蛋白質(zhì)組學(xué)讀書(shū)報(bào)告

Proteomicsofcell-cellinteractionsinhealthanddisease一讀書(shū)報(bào)告“在健康與疾病中細(xì)胞與細(xì)胞相互做用的蛋白質(zhì)組學(xué)”，是由RafaelS.Lindoso等在《proteomics》上發(fā)表的一篇綜述，主要關(guān)于人類(lèi)健康與疾病中,采用蛋白質(zhì)組學(xué)的手段討論細(xì)胞間相互做用或通訊機(jī)制，進(jìn)一步達(dá)到疾病治療的目的。同時(shí)，細(xì)胞相互作用的蛋白質(zhì)組學(xué)，促進(jìn)我們對(duì)干細(xì)胞如何在受傷的組織中作用的理解，猜測(cè)合理的干涉治療。目前，蛋白質(zhì)組學(xué)常用于關(guān)心我們了解常見(jiàn)病理機(jī)制。最新討論成果顯示，細(xì)胞通訊機(jī)制除分泌化學(xué)信號(hào)、細(xì)胞間接觸和旁分泌的3種形式外，還可以通過(guò)胞外囊泡釋放，進(jìn)入微環(huán)境與另一種細(xì)胞實(shí)現(xiàn)溝通。該綜述對(duì)這一蛋白質(zhì)組學(xué)的新興領(lǐng)域做出了進(jìn)一步的研討。第一部分，該綜述介紹了配體與受體相互作用的討論方法以及蛋白組學(xué)上的相關(guān)分析。其中主要的討論方法有：①生化和蛋白質(zhì)組學(xué)的聯(lián)合，如親和純化,加上多維的液相色譜/質(zhì)譜和生物信息學(xué)的組合；②同一個(gè)分子生物素標(biāo)記的進(jìn)一步純化和質(zhì)譜定量分析；③微基配體與微孔板培育技術(shù)。止匕外，描述了蛋白質(zhì)組學(xué)在損傷細(xì)胞與干細(xì)胞或骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞相互作用領(lǐng)域的快速進(jìn)展。其次部分，主要是通過(guò)細(xì)胞培育穩(wěn)定同位素標(biāo)記或細(xì)胞特定類(lèi)型氨基酸前體(CTAP)的特異性標(biāo)記來(lái)說(shuō)明差異性表達(dá)的蛋白質(zhì)。并且作者論證了激酶介導(dǎo)的酪氨酸殘基磷酸化的不同，取決于細(xì)胞受可溶性因子的刺激程度或通過(guò)細(xì)胞與細(xì)胞間的直接接觸傳遞信號(hào)的強(qiáng)弱。作者主見(jiàn)建立一個(gè)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫(kù)，用于差異表達(dá)蛋白的比較和識(shí)別以及分泌特性的討論，目前主要是基于肽序列和蛋白質(zhì)組元件相互作用的可能性分析。第三部分，列舉了用于細(xì)胞通訊和其他討論的蛋白質(zhì)組學(xué)工具。目前，在通訊途徑上主要的討論方法是基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)方法。該方法供應(yīng)蛋白質(zhì)存在于細(xì)胞、組織或介質(zhì)中、蛋白水平變化的測(cè)量以及翻譯后修飾的相關(guān)信息。其中包括：MALDITOF、nanoLC-MS/MS,nanoLC-MS/MS是最廣泛使用的基于MS的蛋白質(zhì)組學(xué)定量分析。在蛋白質(zhì)分別中，最被廣泛使用的是基于凝膠的蛋白質(zhì)組學(xué)(2DE)和無(wú)凝膠蛋白質(zhì)組學(xué)，它可以把蛋白質(zhì)或多肽從一個(gè)簡(jiǎn)單的樣品的的分別。結(jié)合質(zhì)譜，生物信息學(xué)，并初步還原數(shù)據(jù)庫(kù)的信息，對(duì)于早期蛋白質(zhì)組學(xué)討論是特殊有用的。止匕外，跨物種的蛋白質(zhì)組學(xué)討論已經(jīng)在各種蛋白質(zhì)組領(lǐng)域作為一個(gè)整體，尤其是在細(xì)胞相互直接接觸的條件下。第四部分，囊泡和非編碼RNA在細(xì)胞通訊中的分泌與介導(dǎo)作用。分析從前列腺癌細(xì)胞提取EVS治療的正常前列腺細(xì)胞蛋白水平的表型變化。作者表明，在正常細(xì)胞和癌細(xì)胞之間通過(guò)EVS發(fā)生雙向的信息溝通，一方面導(dǎo)致惡性表型的逆轉(zhuǎn),另一方面促進(jìn)疾病討論進(jìn)展。定量蛋白質(zhì)組學(xué)的策略好像是表征通過(guò)EVS傳遞miRNA的直接目標(biāo)的重要工具。下面是疾病討論中與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)的蛋白質(zhì)組：在體外，心肌梗死和缺血性腎損傷模型轉(zhuǎn)變信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的蛋白質(zhì)組，是不需進(jìn)行預(yù)先假設(shè)便可討論發(fā)生在翻譯后修飾、蛋白-蛋白相互作用，及蛋白表達(dá)變化的獨(dú)特方法。缺血后干細(xì)胞介導(dǎo)再生的蛋白質(zhì)組，如：間充質(zhì)干細(xì)胞的蛋白質(zhì)組學(xué)分析表明，它包含了一些細(xì)胞因子和生長(zhǎng)因子，誘導(dǎo)細(xì)胞增殖，刺激血管生成，作為一個(gè)組織再生的重要機(jī)制。蛋白質(zhì)組學(xué)通過(guò)以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的分析檢測(cè)技術(shù)成為討論細(xì)胞通訊機(jī)制的獨(dú)特方法。先進(jìn)的技術(shù)相結(jié)合的樣品制備，敏感質(zhì)譜采集，并使用合適的生物信息學(xué)工具，蛋白質(zhì)組學(xué)討論盡管有肯定的局限性，但對(duì)我們的發(fā)覺(jué)和理解細(xì)胞-細(xì)胞和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用，以及疾病模型構(gòu)建與分析，同時(shí)供應(yīng)有效的治療方法，因此蛋白質(zhì)組學(xué)分析，是目前生物科技進(jìn)展領(lǐng)域的重要方向。閱讀文獻(xiàn)：RafaelS.Lindoso,VanessaSandim,Proteomicsofcell-cellinteractionsinhealthanddisease,proteomics.2022,16,328-344.相關(guān)專(zhuān)出名詞：EVS胞囊IGS基因間區(qū)IL白細(xì)胞介素CM條件培育基PRDX過(guò)氧化物酶EMT上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化HPLC高效液相色譜IRI缺血再灌注損傷IPS誘導(dǎo)多能干細(xì)胞TGF-0轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子IGF胰島素樣生長(zhǎng)因子MSCs骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞VEGF血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子LC-MS液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用Akt激酶和激酶通路之一ICAT,同位素標(biāo)記的親和標(biāo)簽2-DDIGE熒光差異雙向電泳技術(shù)iTRAQ同位素標(biāo)記相對(duì)和肯定定量SILAC細(xì)胞培育穩(wěn)定同位素標(biāo)記技術(shù)2D-nano-MS二維納升液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用系統(tǒng)MALDI-TOF-MS基質(zhì)幫助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜LC-MS-M