化學(xué)化工軟件origin2.等多個(gè)文件-第七次

（1）菜單欄菜單欄共有11個(gè)下拉菜單，每一個(gè)下拉菜單中都包括相應(yīng)

令。其中如果相應(yīng)

令前有√，則該條命令已經(jīng)被執(zhí)行；若命令后有角表示該指示條有子菜單；指示條灰色表示該命令未激活。ChemDraw的菜單欄“File”菜單命令文件命令的下拉菜單包含三大模塊1.ChemDraw模塊——化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖是世界上最受歡迎的化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖，是國(guó)際上

期刊指定的格式。2.Chem3D模塊——分子構(gòu)型與仿真分析具有完整的界面及功能，提供工作站級(jí)的3D分子輪廓圖及分子軌道特性分析，并和數(shù)種量子化學(xué)結(jié)合在一起。3.ChemFinder模塊——化學(xué)信息搜尋整合系統(tǒng)智能型的快速化學(xué)搜索引擎?？梢越⒒瘜W(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)、

及搜索，也可以使用現(xiàn)成的化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。2.2

ChemDraw的使用2.2.1

概述2.2.2

化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖2.2.3

ChemNMR-核磁譜的計(jì)算2.2.4

ChemProp-分子物理化學(xué)性質(zhì)計(jì)算和標(biāo)準(zhǔn)命名2.2.5

原子軌道和分子軌道圖的制作ChemDraw可在Win9X/Win2000/WinXP下運(yùn)行。雙擊相似，依提供，程序打開(kāi)后，窗口主界面與一般Windows次為菜單欄、

和文檔區(qū)以及狀態(tài)欄，了很多常用的化學(xué)分子及化學(xué)鍵。使用時(shí)只用鼠標(biāo)點(diǎn)一下

中所需工具，移動(dòng)鼠標(biāo)到編輯區(qū)后，鼠標(biāo)指針變?yōu)椤?”，再在文檔區(qū)的合適位置點(diǎn)擊鼠標(biāo)，則分子結(jié)構(gòu)式就會(huì)出現(xiàn)，使用十分方便支持Windows剪貼板，所有結(jié)構(gòu)式可以方便地剪貼到Word文檔中，而當(dāng)要修改時(shí)，只需在Word文檔中雙擊結(jié)構(gòu)式，即可打開(kāi)ChemDraw進(jìn)行修改。ChemDraw是ChemOffice中使用最為頻繁的組件2.2.1

概述ChemDraw奉行的理念是：化學(xué)家能懂的，

ChemDraw也應(yīng)該能懂結(jié)構(gòu)主格式欄繪圖區(qū)模板菜單欄狀態(tài)欄主界面套索實(shí)鍵

雙鍵

虛鍵

切割鍵切割楔鍵黑體鍵黑體楔鍵空心楔鍵波浪鍵表格長(zhǎng)鏈環(huán)丙烷環(huán)環(huán)戊烷環(huán)環(huán)庚烷環(huán)

環(huán)己烷椅式環(huán)戊二烯環(huán)蓬罩橡皮文本筆箭頭軌道繪圖元素基元化學(xué)符號(hào)弧形原子反應(yīng)模板環(huán)丁烷環(huán)環(huán)己烷環(huán)

環(huán)辛烷環(huán)

環(huán)己烷椅式苯環(huán)H2NCH

CCH2OHONNHOHHOOHHHOHOHHHOHOHOOHHHOHOHHHHOH繪制與編輯典型化學(xué)物質(zhì)結(jié)構(gòu)式（1）鍵工具：主工具圖標(biāo)板上提供了九個(gè)鍵操作令，其中雙鍵命令板中的子菜單中還包括12個(gè)鍵命令。利用鍵工具進(jìn)行結(jié)構(gòu)繪制操作的基本操作：首先在命令面板中選取鍵命令，繪制的基本操作是“點(diǎn)位”、“拖動(dòng)”和

