Clustalx多重序列比對(duì)圖解教程(圖解使用)

1、Cl ustal x多重序列比對(duì)圖解教程(ByRai ndy)本帖首發(fā)于軟件簡(jiǎn)介：CLUSTALX是CLUSTA因重序歹吐匕對(duì)程序的 Windows版本。ClustalX為進(jìn)行多重序列和輪廓 比對(duì)和分析結(jié)果提供一個(gè)整體的環(huán)境。序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對(duì)中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對(duì)和輪廓比對(duì)需要的所有選項(xiàng)。主要功能：你可以剪切、粘貼序列以更改比對(duì)的順序；你可以選擇序列子集進(jìn)行比對(duì)；你可以選擇比對(duì)的子排列(Sub-range)進(jìn)行重新比對(duì)并可插入到原始比對(duì)中；可執(zhí)行比對(duì)質(zhì)量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。當(dāng)前版本：PS:如果你是新手或

2、喜歡中文界面，推薦使用本人漢化的版鏈接地址：(請(qǐng)完整復(fù)制)應(yīng)用:Clustalx 比對(duì)結(jié)果是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的前提實(shí)例：植物呼腸孤病毒屬外層衣殼蛋白P8(AA序列)為例流程：載入序列一 編輯序列一 設(shè)置參數(shù) 完全比對(duì)一 比對(duì)結(jié)果.載入序列：運(yùn)行ClustalX ,主界面窗口如下所圖(圖1),依次在程序上方的菜單欄選擇 “File ” 一 “ LoadSequencS載入待比對(duì)的序列，如圖2所示，如果當(dāng)前已載入序列，此時(shí)會(huì)提示 是否替換現(xiàn)有序列(Replaceexistingsequences),根據(jù)具體情形選擇操作。Multiple Alignment Mode MFont Size: 10 算

3、算 等:算算胡 某 算球關(guān)線 .:. 某算算 養(yǎng)某 *： . ： 4H10111213RGDV_BU02676 RGDV_AAY14579 RGDV_ABC75537 RGDV_AAY145?6 RGD7_AkYl4530 RGDV_A1O64253 RGDV_AAY1457? RGDV_AAY14578 WTV_P17380RDVS_Q85451RDVO_P17379 RDVA_Q35449 RDVF_Q8S439MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFDTFQGLTIITDISTLS MSRQAUIETSALIECIEEYGTKCSFDTFQGLTINDISTLE MGRQAWI

4、ETSALIECISEYGTKCSFDTFaGITINDISTLSMSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFDTFQGLTINDISm ilSRQArnETSALIECISEYGTKCEFDTFQGLTINDISm MSRCAWIET5ALIEEISEYGTKCSFDTFQGLTINDISTL5 MSRQAWIETSALTECISEYGTKCSFDTFQGLTINDISmHSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFDTFQGLTINDISTL?htudtfiglthtdlstlICHGDTFEGLTTGDFtlAT -MSRQNVVETSALVECISEYIVEMSRQMWLDT

5、SALLEAISEYVVMSRQMWLDTSALLEAISEYVVCMGDTFRC1IGDTFMSR(3MWLriTSALLEAIEEYVVL?mGLTTGDRN支LE一. ic-ci-* * /RCHGDTF 3GLTTGDFKAMSRQMPLDTSALLEAISEYVVRCHGDTFZGLTTGDHNAruler110 . 2D304CFile F:俄的文榭專業(yè)費(fèi)料倭理手徵RGDV分析像重比對(duì)P8_Aln_Pm.aln IoFileEdit Alignment 工e5 Colors Quality HelpLoad SequencesAppend Sequences Sequences 曰

6、S一Lmd Profile 1Load Profile 2和電 Profile 1 as._Save Profile 2 as.HVTite Alignment as PostScriptWrite Profile 1 as PostScript Write Profile 2 as PostScript Quitnt Size:l 0 下rJ -話 ititJtifr “ MflrX *崇景 *蕭Mt ： 一 俳- * 需款 若HSRQ17IETSALIECISE?GTlCSEDTlQG|TIiTDISTISHlMlTCISVASYGFLNDPiTP MGRQAinETSALIECIEE?G

7、TKCSFDTFQGLTIWDIGnSKlMlIOISVAGVGFLNDPRTP MSRQmiETSALlEClSEYGTKCSFDTFQGLTltiDlSTlSNlMNClSVASVGFLNDPETP 工ETS&L工EC工SEEGTK:mFDTFQGLT 工父匚6TlmN工MNGISTAEVGFLNDPRTPMgRQAVIETgALlEClSEVGTKCSFDTFQGlTlNDlSTLSNlMNClSVASVGFLNDPRTP MSRQAlTlETSALIERlSEYGTKCSFDTFQGlTltiDISTISHlMliOISVJiSVGFLNDFRTP MSRQlVIETSALTEClSE

