NuGEN建庫產(chǎn)品介紹

1、李萍市場部NuGENNuGEN產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹內(nèi)容提綱內(nèi)容提綱行業(yè)背景介紹行業(yè)背景介紹NuGEN公司介紹公司介紹產(chǎn)品介紹產(chǎn)品介紹高通量測序技術(shù)（高通量測序技術(shù)（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術(shù)（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。 同時，高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。背景介紹背景介紹背景介紹背景介紹測序技術(shù)的發(fā)展已經(jīng)經(jīng)歷了很長的時間，而下一

2、代測序徹底改變了人類基因組測序的方式。有關(guān)預算，未來的幾年內(nèi)，人類基因組測序的費用將在1000美元，1-2天即可出結(jié)果。自實現(xiàn)第一個人類基因組測序以來(花了十年時間，30億美元)，測序所需的費用和時間大幅度降低。到2020年，全球NGS市場將達48.92億美元，復合年增長率為20.7%。NGS技術(shù)成本的降低和分析速度的提升大大提高了它在臨床領(lǐng)域的運用，這樣良好的增長趨勢也要源于個性化醫(yī)療的增長，醫(yī)療開支的增加以及從微陣列到NGS的轉(zhuǎn)變。背景介紹背景介紹全球NGS市場被分為靶向重測序( targeted re-sequencing)、全外顯子組測序( whole exome sequencing

3、)、RNA測序、全基因組測序、ChIP測序、從頭測序(de novo sequencing)以及甲基化測序。在這些分類中，靶向重測序占最大的市場份額，增長最快的是全基因組測序(復合年增長率超過25%)。隨著越來越多基于NGS檢測和平臺的疾病出現(xiàn)，靶向重測序和全基因組測序技術(shù)將具有最廣闊的前景。學術(shù)研究者是主要的NGS終端用戶，約占60%的市場份額。醫(yī)院和診所有著較高的復合年增長率，預計到2020年市場份額會超過40%。此外，在臨床領(lǐng)域，隨著需求和應用的增長，預計到2020年市場份額會達到25%左右。按照應用類型分類，NGS市場被分為腫瘤、遺傳篩查、傳染病、藥物和生物標志的發(fā)現(xiàn)、分子流行病學、農(nóng)

4、業(yè)等。在所有的這些應用領(lǐng)域中，腫瘤檢測在收益和樣本容量上占據(jù)最大的市場份額(超過35%)。背景介紹背景介紹71%16%10%3%IlluminaLifeRochePacBio測序市場分布測序市場分布uIllumina測序儀升級Hiseq2500，單條測序長度增長，通量增加，更受歡迎。uLife的Ion Torrent相對通量高，測序時間短，受到一些客戶的喜好。uRoche在2013年10月份關(guān)閉454平臺。uPacBio作為新的技術(shù)，通量高，側(cè)許長但穩(wěn)定性不是特別好。背景介紹背景介紹測序技術(shù)測序技術(shù)文庫構(gòu)建cBot cluster產(chǎn)生測序數(shù)據(jù)分析Illumina 邊合成邊測序原理邊合成邊測序原

5、理測序技術(shù)測序技術(shù)核酸提純核酸提純DNATotal RNAcDNA片段化片段化文庫構(gòu)建文庫構(gòu)建Cluster 生成生成上機測序上機測序測序技術(shù)測序技術(shù)5 5 3 3 Shear5 5 3 3 Nebulizer5 3 End Repair5 3 T4 and Klenow DNA polymerases, T4 PNKAdd A BaseAAAAAA5 5 3 3 Klenow exo_文庫構(gòu)建文庫構(gòu)建測序技術(shù)測序技術(shù)P35+PPTAA555T4 DNA Ligase35T3TAATA53AT53PCRAdapter ligationNuGEN公司成立于2000年，總部設(shè)在美國加利福尼亞州圣卡

