pymol教程參考模板

1、PyMOL用戶指南目錄一、 鼠標操作入門 4(這個數(shù)字是超鏈接，ctrl+左鍵)1. 啟動41) 通過鼠標42) 通過命令行42. PyMOL窗口41) Virewer窗口42) 外部GUI窗口53. 下載PDB文件54. 操控視圖61) 基本鼠標控制62) 虛擬滾動球旋轉73) 移動截面74) 改變旋轉中心點85) 簡單回顧9二、 命令行操作入門91. 記錄結果92. 載入數(shù)據(jù)93. 操控對象（Object）101) 原子選擇112) 對象和選擇的著色123) 對象和選擇的on/off124. 改變視點135. 保存工作131) 腳本和日志文件132) 圖像文件143) 會話文件146. 命

2、令行快捷鍵141) 用TAB鍵完成命令152) 用TAB鍵完成文件名153) 自動推理157. 其他命令和幫助15注：頁面背景和頁腳的圖像分別是1GCL、111D的cartoon顯示1 / 51三、 命令句法和原子選擇161. 語法161) 選擇表達162) 原子選擇命名163) 單字選擇符4) 屬性選擇符185) 選擇代數(shù)206) 宏指令212. 從PyMOL中讀取Python 22四、 卡通表示231. 背景231) 可達性232) 美化和精確232. 定制化251) 卡通類型252) 精美螺旋283. 二級結構歸屬29五、 光線追蹤301. 重要設置302. 保存圖片31六、 立體效果3

3、11. 支持的立體模式312. 制作立體圖片313. 相關命令31七、 動畫321. 概念322. 重要命令321) Load2) Mset3) Mdo4) Mmatrix3. 簡單舉例334. 復雜舉例335. 預覽ray-traced動畫圖片341) Cache_frames2) mclear6. 保存動畫34八、 高級鼠標控制341. 選擇原子和鍵 342. “pk”原子選擇的應用舉例353. “l(fā)b”和“rb”選擇 354. 構象編輯 35九、 晶體應用351. 晶體對稱性351) Load2) Symexp2. 電子密度圖361) Load2) Isomesh和isodot十、 匯編

4、圖形對象（CGO）和Molscript ribbons 371. 簡介 372. Molscript ribbons 371) Load2) Using Molscript3. 創(chuàng)建CGOs 384. CGO參考 38l NOTES:ü 本教程以PyMOL users guide為藍本翻譯而來，并引用了其他資料。ü 本教程只介紹PyMOL在windows系統(tǒng)下的應用ü 本教程以edu1.1版本的PyMOL為準，大硬盤中有此軟件ü 本教程是PyMOL的入門教材，故相關問題只是簡單介紹而沒有深入講解ü 如果你有疑問或者想深入研究，可通過輸入命令he

5、lp，查看PyMOL命令，登陸PyMOLwiki（http:/PyMOL）或咨詢他人等途徑解決疑難 ü 本教程極少的命令可能在你的PyMOL上運行不了，大多是版本問題ü 譯者知識水平有限，可能有不當甚至謬誤之處，敬請指正！ü 本教程不斷更新，最新版以文件名和頁眉的日期為準。一、 鼠標操作入門1. 啟動1) 通過鼠標打開開始菜單，在程序或所有程序中找到PyMOL并單擊。2) 通過命令行在Windows下，打開文件和腳本有多種命令選項。一般地，在“運行”或“命令提示符”中輸入：c:program filesdelano scientificPyMOLP

6、yMOLwin.exe如果PyMOL沒有按默認路徑安裝，那么就輸入正確的驅動器名和路徑。 2. PyMOL窗口PyMOL一般打開兩個窗口：Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。如下圖所示：PyMOL的兩個窗口GUI是圖形用戶界面（Graphical User Interface）的縮寫，由菜單、按鈕、正文框和其他小工具構成。PyMOL默認有兩個GUI：內部GUI在Viewer窗口內顯示；外部GUI在它自己的窗口顯示。之所以這樣的原因既煩瑣又專業(yè)，但我們知道兩個GUI最終會統(tǒng)一為一個界面。1) Viewer窗口PyMOL的Viewer是PyMOL系統(tǒng)的心臟。這是一個開放式圖形語言（O

