié)點進化到任何其他節(jié)點只有能有一條惟一的路徑。無根樹則不能直接給出根節(jié)點,無根樹只反映各個不同節(jié)點之間的進化關系的遠近，沒有物種如何進化的過程。但是，我們可以在無根樹種指派根節(jié)點，從而找出各個物種的進化路徑。 無根樹 OI OJO 有根樹 分子進化樹（以分子數(shù)據(jù)為依據(jù)構建的進化樹）不僅精確地反映物種間或群體間在進化過程中發(fā)生的極微細的遺傳變異（小至一個氨基酸或一個核昔酸差異），而且借助化石提供的大分子類群的分化年代能定量地估

4、計出物種間或群體間的分化年代，這對進化論的研究而言無疑是一場革命。 序列比較是生物信息學中最頻繁也是最有價值的工作。要知道一個序列（結構）與另一個序列（結 放射樹 有根樹、無根樹 bacteriaoutgroup夕卜圍支 拓撲結構： 有根樹： 反映時間順序 archaeaarchaea archaeaarchaea archaeaarchaea eukaryeukaryoteote 無根樹： 反映距離 -3E Ml二，ww即士，R用0tlyGM33BUcompletegw. 構)或者與一批序列(結構)之間的差異，唯一的途徑就是序列(結構)的比較分析。序列水平上的比較反映的是字符串之間的差異，能

5、夠發(fā)現(xiàn)堿基序列或者氨基酸序列的保守模式。但是，在分子生物學中，比較是多方面的，除了核酸或蛋白質序列的比較，也可以是結構的比較等。事實上，相差很大的序列可以形成具有相同功能的分子。而結構水平上的比較更能反映功能上的差異，能夠發(fā)現(xiàn)與功能緊密相關的結構域。結構比較方面的工作都是圍繞蛋白質及RNA展開的。 構建進化樹的方法包括兩種：一類是序列類似性比較，主要是基于氨基酸相對突變率矩陣(匚用PAM250)計算不同序列差異性積分作為它們的差異性量度(序列進化樹)；另一類在難以通過序 列比較構建序列進化樹的情況下，通過蛋白質結構比較包括剛體結構疊合和多結構特征比較等方法建立結構進化樹。 三種主要的建樹方法分

6、別是距離法(distancemethod、最大節(jié)約法(maximumparsimony,MP)和最大似然法(maximumlikelihood,ML)。 2 .同源性 同源性(homology)是比較生物學中的一個中心概念。同源，最基本的意義就是具有共同祖先。一般來說，如果兩個物種中有兩個性狀滿足一下兩個條件中的任意一個，就可以稱這兩個性狀為一對同源狀。 在分子進化研究中，同源性一般是指兩個核酸分子的核甘酸序列或者兩種蛋白質的氨基酸序列質檢的相似程度。序列分析是最終測定同源性程度的方法。 直系同源(orthology)可以反映物種血統(tǒng)上的同源性，即物種進化的歷史 并系同源(paralogy)只

7、反映基因進化的歷史。 異同源(xenology)僅僅部分反映基因進化歷史。 多異同源(paraxenology)與異同源的不同點在于主要基因組中它擁有的兩個或者更多的外源基因拷貝。 部分同源(plerology)由許多不同功能部分組成，而一個基因的組成中包含其他基因的片段。 NCBI BLAST StandardNucleotideBLAST HCBIi1BLASTbhstnsuite blastx blastn blast口 tbllastn tblastxtblastx EnterQuerySequence orFASTAEequence(s) Clear V37217 Oruploadf

8、ile 未選擇文件 moremore gb|U37217J|(2920letters) GGraphicSummaryGGraphicSummary Colorkyforalignmentscares 比對結果相似度 MoleculetypeQueryLength QueryID Description DatabaseName Description Program 卜NCBIBLASTblastnsuite/FormaningResults-ZAHCSD8Y01N Enteraccessionnumber(s) Mouse-overtoshowdeflineandscoresclickto

