DAVID使用方法介紹

1、 DAVID使用說明文檔DAVID簡介DAVID(theDatabaseforAnnotation,VisualizationandIntegratedDiscovery)的網址是。DAVID是生物信息數據庫，整合了生物學數據和分析工具，為大規(guī)模的基因或蛋白列表(成百上千個基因ID或者蛋白ID列表)提供系統綜合的生物功能注釋信息,幫助用戶從中提取生物學信息。DAVID這個工具在2003年發(fā)布，目前版本是。和其他類似的分析工具，如GoMiner,GOstat等一樣，都是將輸入列表中的基因關聯到生物學注釋上，進而從統計的層面，在數千個關聯的注釋中，找出最顯著富集的生物學注釋。最主要是功能注釋和信息

2、鏈接。二、分析工具：DAVID需要用戶提供感興趣的基因列表，在基因背景下，使用提供的分析工具，提取該列表中含有的生物信息。這里說的基因列表和背景文件的選取對結果至關重要。基因列表：這個基因列表可能是上游的生物信息分析產生的基因ID列表。對于富集分析而言，一般情況下，大量的基因組成的列表有更高的統計意義，對富集程度高的特殊Terms有更高的敏感度。富集分析產生的p-value在相同或者數量相同的基因列表中具有可比性。DAVID對于基因列表的格式要求為每行一個基因ID或者是基因ID用逗號分隔開?；蛄斜淼馁|量會直接影響到分析結果。這里定性給出好的基因列表應該具有的特點，一個好的基因列表至少要滿足以

3、下的大部分的要求：（1）包含與研究目的相關的大部分重要的基因（如標識基因）。（2）基因的數量不能太多或者太少，一般是100至10000這個數量級。（3）大部分基因可以較好的通過統計篩選，例如，在控制組和對照組樣品間選擇顯著差異表達基因時，使用的t-test標準:foldchanges=2&P-valueselistorinThegenomefunctionallysimilartothisgenegroup?AretheregTiesinmyInputgenelistnotbelo-r-iglngtoo蝕ebovegroups?圖2GeneFunctionalClassification的分析

4、結果Gene-Term2DHeatMamVlawctirfestoninggene*cerm菇socia耽tin卬引i料曰*reporieti)|correjjporrainggene-iernt科耳皿墟tionnocreportedyet電AnnotationT-erms呂、令務苗召樂*能-A*川)-?Sada*jshcrivnonof圖32-DView展示gene-term關系(3)FunctionalAnnotation該工具是DAVID最核心的分析內容，包含了三個子工具：FunctionalAnnotationChart該工具提供gene-term的富集分析。相比于其他富集分析軟件而言

5、，DAVID在該功能上最顯著的特點是，注釋范圍的可擴展性:從最初的GO注釋，擴展到現在超過40中的注釋種類，包括G0注釋，KEGG注釋，蛋白相互作用，蛋白功能區(qū)域，疾病相關，生物代謝通路，序列特點，異構體，基因功能總結，基因在組織里的表達和論文等。用戶可以根據需要選擇其中的某些或者所有種類的注釋信息。結果中以基因列表中富集的Terms為對象，將信息按照DAVID計算出來的p-value排列，同時鏈接指向更多的信息，見圖4。FunctionalAnnotationChartCuhrnl昶U生肌尬臥Cijnr*!-ntBiackqrcHjriifrHamas194DAVIDID呂.Paramete

6、rPanelEnrichmentEnrichedFunctionalP-valuesAnnotationsSiMviCfUsKoTviniVlRTSvtHriiCreateSubletkiln超5芒戈GOTERM_MFw4-GOTERMMFiGT!ftM_MF_*GCTTERMMFGCTTERH_MF_JtGOTERM.HFiGQTEftM仁*口G4DTERM_MF_AGOTERM.MF.*RfliuniOphofisHI451,4Bl4210.73.1E*501IS44二Qei24eu1-SE1RIJQ3-3E-3Bl11249.&E-1Hi5U12BI41.5Bl3-0E-2Ri.sA.3

7、-2圖4FunctionalAnnotationChart的分析結果FunctionalAnnotationClustering該工具使用類似于GeneFunctionalClassification工具的模糊聚類方法，基于注釋共同出現的程度作聚類，對被注釋上的Terms做聚類，即Terms被分成多組，并將給出聚類的分值。分值越高，代表該組內的基因在基因列表中越重要。同時還提供了2-DView，以熱圖形式展現聚類到同一組的基因和該組內各個Term之間的關系。結果中（見圖5）,即被注釋上的Terms作為聚類對象，用戶可以根據聚類的分值找到重要的Terms。FunctionalAnnotation

