關(guān)于免疫學的一些基本知識

1、Scfv:單鏈抗體可變區(qū)基因片段完整抗體的相對分子質(zhì)量較大，體內(nèi)應用時難以穿越血管進入靶部位。單鏈抗體（singlechainantibodyfragment）:一種有效治療淋巴瘤的疫苗。對抗體基因重組，由抗體重鏈可變區(qū)和輕鏈可變區(qū)通過1520個氨基酸的短肽（linker）連接而成。在目標特定的scFv上連接放射性核素、生物毒素、藥物，將極大增強對靶細胞的殺傷能力。其相對分子質(zhì)量約為25000,僅為完整抗體的1/6。單鏈抗體相對分子質(zhì)量小，容易通過血管壁，容易穿透實體瘤，是導向藥物首選的載體；單鏈抗體免疫原性弱，不易引起超敏反應和排斥反應；單鏈抗體無Fc段，不與非靶細胞的Fc受體結(jié)合，在影像分

2、析中非特異性少；單鏈抗體在體內(nèi)清除快，用作造影時對周圍組織損傷?。粏捂溈贵w易于構(gòu)建和表達，易于大批量制備等優(yōu)點。CD20抗原CD20是在B細胞表面表達的四穿膜蛋白家族的跨膜蛋白，并且已在來自周圍血以及淋巴組織的B細胞上發(fā)現(xiàn)。CD20表達從早期前B細胞階段持續(xù)至漿細胞分化階段。相反，而在造血干細胞、血漿細胞和其他正常組織中不表達。除在正常B細胞中表達外，CD20還在例如非霍奇金氏淋巴瘤（NHL）和B細胞慢性淋巴細胞性白血?。–LL）等B細胞源性惡性腫瘤中表達。已知表達CD20的細胞在包括炎癥的其它疾病和病癥中起作用。CD20抗原是一種B細胞分化抗原，僅位于前B細胞和成熟B細胞，它在95%以上的B

3、細胞性淋巴瘤中表達，CDRs:比較不同特異性抗體的VL和VH的氨基酸順序顯示，變異僅集中在其中少數(shù)區(qū)域的氨基酸上(15%20%),稱為超變區(qū)(hypervariable)超變區(qū)是抗體的抗原結(jié)合位，與抗原決定簇的結(jié)構(gòu)互補，故又稱為互補決定區(qū)(complementaritydeterminingregions,CDRs)。hBAFF:人B淋巴細胞激活因子，與人體免疫調(diào)控密切相關(guān)的細胞因子，屬腫瘤壞死因子(TNF)超家族。作為B淋巴細胞發(fā)育的正調(diào)節(jié)因子，具有促進B淋巴細胞分化、存活的作用，而過多的B淋巴細胞可導致B淋巴細胞過度活化，促使機體產(chǎn)生大量抗核抗體等。導致炎癥反應，誘發(fā)自身免疫性疾病。CAR

4、-T,全稱是ChimericAntigenReceptorT-CellImmunotherapy,嵌合抗原受體T細胞免疫療法。這是一個出現(xiàn)了很多年，但是近幾年才被改良使用到臨床上的新型細胞療法。和其它免疫療法類似，它的基本原理就是利用病人自身的免疫細胞來清除癌細胞，但是不同的是，這是一種細胞療法，而不是一種藥。CAR-T治療流程：第一步，從癌癥病人身上分離免疫T細胞。第二步、利用基因工程技術(shù)給T細胞加入一個能識別腫瘤細胞，并且同時激活T細胞殺死腫瘤細胞的嵌合抗體，T細胞變身CAR-T細胞，靶向殺死癌細胞。第三步、體外培養(yǎng)，大量擴增CAR-T細胞，一般一個病人需要幾十億，乃至上百億個CAR-T細

5、胞。第四步、把擴增好的CAR-T細胞輸回病人體內(nèi)殺死癌細胞。在天然抗體分子中,有兩條重鏈和兩條輕鏈。每條重鏈和每條輕鏈在其N-末端有一個可變區(qū)。每個可變區(qū)由4個構(gòu)架區(qū)(FR)和交互的3個互補性決定區(qū)(CDR)組成。通?？勺儏^(qū)的殘基按照Kabat等發(fā)明的系統(tǒng)編號。GEO也可指geneexpressionomnibus(高通量基因表達)。GEODataSets儲存由GeneExpressionOmnibus(GEO)repository中得來的基因表達以及分子豐富性的數(shù)據(jù)。基因芯片(又稱DNA芯片、生物芯片)技術(shù)該技術(shù)系指將大量(通常每平方厘米點陣密度高于400)探針分子固定于支持物上后與標記的樣