6、洛斯，是一家為 基因 組學研究客戶提供微量樣本加工、 建庫試劑等的高科技生物 技術(shù)公司。從用戶的角度出發(fā)，不 斷的推陳出新，滿足 基因組研究者對不同樣本類型、質(zhì)量和數(shù)量的處理。關(guān)于關(guān)于NuGEN擁有多項專利技術(shù)，包 括: SPIA技術(shù), InDA-C 技術(shù), STEP技術(shù), 創(chuàng)新性的選 擇性引物 設(shè)計方 案等。產(chǎn)品介紹產(chǎn)品介紹核酸提純核酸提純(MN&Zymo)DNATotal RNAcDNA片段化片段化文庫構(gòu)建文庫構(gòu)建Cluster 生成生成上機測序上機測序產(chǎn)品介紹產(chǎn)品介紹DNA RNADNA Amplification Ovation WGA FFPE System Ovation

7、RNA-Seq System V2500pg total RNA inputOvation RNA-Seq FFPE System100ng total RNA inputOvation 3 DGE System10ng total RNA input. enabling simple, fast, and scalable NGS workflowsAutomated workflowOvation Ultralow Library Systems v21 ng DNA inputOvation Rapid DR Multiplex System 100 ng DNA inputOvatio

8、n Ultralow Methyl-Seq Library Systems10 ng DNA input OTE system10-500ng DNA inputoptionalLibrary ConstructioncDNA GenerationStrand Specific Complete WorkflowOvation Single Cell RNA-Seq System10pg or single cellOvation Human Blood RNA-Seq SystemsOvation Human FFPE RNA-Seq SystemsOvation Universal RNA

9、-Seq Multiplex SystemEncore Complete RNA-Seq DR Multiplex System Stranded RNA-Seq solutions for model organisms產(chǎn)品介紹產(chǎn)品介紹核酸提純核酸提純(MN&Zymo)DNATotal RNAcDNA片段化片段化文庫構(gòu)建文庫構(gòu)建Cluster 生成生成上機測序上機測序產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 DNA-Seq相關(guān)產(chǎn)品相關(guān)產(chǎn)品DNA RNADNA Amplification Ovation WGA FFPE System Ovation RNA-Seq System V2500pg total

10、RNA inputOvation RNA-Seq FFPE System100ng total RNA inputOvation 3 DGE System10ng total RNA input. enabling simple, fast, and scalable NGS workflowsAutomated workflowOvation Ultralow Library Systems v21 ng DNA inputOvation Rapid DR Multiplex System 100 ng DNA inputOvation Ultralow Methyl-Seq Library

11、 Systems10 ng DNA input OTE system10-500ng DNA inputoptionalLibrary ConstructioncDNA GenerationStrand Specific Complete WorkflowOvation Single Cell RNA-Seq System10pg or single cellOvation Human Blood RNA-Seq SystemsOvation Human FFPE RNA-Seq SystemsOvation Universal RNA-Seq Multiplex SystemEncore C

12、omplete RNA-Seq DR Multiplex System Stranded RNA-Seq solutions for model organisms產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 NuGEN Ovation Ultralow System V2（0344/0347）低量起始低量起始1 ng DNA起始。V1 到到 V2升級點升級點32次反應試劑盒，由V1版的8個Barcode升級為V2版的16個Barcode；PCR富集換用保真度更高的KAPA HiFi DNA Polymerase，GC含量不再是問題；價格更具競爭力，單次反應（目錄價）便宜312元！簡單快速簡單快速全過程只需四個小時，僅僅

13、兩步磁珠純化，無需膠回收。兼容性較好，應用廣泛兼容性較好，應用廣泛可用于全基因組、RNA-seq v2產(chǎn)物、擴增子、Chip-seq以及靶標捕獲產(chǎn)物等測序前的建庫。Workflow整個過程和V1版的沒有變化，只是在擴增這一步換成了KAPA HiFi DNA Polymerase產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 NuGEN Ovation Ultralow System V2（0344/0347）69% GC33% GC51% GC對不同GC含量的物種進行測試，從結(jié)果來看，無論GC含量的高低，實驗結(jié)果和理論值保持高度的一致性。Ultralow建庫試劑盒的結(jié)果是不受樣本GC含量的影響。產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 NuGEN