8、ClusterInglickandMawl(3p*pwiirMdrliicSMEiaiT43*il芒沁GOl!MWIB_iGQHFW_BP_UiirtJ.廿護eQ、里!*:詁01GOTli_eJP3GClfDV-ELP.SCWOdWW-fiefidmeRT廠1GCIiDUUrA曲*皿卿KI闊吠網U.F&tfrerrw-kinirEceocohiiyJunqgI2j2be-AnnotationClustersiIdentifiedbyDVIir3e-iME-】B*E*AnocuMfiOuelirrJmzwffe*re=M|C1MIJ-E1GQPLHJHBF_i0ClltftM_8P3戸白Bui白

9、fIBIHM日恆汨孑町訊j匸IT輕片：L:31.4E-37.36-1兒UE理L.ZE-33.W-ISE!l.二EMiOE-1口GrrRMHP4Qnatn,JcrEtJCE?uKI圖5FunctionalAnnotationClustering的分析結果FunctionalAnnotationTable該工具實現了基因的功能注釋，將輸入列表中每個基因在選定數據庫中的注釋以表格形式呈現。結果見圖6。01UOISJ9AU0Q9U99(17)畜海出&陽s|qejuoIeq.ouuv|euoiq.ounj9區(qū)|咕列話丄5ixjqdgunpunjMnpcJvrik4s：的$舁田弼甘2d環(huán)甲恥沖睪rj苓1冒

10、15W，沖ig（皿*14丄凸3二mm斗加口沖遼創(chuàng)討:吃tw川違總血中知t加回詢畑垃也wj腳窗林u阿由-SPTWflUCSTSSJOraffiiSKitOfE丫沁伽ATWIVdmMMOMIiLlil艸刪1M初INUsJI?!wT|fjWpK|打匚苗匕門31審H；”二E15站匕扭百苓二軀肩嚀13riPLjQ5：5；iTJW51J部3舊】丁-TT品嗣曲】邑汎已5535jK界善誘rOnKRm月KRflP*TWE5TWWJKDW界器U汕茶買“捉制片片桿曲品從阿G；515：.*,:.-EqpiJ-I：；啊；：h：:乍3帥q說上弟甘二罔筑;iij片亠乾#4衍豈iriE辭黑：品I；洋W八-二;-：；IHTO5

11、PDCXDPOBTPIW匚啟=二；廿-；;応u門二；丿門.匸耳二二$韓和山二疳嚴匚二育汨打說;20松由I*0乍*JvJ滯新航佔九$片F曲壯*憂紆沖齡卽爭一斗計：;rA；匚:殆:F話片4A禺摘UsuamgiaaSS5OHBI常楓73s$sirffiwnt&iHav口嚀劇amtiVhWizardwrg*IIHfavhHF1.hr!3-Oi-aosethegenelisttype!2.Clio-osetlietypeoFg:en-eID!Vploidenelistfaleh-ere_-UpIlaad專4sn4slls-lher!圖10上傳數據窗口在“List”標簽中，可以看到所有上傳的列表。在圖11

12、所示的右側中，選擇分析項。Analysiswizardantngtuafaroug盯1匚心etSlop1.SuGCMfuFly卵ttnlttoflgtn*lestCurcmSefieLpHdemolisiiCiifrAneftcfcgraijnuHomosapiens當Ifid2.Analyie9企nQlitWitllDAVIDJOD：IPlekHAmjotmPi.E口工丄刖GeneIlrCcmuwaionToolEl衛(wèi)engHaneBdtchHner圖11Lsit標簽和分析工具選擇窗口ghlhDAlHUh：；坦上占o&$theanalyseType!(1)選擇GeneNameBatchVie

13、wer這項分析,彈出的窗口顯示分析結果，即基因ID和對應的基因名稱、相關基因以及所屬物種。用戶可以據此初步判斷，列表中是否含有感興趣的基因（見圖12）。Species欄指向物種相關的ncbi信息網頁。GenenametransiatedGeneNameBatchViewer血逅擊圧監(jiān)爼話亜|-*一蚯GeneListReport圖12GeneNameBatchViewer分析結果點擊RelatedGenes欄中的RG，將會出現跟該彳丁基因功能相關的基因列表，如圖13所示的結果。Minimumiannurati&nsYeHflsVindicatesthegene曰w佃MGenerilguideli

14、neTOunderstandth&similarity&K自匸書擊scoreszhed.173|p4d111*.$此陽IHiji-vjx“rLB*itgeneFunctiDinallyrelatedgrKiftothqf“Ed,IX!LJHtarojAhjKdppmsccrw：messuroimentcritheJunrtian：alsimilaritybetweenbaitgensandthetu仃dtideadlyrelatedgene圖13功能相關基因列表（2）選擇“GeneIDConversionTool這項分析工具，在彈出窗口（見圖14）中,選擇目的標識類型，然后點擊“Submitt