6、品分子進行雜交，通過檢測每個探針分子的雜交信號強度進而獲取樣品分子的數(shù)量和序列信息。1、GEO上有四類數(shù)據(jù)GSM,GSE,GDS,GPLGSM是單個樣本的實驗數(shù)據(jù)，個別樣品處理，它接受的操作，以及從它派生的每個元素的豐度測量。GDS是人工整理好的關(guān)于某個話題的GSM的集合，一個GDS中的GSM的平臺是一樣的，也就是說，他們共享一套通用的探針元素。整個數(shù)據(jù)集的后臺處理和標準化計算是一致的。GSE是一個實驗項目中的多個芯片實驗，可能使用多個平臺GPL是芯片的平臺，如Affymetrix,Aglent等鋅指鋅指是一種常出現(xiàn)在DNA結(jié)合蛋白質(zhì)中的一種結(jié)構(gòu)基元。具有手指狀結(jié)構(gòu)域的轉(zhuǎn)錄因子。鋅螯合在氨基酸

7、鏈中形成鋅的指狀結(jié)構(gòu)。由一個含有大約30個氨基酸的環(huán)和一個與環(huán)上的4個Cys或2個Cys和2個His配位的Zn2+構(gòu)成，形成的結(jié)構(gòu)像手指狀。腎水公于(Transcriptionfactors,TFs)真核生物轉(zhuǎn)錄起始十分復雜，往往需要多種蛋白因子的協(xié)助，轉(zhuǎn)錄因子與RNA聚合酶II形成轉(zhuǎn)錄起始復合體，共同參與轉(zhuǎn)錄起始的過程。根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子的作用特點可分為二類；第一類為普遍轉(zhuǎn)錄因子，它們與RNA聚合酶H共同組成轉(zhuǎn)錄起始復合體時，轉(zhuǎn)錄才能在正確的位置開始。除TFHD以外，還發(fā)現(xiàn)TFHA,TFHF,TFHE,TFHH等，它們在轉(zhuǎn)錄起始復合體組裝的不同階段起作用。第二類轉(zhuǎn)錄因子為組織細胞特異性轉(zhuǎn)錄因子，這

8、些TF是在特異的組織細胞或是受到一些類固醇激素生長因子或其它刺激后，開始表達某些特異蛋白質(zhì)分子時，才需要的一類轉(zhuǎn)錄因子。Pterp-telomerep-端粒CpG島CpG島(CpGisland):CpG雙核甘酸在人類基因組中的分布很不均一，而在基因組的某些區(qū)段，CpG保持或高于正常概率，這些區(qū)段被稱作CpG島。CpG島主要位于基因的啟動子(promotor)和第一外顯子區(qū)域，約有60%以上基因的啟動子含有CpG島。正常情況下，人類基因組垃圾”序列的CpG二核甘酸相對稀少，并且總是處于甲基化狀態(tài)，與之相反，人類基因組中大小為100-1000bp左右，富含CpG二核甘酸的CpG島則總是處于未甲基化

9、狀態(tài)，并且CpG島常位于轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)附近，與56%的人類基因組編碼基因相關(guān)，因此基因轉(zhuǎn)錄區(qū)CpG島的甲基化狀態(tài)的研究就顯得十分重要。以往的研究證明啟動子區(qū)的高甲基化導致抑癌基因失活是人類腫瘤所具有的共同特征之一，而且這種高甲基化是導致抑癌基因失活的又一個機制。啟動子RNA聚合酶特異性識別和結(jié)合的DNA序列。啟動子是基因(gene)的一個組成部分，控制基因表達(轉(zhuǎn)錄)的起始時間和表達的程度。啟動子本身并不控制基因活動，而是通過與稱為轉(zhuǎn)錄因子(transcriptionfactor)的這種蛋白質(zhì)(proteins)結(jié)合而控制基因活動的。連鎖不平衡（linkagedisequilibrium）是指基因

10、組中不同基因座間存在的非隨機關(guān)聯(lián)，即不同基因座的非等位基因間的非隨機組合。LDPlot表示該基因所有snp的的連鎖情況，各個方塊的顏色由淺至深（白一紅），表示連鎖程度由低到高，深紅色表示完全連鎖。cDNAcomplementaryDNA互補脫氧核糖核酸與某mRNA（信使RNA）鏈呈互補的堿基序列的單鏈DNA,或此DNA鏈與具有與之互補的堿基序列的DNA鏈所形成的DNA雙鏈。與RNA鏈互補的單鏈DNA,以其RNA為模板，在適當引物的存在下，由依賴RNA的DNA聚合酶（反轉(zhuǎn)錄酶）的作用而合成，并且在合成單鏈cDNA后，在用堿處理除去與其對應的RNA以后，以單鏈cDNA為模板，由依賴DNA的DNA聚

11、合酶或依賴RNA的DNA聚合酶的作用合成雙鏈cDNA。在這種情況下，mRNA的cDNA,與原來基因的DNA（基因組DNA,genomicDNA）不同而無內(nèi)含子；相反地對應于在原來基因中沒有的而在mRNA存在的3'末端白多A序列等的核昔序列上，與exon序列、先導序列以及后續(xù)序列等一起反映出mRNA結(jié)構(gòu)。以生物細胞的總mRNA為模板，用反轉(zhuǎn)錄酶合成互補的雙鏈cDNA,然后接到載體上，轉(zhuǎn)入到宿主后建立的基因文庫就是cDNA文庫。mTOR:mTOR可對細胞外包括生長因子、胰島素、營養(yǎng)素、氨基酸、葡萄糖等多種刺激產(chǎn)生應答。它主要通過PI3K/Akt/mTOR途徑來實現(xiàn)對細胞生長、細胞周期等多種

12、生理功能的調(diào)控作用。假基因假基因（pseudogene）具有與功能基因相似的序列，但由于有許多突變以致失去了原有的功能，所以假基因是沒有功能的基因，常用少表示。大部分假基因在染色體上都位于正?；虻母浇?，但也有位置在不同的染色體上的。假基因和正常基因的結(jié)構(gòu)上的差異包括在不同部位上的程度不等的缺失或插入、在內(nèi)含子和外顯子鄰接區(qū)中的順序變化、在5'端啟動區(qū)域的缺陷等。這些變化往往使假基因不能轉(zhuǎn)錄并形成正常的（mRNA）從而不能表達。脆性位點脆性位點在細胞遺傳學家看來，是染色體上的裂隙或不連續(xù)的間斷區(qū)。在此間斷處，如果標本做得好的話，可以看到有一些物質(zhì)穿過。在有些細胞分裂的中期標本中，可以看

13、到染色體在脆性位點斷裂。脆性位點可以說是一個特殊的區(qū)域，在這里，染色體既沒有為有絲分裂而完全包裹好，又過早成熟地去螺旋化。開放閱讀框開放閱讀框（或開放讀碼框架，openreadingframe,ORF）是DNA上的一段堿基序列，由于擁有特殊的起始密碼子和直到可以從該段堿基序列產(chǎn)生合適大小蛋白才出現(xiàn)的終止密碼子，該段堿基序列編碼一個蛋白。當一個新基因被識別，其DNA序列被解讀，人們?nèi)耘f無法搞清相應的蛋白氨基酸序列是什么。這是因為在沒有其它信息的前提下，DNA序列可以按六種框架閱讀和翻譯（每條鏈三種，對應三種不同的起始密碼子）。ORF識別包括檢測這六個閱讀框架并決定哪一個包含以起始密碼子和終止密碼子為界限的DNA序列而其內(nèi)部不包含起始密碼子或終止密碼子，符合這些條件的序列有可能對應一個真正的單一的基因產(chǎn)物。ORF的識別是證明一個新的DNA序列為特定的蛋白質(zhì)編碼基因的部分或全部的先決條件。保守性在遺傳的過程中，它都是由親代遺傳給子代，一般不發(fā)生突變！保守基因就是在進化過程中不同生物體都保留下來的相似性很高的DNA序列吧UTRUTR(UntranslatedRegions)即非翻譯區(qū)，是信使RNA(mRNA)分子兩端的非編碼片段。5'-UTR從mRNA起點的甲基化鳥喋吟核甘酸帽延伸至AUG起始密碼子，3'-UTR從編碼區(qū)末端的終止密碼子