14、 Ovation Ultralow System V2（0344/0347）通過測序結(jié)果可以分析樣本的通過測序結(jié)果可以分析樣本的GC含量含量產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 NuGEN Ovation Ultralow System V2（0344/0347）uPCR-Free建庫試劑盒（建庫試劑盒（Rapid）100ng DNA起始量；操作簡單，一步磁珠純化；無需PCR擴增，建庫不受GC含量影響；時間短，整個過程不超過2小時；可用于起始量較高，樣本量較大，GC/AT含量較高的產(chǎn)品，節(jié)省時間，減少GC含量對建庫的影響。產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 Rapid DR Multiplex System(0319/0320/0

15、328)提供定制的Primer1可以與可以與Zymo甲基甲基化試劑盒打包化試劑盒打包10ng起始先建庫后甲基化產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 Ultralow Methyl-Seq Library Systems(0335/0336)Target regionTarget region55Probe Landing ZoneProbe Landing ZoneGenomic DNA1. Fragmentation to 500bp2. Ligation of indexed FWD Adaptor555555553. Annealing of Targeting Probes / REV Adaptor55

16、555554. Extension of Probes555. Denature and Anneal PCR PrimersREVFWDFWDREV6. Library EnrichmentFWDREVREVFWD產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 Ovation Target Enrichment (OTE) System產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 Ovation Target Enrichment (OTE) System可低至10ngDNA起始；整個過程不超過24小時；全程可在但管內(nèi)操作完成；靶標序列可長達10MB以上；根據(jù)客戶需要可進行特殊定制服務。10-500ng DNAfragmented to 500 b

17、pTarget-EnrichedLibrary Ready for SequencingEnd Repair(45 min)Adaptor Ligation(60 min)Bead Purification(20 min)Multiplex Probe Binding and Extension(overnight)Bead Purification(40 min)Optional qPCR(90 min)Library Amplification(90 min)Bead Purification(40 min)45 min90 min2.5 hrs3-5 hrs12 hrs (3 hrs f

18、or fast protocol)DNA targetRead 1 sequenceIndex read sequenceRandom endTarget Probe endIndex Primer8nt BCN6FWD PrimerFCREV PrimerFCIndex Primer8nt BCN6FWD PrimerFCREV PrimerFCIndex Primer8nt BCN6FWD PrimerFCREV PrimerFCIndex Primer8nt BCN6FWD PrimerFCREV PrimerFC產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 Ovation Target Enrichment (O

19、TE) System新的Adapter設(shè)計，在Index后面加入6個隨機核苷酸. Index 用于區(qū)分不同的樣本。 N6 用于分析PCR造成的冗余度，并通過NuGEN已有的程序，利用生物信息學的方法去除冗余度的影響。測序用的是標準的Illumina引物產(chǎn)品介紹產(chǎn)品介紹核酸提純核酸提純(MN&Zymo)DNATotal RNAcDNA片段化片段化文庫構(gòu)建文庫構(gòu)建Cluster 生成生成上機測序上機測序產(chǎn)品介紹產(chǎn)品介紹DNA RNADNA Amplification Ovation WGA FFPE System Ovation RNA-Seq System V2500pg total R

20、NA inputOvation RNA-Seq FFPE System100ng total RNA inputOvation 3 DGE System10ng total RNA input. enabling simple, fast, and scalable NGS workflowsAutomated workflowOvation Ultralow Library Systems v21 ng DNA inputOvation Rapid DR Multiplex System 100 ng DNA inputOvation Ultralow Methyl-Seq Library

21、Systems10 ng DNA input OTE system10-500ng DNA inputoptionalLibrary ConstructioncDNA GenerationStrand Specific Complete WorkflowOvation Single Cell RNA-Seq System10pg or single cellOvation Human Blood RNA-Seq SystemsOvation Human FFPE RNA-Seq SystemsOvation Universal RNA-Seq Multiplex SystemEncore Co

22、mplete RNA-Seq DR Multiplex System Stranded RNA-Seq solutions for model organismsl 用于微量RNA樣本的擴增，提高反轉(zhuǎn)率后cDNA的量，產(chǎn)物可用于NGS和qPCR等后續(xù)分析，與NuGEN的微量DNA建庫試劑盒（Ultralow）兼容l Total RNA起始，無需去除核糖體RNA；l 低起始量，可低至500 pg 起始；l cDNA產(chǎn)出量可高達6 g；l 整個實驗只需4.5個小時，比傳統(tǒng)方法 節(jié)省1-2天的時間；Total RNA產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 Ovation RNA-Seq System V2（7102）產(chǎn)品

