《基因組學(xué)》課程教學(xué)大綱

1、基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)大綱 一、課程基本信息1課程編號(hào)：1117024092課程類別：課內(nèi)實(shí)驗(yàn)3課程性質(zhì)：選修課4學(xué)時(shí)/學(xué)分：10學(xué)時(shí)/0.5學(xué)分5先修課程：分子生物學(xué)、基因工程、遺傳學(xué)6適用專業(yè)：生物技術(shù)專業(yè)二、課程目標(biāo)及學(xué)生應(yīng)達(dá)到的能力一、課程簡(jiǎn)介本課程是生物技術(shù)專業(yè)的一門專業(yè)選修課程，適宜于已有分子生物學(xué)和遺傳學(xué)基礎(chǔ)的學(xué)生?；蚪M學(xué)是隨著人類等基因組計(jì)劃的完成，獨(dú)立形成的一門重要的生物學(xué)科。本課程講授基因組學(xué)的基本技術(shù)和原理，同時(shí)講授基因組學(xué)中的熱點(diǎn)和最新進(jìn)展，以達(dá)到掌握一定的專業(yè)知識(shí)同時(shí)拓寬知識(shí)面的目的。二、課程目標(biāo)通過(guò)實(shí)驗(yàn)教學(xué)與操作練習(xí)，達(dá)到以下課程目標(biāo)課程目標(biāo)1 掌握常用的分析軟件及數(shù)據(jù)

2、庫(kù)構(gòu)建方法；課程目標(biāo)2 熟悉常用的分子圖形學(xué)及分子模擬軟件的使用；課程目標(biāo)3培養(yǎng)學(xué)生分析處理大規(guī)模基因組數(shù)據(jù)的能力。課程目標(biāo)對(duì)畢業(yè)要求的支撐關(guān)系畢業(yè)要求畢業(yè)要求指標(biāo)點(diǎn)課程目標(biāo)對(duì)畢業(yè)要求的支撐關(guān)系知識(shí)4：專業(yè)知識(shí)系統(tǒng)掌握命科學(xué)技術(shù)的基本理論、基礎(chǔ)知識(shí)和實(shí)驗(yàn)基本技能1、2能力2：應(yīng)用知識(shí)的能力從事生物技術(shù)及其相關(guān)領(lǐng)域科學(xué)研究與生產(chǎn)的能力；具有一定的生物技術(shù)產(chǎn)品研發(fā)能力。1、2、3三、課程教學(xué)內(nèi)容與學(xué)時(shí)分配本課程課內(nèi)實(shí)驗(yàn)學(xué)時(shí)為10學(xué)時(shí)，主要內(nèi)容如下：知識(shí)單元知識(shí)點(diǎn)學(xué)時(shí)課程目標(biāo)教學(xué)方式序號(hào)描述描述要求1常用基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的使用1.NCBI、DDBJ和EMBL中基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的使用和數(shù)據(jù)格式；理解21、

3、2、3講授操作2. NCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)查詢與下載方法；掌握2基因組中開放閱讀框與轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列分析1.使用ORFfinder預(yù)測(cè)基因組中的開放閱讀框；掌握41、2、3講授討論操作2.使用CpG Plot預(yù)測(cè)基因的CpG island位置；掌握3.使用PolyAH預(yù)測(cè)基因可能的轉(zhuǎn)錄終止的位置掌握4.使用PromotorScan尋找基因上游序列里可能的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控區(qū)域掌握3基因組密碼子偏好性及剪切位點(diǎn)的分析使用CodonW分析基因的密碼子使用偏好，了解密碼子偏好分析中各指數(shù)的含義掌握41、2、3講授討論操作練習(xí)兩種預(yù)測(cè)剪切位點(diǎn)的軟件的使用，NetGene2和Spidey掌握四、課程教學(xué)方法實(shí)驗(yàn)教學(xué)方法

4、包括：課前書寫預(yù)習(xí)報(bào)告、實(shí)驗(yàn)課老師講解示范操作、互動(dòng)討論實(shí)驗(yàn)方案、學(xué)生分小組協(xié)同或獨(dú)立參與操作、書寫實(shí)驗(yàn)報(bào)告等方面。重點(diǎn)培養(yǎng)學(xué)生實(shí)驗(yàn)操作技能和分析、解決專業(yè)問(wèn)題的能力。五、課程的考核環(huán)節(jié)基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)按15%占比記入平時(shí)成績(jī)；其中實(shí)驗(yàn)表現(xiàn)50%、實(shí)驗(yàn)報(bào)告50%，成績(jī)以“優(yōu)秀、良好、中等、及格和不及格”五個(gè)等級(jí)評(píng)定實(shí)驗(yàn)成績(jī)。實(shí)驗(yàn)成績(jī)?cè)u(píng)分標(biāo)準(zhǔn)如下：等級(jí)完成情況得分優(yōu)秀實(shí)驗(yàn)過(guò)程表現(xiàn)優(yōu)秀，實(shí)驗(yàn)報(bào)告內(nèi)容整齊清晰，結(jié)果分析全面90-100分良好實(shí)驗(yàn)過(guò)程表現(xiàn)較好，實(shí)驗(yàn)報(bào)告內(nèi)容完整，結(jié)果分析較為準(zhǔn)確80-89分中等實(shí)驗(yàn)過(guò)程表現(xiàn)一般，實(shí)驗(yàn)報(bào)告內(nèi)容較為完整，缺少結(jié)果分析70-79分及格有請(qǐng)假現(xiàn)象，實(shí)驗(yàn)過(guò)程表現(xiàn)一般，實(shí)驗(yàn)報(bào)告內(nèi)容馬虎，缺少結(jié)果分析60-69分不及格有曠課現(xiàn)象或未提交實(shí)驗(yàn)報(bào)告60分以下六、本課程與其它課程的聯(lián)系與分工先修課程和教學(xué)環(huán)節(jié)：分子生物學(xué)、基因工程、遺傳學(xué)后續(xù)課程和教學(xué)環(huán)節(jié)：本課程是生物技術(shù)專業(yè)生物信息技術(shù)方向的一門專業(yè)選修課程，適宜于已有分子生物學(xué)和遺傳學(xué)基礎(chǔ)的學(xué)生。本課程講授基因組學(xué)的基本技術(shù)和原理，同時(shí)講授基因組學(xué)中的熱點(diǎn)和最新進(jìn)展，以達(dá)到掌握一定的專業(yè)知識(shí)同時(shí)拓寬知識(shí)面的目的。通過(guò)學(xué)習(xí)使學(xué)生具備基因組學(xué)分析，能運(yùn)用基因組學(xué)知識(shí)分析鑒定重要的功能基因。培養(yǎng)學(xué)生分析處理大規(guī)模基因組數(shù)據(jù)的能力。七、建議教