腫瘤基因研究解決方案講座

腫瘤基因研究解決方案上海吉?jiǎng)P基因化學(xué)技術(shù)有限公司2011年10月第1頁，共46頁。不同類型的合作者對(duì)應(yīng)的研究階段腫瘤基因功能 機(jī)制已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者 已確定目的基因或者 做過表達(dá)芯片，有候選基因列表 已找到基因功能 明確基因發(fā)揮功能的機(jī)制第2頁，共46頁。不同階段研究者的推進(jìn)過程所涉及產(chǎn)品腫瘤基因功能 機(jī)制芯片產(chǎn)品已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者 已確定目的基因或者 做過表達(dá)芯片，有候選基因列表 已找到基因功能 明確基因發(fā)揮功能的機(jī)制第3頁，共46頁?；蛐酒屛覀冇眯模瑩Q取您的放心！第4頁，共46頁。蛋白芯片讓我們用心，換取您的放心！第5頁，共46頁。組織芯片IHC：Immunohistochemistry讓我們用心，換取您的放心！第6頁，共46頁。不同階段研究者的推進(jìn)過程所涉及產(chǎn)品腫瘤基因

芯片產(chǎn)品工具產(chǎn)品功能檢測已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者 已確定目的基因或者 做過表達(dá)芯片，有候選基因列表功能 機(jī)制

已找到基因功能明確基因發(fā)揮功能的機(jī)制第7頁，共46頁。腫瘤功能基因研究技術(shù)傳統(tǒng)研究功能基因是把基因轉(zhuǎn)入細(xì)胞看功能表型1、細(xì)胞內(nèi)高表達(dá)該基因時(shí)，外源表達(dá)的基因超過了細(xì)胞內(nèi)所需的量而體現(xiàn)不出功能。2、外源高表達(dá)基因?qū)?xì)胞也是個(gè)刺激壓力，會(huì)產(chǎn)生假陽性和假陰性。當(dāng)RNA干擾技術(shù)出現(xiàn)后，給科研工作者提供了一個(gè)很好研究內(nèi)源基因的工具。讓我們用心，換取您的放心！第8頁，共46頁。2006年的諾貝爾生理學(xué)獎(jiǎng)獲得者：Andrew

Z.

FireCraig

C.

Mello9第9頁，共46頁?；虺聊姆肿訖C(jī)制模型LongdsRNA

PTGSTGS

dsRNARISCmRNAcleavageChromatinmodificationTranslationarrest

RNA介導(dǎo)的基因沉默讓我們用心，換取您的放心！第10頁，共46頁。RNAi中使用的siRNA讓我們用心，換取您的放心！第11頁，共46頁。慢病毒包裝感染大鼠原代培養(yǎng)

Glia細(xì)胞大鼠原代培養(yǎng) 心肌細(xì)胞大鼠原代培養(yǎng) 神經(jīng)元人骨髓間充質(zhì) 干細(xì)胞第12頁，共46頁。穩(wěn)定細(xì)胞株

hepG2單克隆細(xì)胞株讓我們用心，換取您的放心！L02單克隆細(xì)胞株SMMC7721單克隆細(xì)胞株第13頁，共46頁。Lentivirus用于腫瘤基因功能研究

腫瘤研究中

腫瘤細(xì)胞注 射入動(dòng)物體 內(nèi)成瘤讓我們用心，換取您的放心！

慢病毒感染 腫瘤細(xì)胞慢病毒瘤內(nèi)注射

慢病毒感染后的 腫瘤細(xì)胞注射入 動(dòng)物體內(nèi)成瘤腫瘤相關(guān)基因功能離體研究腫瘤相關(guān)基因功能在體研究第14頁，共46頁。功能檢測讓我們用心，換取您的放心！第15頁，共46頁。不同階段研究者的推進(jìn)過程所涉及產(chǎn)品腫瘤基因功能

芯片產(chǎn)品工具產(chǎn)品功能檢測芯片產(chǎn)品已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者 已確定目的基因或者 做過表達(dá)芯片，有候選基因列表 已找到基因功能機(jī)制明確基因發(fā)揮功能的機(jī)制第16頁，共46頁。不同階段研究者的推進(jìn)過程所涉及產(chǎn)品腫瘤芯片產(chǎn)品已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者基因

工具產(chǎn)品 功能檢測功能

芯片產(chǎn)品

機(jī)制?

已確定目的基因或者做過表達(dá)芯片，有候選基因列表 已找到基因功能 明確基因發(fā)揮功能的機(jī)制第17頁，共46頁。不同階段研究者的推進(jìn)過程所涉及產(chǎn)品腫瘤芯片產(chǎn)品已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者基因

工具產(chǎn)品 功能檢測功能

芯片產(chǎn)品

機(jī)制?表達(dá)芯片獲得候選基因列表 已找到基因功能 明確基因發(fā)揮功能的機(jī)制第18頁，共46頁。不同階段研究者的推進(jìn)過程所涉及產(chǎn)品腫瘤基因芯片產(chǎn)品已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者 已確定目的基因或者 表達(dá)芯片獲得候選基因列表 做過表達(dá)芯片，有候選基因列表功能工具產(chǎn)品功能檢測?已找到基因功能!高通量篩選芯片產(chǎn)品機(jī)制明確基因發(fā)揮功能的機(jī)制第19頁，共46頁。腫瘤功能基因高通量篩選的基本要素?基因操作工具?功能實(shí)驗(yàn)方法?數(shù)據(jù)采集分析系統(tǒng)第20頁，共46頁。1Cell.2006Mar24;124(6):1283-98.第21頁，共46頁。吉?jiǎng)P基因腫瘤功能基因組學(xué)研究平臺(tái)構(gòu)成及其優(yōu)勢?基因操作工具：高覆蓋lentivirus介導(dǎo)的RNA干擾與過表達(dá)文庫?功能檢測方法：增殖、凋亡、轉(zhuǎn)移、血管新生等功能實(shí)驗(yàn)方法?高通量數(shù)據(jù)采集分析系統(tǒng)：Thermo

cellomicsarrayscan高通量篩選系統(tǒng)第22頁，共46頁。吉?jiǎng)P基因腫瘤功能基因組學(xué)研究平臺(tái)構(gòu)成及其優(yōu)勢?高覆蓋lentivirus介導(dǎo)的RNA干擾與過表達(dá)文庫：RNAi文庫覆蓋18738個(gè)基因過表達(dá)文庫覆蓋14592個(gè)基因兩庫同時(shí)覆蓋12176個(gè)基因國內(nèi)最早的RNAi服務(wù)提供者，提供高效，快速，經(jīng)驗(yàn)證，低成本的基因操作工具。第23頁，共46頁。吉?jiǎng)P基因腫瘤功能基因組學(xué)研究平臺(tái)構(gòu)成及其優(yōu)勢?功能檢測方法：增殖、凋亡、轉(zhuǎn)移、血管新生等功能實(shí)驗(yàn)方法1.多年不斷優(yōu)化驗(yàn)證以及研發(fā)，構(gòu)成了完整的腫瘤功能試驗(yàn)方法平臺(tái)2.累積8年的科研實(shí)驗(yàn)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)，總數(shù)超過5000個(gè)

的科研服務(wù)合同經(jīng)驗(yàn)，每年超過2000個(gè)以上的科 研服務(wù)合同的執(zhí)行能力第24頁，共46頁。針對(duì)腫瘤基本功能的常規(guī)實(shí)驗(yàn)檢測方法生長：細(xì)胞計(jì)數(shù)，MTT，克隆形成，細(xì)胞周期(PI染色)檢測凋亡：ANNEXIN‐5染色，PI染色，凋亡相關(guān)蛋白的檢測轉(zhuǎn)移：細(xì)胞形態(tài)的變化，運(yùn)動(dòng)能力變化，相關(guān)蛋白檢測血管新生：血管內(nèi)皮遷移，增殖，體外血管形成試驗(yàn)第25頁，共46頁。吉?jiǎng)P基因腫瘤功能基因組學(xué)研究平臺(tái)構(gòu)成及其優(yōu)勢?高通量數(shù)據(jù)采集分析系統(tǒng)：Thermo

cellomicsarrayscan高通量篩選系統(tǒng)1.功能試驗(yàn)的數(shù)據(jù)量化研發(fā)（快速準(zhǔn)確提取出最能反應(yīng)實(shí)驗(yàn)結(jié)果特征的量化信息）2.功能試驗(yàn)與高通量儀器的整合（將功能試驗(yàn)調(diào)整到適合高通量儀器的檢測模式）3.前期1000個(gè)基因的高通量功能篩選（高通量平臺(tái)的完整運(yùn)轉(zhuǎn)，歷時(shí)1年時(shí)間的磨合調(diào)整）第26頁，共46頁。基于芯片的基因功能高通量篩選流程

細(xì)胞或組織基因芯片（I）

文獻(xiàn)分析判斷（II） 表達(dá)驗(yàn)證（細(xì)胞，組織）（III）

高通量功能篩選（IV）機(jī)制篩選(干擾后表達(dá)芯片）（IV）

讓我們用心，換取您的放 心！>2000

Genes

~60Genes ~30Genes 4‐5

Genes

？Genes第27頁，共46頁。高通量具體實(shí)施案例第28頁，共46頁。文章示例Cell,

Vol.