7、penGL）窗口，所有的3D圖形在此展示，并且用戶可直接操縱這些圖形。PyMOL的Viewer窗口和內部GUI（默認）窗口內右邊的內部GUI可使用戶對特定對象（object）和特定原子選擇（atom selection注意：原子選擇是用戶選擇了的原子、殘基、鏈、片段、對象等等，相對object而言）進行操作。從上到下，內部GUI包括對象列表、鼠標按鈕配制矩陣、結構指示器和一套VCR（動畫控制）。窗口底部還有一個命令輸入?yún)^(qū)。在Viewer窗口也能查看PyMOL的文本輸出（text output），任何時候都可以按ESC在文本輸出和圖形模式間進行切換。Viewer完全可以自己運行，它擁有PyMOL

8、核心系統(tǒng)的全部功能。如果想這樣的話，完全可去除命令和內部GUI。通過標準菜單和控制，許多任務能更簡單高效的完成。在外部GUI可以找到絕大部分的功能選項。2) 外部GUI窗口 默認的Tcl/TK外部GUI默認狀態(tài)下，外部GUI包括標準菜單欄、輸出區(qū)、命令輸入?yún)^(qū)和一系列按鈕。外部GUI 窗口的一個好處是能夠對正文進行剪切和粘貼，而在Viewer中卻沒有此功能。另外，必須用CtrlX、CtrlC和CtrlV進行剪切、復制和粘貼操作，因為在標準編輯菜單中沒有這些功能。3. 下載PDB文件Ø 通過外部GUI菜單：默認的外部GUI在File菜單有Open選項，可由此打開選擇的文件。Ø

9、通過命令：語法 load <filename> #載入本地存在的PDB文件 fetch <object> #直接從網上下載，不用加后綴 例如 load test/dat/pept.pdb fetch pept 載入pdb文件后的PyMOL 4. 操控視圖在PyMOL中，鼠標是主要的控制設備，鍵盤的修飾按鍵（SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL）在調整按鈕操作時使用。為了有效使用PyMOL，建議選擇帶有三個按鍵的鼠標。1) 基本的鼠標控制鼠標的滾動輪的可當做中鍵使用。下表是基本的鼠標按鈕和鍵盤結合的操作功能：鍵盤鼠標左鍵中鍵右鍵旋轉圖像（虛擬滾動球rotate）在X

10、Y上移動圖像（translate平移）在Z上移動圖像（zoom變焦）Shift移動截面CtrlShift+Ctrl回到旋轉起始2) 虛擬滾動球旋轉虛擬滾動球虛擬滾動球猶如在視野中有個可見的球。當你在屏幕點擊拖拽時，好像你的手指按在了球上進行相似的操作。如果在球體外點擊拖動,僅能在Z軸上做環(huán)形旋轉；在球體上點擊拖動就能在XY面上旋轉。3) 移動截面截面是在分子前后想象中的平面。截面外的分子部分將會被切除，從而顯示出內部。在復雜或大分子中截面非常有用。 截面示意圖（hither這邊的近處的，yon那邊的遠處的）PYMOL的截面控制需要鼠標和鍵盤結合，如下圖示：SHIFT+右鍵，當鼠標上下拖動時會調

11、整前截面，左右拖動時調整后截面。截面的控制也可以對角線拖動改變截面的顯示，如下圖：對角移動截面改變可見的“wedge”4) 改變旋轉中心點觀察分子圖像時，常常需要改變旋轉的中心點，快捷方式是“ctrl+shift+中鍵”點擊目標原子。5) 簡單回顧 至此，應該能夠完成如下任務：Ø 載入PDB。Ø 旋轉、平移、縮放圖像。Ø 調整前截面和后截面，以便更清楚地觀察分子的切片圖。Ø 改變任何感興趣的原子為選旋轉中心。二、 命令行操作入門此部分介紹典型常用的命令，命令語法的詳細內容見PYMOL命令 。PYMOL語言是事件敏感的（case-sensitive），但是

12、前一個事件不能應用到當前的命令中，所以謹記一定要對下一個事件輸入必要的命令。1. 記錄結果當在PYMOL上操作時，如果想記錄下完成的操作步驟，可創(chuàng)建一個日志文件（log-file）：語法 log_open log-file-name例如PyMOL> log_open log1.pml無論是輸入的還是點擊的命令都會記錄在log-file中。文件擴展名是“.pml”，這樣可以把文件作為腳本在新會話中打開。輸入log_close命令可以停止記錄，如果不輸入此命令，日志文件會一直記錄存盤直到關閉PYMOL。如果僅想保存PYMOL當前的狀態(tài)而不關心操作步驟，可創(chuàng)建一個會話文件（session-fi