23、產(chǎn)品介紹介紹 Ovation RNA-Seq System V2（7102） 應用：應用：主要應用于FFPE RNA樣本的前期轉(zhuǎn)綠擴增，產(chǎn)物可用于NGS和qPCR等后續(xù)分析，與NuGEN的微量DNA建庫試劑盒兼容（Ultralow）。在臨床診斷上的應用較多。 樣本樣本要求要求 起始量:100ng - 200 ng ds cDNA 產(chǎn)出量: 產(chǎn)出約3 g ds cDNA 片段大小范圍: 50 1,500 bp 時間：時間： 6 hrs 儲存儲存： -20條件下，6個月 產(chǎn)品產(chǎn)品介紹介紹 Ovation RNA-Seq FFPE (7150)產(chǎn)品介紹產(chǎn)品介紹核酸提純核酸提純(MN&Zymo

24、)DNATotal RNAcDNA片段化片段化文庫構(gòu)建文庫構(gòu)建Cluster 生成生成上機測序上機測序產(chǎn)品介紹產(chǎn)品介紹DNA RNADNA Amplification Ovation WGA FFPE System Ovation RNA-Seq System V2500pg total RNA inputOvation RNA-Seq FFPE System100ng total RNA inputOvation 3 DGE System10ng total RNA input. enabling simple, fast, and scalable NGS workflowsAutomat

25、ed workflowOvation Ultralow Library Systems v21 ng DNA inputOvation Rapid DR Multiplex System 100 ng DNA inputOvation Ultralow Methyl-Seq Library Systems10 ng DNA input OTE system10-500ng DNA inputoptionalLibrary ConstructioncDNA GenerationStrand Specific Complete WorkflowOvation Single Cell RNA-Seq

26、 System10pg or single cellOvation Human Blood RNA-Seq SystemsOvation Human FFPE RNA-Seq SystemsOvation Universal RNA-Seq Multiplex SystemEncore Complete RNA-Seq DR Multiplex System Stranded RNA-Seq solutions for model organismsOvation Single Cell RNA-Seq System（0342-32）低起始量：5 pg或單細胞提供細胞裂解液配方裂解產(chǎn)物可以直接

27、和一鏈合成試劑兼容選擇性引物，無需去除核糖體RNA不需要單獨的核酸打斷過程定向測序整個過程只需7.5小時在腫瘤疾病，優(yōu)生優(yōu)育的應用上較廣一鏈合成每230bp引入一個堿基類似物，用于cDNA的打斷cDNA 處理 RNA降解和cDNA的打斷連接前端Adapter延伸加另一端接頭PCR富集Ovation Single Cell RNA-Seq System（0342-32） Selective priming and processing of cDNA Addition of FWD adaptor during priming of 2nd strand cDNAcDNA Processing1

28、st strandsynthesisAdaptorligationFill In and EnrichmentPCR 12nd strandsynthesisEnrichmentPCR 2Bead purificationOvation Single Cell RNA-Seq System（0342-32） 最低起始量： 質(zhì)量較好的RNA是10 ng， FFPE是100 n g 適用于各種FF/FFPE樣本 通過InDA-C技術(shù)減少rRNA 數(shù)據(jù) 定向測序 整個過程只需7 hoursOvation Human FFPE RNA-Seq Multiplex Syste（0340/0341） GS

29、P = Gene-Specific Primerpost strand selectionOvation Human FFPE RNA-Seq Multiplex Syste（0340/0341） 血液中70% of total mRNA是球蛋白Total RNA起始無需去除rRNAInDA-C技術(shù)減少rRNA 及球蛋白數(shù)據(jù)起始量100-500 ng定向測序Ovation Human Blood RNA-Seq Multiplex System RNA-Seq Technologies in NuGEN SystemsOvation RNA-Seq V2 and FFPE RNA-SeqEncore CompleteEncore Complete ProkaryoticOvation Human Blood RNA-SeqOvation Human FFPE