認(rèn)識PubMed讓它融入您的科研

1、認(rèn)識PubMed 讓它融入您的科研學(xué)科館員：周成效主要內(nèi)容一、 認(rèn)識PubMed二、 PubMed 檢索入門三、PubMed高級檢索四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索五、PubMed其他功能六、PubMed個性化服務(wù)Web of Science您的選擇？Google ScholarPubMedScopusScirus一、認(rèn)識PubMed/一、認(rèn)識PubMedPubMed與NCBI數(shù)據(jù)庫的關(guān)系圖一、認(rèn)識PubMed標(biāo)引質(zhì)量高更新速度快信息量大使用方便選擇PubMed的n個理由一、認(rèn)識PubMedPubMedABDCMedlineOldMedlineIn Process CitationsRecor

2、d supplied by publisher一、認(rèn)識PubMedOLDMEDLINE: 收錄了19501965年間的美國醫(yī)學(xué)索引（IM）中的題錄。In Process Citations :是臨時性的數(shù)據(jù)庫，收錄準(zhǔn)備進(jìn)行標(biāo)引的題錄和文摘信息，每天都在接受新的數(shù)據(jù)，進(jìn)行文獻(xiàn)的標(biāo)引和加工，每周把加工好的數(shù)據(jù)加入到Medline中，同時從In Process Citations庫中刪除。In Process Citations中的記錄標(biāo)有PubMed - in process的標(biāo)記。Record supplied by publisher：出版商將期刊文獻(xiàn)信息電子版提供給PubMed后，每條記錄都

3、標(biāo)有PubMed-as supplied by publisher的標(biāo)記，這些記錄每天都在不停地向In Process Citations庫中傳送，加入到In Process Citations后，原有的標(biāo)記將改為PubMed- in process的標(biāo)記。Medline：是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（U.S.National Library of Medicine）最重要的書目文摘數(shù)據(jù)庫，內(nèi)容涉及醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、牙科學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生保健和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)。收錄了全世界70多個國家和地區(qū)的5000余種生物醫(yī)學(xué)期刊，書目文摘條目1500萬余條，時間起自1966年。標(biāo)有PubMed - indexed for ME

4、DLINE的標(biāo)記一、認(rèn)識PubMed檢索提問區(qū)文獻(xiàn)匹配臨床咨詢特定主題咨詢期刊檢索主題檢索高級檢索一、認(rèn)識PubMed2.1 單著者檢索2.1.1 鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母全寫或縮寫 如: Alving c Fauci as koltilil s Geneau Wong julia s Ryan, james2.1.2 利用高級檢索中的“Author”檢索, 選下拉選項定位二、PubMed檢索入門2.3.1直接輸入您所要檢索的關(guān)鍵詞或主題詞, 英文單詞或短語（大寫或小寫均可）, 詞匯自動轉(zhuǎn)換功能進(jìn)行檢索，并將檢索結(jié)果直接顯示在主頁下方。 如: sleep walking cause2.2

5、 著者與主題聯(lián)合檢索2.2.1 直接輸入作者姓名與主題詞, 不用AND 如: dodick dw migraine2.3 單主題檢索二、PubMed檢索入門2.4 期刊檢索2.4.1 輸入期刊名，ISSN，Medline jounal title abbreviation 如: molecular biology of the cell cellta 1087-01562.4.2 用single citation matcher中的期刊名稱檢索2.4.3 用journal database檢索二、PubMed檢索入門2.5 日期或日期范圍檢索2.5.1 日期的錄入格式為YYYY/MM/DD2.

6、6 檢索期刊子集（輯）2.6.1 檢索詞AND jsubset 數(shù)據(jù)庫首字母?？晒z索的期刊子庫有3種，分別使用進(jìn)行限定。 Abridged Index Medicus(有120種重要核心醫(yī)學(xué)期刊) Dental Nursing 如：neoplasms AND jsubseta二、PubMed檢索入門2.7 檢索帶文摘的記錄2.7.1 檢索詞AND has abstract, 要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE記錄中沒有文摘 如: liver cancer AND has abstract二、PubMed檢索入門2.8.1 布爾邏輯運算符(AND, OR, NOT) 如：On

7、cology AND (treatment OR research )2.8.2 截詞符( * ) 如: bacter*2.8.3 詞組檢索 ( “ ”) 如: “Single cell”2.8.4 通配符( ? ) 如: “en?oblast”2.8 組配/截詞/短語檢索二、PubMed檢索入門2.9 PubMed檢索字段標(biāo)識二、PubMed檢索入門1默認(rèn)SUMMARY（簡要格式）顯示2可標(biāo)記后點擊Display Settings鍵3默認(rèn)每頁顯示20條4最多一次可保存10000條記錄5可用瀏覽器的打印功能2.10 PubMed檢索結(jié)果顯示及處理二、PubMed檢索入門二、PubMed檢索入門

