部分細菌分類表

-.z.1產(chǎn)水菌門(Aquificae)

1.1產(chǎn)水菌綱(Aquificae)

2熱袍菌門(Thermotogae)

2.1熱袍菌綱(Thermotogae)

3熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria)

3.1熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria)

4恐球菌-棲熱菌門(Deinococcus-Thermus)

4.1恐球菌綱(Deinococci)

5產(chǎn)金菌門(Chrysiogenetes)

5.1產(chǎn)金菌綱(Chrysiogenetes)

6綠彎菌門(Chlorofle*i)

6.1綠彎菌綱(Chlorofle*i)

6.2厭氧繩菌綱(Anaerolineae)

7熱微菌門(Thermomicrobia)

7.1熱微菌綱(Thermomicrobia)

8硝化螺旋菌門(Nitrospira)

8.1硝化螺旋菌綱(Nitrospira)

9脫鐵桿菌門(Deferribacteres)

9.1脫鐵桿菌綱(Deferribacteres)

10藍藻門(Cyanobacteria)

10.1藍藻綱(Cyanobacteria)

11綠菌門(Chlorobi)

11.1綠菌綱(Chlorobia)

12變形菌門(Proteobacteria)

12.1α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)

12.2β-變形菌綱(Betaproteobacteria)

12.3γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)

12.4δ-變形菌綱(Deltaproteobacteria)

12.5ε-變形菌綱(Epsilonproteobacteria)

13厚壁菌門(Firmicutes)〔低G+C革蘭氏陽性菌〕

13.1梭菌綱(Clostridia)

13.2柔膜菌綱(Mollicutes)

13.3芽孢桿菌綱(Bacilli)

14放線菌門(Actinobacteria)〔高G+C革蘭氏陽性菌〕

14.1放線菌綱(Actinobacteria)

15浮霉菌門(Planctomycetes)

15.1浮霉菌綱(Planctomycetacia)

16衣原體門(Chlamydiae)

16.1衣原體綱(Chlamydiae)

17螺旋體門(Spirochaetes)

17.1螺旋體綱(Spirochaetes)

18纖維桿菌門(Fibrobacteres)

18.1纖維桿菌綱(Fibrobacteres)

19酸桿菌門(Acidobacteria)

19.1酸桿菌綱(Acidobacteria)

20擬桿菌門(Bacteroidetes)

20.1擬桿菌綱(Bacteroidetes)

20.2黃桿菌綱(Flavobacteria)

20.3鞘脂桿菌綱(Sphingobacteria)

21梭桿菌門(Fusobacteria)

21.1梭桿菌綱(Fusobacteria)

22疣微菌門(Verruicrobia)

22.1疣微菌綱(Verruicrobiae)

23網(wǎng)團菌門(Dictyoglomi)

23.1網(wǎng)團菌綱(Dictyoglomi)

24芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)

24.1芽單胞菌綱(Gemmatimonadetes)

產(chǎn)水菌門(Aquificae)

產(chǎn)水菌綱(Aquificae)

產(chǎn)水菌目(Aquificales)

產(chǎn)水菌科(Aquificaceae)

產(chǎn)水菌屬(Aquife*)

(Calderobacterium)

(Hydrogenobaculum)

(Hydrogenobacter)

(Hydrogenothermus)

(Persephonella)

(Sulfurihydrogenibium)

(Thermocrinis)

科未定

(Balnearium)

(Desulfurobacterium)

(Thermovibrio)

熱袍菌門(Thermotogae)

熱袍菌綱(Thermotogae)

熱袍菌目(Thermotogales)

熱袍菌科(Thermotogaceae)

熱袍菌屬(Thermotoga)

(Fervidobacterium)

(Geotoga)

(Marinitoga)

(Petrotoga)

(Thermosipho)

熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria)

熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria)

熱脫硫桿菌目(Thermodesulfobacteriales)

熱脫硫桿菌科(Thermodesulfobacteriaceae)

熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)

(Thermodesulfatator)