13、le）。2. 載入數(shù)據(jù)從文件中載入PDB，命令如下語法load data-file-name例如PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb命令輸入后，PYMOL會打開讀取“pept.pdb”，創(chuàng)建并命名相應的對象，在Viewer中顯示圖像并在控制板中添加對象。默認狀態(tài)下，PYMOL會在文件讀取后命名對象，當然也可以重命名對象:語法 load data-file-name,object-name注意一定要加入pdb格式，fetch后面直接跟上object名字例如PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb #對

14、象命名為“pept”#文件擴展名不會出現(xiàn)在對象名中PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test #對象命名為“test”（“#”是注釋標志，在命令行中，#后輸入任何信息都不會被PYMOL讀取）上面載入文件的命令是典型的PYMOL語法。load是關鍵詞，它要求PYMOL去執(zhí)行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的參數(shù)，這些參數(shù)告訴PYMOL載入什么文件和命名文件。一般而言，參數(shù)對關鍵詞來說僅提供運行命令需要的信息。3. 操控對象(manipulating object)對象的操控既可用鼠標，也可用命令。例

15、如，改變默認的表示形式（representation）lines到sticks，首先刪除lines然后顯示sticks：語法 hide representation hide representation例如 PyMOL>hide lines #以lines顯示的對象消失 PyMOL>show sticks #以sticks顯示的對象出現(xiàn)其他的表示形式還有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等（見“表示形式”）。當用命令show時，新的表示形式出現(xiàn)，但原來的表示形式不消失，非常惱人，可用下面的命令解決這個問題：語法as repre

16、sentation例如PyMOL>as sticks #不論原來顯示多少種表示形式，命令后只顯示sticks一種在顯示有配體存在的對象時，有時顯示不出配體，可通過下面方法解決：例如fetch 1biw #載入對象1biw，它有一個配體as cartoon #配體存在但卻沒被顯示然后通過鼠標操作，點擊內部GUI的S菜單 > organic > spheres，就可以看到配體了。1) 原子選擇原子選擇（atom selections）可以操控分子中一部分原子或化學鍵。PyMOL精于對原子或殘基的選擇、分組和命名。你可以只用一次選擇，也可以重命名以便再次使用。例如你可以縮放（zoo

17、m）選擇的“on the fly”：語法zoom selection-expressions #選擇原子進行縮放例如PyMOL>zoom resi 1-10 #resi是選擇符 #選擇氨基酸殘基 #給出PDB序列號 #“1-10” 是標識符Selection-expressions可以是單個詞也可以是長復雜句。一個Object-name也可能是selection-expression。默認的selection-expression是all，即當前載入的所有原子。如果命名選擇，你將能夠操作它任意次。對象（object）和選擇（selection）的名字可以是大小寫字母（A/a到Z/z）、數(shù)

18、字（0到9）和下劃線（_），下面的字符是不可以的：! # $ % &* ( ) ' " | <> . ? /首先，命名選擇：語法select selection-name,selection-expressionselection-name你要命名的名字，selection-expression你要將哪些殘基、原子等命名例如PyMOL>select boy007,resi 1-10 #選擇殘基并命名為“boy007”然后使用這個名稱：語法zoom selection-namehide representation,selection-nameshow

19、 representation,selection-name例如 PyMOL>zoom boy007 PyMOL>hide everything,boy007 PyMOL>show spheres,boy007當創(chuàng)建一個selection-name后，PYMOL會在控制面板顯示出，以便利用面板里的控制功能（見“PYMOL命令”）。命名的選擇（named-selection）如“boy007”和PYMOL的對象（object）是有本質區(qū)別的。當載入文件時PYMOL創(chuàng)建object-name用來盛放數(shù)據(jù)，而選擇是指向一組數(shù)據(jù)的方式。為了區(qū)別selection-names和obje