8、2.11 PubMed基本檢索舉例Clinical cancer research 2009diabete AND jsubsetn“embryonic stem cell*”swine flu* OR swine influ* OR H1N1 OR SIV二、PubMed檢索入門 1明確所要檢索的內(nèi)容。 先分析這一問題中的關(guān)鍵詞語，主要由維生素C，和普通感冒構(gòu)成。即VITAMIN C和COMMON COLD。 2分析所要檢索的兩個相關(guān)詞語的關(guān)系。 根據(jù)我們的日常生活經(jīng)驗，可以將兩個關(guān)鍵詞之間的關(guān)系定義為“AND”, 在檢索框內(nèi)鍵入“VITAMIN C” AND COMMON COLD2.12

9、 PubMed基本檢索演示檢索課題一 維生素C對于普通感冒的防治作用二、PubMed檢索入門檢索課題二 檢索2000-2005年以后有關(guān)Crohn病藥物治療研究的文獻(xiàn)Crohn DiseasemhAND drug therapy sh AND 2000：2005 edat二、PubMed檢索入門2.12 PubMed基本檢索演示君欲善其事必先利其器三、PubMed高級檢索檢索事半功倍Clipboard HistoryPreview/IndexLimitsDetails檢索框三、PubMed高級檢索明確你所要檢索的關(guān)鍵概念及詞語，即關(guān)鍵字考慮到關(guān)鍵字的類似說法，即有可能出現(xiàn)的同義詞檢索要訣通過限

10、定等，精煉你的檢索范圍通過布爾（BOOLEAN）運算來提高你的效率多向有經(jīng)驗的人求教PubMed三、PubMed高級檢索 3.1 Limit在這里可以進(jìn)行以下設(shè)定： 將搜索范圍設(shè)定在一個特定的域。將搜索范圍設(shè)定在特定的年齡組、性別組、人類或動物學(xué)范圍。也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型,如綜述 設(shè)定只搜索包含摘要的文獻(xiàn)。設(shè)定搜索Entrez數(shù)據(jù)庫或Publication數(shù)據(jù)庫。設(shè)定搜索范圍為PubMed數(shù)據(jù)庫的某一子數(shù)據(jù)庫（如Abridged Index Medicus 或AIDS相關(guān)的條目）。 需要注意的是：限制了出版物類型、年齡、人或動物、性別中的任何一項，檢索將只在Me

11、dline中進(jìn)行檢索（因為這些特征限制只有Medline中才有）。三、PubMed高級檢索在三方面選擇:Journal GroupTopicsMore Subsets出版物類型選擇語種選擇年齡選擇性別選擇人或動物實驗選擇三、PubMed高級檢索在按下Preview按鈕之后，我們可以進(jìn)行的設(shè)定有：在顯示條目之前顯示所查到的文獻(xiàn)數(shù)。隨時通過增加查詢單詞來修改查詢方案。 在特定的搜索域中向方案里加入查詢詞。從Index中查看并選擇詞語來修改查詢方案。在你修改查詢時查看方案。注：preview預(yù)覽檢索方案在pubmed新版已歸入search history中顯示3.2 Preview/Index三、P

12、ubMed高級檢索看到最近100次的查詢結(jié)果。如果兩次查詢內(nèi)容相同，PubMed會將頭一次的去除。當(dāng)點擊 Clear History可以將History中的所有內(nèi)容清除3.3 History三、PubMed高級檢索3.4 Clipboard貼板可以幫助你保存或查看在一個或多個查詢中選擇的條目?？梢源蛴?、保存、訂購剪貼板中的內(nèi)容。條目復(fù)選框選中，單擊“send to clipboard”就可以將其加入剪貼板中。剪貼板中最大的儲存數(shù)是500條。剪貼板中的內(nèi)容在8小時內(nèi)沒有任何操作，將會自動消失。三、PubMed高級檢索 3.5 Details 即在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動地轉(zhuǎn)換成了哪