恐球菌-棲熱菌門(Deinococcus-Thermus)

恐球菌綱(Deinococci)

恐球菌目(Deinococcales)

恐球菌科(Deinococcaceae)

恐球菌屬(Deinococcus)〔注：依據(jù)希臘語δεινο?/deinos，與"恐龍〞的dino-同源〕

棲熱菌目(Thermales)

棲熱菌科(Thermaceae)

棲熱菌屬(Thermus)

海棲熱菌屬(Marinithermus)

亞棲熱菌屬(Meiothermus)

海洋棲熱菌屬(Oceanithermus)

火山棲熱菌屬(Vulcanithermus)

產(chǎn)金菌門(Chrysiogenetes)

產(chǎn)金菌綱(Chrysiogenetes)

產(chǎn)金菌目(Chrysiogenales)

產(chǎn)金菌科(Chrysiogenaceae)

產(chǎn)金菌屬(Chrysiogenes)

綠彎菌門(Chlorofle*i)

綠彎菌綱(Chlorofle*i)

綠彎菌目(Chlorofle*ales)

綠彎菌科(Chlorofle*aceae)

綠彎菌屬(Chlorofle*us)

綠線菌屬(Chloronema)

太陽發(fā)菌屬(Heliothri*)

玫瑰彎菌屬(Roseifle*us)

顫綠菌科(Oscillochloridaceae)

顫綠菌屬(Oscilochloris)

爬管菌目(Herpetosiphonales)

爬管菌科(Herpetosiphonaceae)

爬管菌屬(Herpetosiphon)

厭氧繩菌綱(Anaerolineae)

厭氧繩菌目(Anaerolineales)

厭氧繩菌科(Anaerolineaceae)

厭氧繩菌屬(Anaerolinea)

暖繩菌屬(Caldilinea)

熱微菌門(Thermomicrobia)

熱微菌綱(Thermomicrobia)

熱微菌目(Thermomicrobiales)

熱微菌科(Thermomicrobiaceae)

熱微菌屬(Thermomicrobium)

硝化螺旋菌門(Nitrospira)

硝化螺旋菌綱(Nitrospira)

硝化螺旋菌目(Nitrospirales)

硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)

硝化螺旋菌屬(Nitrospira)

鉤端螺菌屬(Leptospirillum)

磁桿菌屬(Magnetobacterium)

熱脫硫弧菌屬(Thermodesulfovibrio)

脫鐵桿菌門(Deferribacteres)

脫鐵桿菌綱(Deferribacteres)

脫鐵桿菌目(Deferribacterales)

脫鐵桿菌科(Deferribacteraceae)

脫鐵桿菌屬(Deferribacter)

(Denitrovibrio)

(Fle*istipes)

(Geovibrio)

科未定

(Synergistes)

(Caldithri*)

藍藻門(Cyanobacteria)

藍藻綱(Cyanobacteria)

注：本文采用的Bergey's手冊中藍藻內(nèi)的分類，不管目科屬，均為形態(tài)分類，其中目在手冊中為"Subsection〞而非"Order〞，目、科均未列名稱，此處目名稱為習習用法，科不列名稱；屬除Halospirulina和Trichodesmium之外均標為"形態(tài)屬〞(FormGenus)而非"屬〞(Genus)。表中在形態(tài)分類后面加注""。預料不久的將來整個藍藻分類系統(tǒng)將會大調(diào)，與其它細菌統(tǒng)一為系統(tǒng)發(fā)育分類系統(tǒng)。

此外，因漢語"藻〞字可指多種水生光合產(chǎn)氧生物，包括多支互不相關的原生生物甚至高等水生植物，此處仍用按照"藻〞翻譯藍藻門(Cyanobacteria)細菌。但也可依據(jù)個人理念將名稱定為"*菌〞或"*藍菌〞，但應注意防止與其余細菌重名。

色球藻目(Chroococcales)

第一科

管孢藻屬(Chamaesiphon)

色球藻屬(Chroococcus)