20、ct-names，在控制面板里selection-names用括號括起來。當刪除了selection-name，在object-name下的數(shù)據(jù)仍然存在，但這些數(shù)據(jù)不再以selection組織起來。相反，當刪除了object，必須重新載入數(shù)據(jù)才能再進行相關操作。object name就是我們載入的蛋白質數(shù)據(jù)，select-name是用括號括起來的，是object蛋白質某些特性的殘基、原子。語法delete selection-namedelete object-name例如PyMOL> delete boy007 #boy007消失，object仍在PyMOL> delete pe

21、pt #“pept”里的所有原子和化學鍵都消失了2) 對象和選擇的著色你可以對selections和objects應用不同的顏色。在settings/colors菜單里有預定義的color-names，也可以在控制面板里進行顏色選擇。（更多顏色命令見“設置”部分）語法 color color-name #整個object被著色 color color-name,selection-expression #selection被著色例如PyMOL>color white PyMOL>color orange,pept PyMOL>color green,resi 50+35+56

22、PyMOL>color yellow,resi 24-35PyMOL>color blue,boy007PyMOL>color red,ss h PyMOL>color red,ss s PyMOL>color green,ss l+最后三個例子中ss是二級結構的選擇符，h表示helix，s表示beta sheet，l+表示loops和非特定結構。3) 對象和選擇的on/offPYMOL可同時呈現(xiàn)多個對象。disable和enable命令可以消除對象的顯示，但仍能夠通過命令控制它的屬性。語法 enable object-name例如PyMOL>load $P

23、yMOL_path/test/dat/fc.pdbPyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdbPyMOL>disable pept #pept完全從viewer中消失PyMOL>color yellow,name c+o+n+ca #在fc和pept中的主鏈原子都被著為黃色，但是pept的原子仍然是不可見的。PyMOL>enable pept #pept原子可見了并顯示為黃色通過disable命令可以刪除命名選擇時出現(xiàn)的粉紅點（pink dots）：語法 disable selection-name例如PyMOL>select

24、bb,name c+o+n+ca #選中的原子在viewer中以pink dots顯示PyMOL> disable bb #pink dots消失，命名選擇“bb”仍可見PyMOL>color red,bb #仍然可以操控 “bb”4. 改變視點鼠標拖動分子往往是最簡單的顯示操縱方法，然而輸入命令如zoom和orient卻是一種不同的方式。Zoom（變焦）命令可使對象或選擇在視野中央顯示：如果對象或選擇沒顯示在當前的視野，命令會使它顯示；如果當前視野僅顯示了一小部分，命令會使它充滿視野。語法zoom selection-expression 當你想重新查看分子時，Orient命令是

25、十分有用的。它會調整對象或選擇，使其最大維度水平顯示，次最大維度垂直顯示：語法orient selection-expression 你可以保存定向（store orientation）并在后面的新會話中通過命令view調用（recall）它，保存定向僅是保存viewer中對象的視角（viewpoint），不保存它的表示形式（representation）。為了在新會話中調用，需要命名保存的定向。語法 view name,action #action是store或recall例如PyMOL>view v1,store #當前視野被命名為v1并保存PyMOL>view v1,reca

26、ll #調用保存的v1定向PyMOL>view v1 #recall是默認的view語句，所以此命令行也是調用v1關鍵詞view僅是在當前會話中保存定向，后面的章節(jié)將會講述如何在不同會話中保存定向。5. 保存工作PyMOL保存工作的種種過程：1.在給出一系列命令前，啟動進程把命令記錄在純文本日志中，并作為腳本使用。2.在會話的任何時候，都可以創(chuàng)建一個會話文件保存程序的內存狀態(tài)，供以后調用此狀態(tài)。3.創(chuàng)建圖形文件保存viewer中的圖像。1) 腳本和日志文件（Scripts and Log Files）PyMOL的腳本只是個文本文件，如日志文件，它由被回車分隔的命令行組成。當PyMOL載入

27、腳本時，其中的命令就會被執(zhí)行。PyMOL腳本文件的擴展名是“.pml”，雖然此擴展名不是嚴格要求的，但也是最好的選擇。你可以把日志文件當腳本使用，也可以在文本編輯器如emacs，jot或notepad創(chuàng)建腳本。當在單獨的窗口使用PyMOL時，打開文本編輯器往往十分有用，命令就可在這兩個程序間復制粘貼。你可以輸入命令log_open log-file-name或點擊“File”菜單的“l(fā)og”創(chuàng)建新的日志文件。你也可以在“File”菜單選擇“append（附加）”或“resume（重新開始）”，把命令行寫入現(xiàn)有的日志文件中。如果點擊“resume”，現(xiàn)有的日志文件是第一次作為腳本載入PyMOL，

