標(biāo)準(zhǔn)解讀

《GB/T 40226-2021 環(huán)境微生物宏基因組檢測(cè) 高通量測(cè)序法》是一項(xiàng)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)，旨在規(guī)范環(huán)境樣本中微生物群落的宏基因組學(xué)分析流程。該標(biāo)準(zhǔn)適用于各種環(huán)境樣本（如水體、土壤、空氣等）中的微生物多樣性及功能基因的研究，采用高通量測(cè)序技術(shù)作為主要手段。

根據(jù)此標(biāo)準(zhǔn)，首先需要對(duì)采集到的環(huán)境樣本進(jìn)行預(yù)處理，包括但不限于樣品保存條件的選擇、DNA提取方法的確立以及質(zhì)量控制措施的應(yīng)用等步驟，以確保后續(xù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可靠性。接下來(lái)是文庫(kù)構(gòu)建階段，要求按照特定的方法從提取出的總DNA中制備適合于高通量測(cè)序平臺(tái)使用的文庫(kù)，并通過(guò)PCR擴(kuò)增等方式增加目標(biāo)序列的數(shù)量。此外，在文庫(kù)準(zhǔn)備過(guò)程中還需要加入適當(dāng)?shù)臉?biāo)簽序列以便區(qū)分不同來(lái)源或批次的樣本。

完成文庫(kù)構(gòu)建后，將使用合適的高通量測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序操作。當(dāng)前常見(jiàn)的平臺(tái)有Illumina系列、PacBio SMRT技術(shù)以及Oxford Nanopore Technologies提供的MinION設(shè)備等。選擇何種平臺(tái)取決于具體研究目的、成本預(yù)算以及所需的數(shù)據(jù)質(zhì)量等因素。獲得原始測(cè)序數(shù)據(jù)后，需經(jīng)過(guò)一系列生物信息學(xué)處理步驟，包括但不限于去除低質(zhì)量讀段、接頭序列剪切、拼接組裝等過(guò)程，最終得到可用于進(jìn)一步分析的有效數(shù)據(jù)集。

在數(shù)據(jù)分析部分，《GB/T 40226-2021》推薦了多種方法來(lái)評(píng)估微生物群落結(jié)構(gòu)及其潛在功能特性，比如基于OTU (Operational Taxonomic Units) 或ASV (Amplicon Sequence Variants) 的分類(lèi)單元?jiǎng)澐帧⑽锓N相對(duì)豐度計(jì)算、KEGG途徑富集分析等。同時(shí)，也鼓勵(lì)研究人員結(jié)合其他公開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)資源（如NCBI, Silva, RDP等），利用統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件包（如R語(yǔ)言中的vegan包）來(lái)進(jìn)行更加深入細(xì)致的數(shù)據(jù)挖掘與解釋工作。


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....

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  • 正在執(zhí)行有效
  • 2021-05-21 頒布
  • 2021-12-01 實(shí)施
?正版授權(quán)
GB/T 40226-2021環(huán)境微生物宏基因組檢測(cè)高通量測(cè)序法_第1頁(yè)
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文檔簡(jiǎn)介

ICS07080

CCSA.40

中華人民共和國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)

GB/T40226—2021

環(huán)境微生物宏基因組檢測(cè)高通量測(cè)序法

Detectionofenvironmentalmicrobialmetagenome—Highthroughputsequencing

2021-05-21發(fā)布2021-12-01實(shí)施

國(guó)家市場(chǎng)監(jiān)督管理總局發(fā)布

國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)化管理委員會(huì)

GB/T40226—2021

目次

前言

…………………………Ⅲ

范圍

1………………………1

規(guī)范性引用文件

2…………………………1

術(shù)語(yǔ)和定義

3………………1

縮略語(yǔ)

4……………………2

原理

5………………………2

試驗(yàn)條件

6…………………2

試劑

7………………………2

儀器設(shè)備

8…………………2

樣品

9………………………3

試驗(yàn)步驟

10…………………3

試驗(yàn)報(bào)告

11…………………4

質(zhì)量控制

12…………………5

附錄規(guī)范性糞便樣品采集保存運(yùn)輸方法

A()、、………6

附錄規(guī)范性土壤樣品采集保存運(yùn)輸方法

B()、、………7

附錄規(guī)范性水體樣品采集保存運(yùn)輸方法

C()、、………8

附錄資料性樣品信息單

D()……………9

附錄資料性樣品的完整性圖譜和質(zhì)量級(jí)別分類(lèi)

E()DNA…………10

附錄資料性參考數(shù)據(jù)庫(kù)

F()……………11

參考文獻(xiàn)

……………………12

Ⅰ

GB/T40226—2021

前言

本文件按照標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第部分標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則的規(guī)定

GB/T1.1—2020《1:》

起草

。

請(qǐng)注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專(zhuān)利本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別專(zhuān)利的責(zé)任

。。

本文件由全國(guó)生化檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)提出并歸口

(SAC/TC387)。

本文件起草單位深圳華大生命科學(xué)研究院深圳華大基因科技有限公司深圳市生命科技產(chǎn)學(xué)研

:、、

資聯(lián)盟中國(guó)測(cè)試技術(shù)研究院生物研究所深圳華大臨床檢驗(yàn)中心

、、。

本文件主要起草人陳冰肖亮鐘煥姿李俊樺李倩一賈慧玨姜華艷周李華唐美芳吳昊

:、、、、、、、、、、

李陶莎周媛鐘宏彬

、、。

Ⅲ

GB/T40226—2021

環(huán)境微生物宏基因組檢測(cè)高通量測(cè)序法

1范圍

本文件描述了采用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行環(huán)境微生物宏基因組檢測(cè)的術(shù)語(yǔ)和定義原理試驗(yàn)條件

、、、

試劑儀器設(shè)備樣品試驗(yàn)步驟試驗(yàn)報(bào)告和質(zhì)量控制要求

、、、、。

本文件適用于運(yùn)用高通量測(cè)序法進(jìn)行環(huán)境微生物宏基因組的檢測(cè)

。

2規(guī)范性引用文件

下列文件中的內(nèi)容通過(guò)文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款其中注日期的引用文

。,

件僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件不注日期的引用文件其最新版本包括所有的修改單適用于

,;,()

本文件

。

分析試驗(yàn)室用水規(guī)格和試驗(yàn)方法

GB/T6682

實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求

GB19489

高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

GB/T35537—2017

3術(shù)語(yǔ)和定義

下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件

。

31

.

環(huán)境environment

相對(duì)某項(xiàng)中心事物的周?chē)澜?/p>

。

注在本文件中特指人體動(dòng)物環(huán)境與自然環(huán)境人體動(dòng)物環(huán)境包括但不限于口腔皮膚生殖道腸道等自然

:()。()、、、;

環(huán)境包括但不限于空氣水體土壤沉積物等

、、、。

32

.

相對(duì)豐度relativeabundance

某一特定種類(lèi)微生物在環(huán)境微生物群落中所占的相對(duì)比例

。

注通常以百分比表示

:。

33

.

微生物宏基因組microbialmetagenome

以特定環(huán)境中整個(gè)微生物群落作為研究

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