(Cyanobacterium)

(Cyanobium)

(Cyanothece)

藍纖維藻屬(Dactylococcopsis)

(Gloeobacter)

黏球藻屬(Gloeocapsa)

黏桿藻屬(Gloeothece)

微囊藻屬(Microcystis)

原綠球藻屬(Prochlorococcus)

原綠藻屬(Prochloron)

聚球藻屬(Synechococcus)

集胞藻屬(Synechocystis)

寬球藻目(Pleurocapsales)

第一科

(Cyanocystis)

(Dermocarpella)

(Stanieria)

異球藻屬(*enococcus)

第二科

擬色球藻屬(Chroococcidiopsis)

黏囊藻屬(My*osarcina)

寬球藻屬(Pleurocapsa)

顫藻目(Oscillatoriales)

第一科

節(jié)螺藻屬(Arthrospira)〔包含商業(yè)化螺旋藻〕

(Borzia)

(Crinalium)

(Geitlerinema)

鹽螺旋藻屬(Halospirulina)

(Leptolyngbya)

(Limnothri*)

鞘絲藻屬(Lyngbya)

微鞘藻屬(Microcoleus)

顫藻屬(Oscillatoria)

(Planktothri*)

原綠發(fā)藻屬(Prochlorothri*)

(Pseudanabaena)

螺旋藻屬(Spirulina)

(Starria)

束藻屬(Symploca)

束毛藻屬(Trichodesmium)

(Tychonema)

念珠藻目(Nostocales)

第一科

魚腥藻屬(Anabaena)

項圈藻屬(Anabaenopsis)

束絲藻屬(Aphanizomenon)

(Cyanospira)

(Cylindrospermopsis)

筒孢藻屬(Cylindrospermum)

節(jié)球藻屬(Nodularia)

念珠藻屬(Nostoc)

偽枝藻屬(Scytonema)

第二科

眉藻屬(Calothri*)

膠須藻屬(Rivularia)

單歧藻屬(Tolypothri*)

真枝藻目(Stigonematales)

第一科

(Chlorogloeopsis)

費氏藻屬(Fischerella)

(Geitleria)

(Iyengariella)

擬念珠藻屬(Nostochopsis)

真枝藻屬(Stigonema)

綠菌門(Chlorobi)

綠菌綱(Chlorobia)

綠菌目(Chlorobiales)

綠菌科(Chlorobiaceae)

綠菌屬(Chlorobium)

臂綠菌屬(Ancalochloris)

綠棒菌屬(Chlorobaculum)

綠爬菌屬(Chloroherpeton)

暗網(wǎng)菌屬(Pelodictyon)

突柄綠菌屬(Prosthecochloris)

變形菌門(Proteobacteria)

α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)

紅螺菌目(Rhodospirillales)

紅螺菌科(Rhodospirillaceae)

紅螺菌屬(Rhodospirillum)

固氮螺菌屬(Azospirillum)

(Inquilinus)

磁螺菌屬(Magnetospirillum)

(Phaeospirillum)

(Rhodocista)

紅螺旋菌屬(Rhodospira)

(Rhodovibrio)

(Roseospira)

(Skermanella)

(Thalassospira)

(Tistrella)

醋桿菌科(Acetobacteraceae)

醋桿菌屬(Acetobacter)

嗜酸菌屬(Acidiphilium)

(Acidisphaera)

(Acidocella)

(Acidomonas)

(Asaia)

(Craurococcus)

葡糖醋桿菌屬(Gluconacetobacter)

葡糖桿菌屬(Gluconobacter)

(Kozakia)

(Muricoccus)

(Paracraurococcus)

(Rhodopila)

(Roseococcus)

(Rubritepida)

(Stella)

(Teichococcus)

(Zavarzinia)

立克次體目(Rickettsiales)

立克次體科(Rickettsiaceae)

立克次體屬(Rickettsia)

(Orientia)

無形體科(Anaplasmataceae)

無形體屬(Anaplasma)