13、些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。三、PubMed高級檢索Result區(qū)顯示檢索結(jié)果的記錄總數(shù)，點擊這個數(shù)字，可回到檢索結(jié)果顯示屏Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細(xì)情況Database區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫User Query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式對檢索策略進(jìn)行編輯三、PubMed高級檢索文獻(xiàn)太多，如何保證查全和查準(zhǔn)？四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索何為MeSH？MeSH是Medical Subject Headings的縮略詞，即醫(yī)學(xué)主題詞，是用規(guī)范化的醫(yī)學(xué)術(shù)語來描述生物醫(yī)學(xué)概念。論述文獻(xiàn)中心的主題詞稱主要主題詞論述主題某一方面的內(nèi)容的詞稱為副主題詞 Mesh詞表幫助

14、您！4.1 MeSH Database的運用四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索詞義解釋四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索副主題詞四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索主題詞之間的邏輯關(guān)系選擇四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索檢出結(jié)果限定在主要主題詞可提高查準(zhǔn)率限制擴展檢索，只需檢索單個主題詞四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索在 MeSH Database 中查找關(guān)鍵詞 ?如何聯(lián)合檢索兩個 MeSH Terms ?如何在 MeSH Database 中利用副主題檢索 ?4.2 MeS

15、H檢索實例演示四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索4.2 MeSH檢索實例演示例一nosebleed例二measles outbreaks例三measles outbreaks statistics四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索五、PubMed其他功能實現(xiàn)單篇文章的一對一檢索實現(xiàn)多篇文章的一次性檢索一次最多可檢索PubMed中100條文獻(xiàn)紀(jì)錄, 獲得文獻(xiàn)的PMID選擇相應(yīng)類別選擇檢索范圍檢索結(jié)果更加貼近臨床的需要五、PubMed其他功能限定于各類不同的醫(yī)學(xué)臨床主題進(jìn)行檢索五、PubMed其他功能實現(xiàn)PubMed與核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫、基因組數(shù)據(jù)庫、分類學(xué)數(shù)據(jù)、圖書等數(shù)據(jù)庫之間的多向鏈接,多向查

16、詢五、PubMed其他功能與PubMed建立聯(lián)系的網(wǎng)站，如某篇文獻(xiàn)所對應(yīng)期刊的出版商，文獻(xiàn)全文、相關(guān)數(shù)據(jù)庫及網(wǎng)站等。五、PubMed其他功能五、PubMed其他功能eUtils(Entrez Programming Utilities) 通過eUtils 這個程序設(shè)計模塊, 可以通過我們自己設(shè)計的應(yīng)用程序平臺, 獲取NCBI 數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù), 從而實現(xiàn)這些數(shù)據(jù)資源的深度開發(fā)使用。實現(xiàn)自動化的大批量的從Entrez數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)。并且提供了幾種常用的語言以供選擇，像Perl, Python, Java, 和 C+等。五、PubMed其他功能免費期刊的獲取PubMed提供了免費全文期刊網(wǎng)址 Pubm

17、ed Central /向作者索要作者主頁五、PubMed其他功能六、PubMed的個性化服務(wù)保存檢索式(生成URL或HTML實現(xiàn)共享)檢索結(jié)果的分類過濾特定功能的參數(shù)設(shè)置六、PubMed的個性化服務(wù)經(jīng)由2000多位專家學(xué)者的評價推薦，提供目前世界上最重要的生物學(xué)論文資訊及研究趨勢。特色是收錄每篇具有科學(xué)價值的文獻(xiàn)，而考慮這些文獻(xiàn)在哪在些期刊里發(fā)表PubMed里檢索出最核心的文獻(xiàn)Faculty of 1000與pubmed的完美結(jié)合六、PubMed的個性化服務(wù)PubMed快速檢索功能的實現(xiàn)NCBI Search Toolkit安裝NCBI Search Toolkit劃詞右擊直接進(jìn)行pubme

18、d檢索六、PubMed的個性化服務(wù)PubMed其實還有更加豐富多彩的內(nèi)容等著你去挖掘查閱各種健康疾病相關(guān)的主題，醫(yī)藥信息。還有一部非常完善的在線醫(yī)學(xué)詞典。此外，你還可以瀏覽到很多有用的健康新聞。六、PubMed的個性化服務(wù)GoPubMed是德國Transinsight公司和德國德累斯頓大學(xué)合作，利用生物信息學(xué)相關(guān)知識開發(fā)的一個可以對PubMed檢索結(jié)果進(jìn)行探索、分析的工具。六、PubMed的個性化服務(wù)四個“W”分析功能六、PubMed的個性化服務(wù)時間分析國家分析六、PubMed的個性化服務(wù)城市分析刊物分析六、PubMed的個性化服務(wù)作者分析主題分析六、PubMed的個性化服務(wù)研究態(tài)勢地區(qū)分布圖六、PubM