8、VGTkCSFDTFQGLTlHDIGTLSNlMISViSVGFLNDPRTP HSRQAIETSALlEClSEYGTKCSFDTFQGLTltiDlSTlSNmNQISVASVGFLNDPRTPM5RQJUVET5ALVECI5E MSRQ皿LUTSALLEi工SE? ilSHQMiILriTSALLEilSE? MSRQMFTSALLEISEY MSROMVLrrSALLEilSErIV vv VV vv vv5YGDTF R ：HGDTF R ：NGDTF E1NGDTF RCtJGDTFIGLlOTiT. 5GLTT3DF 1QLTTGDF SGLTTGDFSTLSNMFLSNII

9、FL5NHFLSNMFKUSiaNVGFLND 匚RTP TR 川 0GYQ ；DPRP TQ1SVCSAGYVGDFRF TQISVFWAGYVNDPRTP TQ，S1|eLGV胴DP&VPrulerFile F：我府文探專業(yè)費(fèi)都整理手MRGDV分析侈堇比對(duì)WB_AE_PmMn Io圖2.編輯序列：對(duì)標(biāo)尺（Ruler）上方的序列進(jìn)行編輯操作，主要有 Cutsequences（剪切序列）、Pastesequences（粘貼）、SelectAllsequences（選定所有序歹U ）, ClearsequenceSelection（ 清除序 列選定）、Searchforstring（ 搜索字串）

10、、RemoveAllgaps（移除序列空位）、RemoveGap-OnlyColumnstZ移除選定序列的空位）圖3.參數(shù)設(shè)置：可以根據(jù)分析要求設(shè)置相對(duì)的比對(duì)參數(shù)。通常情況下，我們可以使用默認(rèn)參數(shù)。比對(duì)參數(shù)主要有六個(gè)，分別是 ResetNewGapsbeforeAlignment（比對(duì)前重置新的空位參數(shù)）， ResetAllGapsbeforeAlignment（比對(duì)前重置所有空位參數(shù)），PairwiseAlignmentParameters （兩兩序列比對(duì)參數(shù)）,MultipleAlignmentParameters（多重序列比對(duì)參數(shù)）,ProteinGapParameters（蛋白空位參數(shù)

11、），SecondarystructureParameters（二級(jí)結(jié)構(gòu)參數(shù)），如圖 4所示：File EditAlignmentTrees Colors Quality HelpMultipleDo Complete Alignment Produce Guide Tree Only Do Alignment from Guide Tree10111213Realign Selected SequencesRealign Selected Residue RangeAlign Profile 2 to Profile 1Align Profiles from Guide TreesAtign

12、Sequences to Profile 1Align Sequences to Profile 1 from TreeIISEYGTKCSFDTFQLTIHDISTLS ISEYGTKCSFDTFQGLTINDISTLE ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLE ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLE ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLESISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLE CISEYGTKCEFDTFQGLTINDISTLEISEYGTKCSFDTFOGLTINDISTLS ISEYI VRYGDTFIGLTEdIDLSTLE ISEYV

13、VRCHGDTFEGLTTGDFHALEISEYVVISEYVVRCMGDTF5GLTTGDFHALEAlignment PaHEEts5Save Log FileOutput Format OptionsHl I I U IMHReset New Gaps before Alignm Reset All Gaps before Alignmen Pairwise Alignment Parameters Multiple Alignment Parameters Protein Gap ParametersFile F:您的文檔居業(yè)史料博理手琳RGDV分析侈重比對(duì)P8_Aln_Pmaln加修

14、改參數(shù)只需點(diǎn)擊相應(yīng)標(biāo)簽，示例比對(duì)的是多序列比對(duì)，故可選擇“MultipleAlignmentParameters ”彈出參數(shù)設(shè)置窗口，如圖 5所示:CLOSEMulliple ParametersGap Opening 0-1 00 ： 10-00 Gap Extention 0-1 flO ： 0.20Delay Divergent Sequences 隅:口0 |DNA Transition Weight 0-1 ：|0-50Use Negative Matrix OFFProtein Weight Matrix r BLOSUM seriesPAM series Gonnet serie