(Aegyptianella)

(Cowdria)

埃里希體屬(Ehrlichia)

新立克次體屬(Neorickettsia)

沃巴赫體屬(Wolbachia)

(*enohaliotis)

全孢菌科(Holosporaceae)

全孢菌屬(Holospora)

科未定

(Caedibacter)

(Lyticum)

(Odyssella)

(Pseudocaedibacter)

(Symbiotes)

(Tectibacter)

紅細菌目(Rhodobacterales)

紅細菌科(Rhodobacteraceae)

紅細菌屬(Rhodobacter)

(Ahrensia)

(Albidovulum)

(Amaricoccus)

(Antarctobacter)

(Gemmobacter)

(Hirschia)

生絲單胞菌屬(Hyphomonas)

(Jannaschia)

(Ketogulonicigenium)

(Leisingera)

(Maricaulis)

(Methylarcula)

(Oceanicaulis)

(Octadecabacter)

(Pannonibacter)

副球菌屬(Paracoccus)

(Pseudorhodobacter)

(Rhodobaca)

(Rhodothalassium)

小紅卵菌屬(Rhodovulum)

(Roseibium)

(Roseinatronobacter)

(Roseiviva*)

玫瑰桿菌屬(Roseobacter)

(Roseovarius)

(Rubrimonas)

(Ruegeria)

(Satittula)

(Silicibacter)

(Staleya)

(Stappia)

(Sulfitobacter)

鞘脂單胞菌目(Sphingomonadales)

鞘脂單胞菌科(Sphingomonadaceae)

鞘脂單胞菌屬(Sphingomonas)

(Blastomonas)

赤桿菌屬(Erythrobacter)

(Erythromicrobium)

(Erythromonas)

(Novosphingobium)

紫桿菌屬(Porphyrobacter)

(Rhizomonas)

(Sandaracinobacter)

(Sphingobium)

(Sphingopy*is)

發(fā)酵單胞菌屬(Zymomonas)

柄桿菌目(Caulobacterales)

柄桿菌科(Caulobacteraceae)

柄桿菌屬(Caulobacter)

(Asticcacaulis)

(Brevundimonas)

(Phenylobacterium)

根瘤菌目(Rhizobiales)

根瘤菌科(Rhizobiaceae)

根瘤菌屬(Rhizobium)

土壤桿菌屬(Agrobacterium)

(Allorhizobium)

(Carbophilus)

(Chelatobacter)

劍菌屬(Ensifer)

中華根瘤菌屬(Sinorhizobium)

橙單胞菌科(Aurantimonadaceae)

橙單胞菌屬(Aurantimonas)

(Fulvimarina)

巴通體科(Bartonellaceae)

巴通體屬(Bartonella)

布魯氏菌科(Brucellaceae)

布魯氏菌屬(Brucella)

支動菌屬(Mycoplana)

蒼白桿菌屬(Ochrobactrum)

葉桿菌科(Phyllobacteriaceae)

葉桿菌屬(Phyllobacterium)

(Aminobacter)

(Aquamicrobium)

(Defluvibacter)

(Liberibacter)

中慢生根瘤菌屬(Mesorhizobium)

(Nitratireductor)

(Pseudaminobacter)

甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)

甲基孢囊菌屬(Methylocystis)

(Albibacter)

(Methylopila)

(Methylosinus)

(Terasakiella)

拜葉林克氏菌科(Beijerinckiaceae)

拜葉林克氏菌屬(Beijerinckia)

(Chelatococcus)

(Methyulocapsa)

(Methylocella)

慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)

慢生根瘤菌屬(Bradyrhizobium)

阿菲波菌屬(Afipia)

(Agromonas)

芽生桿菌屬(Blastobacter)

(Bosea)

硝化桿菌屬(Nitrobacter)

(Oligotropha)

(Rhodoblastus)

紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas)

生絲微菌科(Hyphomicrobiaceae)

生絲微菌屬(Hyphomicrobium)

(Ancalomicrobium)

(Ancylobacter)