15、oConversionTool”，彈出結果窗口，詳細說明見圖15。（參照網頁）圖14GeneIDConversionTool窗口iM&gn曲on飆“厲or*ntfcrises艸hMiM.nihGenenamesofconvertedgeneIDs5pc*eofmedgo戶色ID$CsnrijedgeneiUsersInputgeneIDsxUsersrcfeszisionf-or-amlcijLcusIDsLeftPanelRightPsnelSubnetthecorwertedenestoDAVIDxarotheransrf-tcjltooIBISuminarvTVMOB站FACTOQ,Jl

16、iPiU-lMIXKZD-仲iTElS$tinerGsdlEJKr*banL-unwirriwtuvllCHEtCTOOCOCMNETYt-QSPwI.吃ZJL冋igURs州:：toLZLi”i.gii01血ifI佛FGETSITEIStEd.HE曲J.HXJkTHE筒側HQUCUJELTjWWMCaXHCSFJTOWIJFTOtSLPEaFAMLirMEratflJ!hF.tiQnoccTiiKKih才!商.iFrnmt,TV-S3Crr3CHI.CHlra.M,*iW?LTMJBTJWELY人0EBEIX上L*CntHt-dm：1C.WTIMUS*hi%NfTRlCOXIDE5YKTHA5

17、424rEHOXlBUE,吃議TOC*TE耳a.PKCflSSFTnEMA-NIL*3HEMBfi.1Kli55-SFJATVS-5UIAE25WtpjLvrgn333S_S_ATBT5!-15.AT池.LS-AJr-料昨i氣”12占沖3GJLCdVII4sapkmRinputgeneisoavfdidsPychssificationconditionsgenegronpifnminimoutpu*：!占討31M唱rtgEt映幅亡即巧HowinopcrtantisthisgenegroupirmeruberssharerammenannotatiOHE：/Biology?Usersinptid

18、tgaie&wareclaiSfilFiedlhtothreebiggenefunctionalgroupsSaveEheoutputirnyourlocaldisk-Rerunu&irgopfio-ns3CluMw()4D3a5AT361Q3.ftT3l&6?J_AT*oe_Atrn&t!3ilsiBiicir,CiXJFATJ?T-ia_AT32tflSAT390-1,AT麗餵dldPiihiWrlt-5EfTHc*H*nRSc-ere札Bi買lu號匚KFier毎nMvT仇簟心口広anUno勺口曲匚門昭咗訂皈jj沖wiZKcrnhAsii口-3I3A-8I33e也7S-uncDweci啊r

19、bnestDEr-s-nc也Genesfwmyoul-MH5-vclve-Q.35探annclsrtioncategorysngmnhanReportDzLYfcKmwrmasltialEflgoHesc!M0=*_.Lrn沖Ijlfrx4UL-Jia-_33EmLiarHl-urEMIMliL一osb_?SFVAineac書wnrQpartln-LJSr5fl&dsz口nFedunn.msigirtIrlpprt2njnno箋onifzAFJ30srf-catego一rfiLnMbove17FunctionedAnnotationToo-Mslrr冊d_A孟brTtcholrt他portQf

20、lanrLOIlbTffntermsLLS巾-ei4aAFUnc-tiona-Annor+a-tionC-usr+erin%AFUnc-tiona-Annor+a-tionCharr+MAFUnc-tiona-Annor+a-tionTab-e21 選擇FunctionalAnnotationClustering這一項分析，可以對被注釋上的Terms做聚類，彈出結果見圖18，圖中綠色的圖標可以顯示2-Dview熱圖（詳見之前提到）。Theowerall已廠仃匚hmentGenelistbeinganaIyzecAgroupoftarmhavingsimilarbjologicalmeaning

21、一duetosharingsimilargenern&mbErsOustEringaptiansandstringencystoreortegroupbasedantheEASEscoresofeachFunctionalAnnotationteriog田OptlfllrfiLLESE亡旳i7EEISCrIISIsp-.pst.irvwMH匚LJf-IgTTniu_w.AU匚229DTrRH:_W_Al.LcktiKhChlriE-4.SP-_H*WOWEZ7c&-E-pr2ijie3選擇“Functional圖18FunctionalAnnotationClustering分析結果Annot

22、ationChart“這一項分析，可以實現Terms的富集分析。結果見圖19（具體說明見網頁）。MaximumEASEGenelistandpopulationbackground口旨口底analysedChartFuiictionalAnnotationCurrcntUciivLfrtSdMMlSt釘CurrtraTHddtiruind;VfQTFiO!*picn171DAV1IUKMinpnurnnumbert?fjjenSfarthe.corfespondinEtermScore/-VdljenumberofreairdperpageOpliant/VCuaftTh-rollclplCd

23、!ItRtiwiUsing|Crat4Subl9l：1ff&?wnBohadfile54.M3Is|Ifpnii!|:RTuafWa弓flLi4hrr&B-r|jgg_汩72?.5%3.0E-iadiQTFRVI匚匚ALL!SwPrKtWORD3n5P_PtR_KETrtXW&5耳5良0財ftDSU?_SQ_FEATU鐵叮化G帕*岀GOT_&P_MLPfFCKEVWWP?1-E.aisLOriginalda:abaas/resourcewherethetermsorffintEnncnedtermsassociadthyougenelistElitaatort13.7%11S-7HSaKfi.