9、showalignments 2.比對后的結果分析 1.進入NCBIStandardNucleotideBLAST標準界面，輸入要比對的序列、名稱 Nucleotidecollection(ntj BLASTN2.2.29+Citation EditandR日submitSav通ScorchSt伯t跑二號oFonn白ttinq0PtitDowriload ZAHC8D林Y01N(Expireson08-2209:04amj 卬1114m2g0lgblUZjl7HPU37217 Humanpapillornavirustype16variantLIandL2capsidproteingenes,

10、completecds nucleicacid 2920 BLAST HomeHome RecentResultsRecentResults 40=200=200 1100 1650 2200 TaxBLASTReport Index Li口白Report CrqariisrnReport TaxondmyReport H即 LineageReport Hujnarip&pillotn&virutype16virusts HunanpapillgmviEEtyp&16-5267IBUhitsvirusesjhimanpapillqn*viUEtyp316YwiantLI5dL2capsidpr

11、atq OrgagjmRR0rt 距離進化樹分析結果 Res 白 ITi白電DownloadTree Mouseoveraninternalnodeforasubtreeoralignment *liumaiipupilLunuviruiitype16IsoldeQir20322tcorapleiegunume ,IuiiunpuiLkimsinjHnjie1ftstrainCL_4,complete 器而 me 令 Iluniaiip4Mli 心 mminjq口 pc16iu.ilaleQvMU工 cojnpklcgeiaonierimiian網(wǎng) Mik3mit#imwtype16IT722

12、Eaeonipletegeiion瞼 Hum 山 ipapLlkjnuvirustypc166IS158E.ixniipletegenume ；Iluinaii網(wǎng)川logviru量type16麗lateQvOQSTO,.completegenome中Iluiiiiiin|ipllkiruiiiiruihtype16dune1cumplelegenonieEfldriianpapUkimvEEustype16+仃仙山 ZG05-249,completeperiiime *Humwpupilloomirns.pe16strainZGOL-IJ.wnipleflegenome Ilu)kmlonvi

13、ruitype16MrainZG03-145,conipletegemHtie Hiimatpapillotiuvliutype16strainOJ9.cuttirplete 生它 nunie lljjmarii 網(wǎng)ilkimu、iruipe1ftgMMeQvOflflSO,cj)e16LMjHleQk335tH.i.-LntipleliegtiiotDe IImnunppilkmavinjlpcIA1氣，1 寓 Ctompkleenonkf 41ImninpupilkutkBirusKpe16isoHle513956.CLiinpleleenonte Ihnnuniruxhe1i*hicQw

14、iH.HmrHpk,iir跟小用匕 產 Hummpapilkutsiruskpe16strjiiiCU2rcoileieueiionie Himanpaphkxnutin91ylMIKi 單卜 QiuQ*I91lfihcmnpktejicnonK 41luiiinpeLpUkutkitirusKpe16isolateQvl47(),vnmpkleiionte hjrmmfhupilloniaxinj*1ype16iwluceQr25O帕.complylegenome pdpilLonid.iru、lypeI6enonikLEAPauricleischieiJRJ77- 卡卜 lumiuipup

15、illonuvinjgiy 陛 16inugraiedSiliuEIPVJ6vuruiuDNA.mpsidprotein 明叫 cumplui 七國九IUMJflankingcvlluLuf. II-Ifabn4h.ii.h.ii.h.ii.ii.jH rmmmic*IIIBnicnim iiiiiiI.iImII AAAAAAAAAAAAAA 展，TTTTITITITITTTTAAAAAAAAAAAAAA”TTTIIITTTTTTTT. i.h.-I.-h.-I.-h.-I.-h.I.-h.I.-h.1 TTTTTTTTTTTTTTTAAAA 產 A 尸 A 安AAAAAW PAAAAAAA

16、AAAAAA”ii-1ii-1i.-1i.-1ii-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1i.-1 AAAAAAAAAAAAAA 展，AAAAAAAAAAAAAAWRIA：中AAKAIP!A ZA函兀：】歲 函函函函函函函函函函函函函函:日 AAA匚 AAkAA|函 A 匚 AA 匚 AAA”nicimimominminmni函rmm門 AAAAAAAAAAAAAA：i：AAAAAAA|匚 AA 匚 AA 匚 AAA 靠， AAAA”函”函函函函”皿i.hjhJh.hHJhjHJhjHJhjhjii.jH TTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAA

17、AAAW hjhJhJh.h.h.hJhJhJhJhJhJh.-l|H| I.-1i.-1I.-1i.I.1i.i.1i.1i.1i.1i.1i.1i.1 niccvimimimmIBIIBrii門riireu，AAAAAAAAAAAAAA” Piaipiawamigiwpi” AAAAAAAIFA 匚 AA 匚 AA 匚 A”RIA：中AAKAIP!A ZA函兀：】歲 函函函函函函函函函函函”皿 ijJI.iiJI.【it)hJit)hJit)hJit)hJlithJ AAAAAAAAAAAAAAHi.-1I.-1i.-1I.1i.11.i.1i.1i.1i.1i.1i.-1ii.1i.1i

18、.1 AAAAAAAAAAAAAA” 啞I NASEqumncesti-卬nE-sEDdFm 芭喘的崇馬運*一虞 IDIsrsImld-rMfplsrr-ll-rl2-gnmBnrBISEJQILIBncCPIr口-6P-SYHE-P ,Mega 1本m衛(wèi)事宣)40若承+) 比對完成后，查看進化樹 首先顯示比對后文件到PhylogeneticAnalysis 得口 三野陰鼠至成盅笠石悔 AlgrDataModesDistanceD-versityPhyogeryUserTreeArcestcfsSelector!ftatesClocksDiagnose M6:AlignmentExplorer

19、(HPV16completegenome.fas)M6:AlignmentExplorer(HPV16completegenome.fas) Site#10withUw/oG9DS 查看比對結果ClurtalWProgressClurtalWProgress Pairwisaalignment Speciss/JLcerv 1.61 靈？我|七一口3。.工|_曰 5己匚/現(xiàn)口: 2,51153760193|gb|KC470229.1|_Hunanj?apilJ 3.311145353244AIEF202153.1-Tinrtrilll 口回區(qū) 00 Data EditSearchAlignme

20、ntWebSequencerDisplayHelp DCreateNew BOpen Reopen Clos Sequences PhylogeneticAnalysis USav白Session曼ExportAlignment Ctrl-S 的德 X X 怕直匐 I I， jrupUaxe *DNASequences ProteirSequences 蜉Tranjlate/Untrarislate 看SelectGeneticCodeTable ReverseComplement Reverse Complement ExitAirExplorer 工 5*gi|342S7-1gb|JSD0

21、4099.11_-mii=_j:aFill=aviru5_t7pe_l_* J -HH9T-7 AAAAAAAAAAAAAAA二二二,二一二二 T-7- TA , Cutsf-fcdt5 也亟 , Dffitarc*DF鼻rs。 Mb:SequenceDataExplorerMb:SequenceDataExplorer QataDisplaySearchgroupsHighlightStatisticsHelp 嘉S uucuucWPhWPhe e 00E000 SpecialMM ZName 01gi|310698439|reflNC0015262|Humanpapillomavi 72g

22、i|56463023|gb|AY686584133.gi|56463014|gb|AY6865831a4gi|56463005|gb|AY6865821亙5一gi|56462996|gb|AY686581.106gi|56462987|gb|AY686580.1 57gi|56462978|gb|AY6865791 Humanpapillomaviru： Humanpapillomaviru： Humanpapillomaviru：Humanpapillomaviru：Humanpapillomaviru：Humanpapillomaviru： E8.gi|560891922|dbj|AB83

23、9494JHumanpapillomavir ”9gi|560891913|dbj|AB88949311Humanpapillomavir HW.gi|560891904|dbj|AB889492.11Humanpapillomas 11.gi|560891895|dbj|AB88949111Humanpapillomas 1/8017 Conserved:6913/8017 MEGA06(6140225)MEGA06(6140225) FileAnalysisHelp 三TA DatsModesDfstirct GroupI E|CTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c