(Angulomicrobium)

(Aquabacter)

(Azorhizobium)

(Blastochloris)

(Devosia)

(Dichotomicrobium)

(Filomicrobium)

(Gemmiger)

(Labrys)

(Methylorhabdus)

土微菌屬(Pedomicrobium)

突柄微菌屬(Prostheicrobium)

(Rhodomicrobium)

(Rhodoplanes)

(Seliberia)

(Starkeya)

黃色桿菌屬(*anthobacter)

甲基桿菌科(Methylobacteriaceae)

甲基桿菌屬(Methylobacterium)

(Microvirga)

(Protomonas)

(Roseomonas)

紅菌科(Rhodobiaceae)

紅菌屬(Rhodobium)

(Roseospirillum)

短小盒菌目(Parvularculales)

短小盒菌科(Parvularculaceae)

短小盒菌屬(Parvularcula)

β-變形菌綱(Betaproteobacteria)

伯克氏菌目(Burkholderiales)

伯克氏菌科(Burkholderiaceae)

伯克氏菌屬(Burkholderia)

(Cupriavidus)

(Lautropia)

(Limnobacter)

(Pandoraea)

(Paucimonas)

(Polynucleobacter)

青枯菌屬(Ralstonia)

(Thermothri*)

沃特氏菌屬(Wautersia)

草酸桿菌科(O*alobacteraceae)

草酸桿菌屬(O*alobacter)

(Duganella)

(Herbaspirillum)

(Janthinobacterium)

(Massilia)

(O*alicibacterium)

(Telluria)

產(chǎn)堿菌科(Alcaligenaceae)

產(chǎn)堿菌屬(Alcaligenes)

無色桿菌屬(Achromobacter)

博德氏菌屬(Bordetella)

(Brackiella)

德克斯氏菌屬(Der*ia)

(Kerstersia)

(Oligella)

(Pelistega)

(Pigmentiphaga)

(Sutterella)

(Taylorella)

叢毛單胞菌科(amonadaceae)

叢毛單胞菌屬(amonas)

食酸菌屬(Acidovora*)

(Alcyclophilus)

(Brachymonas)

(Caldimonas)

代爾夫特菌屬(Delftia)

(Diaphorobacter)

噬氫菌屬(Hydrogenophaga)

(Hylemonella)

(Lampropedia)

(Macromonas)

(Ottowia)

(Polaromonas)

(Ramlibacter)

(Rhodofera*)

(Variovora*)

(*enophilus)

科未定

(Aquabacterium)

(Ideonella)

纖發(fā)菌屬(Leptothri*)

(Roseateles)

紅長命菌屬(Rubriviva*)

(Schlegelella)

(Sphaerotilus)

(Tepidimonas)

(Thiomonas)

(*ylophilus)

嗜氫菌目(Hydrogenophilales)

嗜氫菌科(Hydrogenophilaceae)

嗜氫菌屬(Hydrogenophilus)

硫桿狀菌屬(Thiobacillus)

嗜甲基菌目(Methylophilales)

嗜甲基菌科(Methylophilaceae)

嗜甲基菌屬(Methylophilus)

(Methylobacillus)

(Methylovorus)

奈瑟菌目(Neisseriales)

奈瑟菌科(Neisseriaceae)

奈瑟菌屬(Neisseria)

(Alysiella)

水螺菌屬(Aquaspirillum)

(Chromobacterium)

艾肯氏菌屬(Eikenella)

(Formivibrio)

(Iodobacter)

金氏菌屬(Kingella)

(Laribacter)

(Microvirgula)

(Morococcus)

(Prolinoborus)

(Simonsiella)

(Vitreoscilla)

(Vogesella)

亞硝化單胞菌目(Nitrosomonadales)

亞硝化單胞菌科(Nitrosomonadaceae)

亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)

(Nitrosolobus)

亞硝化螺旋菌屬(Nitrosospira)

螺菌科(Spirillaceae)

螺菌屬(Spirillum)

嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)