15、sIdentity matrixC User definedLoad protein matrix：DNA Weight Matrix* IUBr CLUSTALW(kB).User definedLoad DNA: I圖5.完全比對(duì)：返回菜單欄選擇“ CompleteAlignment ”標(biāo)簽，此時(shí)會(huì)彈出輸出文件路徑的設(shè)置 窗口，設(shè)置GuideTreeFile （向?qū)浠蛑笇?dǎo)樹文件）、AlignmentFile （比對(duì)文件）的保存位置（存 放路徑），點(diǎn)擊“ Align ”按鈕程序自動(dòng)開始序列的完全比對(duì)，比對(duì)所需時(shí)間因序列文件大小和長(zhǎng) 度、計(jì)算機(jī)性能而異，如圖6-8所示：File EditCo

16、lors Quality HelpMultipleDo Complete AlignmentProduce Guide Tree OnlyDo Alignment from Guide Tree10111213Realign Selected SequencesRealign Selected Residue RangeAlign Profile 2 to Profile 1Align Profiles from Guide TreesAlign S&quences to Profile 1Align Sequences to Profile 1 from TreeI SEYGTKCSFDTF

17、OinLT IHDISTLE ：ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDIETLE ：ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTU ：ISEYGTKCSFITFQS1TIHDI5TL? 二ISEYGTKCSFDTFQGLTINDISTLE 7： I SEYGTK：SFEjTFi2iSLT IHDI5TU ：ISETGTKCSFDTFQGLTIHDISTLE ：ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLEHSEVURSYGDTF：ISEYRHVGDTF1GLTETDLSTLE,ISEY.T?CiTGDTFSG 一lISEYVV：LTTGDFHALSLTTGDFHALELTTGDFHAL

18、ELTTGDFHAL=iISEVC：TGDTFSGiISEYVVlCVGDTFGKC-IGDTF3G1.10.20.4(Alignment ParametersSave Log FileOutput Format OptionsFile F我的文檔、專業(yè)費(fèi)科、整理手梅RGDV分析l多重比對(duì)PB_Aln_Pg.Hn IoMultiple Alignment Mode Font Size: 1D *:* *RGDV_BAAO2676RGDV_ABC75537 RGD7_AAO64253 RGDV_AAY145765 RGDV_kkY145776 RGDV_AAY145787RGDV_A1Y145?

19、9RGDV_AAY145809RDVA_Q85449J?DVS_QS545111RDVF_O8543912RDVO_P1737913UTV_P17380 Complete AlignmentOutput Guide Tree File：rulerC:Documents and SettingsAdministratDrOutput Alignment Files：Cluslal: Setting5AdmlnistratorffiP8 Aln FALIGN CANCELjZZFile C:Documents and SEttingsAdministiatorP8_Aln_Pro.txt load

20、eMultiple Alignment Mode 下 Font Size:|l 0 TRGDV_ABC75537RiEVRGDVZBAA02676 RGDV二AAY14579 RGDV_AAY145eO RGD匯AAO64263RGEV AAY14577RGDV_AA71457BWTV P1783RDTO_Q65451 RDVO_P17379 RDVCQ65449 RD7F_Q85i39ulsr11SRQAUIETS AL I EC 15E YGTKCSFDTFQGXTI ND ISTLSNLMNQISVASTGFLKDPETP MSRQAUlETSALIECISEVGTKcgFDTFQGlT

21、IKDISTlGNlHHQISVASVGFLKDPRTP MSRQUIETSALIECISEVGTKCSFDTFQGITINDISTISNLMNQISVASVGFLKDFETP MSRQ4UIETSALIECISEYGTKCSFDTFQG1TINDIST1SN1MNQISVASVGFLKDFCTP llSRQiUIETSALIECISEVGTKCSFDTFQGlTINDlSTlSNrMNQlSVASirGFLN-DFCTP MSRQAWIETSALIEhilSEyGTKCSFDTFQGlTlNDlSTlSNlMNQISVASVGFLN-DFRTF ilSRQ1kUlETSALTECISEYGT

22、KCSFDTFQGlTltiD IST1SN1MNQ ISVASVGFLKDFETPM5RQiUlETSALlEClSEVGTKCSFDTFQGlTlNDlSTlSNI.MNQlSVAgVGFLKDPRTPMSRQ WETSALVECI SEE 工 VMSEQKVL DTSAU.EAI SEYV VM SRQHWLrTSAL LEA I SEW V M-RnMVrL?TGALLEAI5EVUV 11SRQMVL71TSALLEAISEY V-7RSYGDTFIG1TETDIST1SH1LSNLSIRCNGDTFBG1TTGD-SHUFTQLSVSNUFTQLSV 1GNHFTUSV ISlff