24、 AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAA ACTA c AATAAtA T T T T T T T T T T T Data Data 顯示進化樹 Phyen. 石gerOL5) DataSubsettoUse Gaps/MssrqDatareatent Competedeuton SectCodonPositions01st 回 2nd 回 3rd 回 NorcodlngSes ，Compute|XCancel 插入序列，多序列比對 ,DN

25、AMAN-HPVJBcompletegene.fasta 序列 查看進化樹 巫.亳.矗,K,也.。.V DhiiyPYoa-BrYywrTrwArctT5SflwtorRartsiCbckvD;r-;w alaMW W 口3巴口8 匚F回I Originaltree 日口琪鼠胃口 consensust 用自 SubtreeVievCompute MbrTreeExplorer CaptionHelp. a.OMJ 網(wǎng)_gi|U5963154|gb|EF202143.1|Humanpapillomavirus 01?gi|5370D1791|gb|KC4702111|Huirianpjpilla

26、iria.irustype18isdlata015370017821950470210.11Humanpapillomavirustypt10isolate O.te?gi|145968181|gb|EF2021461|Humanpapilloniavirustype18 宿Q信 O|QO1gi|285804353|b|GQ180786.11Humanpapillomavirustype18isolateCU10 0.005 0.Q02O.flC O.QQL|gi|5378C13Q0|gb|KC4702121|Humanpapillamavioistype18isolateQ； 1145968

27、208|gb|EF202149.11Humanpapillomavirustype18isolateO(OL22Lgi|14596819|gb|EF2021J81|Humanpapillomavirustype10isolate口區(qū)o.oitfCQ1gi1145968190|gb|EF2021471|Humanpapilloms/irustypeISisolateQ-O，pgi|537801B11|gb|KC4702131|Humanpapillomstpe18isolateZ135gi|14S968226|gb|EF202lS11|Humanpapilhmavirustype18isidal

28、eC0,0010(XI1 gi|145968217|gb|EF2Q21501|HumanpapillomaMrustype13isolate 0.003 gi|2859(M362|gb|GQ1807371|Humanpapillomirustype13isolateCU11 0.001. C.003 0.001 -gi|537801974|gb|KC4702301|Humanpapillomavirustype18isolateBE； gi|537B01963|gb|KC47022911Humanpapillcmavimstype1Siw 口 lateQv39- 二、DNAMAN -Pi16匚

29、口叫 二場有七出. 因車型辛比裳 M 9 10 11 12 13 15 CGACAGA&：CCATrCAATATT3TAACCTTTTGTT(AAGCACACACGTAGATTCSTAC：TTTGGAAGACCT(TCAT白片UTFHCCTfATGGATGGTTTlMTGTAjAjSCT&TA&TGGARRAAAjAMMTG&CAGTGiTACAjjT2AA3ATTTGGIAGATTT：GAAACAGAGACAGCACAlSe3TTSTTTAcreCACAG( ACTACJ AGCAGj 主序列弗&5； 51H用 &TTAC：TATGC：H二 TGTAT TCAMJ G-GTCGt CATEC

30、J逆機序更時 TGTIAlenw已工I 顯天序 MQ 畫 DMA尋性圉日 生制序列醫(yī)喑(M) .后-THI LRNAVnta fi.2|H-JIME. ZLGGGCGTAACCrtACTGCJAIG：iCTiTACATGiTTGCTTTTCGCGTTTTATTCTi卜區(qū)EACJt口 TTGTTGCAGM.：ATGAATAIAKA5AGGAGGAGt 序列與文件 文件：1序列：126 GDNA蛋白質 卜J下一步國）|取消 比對后進化樹分析，可以導出為Clustal格式，可以用bioedit來查看DNAMAN多序列比對 3文件電苒蜜李元邈索舊跟刎住善彷B)弓 國E；因我皿運回v *多序列比對照無標

31、題 NBRF格式 MAfMAf1:1:CalculttincScore.CalculttincScore. MA#1:Done!MA#1:Done! |7KC470217.1 |nKC470216.1 KC470215.1 19KC470214.1 ?QKC470213.1 KC470211.1 KC470210.1 KC470209.1 KC47020S.1 DNAMAN1 KC470222.1 KC470221.1 KC470220.1 KC470219.1 KC47021S.1 交CD W 形文件(EMF)限制性分析蛋白后結構()篇水性(H)親水性QD重符比對所有序列B)善膻案白分析(M

