基于微衛(wèi)星標(biāo)記的個(gè)地方雞種遺傳多樣性保護(hù)等級(jí)分析

基于微衛(wèi)星標(biāo)記的個(gè)地方雞種遺傳多樣性保護(hù)等級(jí)分析第1頁(yè)/共32頁(yè)1、摘要2、材料3、方法4、結(jié)果5、分析與討論第2頁(yè)/共32頁(yè)摘要【目的】分析我國(guó)地方雞品種資源的遺傳多樣性保護(hù)等級(jí)，為我國(guó)地方雞種資源遺傳多樣性保護(hù)方案的制定提供理論依據(jù)?！痉椒ā坎捎茫保秱€(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記，計(jì)算我國(guó)１２個(gè)地方雞品種（白耳雞、茶花雞、大骨雞、河南斗雞、絲羽烏骨雞、固始雞、狼山雞、鹿苑雞、藏雞、仙居雞、蕭山雞、北京油雞）間的ＤＲ遺傳距離、基因流（Ｎｍ）、雜合度和各群體基因組分?jǐn)?shù)的分布，并采用Ｗｅｉｔｚｍａｎ和Ｃａｂａｌｌｅｒｏ２種遺傳多樣性保護(hù)理論，分析各品種在遺傳多樣性最大化保護(hù)中的相對(duì)重要性。【結(jié)果】固始雞與其他１１個(gè)雞種間的平均遺傳距離最遠(yuǎn)（０．２０９５），基因流最小（１．１４１１）；藏雞與其他１１個(gè)雞種間的平均遺傳距離最近（０．１０１３），基因流最大（２．７７３０）。１２個(gè)地方雞種中，除蕭山雞、鹿苑雞和藏雞外，其他群體的基因組分?jǐn)?shù)均大于０．８００。Ｗｅｉｔｚｍａｎ保種理論分析表明，固始雞、河南斗雞、茶花雞、絲羽烏骨雞、北京油雞對(duì)總?cè)含F(xiàn)實(shí)多樣性的品種貢獻(xiàn)率較高（＞１０％），這與這幾個(gè)雞品種獨(dú)特的特征特性和相對(duì)封閉的品種形成歷史基本一致。Ｃａｂａｌｌｅｒｏ保種理論分析表明，茶花雞、河南斗雞、北京油雞、絲羽烏骨雞、大骨雞、藏雞和蕭山雞對(duì)總?cè)旱倪z傳多樣性有正的貢獻(xiàn)率，與Ｗｅｉｔｚｍａｎ保護(hù)理論確定的保護(hù)等級(jí)順序相比，固始雞、藏雞和蕭山雞的保護(hù)等級(jí)發(fā)生了較大改變，這與Ｗｅｉｔｚｍａｎ保護(hù)理論未考慮品種內(nèi)的遺傳多樣性有關(guān)?！窘Y(jié)論】在分析家禽品種資源的遺傳多樣性保護(hù)等級(jí)時(shí)，應(yīng)充分考慮品種間和品種內(nèi)的遺傳多樣性。［關(guān)鍵詞］微衛(wèi)星；地方雞種；遺傳多樣性；保護(hù)等級(jí)第3頁(yè)/共32頁(yè)本研究擬采用Ｗｅｉｔｚｍａｎ和Ｃａｂａｌｌｅｒｏ２種保種理論，綜合評(píng)價(jià)我國(guó)１２個(gè)地方雞種在遺傳多樣性最大化保護(hù)中的相對(duì)重要性，以期為今后更合理地制定我國(guó)地方雞品種資源保護(hù)方案提供理論依據(jù)。第4頁(yè)/共32頁(yè)材料1、雞種白耳雞（ＢＡＩ）、茶花雞（ＣＨＡ）、大骨雞（ＤＡＧ）、河南斗雞（ＤＯＵ）、絲羽烏骨雞（ＷＵＧ）、固始雞（ＧＵＳ）、狼山雞（ＬＡＮ）、鹿苑雞（ＬＵＹ）、藏雞（ＴＩＢ）、仙居雞（ＸＩＡ）、蕭山雞（ＸＩＳ）和北京油雞（ＹＯＵ）,每個(gè)品種隨機(jī)抽?。矗爸?，翅靜脈采血，酚／氯仿法提取ＤＮＡ，測(cè)定含量和純度，稀釋到１００ｎｇ／μＬ，－２０℃保存?zhèn)溆?。?頁(yè)/共32頁(yè)十二種雞介紹白耳雞又名白耳銀雞、江山白耳雞、上饒地區(qū)白耳雞。產(chǎn)地（或分布）：主產(chǎn)于江西上饒地區(qū)廣豐、上饒、玉山三縣和浙江的江山市。白耳黃雞圖片集隨著江西省上饒市廣豐縣白耳黃雞原種場(chǎng)晉升為國(guó)家級(jí)畜禽遺傳資源保種場(chǎng)，白耳黃雞再次引起了新聞媒體的關(guān)注。