“點(diǎn)擊”。繪制分子結(jié)構(gòu)的基本操作①鍵的產(chǎn)生：點(diǎn)位后，向某個(gè)方向拖動(dòng)可以產(chǎn)生。直接單擊，產(chǎn)生所選擇類(lèi)型的化學(xué)鍵，連續(xù)點(diǎn)擊兩鍵相連默認(rèn)角度為120度。點(diǎn)位位于一鍵的起點(diǎn)（顯示小藍(lán)塊），沿鍵拖動(dòng)會(huì)產(chǎn)生重鍵。點(diǎn)位為于鍵中間，單擊同樣可以產(chǎn)生重鍵（三鍵點(diǎn)擊后變單鍵）。官能團(tuán)或元素符號(hào)的輸入②元素符號(hào)的輸入：③鍵及元素文本屬性的設(shè)置：目標(biāo)設(shè)置窗口（2）環(huán)工具：主工具面板中提供了10種環(huán)工具命令，其中在模板命令中還有芳香化合物模板和雙環(huán)模板可以繪制環(huán)狀化合物。環(huán)的繪制面板中選取相應(yīng)的環(huán)命令后，直接在繪制區(qū)點(diǎn)擊可產(chǎn)生相應(yīng)的環(huán)。點(diǎn)住鼠標(biāo)左鍵不放，拖動(dòng)鼠標(biāo)可以對(duì)環(huán)的大小，放置的角度進(jìn)行改變。環(huán)己烷的椅式構(gòu)型直接點(diǎn)擊為水平放置，按Shift鍵點(diǎn)擊可由水平變?yōu)榇怪?。在面板中任選一環(huán)命令，按Ctrl鍵點(diǎn)擊，可以在環(huán)中產(chǎn)生不定域共軛圈。環(huán)的連接選擇鍵命令或環(huán)命令，直接在環(huán)的任何一個(gè)節(jié)點(diǎn)處點(diǎn)擊或拖動(dòng)可以實(shí)現(xiàn)鍵的連接或環(huán)與環(huán)的點(diǎn)連接。選擇環(huán)的一個(gè)節(jié)點(diǎn)，按住鼠標(biāo)左鍵，從一個(gè)節(jié)點(diǎn)拖至另一個(gè)節(jié)點(diǎn)，可以實(shí)現(xiàn)環(huán)與環(huán)的雙點(diǎn)連接。元素符號(hào)的輸入與目標(biāo)參數(shù)的設(shè)置與鍵操作類(lèi)似，同樣在“Structure”菜單中可以對(duì)選擇的鍵的屬性進(jìn)行設(shè)定。（3）鏈工具①鏈的繪制選取長(zhǎng)鏈工具，在需要進(jìn)行的連接原子或環(huán)上點(diǎn)擊或拖動(dòng)可產(chǎn)生鏈；同時(shí)彈出鏈長(zhǎng)

框，可以選擇增長(zhǎng)鏈的長(zhǎng)度。鏈長(zhǎng)框②鏈屬性的設(shè)置（4）化合物結(jié)構(gòu)繪制示例CH3H3CCH3CH3CH3H3CCH33H

CCH3CH3胡蘿卜素結(jié)構(gòu)連接點(diǎn)及單鍵的產(chǎn)生圖4-14長(zhǎng)鏈的生成結(jié)構(gòu)的及旋轉(zhuǎn)兩個(gè)結(jié)構(gòu)的連接連接前的胡蘿卜素結(jié)構(gòu)繪制化學(xué)反應(yīng)方程式1反應(yīng)物結(jié)構(gòu)式的繪制普通分子結(jié)構(gòu)的繪制離子結(jié)構(gòu)的繪制結(jié)構(gòu)的繪制結(jié)構(gòu)的繪制方程式的建立2箭頭的選擇利用繪圖工具選擇合適的陰影框罩住方程式（3）化學(xué)反應(yīng)方程式繪制舉例乙酰水楊酸又稱(chēng)為阿司匹林，為常用的退熱鎮(zhèn)痛藥物。最常用的方法是將水楊酸與乙酐作用，生成乙酰水楊酸。乙酰水楊酸OHOOCCH3COOH(CH3CO)270°C80°C

15min水浴COOH修改得到的乙酰水楊酸結(jié)構(gòu)式乙酰水楊酸反應(yīng)方程式模

板箭頭、軌道、繪圖元素、括弧、化學(xué)符號(hào)、詢(xún)問(wèn)工具模板氨基酸模板芳香族、雙環(huán)、生物藝術(shù)模板玻璃儀器模板構(gòu)象異構(gòu)體模板環(huán)戊二烯、環(huán)烷模板DNA、RNA模板官能團(tuán)模板己糖模板苯環(huán)模板多面體模板立構(gòu)中心模板超分子模板垂直 上的【模板】按鈕包含了常用的和重要的模板如多種較復(fù)雜的分子種類(lèi)和玻璃儀器模板繪圖實(shí)例繪制阿司匹林結(jié)構(gòu)式OOHOOaspirin