117,

927–939,

June

25,

2004Twist,

a

Master

Regulator

of

Morphogenesis,

Plays

an

Essential

Role

in

Tumor

Metastasis第29頁，共46頁。Figure1.MicroarrayAnalysisIdentifiedTwisttoBeUpregulatedduringtheMetastaticProg第30頁，共46頁。Figure3.SuppressionofTwistExpressionInhibitedtheAbilityof4T1CellstoMetastasizefromtheMammaryGlandtoLung第31頁，共46頁。Figure4.SuppressionofTwistExpressionReducedthePresenceof4T1CellsintheBloodCirculation第32頁，共46頁。Figure5.TwistInducesanEMTandCellMigration第33頁，共46頁。Figure6.ExpressionofTwistResultsinRepressionofE-CadherinTranscription第34頁，共46頁。Figure7.ExpressionofTwistinHumanTumorCellLinesandinHumanBreastCarcinomas第35頁，共46頁。該文章關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)：1.Figure1：由芯片結(jié)果找出功能基因twist2.Figure6：找出受調(diào)控的下游相關(guān)基因及功能驗(yàn)證How？Lucky？？OrSomethingimportantbutnotshow？第36頁，共46頁。文章關(guān)鍵推進(jìn)步驟的解決腫瘤基因芯片產(chǎn)品已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者 表達(dá)芯片獲得候選基因列表功能?找到基因功能機(jī)制?表達(dá)芯片獲得下游變化基因列表?第37頁，共46頁。文章關(guān)鍵推進(jìn)步驟的解決腫瘤芯片產(chǎn)品已確定腫瘤研究方向，手頭有組織樣 本，但未確定目的基因的研究者基因功能高通量篩選!表達(dá)芯片獲得候選基因列表 找到基因功能twist機(jī)制芯片產(chǎn)品!表達(dá)芯片獲得下游變化基因列表!高通量篩選第38頁，共46頁。文章關(guān)鍵推進(jìn)步驟的具體實(shí)驗(yàn)第39頁，共46頁。20使用吉?jiǎng)P基因的產(chǎn)品發(fā)表的文獻(xiàn)PublicationnumberDistribution1405<IF值

<10 9%IF值>10 5%IF值<1 8%120100 803<IF值<5 24%2<IF值<3 31%1<IF值<2 23%6040NatureCellNaturemedicine0200520062007200820092010CancercellNeuronJBiolChemMolCellBiol……第40頁，共46頁。NatMed.IF=27.136Treatmentofcerebralischemiabydisruptingischemia-inducedinteractionofnNOSwithPSD-95.ZhouL,LiF,XuHB,LuoCX,WuHY,ZhuMM,LuW,JiX,ZhouQG,ZhuDY.2010Dec;16(12):1439-43.Epub2010Nov21.

產(chǎn)品/服務(wù)過表達(dá)慢病毒

領(lǐng)域細(xì)胞生物學(xué)

目的細(xì)胞皮層神經(jīng)元細(xì) 胞（原代培養(yǎng)）

基因名稱

HumannNOS-N1-133

后續(xù)檢測WesternBlot、 小鼠腦皮層注 射讓我們用心，換取您的放心！第41頁，共46頁。NatCellBiol.IF=19.527CytosolicFoxO1isessentialfortheinductionofautophagyandtumoursuppressoractivity.ZhaoY,YangJ,LiaoW,LiuX,ZhangH,WangS,WangD,FengJ,YuL,ZhuWG.2010Jul;12(7):665-75.Epub2010Jun13.

產(chǎn)品/服務(wù)慢病毒介導(dǎo)的

RNAi

領(lǐng)域腫瘤生物學(xué)

目的細(xì)胞 肺癌H1299、 結(jié)直腸癌

HCT116、子宮頸癌HeLa

細(xì)胞

基因名稱

HumanCytosolic FoxO1

后續(xù)檢測

RT-PCR、WesternBlot、免疫共沉淀、免 疫熒光、裸鼠成瘤、免疫 組化讓我們用心，換取您的放心！第42頁，共46頁。第43頁，共46頁。吉?jiǎng)P