12月2日，央視七套《科技苑》欄目組的2位編導(dǎo)深入該縣白耳黃雞原種場(chǎng)實(shí)地采訪。廣豐白耳黃雞是我國(guó)稀有的白耳黃雞品種，2001年被國(guó)家農(nóng)業(yè)部首批確認(rèn)為我國(guó)11個(gè)地方品種雞國(guó)家級(jí)資源保護(hù)品種。2005年，廣豐白耳黃雞作為亞洲第二例活體動(dòng)物獲得國(guó)家原產(chǎn)地域保護(hù)產(chǎn)品認(rèn)證。近幾年來(lái)，該縣大力實(shí)施白耳黃雞保護(hù)工程，制定并實(shí)施《白耳黃雞地方標(biāo)準(zhǔn)》等技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)，建立了白耳黃雞原種場(chǎng)、技術(shù)推廣示范區(qū)，積極推進(jìn)白耳黃雞的保護(hù)和開(kāi)發(fā)。為我國(guó)稀有的白耳蛋用早熟雞品種。白耳黃雞以“三黃一白”的外貌特征為標(biāo)準(zhǔn)，即黃羽、黃喙、黃腳，白耳，耳葉大，呈銀白色，似白桃花瓣，虹彩金黃色，喙略彎，呈黃色或灰黃色，全身羽毛呈黃色，單冠直立，公母雞的皮膚和脛部呈黃色，無(wú)脛?dòng)稹３跎仄骄鶠?7克，開(kāi)產(chǎn)日齡平均為150天，年產(chǎn)蛋180枚，蛋重為54克，蛋殼深褐色，殼厚0.34～0.38毫米，蛋形指數(shù)1.35～1.38。第6頁(yè)/共32頁(yè)茶花雞尋常略大（雄鳥(niǎo)70厘米，雌鳥(niǎo)42厘米）的家雞野生祖先。雄鳥(niǎo)上體力具金屬光澤的金黃、橙黃或橙紅色，并具褐色羽干紋。臉部裸皮、肉冠及肉垂紅色，且大而顯著。飛羽褐黑色，具栗色外緣。尾羽黑色具金屬綠色光澤，中央兩枚尾羽最長(zhǎng)，下垂如鐮刀狀。下體褐黑色。腳藍(lán)灰色。雌鳥(niǎo)上體大部黑褐色，上背黃色具黑紋，胸部棕色，往后漸變?yōu)樽鼗疑?。虹膜－紅色；嘴－角質(zhì)色；腳－藍(lán)灰色。叫聲：只在春季繁殖季節(jié)鳴叫。雄鳥(niǎo)叫聲如gege--gege中間有一明顯停頓，最后的ge非常短，如家養(yǎng)公雞縮短的叫聲。體型近似家雞。頭具肉冠，喉側(cè)有一對(duì)肉垂，是本屬獨(dú)具的特征。雌雄異色。雄性羽色很像家養(yǎng)的公雞，最顯著的差別是頭和頸的羽毛狹長(zhǎng)而尖，前面的為深紅色，向后轉(zhuǎn)為金黃色。這些狹尖的長(zhǎng)羽，從頸向后延伸，覆于背的前部，比家雞更為華麗。尾羽和尾上覆羽均黑，并具金屬綠色反光，羽基白色，飛時(shí)特別明顯。雌性與家養(yǎng)的母雞相似，體形較雄性小，尾亦較短。頭和頸項(xiàng)黑褐綴紅；頸羽亦特長(zhǎng)，軸部黑褐而具金黃色羽緣。

第7頁(yè)/共32頁(yè)大骨雞又稱莊河雞。大骨雞形成歷史悠久，據(jù)資料記載，早在二百多年以前，山東移民將山東大型的壽光雞帶入遼寧，與當(dāng)?shù)仉u雜交，后經(jīng)當(dāng)?shù)厝罕婇L(zhǎng)期選育而成。主要產(chǎn)于遼寧省莊河市。分布于東溝、鳳城、金縣、新金、復(fù)縣等地。大骨雞是以蛋大為突出特點(diǎn)的兼用型地方雞種。具體大墩實(shí)，覓食力強(qiáng)，產(chǎn)蛋多而大，且蛋殼厚而堅(jiān)實(shí)，肉質(zhì)鮮嫩等特性。大骨雞曾與蒙古馬、秦川牛、長(zhǎng)白豬并列中國(guó)農(nóng)業(yè)的四大品牌，而且在上世紀(jì)50年代，還進(jìn)入過(guò)教材書(shū)，甚至在國(guó)家級(jí)禽資源保護(hù)品種名錄里，位列11個(gè)雞種的第二位。第一位是九斤黃，而大骨雞則是200多年前，九斤黃與壽光雞和當(dāng)?shù)赝岭u雜交出來(lái)的新品種。大骨雞體型大，胸深寬廣，背寬而長(zhǎng)，腿高粗壯，腹部豐滿。公雞羽毛棕紅色，尾羽黑色并帶綠色光澤。母雞多呈麻黃色，頭頸粗壯，眼大而明亮。公雞單冠直立，母雞單冠、冠齒較小。冠、耳葉、肉垂呈紅色，嗓、胚、趾均呈黃色。大骨雞屬大型兼用型品種。第8頁(yè)/共32頁(yè)河南斗雞