28、隨后的命令會寫入此文件。一旦你創(chuàng)建了日志文件，PyMOL將會記錄保存所有的命令信息，不論是輸入的命令還是點擊的按鈕。但是，為了把分子的定向保存在日志文件中，需輸入命令get_view或使用GUI按鈕。在會話中get_view很方便，隨后可編輯日志文件選擇最好的定向。Windows系統(tǒng)下，可以雙擊腳本圖標，點擊“File”菜單的“Run”選項或者輸入命令”打開一個腳本：語法scripe-file-name例如PyMOL>my_script.pml通過命令啟動PyMOL時可同時打開目標腳本（在“運行”或“命令提示符”中）語法PyMOL scipt-file-name例如(Windows)C:

29、>PyMOL.exe my_script.pml2) 圖像文件當你想保存圖片時，最好先光線追蹤進行渲染來提高圖片的質量。光線追蹤（ray tracing）顯示了在三維世界中光線是如何反射和影子是如何形成的。關鍵詞ray要求PyMOL在viewer中重繪（redraw）和顯示圖片（詳情見“光線追蹤”部分）。保存圖片到文件，可點擊“File”中的“Save image”或輸入png命令：語法png file-name例如PyMOL>png pep #圖片pep.png被保存在PyMOL安裝默認的文件夾中。PyMOL>png d:/boy/pep #圖片pep.png被保存在d盤的

30、boy文件夾里。Png格式的圖片還可通過ImageMagick等軟件轉換成其他格式。注意：圖片的大小是隨viewer窗口的大小而變化的。3) 會話文件（Session Files）如果想返回到PyMOL當前的狀態(tài)，可通過創(chuàng)建會話文件實現(xiàn)（點擊File菜單中的Save Session，命名以“.pse”為擴展名的文件）。PyMOL的會話文件是對PyMOL存儲狀態(tài)的符號記錄，包括載入或創(chuàng)建的對象、創(chuàng)建的選擇和viewer中的顯示。當打開保存的會話文件，PyMOL會返回到保存的狀態(tài)。因為一個會話文件代表了一個存儲狀態(tài)，所以打開一個會話文件意味著當前PyMOL存儲的所有東西都會被清除并被來自會話文件的

31、存儲狀態(tài)替代。會話文件和日志文件或腳本有許多不同。日志文件必須在你想保存給出的命令前創(chuàng)建，而會話文件可以在任何時候創(chuàng)建。會話文件通過File菜單的Open選項調用，而日志文件被作為腳本通過Run選項啟動。會話文件不能被人工編輯，而日志文件和腳本卻可以。在PyMOL會話中，關鍵點上創(chuàng)建會話文件是個好主意，例如當你決定探討（explore）多種選項時。通過這種方式，會話文件可被用來替代PyMOL沒有的“undo”程序。你完全可以通過連續(xù)的會話文件存儲PyMOL任意數(shù)量的狀態(tài)，然后由此恢復到這些狀態(tài)或有效地撤銷你的操作。6. 命令行快捷鍵1) 用TAB鍵完成命令輸入命令的前幾個字母然后按Tab鍵，P

32、yMOL就會自動完成命令或列出符合語法的命令表，例如：PyMOL>sel #按Tab鍵就會出現(xiàn)下面的顯示PyMOL>select如果不輸入命令直接按Tab鍵，那么PyMOL會輸出全部命令的列表。2) 用TAB鍵完成文件名一些要載入的文件有非常長的路徑和文件名，當你按Tab鍵，PyMOL會自動完成明確的路徑和文件名，例如：PyMOL>load cry#如果cystal.pdb存在于當前工作目錄中，按Tab鍵就會產生下面的命令行PyMOL>load cystal.pdb如果文件名含糊不清，PyMOL就會自動匹配并輸出目錄中匹配的文件名，然后選擇一個輸入。3) 自動推理在Py