利用模板按左圖繪制出簡(jiǎn)式；單擊選取框按鈕，選中畫(huà)好的阿司匹林結(jié)構(gòu)式；執(zhí)行【Structure】/【Clean

UpStructure】菜單命令，整理圖形到最佳狀態(tài)。圖形存盤(pán)ChemDraw文件的擴(kuò)展名為“cdx”，執(zhí)行【File】/【Save

As】菜單命令，即可保存。圖形的旋轉(zhuǎn)與縮放檢查結(jié)構(gòu)錯(cuò)誤和整理結(jié)構(gòu)式根據(jù)化合物名稱(chēng)得到結(jié)構(gòu)式根據(jù)結(jié)構(gòu)得出化合物命名核磁

化分子結(jié)構(gòu)估計(jì)性質(zhì)元素周期表符號(hào)、字體和顏色快捷菜單和快捷鍵繪制化學(xué)反應(yīng)式繪制實(shí)驗(yàn)裝置移執(zhí)行【Structure】/CheckStructure】功能自動(dòng)執(zhí)行執(zhí)行【Structure】/【Convert

Name

to

Structure】菜單命令如aspirin、EDTA、morphine、2-acetoxybenzoic

acid等2.2.2

結(jié)構(gòu)繪制功能1.簡(jiǎn)單的無(wú)機(jī)反應(yīng)式和有機(jī)分子式有所增ChemDraw中可以 輸入反應(yīng)式文本，在應(yīng)用“Formula”進(jìn)行優(yōu)化，其Formula格式化的智能程度較其他強(qiáng)。2.

（

）投影式3.Haworth（

）投影式4.

（紐曼）投影式5.

化學(xué)1.（）投影式文本工具單鍵工具下圖為葡萄糖分子的投影式首先使用單鍵繪制工具建立主碳

，重點(diǎn)是要確保下一個(gè)單鍵緊接在上一個(gè)單鍵的下面（鼠標(biāo)會(huì)提示）。完成后仍然使用單鍵繪制工具建立其他C—H和C—OH鍵，也要保證每個(gè)鍵之間的 點(diǎn)，最后使用文本輸入工具輸入文字，View菜單的

ysisWindow功能可以提供一些當(dāng)前結(jié)構(gòu)的簡(jiǎn)單信息這根直線其實(shí)是五個(gè)單鍵連起來(lái)的2.Haworth（

）投影式下圖為α-D-葡萄糖的Haworth投影式繪制這個(gè)圖形使用單鍵、文本、楔鍵等工具和對(duì)象的旋轉(zhuǎn)、縮放等操作首先建立一個(gè)六元環(huán)（環(huán)己烷），選中六元環(huán)并旋轉(zhuǎn)90度（用鼠標(biāo)或Object菜單的Rotate命令），用文本輸入工具把六元環(huán)中的一個(gè)碳原子變?yōu)檠踉?，然后使用單鍵

建立其他化學(xué)鍵。關(guān)鍵在于第五個(gè)碳原子的向下方向的鍵，為了避免與其他鍵交叉需要按住Alt鍵再繪制。接著選中整個(gè)圖形，按住Shift鍵進(jìn)行縮放（不對(duì)稱(chēng)縮放），把高度縮小至

50%，用文本輸入工具輸入相應(yīng)的基團(tuán)，再用楔鍵工具修改即可使用單鍵工具按住Alt鍵繪制，適當(dāng)減少長(zhǎng)度以免與下面的鍵接觸3.

（紐曼）投影式投影式繪制相對(duì)比較簡(jiǎn)單。關(guān)鍵在于化學(xué)鍵的疊放順序（圖層相互覆蓋的問(wèn)題），方法是選中一部分對(duì)象，按鼠標(biāo)右鍵選擇Send

to

Back和Bring

to

Front以改變其層次關(guān)系。4.化學(xué)下圖中的四個(gè)結(jié)構(gòu)式是同一種物質(zhì)第二個(gè)圖形是使用Object菜單的ShowStereochemistry命令建立的第三個(gè)圖形是第二個(gè)圖形水 轉(zhuǎn)的結(jié)構(gòu)第四個(gè)圖形是第三個(gè)圖形垂直旋轉(zhuǎn)180度的結(jié)果為了出現(xiàn)Rotate180Vertical，這個(gè)菜單項(xiàng)需要同時(shí)按住Alt鍵2.2.3