屬觀賞型雞種。在中國(guó)斗雞品種中體型最大，數(shù)量最多，其胸、腿肌發(fā)達(dá)，可作為肉雞育種的原始素材。河南斗雞主產(chǎn)于河南省開(kāi)封、鄭州、洛陽(yáng)等縣市。2002年存欄10萬(wàn)只。外貌特性

頭半棱形，冠型以豆冠為主。喙短粗，呈半弓形。羽色以青、紅、白三色為主色，三色羽之間相互交配形成青、紅、紫、皂、白、花等色。骨骼比一般雞種發(fā)達(dá)，最突出的是腦殼骨厚，是普通雞的二倍厚。胸骨長(zhǎng)，腿襠較寬。成年雞體重：公3500克，母2000～3000克。第9頁(yè)/共32頁(yè)絲羽烏骨雞

別名：泰和雞、武山雞、白絨雞、竹絲雞產(chǎn)地（或分布）：產(chǎn)于江西泰和縣。福建省泉州市、廈門市和閩南沿海有分布。主要種質(zhì)特性：絲羽烏骨雞屬藥用型雞種，以其具有潔白如雪的絲狀羽，皮膚、肌肉、骨膜皆烏和具有獨(dú)特的藥用價(jià)值而聞名國(guó)內(nèi)外。還具有性情溫馴、不善飛躍、適應(yīng)性強(qiáng)、外形美觀、肉質(zhì)鮮嫩等特性。體型外貌：絲羽烏骨雞在國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)中被列為觀嘗型雞種。其體型為頭小、頸短、腳矮、結(jié)構(gòu)細(xì)致緊湊、體態(tài)小巧輕盈。其外貌具十大特征，也稱“十全”：桑棋冠冠屬草梅類型，在性成熟前為暗紫色似桑椹，成年以后色減退略帶紅色似荔枝。纓頭頭頂有一叢纓狀冠羽，母雞比公雞發(fā)達(dá)，狀如絨球，稱之為“鳳頭”。綠耳耳葉圣暗紫色，在性成熟前明顯呈藍(lán)綠色彩，成年后逐漸成為暗紫色。趾，也有個(gè)別的從第一趾再多生一趾成為六趾的。腳毛腹部和第四趾著生有脛?dòng)鸷椭河?。烏皮全身皮膚以及眼、臉、喙、脛、趾均呈烏色。烏肉全身肌肉略帶烏色，內(nèi)臟及腹脂膜均呈烏色。烏骨骨質(zhì)暗烏，骨膜深黑色。第10頁(yè)/共32頁(yè)固始雞固始雞屬黃雞類型，具有產(chǎn)蛋多、蛋大殼厚、遺傳性能穩(wěn)定等特點(diǎn)，為蛋肉兼用雞。全區(qū)均有分布，以固始為最多。固始雞體軀呈三角形，羽毛豐滿，單冠直立，六個(gè)冠齒，冠后緣分叉，冠、岡揮、耳垂呈鮮紅色，眼大有神，味短呈青黃色。公雞毛呈金黃色，母雞以黃色、麻黃色為多。母雞長(zhǎng)到180天開(kāi)產(chǎn)，年產(chǎn)蛋為130-200枚，平均蛋重50克，蛋黃呈鮮紅色。成年公雞體重2.1公斤，母雞1.5公斤，為我國(guó)寶貴的家禽品種資源之一。特點(diǎn)固始雞有以下突出的優(yōu)良性狀：一是耐粗飼，抗病力強(qiáng)，適宜野外放牧散養(yǎng)；二是肉質(zhì)細(xì)嫩，肉味鮮美，湯汁醇厚，營(yíng)養(yǎng)豐富，具有較強(qiáng)的滋補(bǔ)功效；三是母雞產(chǎn)蛋較多，蛋大，蛋清較稠，蛋黃色深，蛋殼厚，耐貯運(yùn)?；铍u及鮮蛋在明清時(shí)期為宮廷貢品，本世紀(jì)五十年代開(kāi)始出口港澳，六、七十年代被指定為京、津、滬特供商品，贏得了“土雞之王”和“王牌蛋”的美譽(yù)。青嘴、青腿是固始雞的天然防偽標(biāo)志。固始雞有青腳和烏骨兩個(gè)品系。第11頁(yè)/共32頁(yè)說(shuō)起“狼山雞”，還流傳著一段有趣的故事。