33、MOL命令中有一小部分的固定字符串，例如：PyMOL>show sticks中，對show來說sticks就是一個固定的字符語句。因為跟在show后的語句有限，所以當你僅輸入幾個縮寫字母PyMOL就能識別，例如：PyMOL>show st 此命令和show sticks等效。關鍵詞也可縮寫，PyMOL>sh st同樣奏效。注意：PyMOL的命令語言在不斷地增長和發(fā)展，所以在腳本中使用全長的命令和字符語句非常重要。否則，以后的命令可能使縮寫變得含糊不清。例如當“shutoff”加入命令語句后，“sh st”就不會奏效了。7. 其他命令和幫助此“入門”部分通過簡單的例子介紹了常用

34、的命令，在PyMOL命令中有全部命令的詳細介紹。在PyMOL中可輸入help按回車查看全部關鍵詞（keyword）的列表，如果想查看某個命令的幫助：語法help keyword例如PyMOL>help loadPyMOL將會在外部GUI腳本語言和viewer中顯示命令指南。不必記住所有的關鍵詞，輸入help和關鍵詞的前一個或幾個字母，然后按Tab鍵，腳本語言就會顯示可能的關鍵詞列表。點擊viewer再按Esc鍵會在分子圖像和命令語言顯示間來回切換。三、 命令語法和原子選擇1. 語法典型的PyMOL命令總是以指導PyMOL執(zhí)行一定任務的關鍵詞開始，以回車結束。Ø 最簡單的命令僅有

35、關鍵詞，如輸入quit將會強制結束PyMOL會話，quit后從不跟其他語句。Ø 許多命令有默認語句，所以當你只輸入關鍵詞，PyMOL就會默認剩下的語句。如zoom的默認語句是選擇（selection-expression）all，也就是說不用再輸入all了。Ø 有些關鍵詞，需要部分語句，而其余語句被默認。如關鍵詞color需要colorname語句，而默認語句是all：語法Color color-nameColor color-name, selection-expression例如PyMOL>color red #所有的顯示被著為紅色PyMOL>color r

36、ed,name ca #僅C-alpha原子被著為紅色當輸入一個命令有多個語句時，要用逗號隔開。一次輸入多個命令時要用分號隔開。1) 選擇表達（selection-expressions）selection-expressions指PyMOL命令中語句的原子列表，描述了指定引用的一組原子，這些原子大多需要標識符（identifier）來完成指定。如選擇符（selector）resi指定殘基，標識符給出序列號；選擇符name指定原子，標識符給出PDB中描述的名字（ca代表alpha碳，cb代表beta碳）。只有一小部分selection-expressions不需要標識符，但大部分都要。PyMO

37、L應用邏輯算符增加selection-expressions的一般性和特殊性。選擇符邏輯組合能變得很復雜，所以PyMOL能夠識別以最少擊鍵輸入的縮略語和宏指令。這個部分講述如何命名選擇，然后講述用縮略語和宏指令做選擇的語法。2) 原子選擇命名select命令命名原子選擇：語法select selection-name, selection-expression # selection-name和 selection-expression是select的兩個語句，需用逗號隔開例如PyMOL>select bb,name c+o+n+caPyMOL>color red,bbPyMOL&

38、gt;hide lines,bbPyMOL>show sticks,bbPyMOL>zoom bb此例中，selection-expression是屬性選擇符name，它選擇標識符c+o+n+ca完成指定。屬性選擇符和它的標識符在下面討論。命名的原子選擇（atom-selections）出現(xiàn)在控制面板的名稱列表中，它們被括號括起來以區(qū)別于對象（objects）?？刂泼姘宓牟藛芜x項對原子選擇和對象是不同的，因為兩者的功能有微小的差別。選擇是建立在對象下的一組數(shù)據(jù)的指向，當刪除對象，數(shù)據(jù)就不再可用，任何指向這些數(shù)據(jù)的選擇也都不再可用。但是當刪除選擇，數(shù)據(jù)仍然可用。Disable對象是從

39、viewer顯示中刪除它，而disable選擇僅是關閉viewer中高亮顯示選擇的粉紅點。原子選擇無論命名與否，都能跨越多個對象：PyMOL>load fc.pdbPyMOL>load pept.pdbPyMOL>select alpha_c,name ca #選擇包括了兩個對象中的原子PyMOL>color red,name ca原子選擇在分子結構改變后仍然奏效：PyMOL>load pept.pdbPyMOL>select bb,name c+n+o+caPyMOL>count_atoms bb #bb中數(shù)有52個原子PyMOL>remove