32、) 兩序列比對 DNAMAN2 GCG格式 GDE格式 PHYLIP格式 Clustal 格式 O ODNAMANDNAMAN-侈闞ttJM.MSDttJM.MSD H文件(B演言(E)序列理案()限制性翳切引物口GS昌.電aXDC!戲梅運品圖黑贊之因帆皿=也上三回虛牌 亮形文件(EMF)叵)限制性分析因重自慶 女()疏水性出)親水性 重舒比對所有序列因跨膜里白分析(M) WC4TD223二.!,r- 多序列比對,MSD 序列文件 Homology_Tree 案委序列比對M5D*Phyhgenetic.Tree 無糧樹放射樹： J上HIBl口 四、DNAStar 比對前設置殘基表 McgAli

33、gnMcgAlign- -ResidueSubstitutionsofUntitledJ.Hein(Weighted)ResidueSubstitutionsofUntitledJ.Hein(Weighted) 有根樹 Weightftd 將要分析的基因系列導入 打開DNAStar下MegAlign GGCGTAAC GGCG2AAe AY6865 JN5653 KF9540 AB8186 FJ0067： HM0S711 AF4C261 OptionsNetSearchWindow 基因系列具有同源性的用JotunHeinMethod比對，基因系列無關聯(lián)的用ClustalW/Vmethod M

34、egAlignMegAlign UUtiedtied :渣FileEdit Align Y住，OptionsNetSearchWindowHelp Sequence 1ByJotunHeinMethod shift+CtrkJ ByClustalVMethod13- ByClustalWMethod Ctrl+K Ctrl+L OnePair k J UnalignAll Ctrl+= etResidueWeightTable MethodParameters. . 1Ff,. JCreateAlignment*romSelection 二GGCGTAAC3GGCGTAAC:GGCG二AAC

35、查看比對報告 FileEditAign 上HgnmentVcpcirt OptionsNetSearchWindow SequenceNam 區(qū)Consensus 9Sequences NC_001526 AY686584. JN56S303. SequenceDistances ResidueSubstitutionsphylogeneticTree uen onnation 查看基因序列相似度 FileEditAign SequenceNam 區(qū)Consensus 9Sequences NC_001526 AY686S84. JNS6S303. L_ 翁 國 久 A OptionsNetS

36、earchWindow AlignmentReport1SequenceDistances( ResidueSubstitutions PhylogeneticTree uenceintorma 卷AleEditAlignViewOptionsNetSearchWindowHelp PercentIdentic 12 3 4 5 6 7 8 9 1 99.B 997 99.4 99.6 995 997 98.4 9B.1 1 2 0.2 997 99.4 99.6 99.5 99.7 98.4 98.1 2 3 0.3 0.3 99.4 99.7 995 998 9S.4 9B2 3 4 0.

37、6 0.6 0.6 99.4 99.3 99.3 98.3 98,1 4 5 0.4 0.4 0.3 0.6 99.6 996 98.5 98.2 5 6 0.5 0.5 0.5 07 0.4 995 984 98.0 6j 7 0.3 0.3 0.2 0.7 0.4 0.5 98.4 98.1 1 8 1.6 1.6 1.6 1.7 1.5 1.7 17 98.6 8 9 1.9 1.9 1.9 2,0 1.8 2.0 1.9 1.4 9 1 2 3 4 5 6 7 7 9 9 3UU3 口回MC_0D1526.2 AY686584.1 JN565303L1KF954093.1AB8186S

38、7.1 EU9187S4.1 FJ006723.1 HI.T057132.1 AF402676.1 查看進化樹 SequenceNam OptionsNetSearchWindow 區(qū)Consensus 9Sequences NC_001526 AY686S84. JNS6S303. AlignmentReportSequenceDistances3s5idueSubstitutions 三Hy礴己RutkTrpg BQUGncGIntorematio 309.5 FileEditAlignViev/OptionsNetSearchWindowHelp JN于5303.1FJ00S723.1K

