基因芯片制作方法(2)

1、關(guān)于基因芯片的制作方法 (2)第一張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月3.1 概述 1. 基因芯片是以Southern印跡雜交技術(shù)為基礎(chǔ)發(fā)展起來的。 反向雜交技術(shù)第二張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月2. 基因芯片的制作方法： 原位合成法： Affymetrix公司 直接點(diǎn)樣法（合成后點(diǎn)樣）： Stanford大學(xué)，1995年第三張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月項(xiàng)目原位合成法直接點(diǎn)樣法探針預(yù)備不需要需要探針類型寡核苷酸寡核苷酸，cDNA，基因組DNA，蛋白等探針長度約25nt不限制聯(lián)合合成需要不需要芯片表面點(diǎn)樣不需要需要密度高低制作成本高低應(yīng)用基因表達(dá)，突變檢測 基因表達(dá)，突

2、變檢測，CGH第四張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月1. 常見的載體類型 膜 玻片 三維基質(zhì)包被玻片3.2 芯片載體的制作第五張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月（1）膜 優(yōu)點(diǎn)：與核酸親和力強(qiáng)。 缺點(diǎn)：單位面積上點(diǎn)樣密度低； 背景較高； 靈敏度低。第六張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月（2）玻片 優(yōu)點(diǎn)：耐受高溫和高離子強(qiáng)度； 具有不浸潤性，提高點(diǎn)樣密度； 背景低。 缺點(diǎn)：二維的平面結(jié)構(gòu)，與DNA雜交時(shí)會(huì)有空間位阻。第七張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月（3）三維基質(zhì)包被玻片 具有三維孔性結(jié)構(gòu)，更適合做蛋白質(zhì)芯片的支持物，可以保持蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象，不影響它的活性。第八張，P

3、PT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月2. 玻片的修飾類型氨基修飾玻片同型雙功能偶聯(lián)劑修飾的玻片硫醇基修飾的玻片環(huán)氧硅烷化修飾的玻片等第九張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月圖3-3 APS修飾玻璃表面反應(yīng)示意（1）氨基修飾的玻片羥基氨基第十張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月對苯乙異硫氰酸（2）同型雙功能偶聯(lián)劑包被修飾的玻片異硫氰基第十一張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月醛基戊二醛第十二張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月連接分子手臂分子特異性探針第十三張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月圖3-7 SMPB連接硫醇基核苷酸和氨基玻片（3）連接硫醇基修飾的玻片硫醇基第十四張，

4、PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月圖3-8 環(huán)氧硅烷化玻片修飾示意（4）環(huán)氧硅烷化修飾的玻片環(huán)氧硅烷基第十五張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月1. cDNA探針2. 寡核苷酸探針3. 基因組DNA探針（很少用）4. RNA探針3.3 探針的制備第十六張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月cDNA探針： 主要來自cDNA文庫，從細(xì)胞或組織中提取RNA后逆轉(zhuǎn)。第十七張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月寡核苷酸探針： 根據(jù)數(shù)據(jù)庫中的基因序列人工合成的。 通常在5末端進(jìn)行氨基修飾，并加入一段不直接參與雜交的重復(fù)序列，稱為手臂分子，通常用poly dT(10)。手臂分子特異性探針第十八張，

5、PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月探針分子與基片表面的作用方式 化學(xué)偶聯(lián)：探針分子與基片表面活性基團(tuán)發(fā)生化學(xué)反應(yīng)，生成新的共價(jià)鍵。 物理吸附：探針分子與基片表面通過次級(jí)鍵相連接。第十九張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月3.4 點(diǎn)樣儀及點(diǎn)樣過程接觸式點(diǎn)樣非接觸式點(diǎn)樣第二十張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月1. 接觸式點(diǎn)樣 點(diǎn)樣針。 基本過程： 點(diǎn)樣針接觸探針溶液，通過浸潤現(xiàn)象或毛細(xì)現(xiàn)象，使液體轉(zhuǎn)移到針尖或針的狹縫中。針尖再接觸基片，樣品在基片上留下斑點(diǎn)，完成一次點(diǎn)樣。第二十一張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月點(diǎn)樣針的種類： 實(shí)心針（solid pin） 裂隙針（split p

6、in） 毛細(xì)管針（capillary tube） 針與環(huán)（pin and ring）第二十二張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月best第二十三張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月第二十四張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月2.非接觸式點(diǎn)樣（自學(xué)） （1）微螺線閥 （2）壓電元件第二十五張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月接觸式非接觸式 壓電元件微螺線閥1 1 圖3-10當(dāng)前59家芯片設(shè)備生產(chǎn)商使用的點(diǎn)樣針分布情況（圖中的數(shù)字代表使用各點(diǎn)樣針的廠家數(shù)目）第二十六張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月3.5 原位合成法第二十七張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月操作平臺(tái)第二

7、十八張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月Affymetrix芯片的特點(diǎn)： 光導(dǎo)原位合成的寡核苷酸芯片 高密度的點(diǎn)陣技術(shù) 獨(dú)特的PM-MM探針設(shè)計(jì) 第二十九張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月1.光導(dǎo)原位合成原理第三十張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月2.高密度的點(diǎn)陣技術(shù)1平方厘米的面積至少可排列上百萬個(gè)探針合成區(qū)（“點(diǎn)”)第三十一張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月3. Affymetrix獨(dú)特的PM-MM探針設(shè)計(jì)第三十二張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月圖3-11 PM-MM探針設(shè)計(jì)方案第三十三張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月第三十四張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月高靈敏度圖3-12 僅用PM探針與聯(lián)合應(yīng)用PM-MM探針檢測靶序列的靈敏度比較第三十五張，PPT共四十頁，創(chuàng)作于2022年6月芯片結(jié)果準(zhǔn)確可靠圖3-13 PM-MM的多個(gè)探針的結(jié)果與單個(gè)探針的結(jié)果比較第三十六張，PPT