加利翁氏菌屬(Gallionella)

紅環(huán)菌目(Rhodocyclales)

紅環(huán)菌科(Rhodocyclaceae)

紅環(huán)菌屬(Rhodocyclus)

固氮弓菌屬(Azoarcus)

(Azone*us)

(Azospira)

(Azovibrio)

(Dechloromonas)

(Dechlorosoma)

(Ferribacterium)

(Propionibacter)

(Propionivibrio)

(Quadricoccus)

(Sterolibacterium)

陶厄氏菌屬(Thauera)

動膠菌屬(Zoogloea)

普羅卡桿菌目(Procabacteriales)

普羅卡桿菌科(Procabacteriaceae)

普羅卡桿菌屬(Procabacter)

γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)

著色菌目(Chromatiales)

著色菌科(Chromatiaceae)

著色菌屬(Chromatium)

(Allochromatium)

(Amoebobacter)

鹽著色菌屬(Halochromatium)

(Isochromatium)

(Lamprobacter)

(Lamprocystis)

(Marichromatium)

亞硝化球菌屬(Nitrosococcus)

(Pfennigia)

棍著色菌屬(Rhabdochromatium)

(Rheinheimera)

熱著色菌屬(Thermochromatium)

硫堿球菌屬(Thioalkalicoccus)

硫橄欖菌屬(Thiobaca)

硫匣菌屬(Thiocapsa)

硫球菌屬(Thiococcus)

硫囊菌屬(Thiocystis)

硫網(wǎng)菌屬(Thiodictyon)

硫黃球菌屬(Thioflavicoccus)

硫鹽匣菌屬(Thiohalocapsa)

(Thiolamprovum)

(Thiopedia)

硫紅球菌屬(Thiorhodococcus)

硫紅弧菌屬(Thiorhodovibrio)

硫螺菌屬(Thiospirillum)

外硫紅螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)

外硫紅螺旋菌屬(Ectothiorhodospira)

堿湖生菌屬(Alcalilimnicola)

堿螺菌屬(Alkalispirillum)

(Arhodomonas)

鹽紅螺旋菌屬(Halorhodospira)

硝化球菌屬(Nitrococcus)

硫堿螺旋菌屬(Thioalkalispira)

硫堿弧菌屬(Thialkalivibrio)

硫紅螺旋菌屬(Thiorhodospira)

鹽硫桿狀菌科(Halothiobacillaceae)

鹽硫桿狀菌屬(Halothiobacillus)

酸硫桿狀菌目(Acidithiobacillales)

酸硫桿狀菌科(Acidithiobacillaceae)

酸硫桿狀菌屬(Acidithiobacillus)

熱硫桿狀菌科(Thermithiobacillaceae)

熱硫桿狀菌屬(Thermithiobacillus)

黃色單胞菌目(*anthomonadales)

黃色單胞菌科(*anthomonadaceae)

黃色單胞菌屬(*anthomonas)

(Frateuria)

(Fulvimonas)

(Luteimonas)

(Lysobacter)

(Nevskia)

(Pseudo*anthomonas)

(Rhodanobacter)

(Schineria)

(Stenotrophomonas)

(Thermomonas)

(*ylella)

心桿菌目(Cardiobacteriales)

心桿菌科(Cardiobacteriaceae)

心桿菌屬(Cardiobacterium)

(Dichelobacter)

(Suttonella)

硫發(fā)菌目(Thiotrichales)

硫發(fā)菌科(Thiotrichaceae)

硫發(fā)菌屬(Thiothri*)

無色菌屬(Achromatium)

(Beggiatoa)

(Leucothri*)

(Thiobacterium)

(Thiomargarita)

(Thioploca)

(Thiospira)

(Francisellaceae)

(Francisella)

(Piscirickettsiaceae)

(Piscirickettsia)

(Cycloclasticus)

(Hydrogenovibrio)

(Methylophaga)

(Thioalkalimicrobium)

(Thiomicrospira)

軍團菌目(Legione