遠(yuǎn)在1872年，一艘英國(guó)商船，停泊在南通附近的長(zhǎng)江中，炊事員上岸買回一批黑雞做菜。因雞肉質(zhì)細(xì)嫩，味道鮮美異常，船長(zhǎng)甚感驚奇，如獲至寶，便將剩下的幾只帶回英國(guó)。后來(lái)這種黑雞竟然在英國(guó)家禽展覽會(huì)上展出，受到歐美各國(guó)養(yǎng)禽專家的青睞，獲得金質(zhì)獎(jiǎng)?wù)?。于是，歐、美、亞許多國(guó)家便從我國(guó)進(jìn)口此雞。由于這些雞都從南通狼山出口，故取名“狼山雞”。建國(guó)后，狼山雞又曾作為種雞飛往德國(guó)、澳大利亞等國(guó)。一時(shí)，狼山雞身價(jià)百倍，中外馳名。第12頁(yè)/共32頁(yè)狼山雞是我國(guó)著名的蛋肉兼用型地方雞種，體格健壯，頭昂尾翹，具有典型的U字形特征；被毛緊密、有光澤；活潑好動(dòng)，行動(dòng)靈活。狼山雞按羽色可分黑、白兩種。狼山黑雞單冠直立，有5～6個(gè)冠齒；耳垂和肉髯均為鮮紅色；喙黑褐色，尖端顏色較淡；全身被毛黑色；成年公雞背部、尾部羽毛有墨綠色金屬光澤；脛、趾部均呈灰黑色，皮膚為白色。狼山黑雞初生雛頭部黑白絨毛相間，俗稱大花臉；背部為黑色絨羽，腹、翼尖部及下腭等處絨羽為淡黃色，這是狼山黑雞有別于其他黑色雞種的特征。狼山白雞雛雞羽毛為灰白色，成雞羽毛潔白。第13頁(yè)/共32頁(yè)藏雞喙多呈黑色，少數(shù)呈肉色或黃色。虹彩多呈橘色，黃栗色次之。耳葉多呈白色，少數(shù)紅白相間，個(gè)別紅色。脛黑色者居多，其次肉色，少數(shù)有脛?dòng)?。主、副翼羽、主尾羽和大鐮羽呈黑色帶金屬光澤，脛?dòng)?、蓑羽呈紅色或金黃色鑲黑邊羽，身體其他部位黑色羽多者稱黑紅公雞，紅色羽多者稱大紅公雞.此外，還有少數(shù)白色公雞和其他雜色公雞。母雞羽色較復(fù)雜，主要有黑麻、黃麻、褐麻等色，少數(shù)白色，純黑較少。但云南尼西雞則以黑色較多，白色麻黃花次之，尚有少數(shù)其他雜花、灰色等。初生重為28.1～30.8克，成年體重公雞為1145克，母雞為860.2克。第14頁(yè)/共32頁(yè)仙居雞是浙江省優(yōu)良的小型雞蛋地方品種，主要區(qū)在仙居縣及鄰縣。每年飼養(yǎng)量約50萬(wàn)只以上，多分布在浙江省東南部地區(qū)，外省也有引種。該雞已有300多年的飼養(yǎng)歷史。對(duì)仙居雞的體重、體尺及公雞肉品質(zhì)與屠宰性能進(jìn)行測(cè)定,并對(duì)所涉及參數(shù)進(jìn)行了相關(guān)性分析.結(jié)果表明:仙居雞平均體斜長(zhǎng)、龍骨長(zhǎng)、髖寬、脛長(zhǎng)、脛圍分別為14.05cm、10.4cm、8.85cm、7.15cm、3.1cm;仙居公雞的屠宰率達(dá)90.97%,半凈膛率為80.16%,全凈膛率為63.27%,胸肌率7.7%,腿肌率14.2%;肉質(zhì)參數(shù)(pH值、透光度、失水率、嫩度)中僅嫩度與pH值、透光度、龍骨長(zhǎng)、脛長(zhǎng)有中度相關(guān);屠宰性能(體重、屠體重、半凈膛重、全凈膛重、胸肌及腿肌重)的各項(xiàng)指標(biāo)間高度相關(guān);龍骨長(zhǎng)、脛長(zhǎng)有中度相關(guān);體尺指標(biāo)(體斜長(zhǎng)、龍骨長(zhǎng)、髖寬、脛長(zhǎng)、脛圍)的相關(guān)系數(shù)為0.424～0.885.第15頁(yè)/共32頁(yè)蕭山雞又名“越雞”、“沙地大種雞”，原產(chǎn)地是浙江省蕭山縣，是我國(guó)優(yōu)良的肉蛋兼用型品種，素以體型健碩，肉質(zhì)鮮美而聞名，深受消費(fèi)者青睞。