聚集前盤基網(wǎng)柄菌的行為研究課件

1、盤基網(wǎng)柄菌的生物學(xué)性質(zhì)從孢子殼中孵化環(huán)境良好：?jiǎn)渭?xì)胞環(huán)境惡劣： 產(chǎn)生cAMP信號(hào)（環(huán)腺苷酸） 自發(fā)聚集形成粘聚菌 頂部長(zhǎng)有孢子的植株饑餓處理；在顯微鏡下觀察聚集前運(yùn)動(dòng)規(guī)律圖片來(lái)源/zhsj/kexue-2/co6-1/6102/Image1406.gif生物系統(tǒng)物理模型隨時(shí)間的擴(kuò)散半徑均方位移(Meansquareddisplacement)朗之萬(wàn)方程 對(duì)布朗運(yùn)動(dòng)： 隨機(jī)項(xiàng) 能均分定理，即=const t/m時(shí)存在線性關(guān)系準(zhǔn)備工作配置SM液體培養(yǎng)基、SM固體培養(yǎng)基、培養(yǎng)克雷伯氏菌電子天平、藥匙、高壓滅菌鍋、超凈工作臺(tái)、恒溫箱、冰箱、IKA攪拌器、燒PH計(jì)、磁力杯等瓊脂粉、葡萄糖、胰蛋白胨、KH

2、2PO4、K2HPO43H2O、MgSO4、酵母抽提粉盤基網(wǎng)柄菌的擴(kuò)大培養(yǎng)超凈工作臺(tái)、恒溫培養(yǎng)箱、移液槍、接種環(huán)、涂布棒、酒精燈等40小時(shí)盤基網(wǎng)柄菌發(fā)育細(xì)胞的收集及其運(yùn)動(dòng)的觀察和記錄配置PB和PDF緩沖液電子天平、藥匙、量筒、燒杯、PH計(jì)、超凈工作臺(tái)、高壓滅菌鍋、冰箱等電子天平、藥匙、發(fā)育細(xì)胞的收集超凈工作臺(tái)、酒精燈、平頭小鏟、離心管、離心機(jī)、移液槍冰箱等發(fā)育細(xì)胞的計(jì)數(shù)超聲清洗機(jī)、計(jì)數(shù)板、蓋玻片、顯微鏡、移液槍、計(jì)算機(jī)等細(xì)胞樣品的制備及數(shù)據(jù)采集鋪有瓊脂的小培養(yǎng)皿、細(xì)胞母液、PB緩沖液、移液槍、顯微鏡、相機(jī)拍攝間隔時(shí)間10秒area, x, y, 0, 0細(xì)胞識(shí)別2016.5.18. 王冬逸、王

3、子為組. area, x, y, t, id標(biāo)記跟蹤對(duì)t時(shí)刻的某個(gè)點(diǎn)作一邊長(zhǎng)為2r的正方形區(qū)域，若t+1時(shí)刻有且只有一個(gè)點(diǎn)落在該區(qū)域內(nèi)，則將其標(biāo)記為同一個(gè)id. 否則賦予新的id.t15000s的長(zhǎng)軌跡Id-長(zhǎng)度分布Msd算法Msd1取每條軌跡的每個(gè)點(diǎn)順次計(jì)算.Msd2比對(duì)每張圖與之后的圖，找相同的id計(jì)算.Msd3對(duì)每條軌跡，它的時(shí)間-軌跡數(shù)組總長(zhǎng)為n，shift后兩軌跡相減. 共shift(n-1)次. 對(duì)第k次shift，取相減后數(shù)組前(n-k)行矩陣元，即t等于k時(shí)的坐標(biāo)差. Msdtt較小t適中R=0.9999R=0.9997Msd分析T較小時(shí)對(duì)布朗運(yùn)動(dòng)，若不滿足t/m ：Ornst

4、ein和Fiirth的結(jié)果：當(dāng)t很小時(shí)，可泰勒展開得到T較大時(shí)前部分為良好的線性關(guān)系后部分 1. 追蹤長(zhǎng)度有限，樣本數(shù)過(guò)小 2. 照片邊界 3. 培養(yǎng)皿的圓形邊界 4. 若樣本數(shù)足夠應(yīng)當(dāng)穩(wěn)定在一定值附近(該穩(wěn)定值與邊界條件有關(guān)). 所有細(xì)胞速率分布直方圖麥克斯韋速率分布圖片來(lái)源/wikipedia/commons/thumb/1/19/Maxwell-Boltzmann_distribution_pdf.svg/同一時(shí)刻細(xì)胞的速率分布、細(xì)胞平均速率隨時(shí)間的變化關(guān)系 t=0s t=20000s t=40000s t=60000s平均速率標(biāo)準(zhǔn)差數(shù)量、平均面積隨時(shí)間的變化變小 猜想：有水 or 分裂

5、 or 聚集如果僅是有水，那么變多？可能剛好拍攝到聚集處？但到拍攝結(jié)束時(shí)也沒(méi)開始聚集，無(wú)從判斷同一id細(xì)胞速率隨時(shí)間的變化關(guān)系 id=4 id=29758 id=57509“反?！彼俣鹊某梢虿孪耄耗硞€(gè)細(xì)胞離開邊界的同時(shí)有其他細(xì)胞進(jìn)入到其原先識(shí)別區(qū)域內(nèi)細(xì)胞變形、分裂或合體導(dǎo)致質(zhì)心突變某些細(xì)胞的速度確實(shí)如此比對(duì)軌跡及動(dòng)畫觀察討論與改進(jìn)對(duì)“反?！彼俣?，算法保證t3000s時(shí)樣本數(shù)在106量級(jí)及以上，因此影響較小.為排除“反?！彼俣龋瑯?biāo)記時(shí)增加條件：若某個(gè)id對(duì)應(yīng)的細(xì)胞面積突變，則認(rèn)為其丟失.對(duì)邊緣的細(xì)胞，如果有質(zhì)心坐標(biāo)離邊界小于平均半徑，則認(rèn)為其丟失.根據(jù)速率分布及分析結(jié)果修正r.可進(jìn)一步研究造成面

6、積減小的原因，及面積與運(yùn)動(dòng)情況的關(guān)系可針對(duì)細(xì)胞平均面積隨時(shí)間明顯減小的情況，分段處理數(shù)據(jù)結(jié)論及感想均方位移在t較小時(shí)與時(shí)間成冪次關(guān)系，指數(shù) ，隨著t增大過(guò)渡到線性關(guān)系，擴(kuò)散系數(shù)為 . 后因邊界條件限制，均方位移不再增加. 生物系統(tǒng)是復(fù)雜系統(tǒng)，在實(shí)驗(yàn)和分析時(shí)都具有較大的不確定性. 為得到好的識(shí)別結(jié)果，制備好的樣品非常重要。在細(xì)胞識(shí)別、跟蹤中各參數(shù)的選擇非常重要，應(yīng)充分考慮實(shí)際情況，并通過(guò)比對(duì)識(shí)別結(jié)果與真實(shí)情況，修正和改進(jìn)識(shí)別、跟蹤方法。參考文獻(xiàn)1 蘇汝鏗. 統(tǒng)計(jì)物理學(xué). 高等教育出版社. 1990年6月. 2Uhlenbeck G, Ornstein L (1930). On the Theory of the Brownian Motion. Physical Review 36: 823-841.3Aleksan