ChemNMR-核磁譜的計(jì)算ChemDraw提供了核磁位移的估計(jì)計(jì)算，可以在選定分子后在Estimate菜單選擇1H

NMR

Shift或1CNMRShift，相應(yīng)給出分子各個(gè)H或C的位移。列表給出詳細(xì)資料：心血管藥物心得安（propranolol）執(zhí)行【Structure】/【Predict1H-NMR-Shift】菜單命令執(zhí)行【Structure】/【Predict13C-NMR-Shift】菜單命令分別執(zhí)行【View】/【Show ysis

Window】和【View】/【Show

Chemical

Properties

Window】菜單命令執(zhí)行【View】/【ShowPeriod

Table

Window】菜單命令，并可以得到該元素的物理性質(zhì)利用實(shí)驗(yàn)儀器模板工具1和實(shí)驗(yàn)儀器模板工具2進(jìn)行實(shí)驗(yàn)裝置的繪制，在模板中選擇所需的實(shí)驗(yàn)儀器，單擊產(chǎn)生相應(yīng)的玻璃儀器。玻璃儀器連接處為陰影。通過(guò)旋轉(zhuǎn)選擇框改變角度和大小進(jìn)行玻璃儀器的連接。示范圖例見(jiàn)下圖4-24。繪制實(shí)驗(yàn)裝置圖執(zhí)行【View】/【Other

Toolbars】/【Clipware，Part1或Part2】菜單命令可以用磨口玻璃儀器接插件迅速搭建化學(xué)反應(yīng)裝置2.2.4

ChemProp——分子物理化學(xué)性質(zhì)計(jì)算和標(biāo)準(zhǔn)命名命名示例圖示表ChemDraw繪制軌道的方法是使用軌道繪制工具箱，這個(gè)工具箱能夠繪制s軌道、σ軌道、單瓣軌道、p軌道、雜化軌道、d軌道和dz2軌道。每種軌道都包括有三種填充類(lèi)

型：背景色、陰影和純色，具體的顏色則可以自己設(shè)置。下圖是一個(gè)例子：原子軌道圖與分子軌道圖的制作2.

3

Chem3D的使用Chem3D是與ChemDraw配合使用的

，主要是為了打開(kāi)三維結(jié)構(gòu)，再使用各種量子化學(xué)

計(jì)算和

該結(jié)構(gòu)的各種性質(zhì)。構(gòu)Chem3D中α-D-葡萄糖的顯示效果圖垂直模型窗口旋轉(zhuǎn)柄旋轉(zhuǎn)柄旋轉(zhuǎn)柄線狀模型

棒狀模型

球棍模型

圓柱鍵模型比例模型建立3D模型的方法利用鍵工具建立利用文本工具建立使用子結(jié)構(gòu)建立使用模板建立利用子結(jié)構(gòu)建立3D模型子結(jié)構(gòu)模型庫(kù)使用模板建立3D模型利用模板建立富勒烯3D模型中改變?cè)匦蛱?hào):首先選中模型。執(zhí)行“Edit”菜單中的“Select

All”命令或ctrl+A快捷鍵；然后整理結(jié)構(gòu)，執(zhí)行“Tools”菜單中的“CleanUpStructure”菜單命令。使用垂直

的工具，雙擊需要改變序號(hào)的出輸入框，輸入原子序號(hào)，按回車(chē)鍵完成原子序號(hào)的更改。改變?cè)?雙擊需要改變?cè)胤?hào)的

出輸入框，輸入元素符號(hào)，按回車(chē)鍵完成原子序號(hào)的更改。若原子的三維結(jié)構(gòu)中顯示孤對(duì)電子，執(zhí)行關(guān)閉“Tools”菜單中的“Show

H’s

ans

Lp’s”命令，可不顯示氫原子和孤對(duì)電子。改變?cè)匦蛱?hào)與替換元素ChemDraw結(jié)構(gòu)式與3D模型間的轉(zhuǎn)換

ChemDraw結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換為3D模型選中結(jié)構(gòu)式，

到3D窗口中，自動(dòng)轉(zhuǎn)變成3D模型。

直接打開(kāi)ChemDraw文件在3D窗口中執(zhí)行【File】/【Open】菜單命令，在【文件類(lèi)）”類(lèi)型，單擊型】窗口中選中“ChemDraw（*.cdx,*“打開(kāi)”按鈕打開(kāi)文件。