特點(diǎn)由于蕭山雞腳黃、羽毛黃、皮肉黃，俗稱“三黃雞”，主產(chǎn)于瓜瀝、義蓬等沙地鄉(xiāng)鎮(zhèn)，分布于杭嘉湖及紹興地區(qū)。一般放養(yǎng)150多天，可以長(zhǎng)到十多斤重，140-150天即將下蛋的蕭山雞母雞就是烹制叫花雞的原料。但是上世紀(jì)八九十年代，由于當(dāng)?shù)胤N雞場(chǎng)實(shí)行企業(yè)化管理，個(gè)頭大、生長(zhǎng)期長(zhǎng)的蕭山雞逐漸被市場(chǎng)淘汰，蕭山雞就沒(méi)再進(jìn)行保種和選育，處于瀕危狀態(tài)。蕭山雞一般成年公雞體重約3～3．5公斤，母雞約2公斤，閹雞達(dá)5公斤。胸部肌肉特別發(fā)達(dá)，兩腳粗壯結(jié)實(shí)，性活潑好動(dòng)，喜覓活食。產(chǎn)區(qū)地處錢塘江沖積平原，農(nóng)業(yè)發(fā)達(dá)，飼料豐富，又適宜雞群放養(yǎng)，加上當(dāng)?shù)剞r(nóng)民養(yǎng)雞經(jīng)驗(yàn)豐富，故形成該雞成熟早、生長(zhǎng)快、體形肥大、肉質(zhì)細(xì)嫩、產(chǎn)蛋率高等特點(diǎn)。電孵生產(chǎn)的雛雞，飼養(yǎng)180天左右即能生蛋，年產(chǎn)120～150枚，枚重54～56克。蕭山雞具有較高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值，雞肉脂肪含量較普通雞少，100克雞肉中含蛋白質(zhì)23克，脂肪僅1克左右。成雞適時(shí)閹割，可加速生長(zhǎng)，體形高大，俗稱"紅毛大閹雞"。蕭山雞營(yíng)養(yǎng)豐富，對(duì)人體具有補(bǔ)益五臟、治脾胃虛弱之功效。民間以仔雞與黃芪燉服，對(duì)慢性肝炎、腰肌酸痛、神經(jīng)衰弱、氣虛盜汗、腎陽(yáng)不足等癥有較好療效。第16頁(yè)/共32頁(yè)北京油雞是北京地區(qū)特有的地方優(yōu)良品種，距今已有300余年。北京油雞是一個(gè)優(yōu)良的肉蛋兼用型地方雞種。具特殊的外貌(即鳳頭、毛腿和胡子嘴)，肉質(zhì)細(xì)致，肉味鮮美，蛋質(zhì)佳良，生活力強(qiáng)和遺傳性穩(wěn)定等特性。數(shù)量：北京油雞（中華宮廷黃雞）2002年存欄6000只。主要特性：北京油雞（中華宮廷黃雞）屬蛋肉兼用型雞種。其中羽毛呈赤褐色（俗稱紫紅毛）的雞體型偏?。挥鹈庶S色（俗稱素黃色）的雞體型偏大。北京油雞（中華宮廷黃雞）初生雛雞全身披著淡黃或土黃色絨羽，冠羽、脛?dòng)?、髯羽也很明顯，體渾圓。北京油雞（中華宮廷黃雞）的羽毛厚密而蓬松，有冠羽、脛?dòng)鸷枉子?，有些個(gè)體兼有趾羽。北京油雞（中華宮廷黃雞）多數(shù)個(gè)體的頜下或頰部生有髯須，冠型為單冠，冠葉小而薄，在冠葉的前段常形成一個(gè)小的“S”狀褶曲，冠齒不甚整齊。虹彩多呈棕褐色，喙各脛呈黃色，少數(shù)個(gè)體分生五趾。第17頁(yè)/共32頁(yè)鹿苑雞體型高大，體質(zhì)結(jié)實(shí)，胸部較深，背部平直。公雞重3kg、母雞9kg左右，故有"鹿苑大雞"之稱。頭部冠小而薄，肉垂、耳葉亦小。眼中等大，瞳孔黑色，虹彩呈粉紅色，喙中等長(zhǎng)、黃色，有的喙基部呈褐黑色。全身羽毛黃色，緊貼體軀，且使腿羽顯得比較豐滿。頸羽、主翼羽和尾羽有黑色斑紋。公雞羽毛色彩較濃，梳羽、蓑羽和小鐮羽呈金黃色，大鐮羽呈黑色，皆富有光澤、脛、趾黃色，兩腿間距離較寬，無(wú)脛?dòng)?。雛雞絨羽黃色。產(chǎn)區(qū)養(yǎng)雞歷來(lái)是分散飼養(yǎng)，每戶養(yǎng)母雞10余只，專養(yǎng)1只公雞，放牧混養(yǎng)，采取自由配種方式，并在春秋兩季進(jìn)行由母雞孵化、育雛。