40、 resi 5 #從對象中刪除殘基5中的所有原子PyMOL>count_atoms bb #現(xiàn)在bb中數(shù)有48個原子原子選擇是靜態(tài)的（static），選擇所包含的原子僅僅是選擇被定義時刻存在的原子，而不包括其他，即使是在選擇范圍內后來被載入的原子也不行:PyMOL>load pept.pdbPyMOL>select 007,pept #創(chuàng)建選擇“007”包括所有的原子PyMOL>count_atoms 007 #“007”中數(shù)有107個原子PyMOL>h_add #PyMOL在合適的位置加氫PyMOL>count_atoms 007 #“007”中數(shù)有107

41、個原子PyMOL>count_atoms #而“pept”中卻數(shù)有200個原子原子選擇能夠被后面的原子選擇利用：PyMOL>select bb,name n #選擇“bb”包含所有氮原子PyMOL>select cc,bb or name o #選擇“cc”包含所有氮原子和氧原子注意：邏輯運算符“or” “and”的含義等同于代數(shù)中的“或”“且”。3) 單字（single-word）選擇符最簡單的selection-expression是單字選擇符，這些選擇符沒有標識符。單字選擇符縮略選擇符描述all*當前載入PyMOL的所有原子noneNone沒有原子,空選擇hydroh.

42、當前載入PyMOL的所有氫原子hetatmHet從Protein Data Bank HETATM records中載入的所有原子visiblev.至少有一種可見表示形式的enabled對象中的所有原子presentpr.當前狀態(tài)下有確定坐標的所有原子（用于創(chuàng)建動畫）選擇符none在向PyMOL直接輸入命令時不會出現(xiàn)，但在程序腳本中十分有用。單字選擇符有縮略形式，一些縮略詞后必須跟著圓點或空格，用來界定字符?？s略詞和長字符等效，選擇你自己喜歡的形式即可：PyMOL>color blue,allPyMOL>color blue,* #所有原子變成藍色PyMOL>hide hyd

43、roPyMOL>hide h. #所有的氫原子的表示形式被隱藏PyMOL>show cartoon,hetatm #PDB輸入文件中被定義為HETATM的PyMOL>show cartoon,het #所有原子顯示為cartoon4) 屬性選擇符PyMOL能夠讀取PDB,MOL/SDF,Macromodel,ChemPy Model和Tinker XYZ格式的數(shù)據(jù)文件。這些格式文件的某些數(shù)據(jù)區(qū)允許PyMOL為原子指定屬性。根據(jù)這些屬性，你可以應用屬性選擇符和標識符對原子進行分組和選擇：選擇符對應于數(shù)據(jù)文件的這些數(shù)據(jù)區(qū)，標識符對應于匹配的目標詞或目標數(shù)字。在標識符列表中不同的項

44、目僅用“+”連接，不要有空格，連續(xù)的選擇用“-”連接：PyMOL>select boy,resi 1+2+3 #殘基1、2和3被選擇PyMOL>select 007,resi 1-10 #殘基1到10被選擇謹記在同一標識符后不可同時出現(xiàn)“+”“-”，如“select bad，resi 1-4+9”。對于空白數(shù)據(jù)區(qū)，標識符是一對空的雙引號：PyMOL>select blank,ss “” #blank包含非二級結構的所有原子大多數(shù)的屬性選擇符匹配它的標識符：屬性選擇符縮略形式標識符和舉例symbole.Chemical-symbol-list單字母或雙字母的化學元素符號PyMO

45、L>select polar,symbol o+nnamen.Atom-name-list蛋白和核酸中至多4字母的原子符號PyMOL>select carbons,name ca+cb+cgresnr.Residue-name-list3字母的氨基酸符號PyMOL>select aas,resn asp+glu+asn+gln或至多2字母的核苷酸符號PyMOL>select bases,resn a+gresii.Residue-identifier-list至多4位數(shù)的殘基號PyMOL>select boy,resi 1+10+100+1000Residue-i

46、dentifier-rangePyMOL>select boy,resi 1-10altaltAlternate-conformation-identifier-list單字母PyMOL>select altconf,alt a+chainc.Chain-identifier-list單字母或有時是數(shù)字PyMOL>select 007,chain asegis.Segment-identifier-list至多4字母PyMOL>select ligand,segi ligflagf.Flag-number從0到31的單整數(shù)PyMOL>select f1,flag