23、lFTKSVCNGDTEoGLTTGPCNGDTFGITRC/TGDTFnGlTTGJTTGFLIWLRTPi1 IPvp VP vp VPAGYVS SAGYVS SIGYV AGYW11,0203040CLUSTAL-Alignmentfile created |圖8當(dāng)主界面的左下狀態(tài)欄會(huì)提示“ CLUSTALAlignmentFilecreated口 ”時(shí)說明比全完畢，這時(shí)文 件保存位置的目錄下會(huì)生成生成兩個(gè)文件， 分別是*.aln和* dnd , aln是序列比對(duì)的文件，可以進(jìn) 一步用于構(gòu)樹系統(tǒng)發(fā)育樹，dnd是向?qū)湮募ㄖ笇?dǎo)樹），這兩個(gè)文件可以用Windows系統(tǒng)中的“記 事本”或第

24、三方程序“ UltraEdit ”等打開，如：B P8_Aln_Pro -記事本文件 相輯 格式gi亙看功 督助止dCLUSTAL X (1,83) multiple sequence alignmentRGDU_fiBC75537 RGDU_fiAV14576 RGDUZBAA02676 RGDU AA71579 RGDu2fiflV111580 RGDUlAnO64253 RGDU-RAY 仙 5 RGDu2fiftV14578WTU_P17380RDUS_Q85iiF1 RDU口二P17379 RDUA二Q85449 RDUF_Q85li39RGDU_fiBC75537 RGDu2fiA

25、V14576 RGDU二BRA日2676 RGDu2fiAV14579 RGDU二AAY1U58口 RGDU二ARU6U253 RGDu2fiAV14577HSRQAWIETSALIECISEVGTKCSFDTFqGLTIWISTLSNLMNQISUA： HSRQAHIETSALIECISEYGTKCSFDTFqGLTINDISTLSNLHNQISUA- HSRQAHIETSALIECISEVGTKCSFDTFQGLTINDISTLSNLMNqiSUA： HSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFDTFqGLTINDISTLSNLHNQISUA： MSRQfiWIETSfiLIECIS

26、EVGTKCSFDTFQGLTINDISTLSNLMNQISUft! MSRQfiWIETSnLIERISEYGTKCSFDTFqCLTINDISTLSNLMNQISUA： HSRQAWIETSALTECISEYGTKCSFDTFqGLTINDISTLSNLHNQISUA： HSRQAHIETSALIECISEVGTKCSFDTFQCLTINDISTLSNLMNQISUA MSRQNWUETSAHIECISEYIURSVGDTFICLTSTDLSTLSNLLSNLSIfil MSRQMWLDTSfiLLEAISEVUUftCNGDTFSCLTTCDFNftLSNMFTQLSUS： MSRQMW

27、L&TSfiLLEAISEVUURCNGDTFSGLTTGDFNfiLSNMFTQLSUS! MSRQMWLDTSALLEAISEYUURCNGDTFSGLTTGDFNfiLSNMFTQLSUS： MSRQMWLDTSfiLLEAISE?UURCNGDTFSGLTTGDFNALSNMFTqLSUS： W美彗箕 其：黃箕冥冥 美 箕*冥W .：_ * *；_：*：*：LQAMSCEFUHF1STADRHAVMLQKNUFDSDUAPNUTTDNFlATVIHPRF： LQAMSCEFUNFISTADRHAVMLqKNUFDSDUAPNUTTDNFIATYIKPRF： LQAMSCEFUNFIST

28、ADRHAYMLqKNWFDSDUflPNUTTDNFIfiTYIKPRF： LQAMSCEFUHF1STADRHAVMLqKNUFDSDUAPHUTTDNFIATVIKPRF： LQAMSCEFUNFISTADRHAYMLQKNUFDSDUAPNUTTDNFIATYIKPRF： LfJAMSCEFUNFlSTADRHAYMLqKNWFDSDUflPNUTTDNFIfiTYIKPRF： PQAMSCEFUHFlSAADRHAVMLqKNUFDSDUAPNUTTDNFIATVIlfPRF：Ln L P8 Aln Pro,dnd 記事本女性6 編組格式 重叁M 警助1時(shí)RCDU_DAAa2676：a.9UOUI)1 RGDU二ARY14579:G.9B090,RCDU_ABC7?537:0.99090, RGDUZAAV14576;0,90225) ：0.00227,RGDU_flfiY1580：映52,RGDU_ftA06253：0,