在雞群公母配種比例1：15的情況下，采用人工孵化，種蛋的受精率為94．3%,受精蛋孵化率為87．23%。母雞就巢性較強(qiáng)，據(jù)對(duì)123只母雞統(tǒng)計(jì)，有就巢雞23只，占母雞總數(shù)的18．7%。近年各雞場(chǎng)通過(guò)選育，就巢率已有所下降。人工育雛時(shí)，30日齡育雛成活率在90%以上。第18頁(yè)/共32頁(yè)微衛(wèi)星引物2、１６個(gè)用于地方雞種遺傳多樣性研究的微衛(wèi)星基因座信息第19頁(yè)/共32頁(yè)方法STR1、定義短串聯(lián)重復(fù)(shorttandemrepeat,STR,SSR)，一種簡(jiǎn)單串聯(lián)重復(fù)DNA序列。其重復(fù)單位為1～6個(gè)核苷酸，由10～50個(gè)重復(fù)單位串聯(lián)組成。微衛(wèi)星DNA是在研究DNA多態(tài)性標(biāo)記過(guò)程中發(fā)現(xiàn)的。1981年Miesfeld等首次發(fā)現(xiàn)微衛(wèi)星DNA，雙核苷酸重復(fù)單位常為(CA)n和(TG)n。STR的核心序列為1～6bp,呈串聯(lián)重復(fù)排列,重復(fù)次數(shù)10~50次左右,其總長(zhǎng)度常小于400bp,常見(jiàn)的有一、二、三、四核苷酸重復(fù)序列,約占真核生物基因組的5%。第20頁(yè)/共32頁(yè)實(shí)驗(yàn)步驟

1.收集標(biāo)本(血液或組織等標(biāo)本)并提取DNA。

2.設(shè)計(jì)引物序列并擴(kuò)增，瓊脂糖電泳檢測(cè)結(jié)果。

3.合成熒光標(biāo)記引物。

4.進(jìn)行PCR擴(kuò)增，產(chǎn)物通過(guò)測(cè)序儀器電泳檢測(cè),獲得擴(kuò)增片段大小。

5.分析測(cè)序儀器讀出的數(shù)據(jù)，給結(jié)果圖譜。第21頁(yè)/共32頁(yè)STR用于遺傳學(xué)多態(tài)性研究STR標(biāo)記多位于非編碼區(qū),變異一般不影響人體的結(jié)構(gòu)與功能,突變?cè)谶M(jìn)化過(guò)程中受自然選擇壓力較小,以近乎穩(wěn)定的速率傳遞且不斷積累,形成多樣性。通過(guò)研究STR多態(tài)性,變異速率以及比較序列間差異、人群間差異,分析不同人群間的遺傳距離,就可從分子生物學(xué)角度揭示人類的起源、遷徙、進(jìn)化等歷史進(jìn)程。展望微衛(wèi)星DNA的研究近年來(lái)已取得了明顯進(jìn)展,但微衛(wèi)星DNA標(biāo)記還存在很多問(wèn)題，如微衛(wèi)星DNA分子突變機(jī)制尚不完全清楚、PCR引物在不同物種間保守性較差、對(duì)于不同物種要進(jìn)行特異性引物設(shè)計(jì)等，但微衛(wèi)星DNA仍然是研究當(dāng)前種內(nèi)遺傳變異中分辨率最高、揭示力最強(qiáng)的核DNA標(biāo)記。相信隨著微衛(wèi)星DNA研究的不斷深入，微衛(wèi)星必將會(huì)在各個(gè)領(lǐng)域中有著更為廣泛的應(yīng)用。第22頁(yè)/共32頁(yè)統(tǒng)計(jì)方法