39、F954093.1 NC_0Q1526.2 AY686584.1EU918764.1AB8186871HM057ia2,1AF402678.1 300 250 200 150 100 50 NucleotideSubstitutions(x10D) 五、Bioedit 將要分析的基因序列導出軟件，執(zhí)行多系列比對 BiBioEditSequenceAlignmentEditoroEditSequenceAlignmentEditor Filedr7SequenceAlignment乂沿門 AccessoryApplication ENAWorldV/ideWebOptions業(yè)indowhelp

40、 Add/Modify；RemoveanAccessoryApplication C;C; DpcumentssndSettiiigsXAdmi,DpcumentssndSettiiigsXAdmi, ClustalWMultiplealignment BLAST Mode;忖ekm7Slid日， SelectioncPosition; 12contigprQgGm ClustalWExampleApplication ，IDID工五苜白口*卜巴羲I I DNADi5tNeighborphylogenetictree DNADistDNAdistancematrix 工式gi gig工gigi

41、cfigi旺q工gig1gigigi旺 ai 53e019-453BCL96353-BD135453E0194553790193553-eC1926537B01916北一三二 53201395537a01B8fi53_eoi3_53-E0iaS537日01白5953B0135L537B01940 53B01d2C5330131153-EC13 53017915379017S253BQ173 10 1二&6二二工餐4二 DNAmlDNAMaximum_ikelihoodprogram DNAmkDNAMaximumLikelihoodrogramwithmokcularclock DNA3ar$

42、DNApar5lnorrymethod FatDNAmlDNAmaximumlikelihood Fitch-Fitch-MargoliashrandLeast-SquaresDistanceMe由 Kitsch-Fitch-MargoliashandLeastSquaresMethodswithEvolutionaryClock NEIGHBOR-Neighbor-JoiningandUPGMAmethods ProMLProteinMascinriumLikelihoodprogram Pratdist-Frtchphylogenetictree ProtcistNeighborphylo

43、genetictree Protdistproteindistancematrix Protparsproteinparsimonymethod ，二I53 +G, 6. G一 ABioEditABioEdit appsapps clustalw.execlustalw.exe SequenceSequence 2424： 78577857 bpbp SequenceSequence 2525： 00000000240000000024 78577857 bpbp SequenceSequence 2626： 00000000250000000025 785?785? bpbp Sequenc

44、eSequence 2727： 00000000260000000026 78577857 bpbp SequenceSequence 2828： 00000000270000000027 78577857 bpbp SequenceSequence 2929： 00000000280000000028 78447844 bpbp SequenceSequence 3030： 00000000290000000029 785?785? bpbp SequenceSequence 3131： 00000000300000000030 78577857 bpbp SequenceSequence

45、3232： 00000000310000000031 785?785? bpbp SeqSequenceuence 3333： 00000000320000000032 78247824 bpbp SequenceSequence 3434： 00000000330000000033 78247824 bpbp SequenceSequence 3535： 00000000340000000034 78247824 bpbp SequenceSequence 3636： 00000000350000000035 78447844 bpbp SequenceSequence 3737： 0000

46、0000360000000036 78577857 bpbp SequenceSequence 3838： 外巾DIGDIG爪 78577857 bpbp SequenceSequence 3939： 00000000380000000038 78577857 bpbp SequenceSequence 4040： 00000000390000000039 78577857 bpbp SequenceSequence 4141： 00000000400000000040 78577857 bpbp SequenceSequence 4242： 00000000410000000041 7857

47、7857 bpbp SequenceSequence 4343： 00000000420000000042 78577857 bpbp SequenceSequence 4444： 00000000430000000043 78577857 bpbp SequenceSequence 4545： 00000000440000000044 78577857 bpbp SequenceSequence 4646： 78577857 bpbp StartofStartof PairwisealignmentsPairwisealignments Aligning.Aligning. C Cy y&i