47、0numeric_typent.Type-number單整數(shù)PyMOL>select f1,nt. 5Text_typett.Type-string至多4字母PyMOL>select subset,text_type HA+HCIdidExternal-index-number單整數(shù)PyMOL>select idno,id 23indexidx.Internal-index-number單整數(shù)PyMOL>select intid,index 11SsssSecondary-structure-type單字母PyMOL>select allstrs,ss h+s+l

48、+其他的選擇符對應于數(shù)字標識符：數(shù)字選擇符縮略形式語句和舉例bbComparison-operator b-factor value實數(shù)PyMOL>select fuzzy,b>10qqComparison-operator occupancy-value實數(shù)PyMOL>select lowcharges,q<0.5formal_chargefc.Comparison-operator formal charge-value整數(shù)PyMOL>select doubles,fc.=-1partial_chargepc.Comparison-operator parti

49、al charge-value實數(shù)PyMOL>select hicharges,pc.>15) 選擇代數(shù)通過邏輯運算符的組合，選擇更富有精確性或包含性，這些算符即布爾算符包括and，or和not，它們的含義和代數(shù)中的“且”“或”“非”同義。運算符：選擇運算符和標識符列表如下。虛設的變量s1和s2代表selection-expressions.運算符縮略形式效果not s1! s1選擇不在s1中的原子PyMOL>select sidechains,! bbs1 and s2s1 & s2選擇s1和s2中共有的原子PyMOL>select far_bb,bb&

50、;farfrm_tens1 or s2s1s2選擇s1和s2中的所有原子PyMOL>select all_prot,bbsidechains1 in s2s1 in s2選擇s1中標識符name,resi,resn,chain,segi全匹配s2的原子PyMOL>select same_atms,pept in prots1 like s2s1 l. s2選擇s1中標識符name和resi匹配s2的原子PyMOL>select similar_atms,pept like prots1 gap xs1 gap x選擇范德華半徑與s1的范德華半徑以最小距離x埃分離的所有原子Py

51、MOL>select farfrm_ten,resi 10 gap 5s1 around xs1 a. x選擇中心在以s1任何原子為中心，以x埃為半徑的范圍內的所有原子PyMOL>select near_ten,resi 10 around 5s1 expand xs1 e. x通過在以s1任何原子為中心，以x埃為半徑的范圍內的所有原子擴充s1PyMOL>select near_ten_x,near 10 expand 3s1 within x of s2s1 w. x of s2選擇s1中在s2 x埃范圍內的原子PyMOL>select bbnearten,bb w.

52、 4 of resi 10byres s1br. s1擴充s1到殘基PyMOL>select complete_res,br. bbnear10byobject s1bo. s1擴充s1到對象PyMOL>select near_obj,bo. Near_resneighbor s1nbr.s1選擇直接以化學鍵連接s1的原子PyMOL>select vicions,neighbor resi 10邏輯選擇可被組合。例如，你可以選擇部分鏈a的原子，但不包括殘基125：PyMOL>select 007,chain a and (not resi 125)PyMOL>se

53、lect boy,(name cb or name cg1 or name cg2) and chain a #這兩個PyMOL>select girl,name cb+cg1+cg2 and chain a #命令是等效的邏輯運算像算術運算一樣是有順序的，為確保操作正確執(zhí)行，必要時使用括號：Byres(chain a or (chain b and (not resi 125) around 5) PyMOL是從最內的括號向外邏輯選擇的。6) 宏指令宏指令使表達長復雜語句的原子選擇成為可能,如:PyMOL>select boy,pept and segi lig and chai

54、n b and resi 142 and name ca用精簡方式表示：PyMOL>select boy, /pept/lig/b/142/ca宏指令用正斜杠來界定標識符。宏指令通過布爾算符“and”選擇原子，也就是說，選擇的原子必須全部匹配標識符：/object-name/segi-identifier/chian-identifier/resi-identifier/name-identifier這些標識符形成了一個等級串，以object-name 為首，以name-identifier為尾。PyMOL將宏指令當做一個詞來識別，所以宏指令中不能有空格。宏指令有兩種形式：以正斜杠開頭的和不以正斜杠開頭的。宏指令開頭正斜杠的存在與否決定了宏指令的讀取方式。如果以正斜杠開頭，PyMOL按從頭到尾的方式讀取:/objectname/segiidentifier/chain