各亞群的觀察雜合度、無(wú)偏雜合度和平均有效等位基因數(shù)利用Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ－Ｔｏｏｌｋｉｔ軟件進(jìn)行計(jì)算；用ＦＳＴＡＴ軟件計(jì)算Ｆ－ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ統(tǒng)計(jì)量（Ｆｓｔ），基因流Ｎｍ由Ｆｓｔ＝１／（４Ｎｍ＋１）獲得，群體間的ＤＲ遺傳距離由ＰＨＹＬＩＰ軟件計(jì)算。采用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（Ｖ２．０）推斷各地方雞品種的基因組分?jǐn)?shù)分布，采用混合模型（ＡｄｍｉｘｔｕｒｅＭｏｄｅｌ）進(jìn)行分析，重復(fù)運(yùn)行Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ程序２０次，每次在２００００Ｂｕｒｎ－ｉｎ基礎(chǔ)上運(yùn)行５００００步。第23頁(yè)/共32頁(yè)輔助理解雜合度是指隨機(jī)抽取的樣本中其兩個(gè)等位基因不相同的可能性(Nei,1975)。期望雜合度主要是根據(jù)種群內(nèi)當(dāng)前優(yōu)勢(shì)等位基因的分布頻率來(lái)推算的,稀有基因的貢獻(xiàn)極其微弱遺傳學(xué)上的雜合度，用H表示:雜合性的一種狀態(tài)程度,反映一個(gè)位點(diǎn)具有兩個(gè)以上等位基因的狀態(tài)：H=1-Σpi

第24頁(yè)/共32頁(yè)等位基因數(shù)在數(shù)量性狀中，每對(duì)等位基的作用有積加的效應(yīng)，如控制高度的基因，一個(gè)等位基因g平均可貢獻(xiàn)2cm的高度，G平均貢獻(xiàn)4cm的高度，gg純合貢獻(xiàn)4cm高度，Gg雜合可貢獻(xiàn)6cm高度，或者7cm，8cm的高度，GG純合可貢獻(xiàn)8cm的高度，它們的遺傳方差稱為加性遺傳方差（additivegeneticvariance）。若G對(duì)g有顯性作用，那么Gg將貢獻(xiàn)8cm，顯性作用使表型產(chǎn)生的方差稱顯性方差。若有非等位基因之間存在上位效應(yīng)的話還必須考慮到上位方差，或稱為互作方差（interactionvariance）VI,因此遺傳方差是由下式表示：VG=VA+VD+VI遺傳距離衡量品種間若干性狀綜合遺傳差異大小的指標(biāo)。育種目標(biāo)所要求的性狀不止一個(gè)，為了能夠更全面地反映親本品種間的遺傳差異，需要對(duì)多個(gè)性狀綜合考慮，從而引伸出遺傳距離的概念。按多元統(tǒng)計(jì)分析方法計(jì)算品種間多個(gè)性狀基因型值構(gòu)成的多維空間的幾何距離，就叫作品種間的遺傳距離?；蛄髦干飩€(gè)體從其發(fā)生地分散出去而導(dǎo)致不同種群之間基因交流的過(guò)程，可發(fā)生在同種或不同種的生物種群之間?；蛄鞯膹?qiáng)弱和程度因不同的種或種群、不同的時(shí)間和地點(diǎn)而有很大差異，但其基本作用是消弱了種群間的遺傳差異。一般而言，鄰近種群基因頻率相似并不一定就是基因流產(chǎn)生的融合作用，也許是選擇壓力相同造成的；而鄰近種群間基因頻率出現(xiàn)較大差異，也不能說(shuō)不存在基因流，這時(shí)自然選擇的作用超過(guò)了基因流，于是種群在強(qiáng)大的選擇壓力下，即使存在一定的基因流，還是發(fā)生了較大的遺傳分化。對(duì)植物種群而言，即使通過(guò)基因流實(shí)現(xiàn)了新基因的輸入，但由于生殖上的障礙（生殖隔離等），這種基因流并不能得以遺傳。第25頁(yè)/共32頁(yè)結(jié)果雜合度和等位基因數(shù)：藏雞的觀察雜合度最高（０．６９５９），等位基因數(shù)最多（６．１９）；固始雞的觀察雜合度最低（０．４９９２），等位基因數(shù)最少（３．９４）；１２個(gè)雞種的平均觀察雜合度為（０．６２３１），平均無(wú)偏雜合度為（０．６２７５），平均有效等位基因數(shù)為（５．０６）。