48、oEditSequenceArig&ioEditSequenceArignmentEditornmentEditor FileEditSequenceAlignmentVIev； C:C: DocuiTientsandSettingsXAdmiDocuiTientsandSettingsXAdmi HSCourierNew,同TI Mode:ISelftcl/SlideSelectior; Position: _f mID工互有心口十日趣 r r11i11i| |r riiIiiI v viiiiii1111 1010 口CT&Cn口衛(wèi)口口HTtM工 1 1L L1 1a al lL L.工a

49、 a- - -l l- - -1 1.工1 11 1s s1 1T T - -1 11 1a a1 1r=lr=l- - 5646302315643014|S543D05|564629晌56462Se|5642979|5509919225608515135J351S04560851095560991BS6550091377560351663374257633742576e9374257660374257651 比對完成后，進化樹分析 AccessoryApplFcation RNAWorldwideV.bOptionsWindaivHelp Add/Modify/RemoveanAccesso

50、ryApplication ClustalwMultiplealignment BLAST CAPccntigassemblyprogram Clustalv/ExampleApplication DN/Slst-TrTeighborpbyhgnZtictree) DINADi?tDNAdistancnatriK DNAmlDNAMaximumLikelihoodprogram DNAmlkDNAMaxirnumLikelihoodprogram-她rnokculardockDNAParsDMAparsimonymethod FastDNAmlDNAmaximumlikelihood Fitc

51、h-Fltch-MargoliaGhandLeat-SquaresDktanceMethod? Fitchphylogenetictree PrQtd話t-Neighborphylogenetictree 3Ptd詁tproteindistancematrix Protpar?proteinparsimonymethod s sC:C: WINDOW5WINDOW5 systcm32systcm32 cmd.execmd.exe NucleicacidsequenceDistanceMatrixprogram,uersion3.6d2.1NucleicacidsequenceDistanceM

52、atrixprogram,uersion3.6d2.1 SettingsforthisrunSettingsforthisrun： DDistanceCFS4,Kinura,JuliesDDistanceCFS4,Kinura,Julies- -Cantor,LogDet?Cantor,LogDet? GaniFiiadistributedratesaGaniFiiadistributedratesacrosssites?TransitionZtracrosssites?TransitionZtransuersionratio?OnecateyoryoFsubstitutionrates?Us

53、ewnsuersionratio?OnecateyoryoFsubstitutionrates?Useweigrhtsforsites?eigrhtsforsites? Useeripiricalbasefrequencies?FormofdistancefiatrixUseeripiricalbasefrequencies?Formofdistancefiatrix?Ainalyzemultipledatasets?Inputsequencerintei?leau?Ainalyzemultipledatasets?Inputsequencerintei?leaued?TerRinaltype

54、?Pted?TerRinaltype?Pt1 1intoutthedataatintoutthedataatstartstartofofrunPrirunPrintindicationsofprogressofiunntindicationsofprogressofiun F84F84NoNo2.02.0esesNoNoesesSquareSquareNoNoVesnoneVes NoNoYeYe等 VtoaccepttheseVtoaccepttheseorortypetheletterfortypetheletterforoneoneDistancescalculatedForspeDis

55、tancescalculatedForspeciescies i!3106984 toclian|etoclian NeighborOutputfile0:outfileNeighborOutputfile0:outfile 尸引BXUBXU ri iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiii !+-88+gi1399525912|gb|HQ644267.1|Humanpapillomavirustype +gi1399525885|gb|HQ644264.1|Humanpapillomavirustype16 +gi|399526182|gb|HQ644297.1|Humanpapillom

56、avirustype16 +-90 +-91 16is isola isola +gi156463023|gb|AY686584.1|Humanpapillomavirustype16iso： +gi|56462996|gb|AY686581.1|Humanpapillomavirustjr +-77 +-85+gi|399526065|gb|HQ644284.1|Humanpapillomavirust： +gi|399525903|gb|HQ644266.1|Humanpapillomavirustype I+gi|242347716|gb|FJ610149.1|Humanpapillomavirustype +gi|399525984|gb|HQ644275.1|Humanpapillomavirust： +gi15646： +-92 ,BioEditSequenceAlignmentEditor-(PhylogeneticT