3D模型轉(zhuǎn)換為平面結(jié)構(gòu)式選中3D模型，執(zhí)行【Edit】/【Copy

As】/【chemDrawStructure】菜單命令，

該模型粘貼到ChemDraw窗口中。以乙烯為例，首先使用文本輸入工具輸入分子式CH

2CH

2，則會(huì)自動(dòng)生成3D的乙烯分子，然后使用

yze菜單的Extended

Huckel

Surfaces功能，再使用View菜單的MolecularOrbitals（顯示各種分子軌道），出現(xiàn) 框后可以選擇顯示HOMO還是LUMO，根據(jù)參數(shù)的不同產(chǎn)生的軌道形狀不同，還可以選擇不同的表面顯示效果。整理結(jié)構(gòu)與簡(jiǎn)單優(yōu)化執(zhí)行【Edit】/【Select

All】菜單命令，將模型全部選中；執(zhí)行【Tools】/【Clean

UpStructure】菜單命令，整理結(jié)構(gòu)執(zhí)行【MM2】/【Minimize】菜

單命令，彈出【Minimize

Energy】框。單擊RUN按鈕開(kāi)始對(duì)模型進(jìn)行優(yōu)化，最終給出能量最低狀態(tài)。顯示3D模型信息將鼠標(biāo)移動(dòng)至3D模型的原子上，會(huì)彈出一個(gè)窗口顯示該原子的相關(guān)信息；將鼠標(biāo)移動(dòng)至3D模型的化學(xué)鍵上，會(huì)彈出一個(gè)窗口顯示該化學(xué)鍵的相關(guān)信息，包括鍵長(zhǎng)、鍵級(jí)等。

按住【Shift】鍵不動(dòng)，用鼠標(biāo)順序選中連續(xù)的3個(gè)原子，然后將鼠標(biāo)停留在任一個(gè)原子上，即可顯示這3個(gè)原子形成的鍵角；要顯示更詳細(xì)的信息，可執(zhí)行【

yze】/【Show

Measurements】/【ShowBond

Lengths】菜單命令下圖是選擇LUMO（N=7）的顯示效果2.4

ChemFinder的使用概述ChemFinder是一個(gè)智能型的快速化學(xué)搜尋引擎，所提供的ChemInfo是目前世界上最豐富的數(shù)據(jù)庫(kù)之一，他可以從本機(jī)或網(wǎng)上搜尋分子結(jié)構(gòu)文件。根據(jù)結(jié)構(gòu)式檢索根據(jù)分子式檢索根據(jù)化學(xué)名稱(chēng)檢索根據(jù)相對(duì)分子量檢索使用化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)查找免費(fèi)網(wǎng)絡(luò)資源2.4.2

根據(jù)結(jié)構(gòu)式檢索ChemFinder自帶多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，其擴(kuò)展名為“sfw”

啟動(dòng)ChemFinder打開(kāi)

框，其中包括3個(gè)選項(xiàng)卡，單擊【Existing】選項(xiàng)卡單擊選中“CS_DEMO”數(shù)據(jù)庫(kù)，單擊“打開(kāi)”按鈕根據(jù)分子式檢索輸入分子式輸入C5-6N2，按回車(chē)鍵與輸入分子式相關(guān)的結(jié)構(gòu)選7項(xiàng)，可單擊

按鈕逐項(xiàng)查看單擊【Switch

to

Table】鈕，顯示窗口變成列表根據(jù)化學(xué)名稱(chēng)檢索輸入*nico*，按回車(chē)鍵單擊 按鈕逐項(xiàng)查看，可顯示大名鼎鼎的尼古丁分子，其貌不揚(yáng)但危害巨大。輸入“160-170”，按回車(chē)鍵共找到14項(xiàng)相關(guān)信息，尼古丁和鄰苯二甲酸都在其中。使用化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)執(zhí)行【File】/【Open】菜單命令，彈出【Open】

框查找到“ISICCsm”數(shù)據(jù)庫(kù)，單擊選中之，單擊“打開(kāi)”按鈕出現(xiàn)主界面打開(kāi)化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)“ISICCRSm”檢索化學(xué)反應(yīng)查找免費(fèi)網(wǎng)絡(luò)資源如果注意觀察，會(huì)發(fā)現(xiàn)ChemFinder菜單欄上有一個(gè)【Online】菜單，可以

查找化學(xué)信息；該