ＤＲ遺傳距離和基因流固始雞與茶花雞、河南斗雞和狼山雞之間的ＤＲ遺傳距離較遠(yuǎn)，分別為０．２７７５，０．２７５０和０．２５５２；就平均遺傳距離而言，固始雞與其他１１個(gè)雞種間的平均遺傳距離最遠(yuǎn)（０．２０９５），其次為河南斗雞，藏雞與其他１１個(gè)雞種間的平均遺傳距離最近（０．１０１３）。蕭山雞與鹿苑雞（６．０９５２）、藏雞與茶花雞（５．４０５５）、藏雞與仙居雞（４．８６２５）之間的基因流較大；就平均基因流而言，藏雞與其他１１個(gè)雞種間的平均基因流最大（２．７７３０），其次為仙居雞，固始雞與其他１１個(gè)雞種間的平均基因流最?。ǎ保保矗保保?。第26頁(yè)/共32頁(yè)基因組分?jǐn)?shù)的分布Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ程序是一種基于多位點(diǎn)基因型和等位基因頻率數(shù)據(jù)推斷群體結(jié)構(gòu)的模型分類法，每個(gè)推斷類別（Ｋ）均代表一組特定的基因型和等位基因頻率類型，其根據(jù)每一個(gè)被分析個(gè)體的位點(diǎn)基因型和等位基因頻率在所有推斷類別中的分布比例（即基因組分?jǐn)?shù)，＞０．８００），確定個(gè)體所屬的品種類別，可用于分析各品種群體的遺傳背景（相對(duì)獨(dú)立或具有復(fù)雜的遺傳基礎(chǔ)）。采用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ程序推斷的１２個(gè)地方雞種的群體基因組分?jǐn)?shù)分布見(jiàn)表４。由表４可知，蕭山雞、鹿苑雞和藏雞群體的平均基因組分?jǐn)?shù)在所屬推斷類別中均小于０．８００。遺傳多樣性貢獻(xiàn)率Ｗｅｉｔｚｍａｎ保種理論的分析結(jié)果表明，１２個(gè)地方雞種群體的現(xiàn)實(shí)多樣性為１．５７９２，固始雞、河南斗雞、茶花雞、絲羽烏骨雞對(duì)總?cè)含F(xiàn)實(shí)多樣性的品種貢獻(xiàn)率相對(duì)較高，且均超過(guò)１０％；鹿苑雞、藏雞和蕭山雞對(duì)總?cè)含F(xiàn)實(shí)多樣性的品種貢獻(xiàn)率較其他雞種小，且均低于５％。Ｃａｂａｌｌｅｒｏ保種理論的分析結(jié)果表明，茶花雞、河南斗雞、北京油雞、絲羽烏骨雞、大骨雞、藏雞和蕭山雞對(duì)總?cè)哼z傳多樣性有正的貢獻(xiàn)率，當(dāng)該品種被從總?cè)褐幸瞥龝r(shí)，分別會(huì)使總體遺傳多樣性減少０．９５６８％，０．５００９％，０．４９２９％，０．１１２９％，０．７７３８％，０．０４５２％和０．０２８２％。

第27頁(yè)/共32頁(yè)分析與討論１、Ｗｅｉｔｚｍａｎ遺傳多樣性保護(hù)等級(jí)分析Ｗｅｉｔｚｍａｎ遺傳多樣性保護(hù)理論是基于品種間遺傳距離，通過(guò)計(jì)算總?cè)后w現(xiàn)實(shí)多樣性及各品種對(duì)總?cè)后w現(xiàn)實(shí)多樣性的貢獻(xiàn)率來(lái)確定品種的優(yōu)先等級(jí)，以最大程度地保護(hù)資源群體間的遺傳多樣性。因此，Ｗｅｉｔｚｍａｎ保護(hù)理論對(duì)特征特性明顯、與其他品種間具有較大遺傳距離的品種給予最高保護(hù)等級(jí)。在本研究分析的１２個(gè)地方雞品種中，Ｗｅｉｔｚｍａｎ保護(hù)理論將固始雞、河南斗雞、茶花雞、絲羽烏骨雞、北京油雞列在品種保護(hù)等級(jí)的前列，與這幾個(gè)雞品種具有獨(dú)特的特征特性和相對(duì)封閉的品種形成歷史基本一致。上述品種與其他品種間較遠(yuǎn)的遺傳距離、較少的基因流動(dòng)及群體基因組分?jǐn)?shù)在各自推斷類別