玩轉(zhuǎn)序列拼接基因組特征參數(shù)估計(jì)

玩轉(zhuǎn)序列拼組特征參數(shù)估 ? ?組裝結(jié)果的評(píng)價(jià)體2Venter2BGI：從流 桿菌到熊 ? ?組裝結(jié)果的評(píng)價(jià)體3人 組往CraigVenterVSFrancis4統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)簡(jiǎn)φX174，5386bp，Sanger1977，雙脫氧鏈中止+凝膠電泳（法發(fā)明煙草葉綠體，156Kbp，Shinozaki1986，自動(dòng)儀酵母Chr3，315kbp，Oliver1992，改進(jìn)的自動(dòng)流感桿菌，1.8Mbp，1995，毛細(xì)管電泳自動(dòng)儀，首次WGS啤酒酵母，12Mbp，1996，100個(gè)600多人共同完成，非WGS ，，99，華大成立代表中國(guó)參加GPp5，，果蠅人 組草圖，3.3Gbp，2001，國(guó)際人 VSCelera公熊貓二代高通量合 2005底，454推出 儀(Roche/454)，焦磷2006年，solexa推出 儀（Illumina/solexa），可逆末端終2007年，ABI推出 儀，邊連接 儀，離子半導(dǎo)三代單分 系統(tǒng)2013年11月，Nanopore啟動(dòng) 儀的早期試用計(jì)劃 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué) ? 技術(shù)到完整圖 ?組裝結(jié)果的評(píng)價(jià)體6為什么要做組技術(shù)局限 其中，一條完 7統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)為什么要做組Na?veto現(xiàn)主要用于定位克?。╬ositional8統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)基 策略WholeGenomeShotgun 9統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)基 策略 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)兩種基 策略比統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)Overlap:

組裝是什Ge+en+no+om+mi+ic+cs

統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)組裝是什從很多份拷貝 組開(kāi)打斷和建尋找reads之間的合并overlap得到統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)組裝是什大規(guī)模自動(dòng)化線性 DNA短片段拼接：一維字符串 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué) ? Lander-Waterman理 ?組裝結(jié)果的評(píng)價(jià)體題對(duì)于不喜歡數(shù)學(xué)的同學(xué)而言大概每個(gè)概率分布都是一個(gè)惡魔在概率統(tǒng)計(jì)學(xué)中，均勻分布應(yīng)該算得上 魔盒幾乎所有重要的概率分布都可以從均勻分布Uniform(0,1)中生成出來(lái)尤其是在統(tǒng)計(jì)模擬中，所有統(tǒng)計(jì)分布的隨機(jī)樣本都是通過(guò)均勻分布產(chǎn)生統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)泊松分布適合于ke

Poissonf(k;)

,k0,1,2,期望和方差Poissonlawofsmall ke f(Xk;n,p)lim pk(1p)nkn nk 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)Lander-Waterman假 過(guò)程是完全隨機(jī)的，那么統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)問(wèn)題1： 組覆蓋

P(b{N條 }) GL

L

NP(bN條

})(1 ) G Nf1 G1e統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)算例 深度與覆蓋統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)算例 深度與gap長(zhǎng)統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)算例 深度與gap數(shù)統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)Lander-Waterman基本(1ec)GNec

(ecN

(ec1)c統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)基本模型的局 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)Lander-Waterman模型的推 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)策略 在lander-waterman模型基礎(chǔ)上的組不 平ABIPrismRoche/454GSIllumina/solexaGAABIsolidPacificOxfordLifeTechnologiesIonTorrent 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)策略 在lander-waterman模型基礎(chǔ)上的組不同類(lèi)型的克隆載體構(gòu)建多個(gè)克隆文質(zhì)粒載體噬菌體載體 無(wú)載體(中短片段文流 桿 質(zhì)粒載 組裝+λ噬菌體載 補(bǔ)統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)策略 在lander-waterman模型基礎(chǔ)上的組不同insertsize的matepairIllumina——Roche/454——統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)策略 在lander-waterman模型基礎(chǔ)上的組不 平不同類(lèi)型的克隆載體構(gòu)建多個(gè)克隆文不同insertsize的matepair錯(cuò)誤率的影現(xiàn)實(shí)情況是，為了糾錯(cuò)而增加 量遠(yuǎn)超過(guò)為了覆蓋率 量統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)策略 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)策略 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)策略 RNA- ysisofhumanB-轉(zhuǎn)錄 抽樣模型和人 表達(dá)組織特異性研朱江博士 轉(zhuǎn)錄組內(nèi)轉(zhuǎn)錄本的相對(duì)豐度服從廣義 分統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué) ? 應(yīng) 組特征參數(shù)估 ?組裝結(jié)果的評(píng)價(jià)體組特征估計(jì) 組大 一、流式細(xì)胞1pg=二、Kmer分對(duì)于任意k>0,akmer是指任意一段長(zhǎng)度為kbp的核酸序列例子seqIfk=1,Ifk=2,Ifk=3, 統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)組特征估計(jì) 組大 (L-K+1)/G概率很小，N數(shù)目很大；如果整個(gè)過(guò)程服從泊松分dk=(L-nk=(L-G=

NumberNumberofKmer

統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué)

0

組特征估計(jì) 組大統(tǒng)計(jì)先是思維方式組特征估計(jì)：雜合與K-mer統(tǒng)計(jì)先是思維方式，而后才是數(shù)學(xué) ? 應(yīng)