24、JLC-4RIWT皿謁13：g犧L2E-3ftl31IS11Ij&ESfcl472?.5%3.7C-5EX*.W-9檔4.ZE*56.-5ET1RfishtcdTermSaarchGeresinvolvedinthetfffmia.AMqdifiPdFis血rEXRCtP-Valu&.EASEScoreThesmaller.費。moreP&rcrlAge.e*m/17LhB.2%eririched,(inyolvDdgerebotj-lgeres；圖19FunctionalAnnotationChart結果展示選擇“FunctionalAnnotationTable“這項分析，可以實現對基因的

25、所有選定數據庫注釋。具體結果見圖20。371_tUifdrcxyantiiranilnbe3,4-dioKYQEnajw;RelatedGenesHomoISOrecord(s)GOTERL1BPFATnt?nsdEnzYiTiismEtaUtlicmcz匯=”田門iinmEtabalic：cruiEiSjhEdmr葺bIuLHeitanWrEetabolk:MDDesEniiiotin廿Eiderutdfcioc唾左.匸口亡n:gj/EU也芯普rtbti匸ce亡亡込曾h:冇eiabioavritii七tic：uirioc&wnuduDtickbi口wnHrgiti匚匚=匚亡事占eilkjl匸

26、id111三舊匕口|匚口口hss*.-已壬口二門三已：匚in口qiarni：muh/iar-uh.已m口口仃玉巴EuecjiI1匸口nespnsetozincianr亡mdrniLi門iiurkciLiirvDlifLatRrriRtabclicctocrssmfactornriELabclic：；。匚esscofmctopbiogwnthRti匸dfcigslmoiciidiaiionneducdg【屮蘭|匚“弋Fum亡chtWF.r；亡-HiLmirprit亡亡.DAVIDBicinformaticsResources6.7National：InstituteofAllergyandInf

27、ectiousDiseases(NIATD.NIHFunctionalAnnotationTableCurrentGeneList:demolistlCurrentBakyrouradHomosapitiis155DAVIDTO5EjEllacpmE：匕比耳、仃二卜氏七op匚eem.cvriHiQElkmctidmniEtahaliL9c是三乩LTidinaimdtidfahEamhetk巳弋二屯三二.napniETabcikprocess.匸匕IIuIbfhuE匚匸就廿令0戈亡tDcdBrye亡hibclic?8匸亡勺苫口山尸前11&血巴砒訪匸口。85勺仃口日亡匚匕“五亡nud亡uwicl亡

28、endrut亡leotiikhiogYHthetitnudDba呂巳仃uclwc心dE-nuGlmotidEand廣utlEiizaciid帕匚匸丁門日-已”匚匚齊wlec生oluble1Gitmmin；bjiifivnltiBtiicnno匚包的“htjEECEtmtkdb匸e孰ueIIuI茁羽怕甘EEtabDli匸Dmce證dirm匕c、珂litmwidEBtaboli匸dfocewe,nitemn匚口EpaunHbi口myrikhefa匚口口=$匸曰bcijfdii：日匚idbi口匕目口出曰：1匚prx疋晁sniizuhn曰miT巴nucl已上i日亡Ee日EhdIi匚匚口匚已nespar

29、s已卜口GOTERM_CC_FiMGQTERMMFFAT匚HIhnm.EGM匕I亡尸5匚-二口.mi：匸匚hunb：.rr”!：口廠卜endr刨已nv亡1匚匚亡.m.R.mt上I汜r七血如宀門今.m*:匚己：匸門仍|m上m匕弓亡一叮日-蘭：1亡孟=*遵I匚:士三甘亡1二匚亡.二hiziiWird1日討.3-hirdrmcvBnLhirariilfate*二.心日1二卞箏口已門占6!auti曾ityirrtn1口門binTin口”.F巴-口口占ircrihindincl巴I已已口口caie-a匚liuil:i,.me1日口ieductBm日匚“新出，日:iiuon旦門MedoTD苗扁計inCjBrugrmiioiiofme伯cuI日廣口x滬口曰h口罠idcr&du匚怕三己日iaclin口oe百門口1已done勒捕由ir*亡OFDQFaftior1cFEule；匚ulr*oxw口匕in匚口口幺廿tion&twoofoyvnrrLoxx亡