用戶使用(LinuxCluster部分)

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僅供參考學(xué)習(xí)一、

用戶使用檔LinuxCluster部分)Linux操作系統(tǒng)使LinuxAS包含Redhat分發(fā)的絕大部分的軟件包，用戶可以在安裝Linux其它linux悉操作系統(tǒng)環(huán)境。參考書籍：UNIX程環(huán)境文本編輯器：用來編譯代碼的編譯器主要有：等。此部分要求在使用前熟悉。二、

器本部分目的在于掌IntelCompiler使用此之前熟悉語言。IntelC/C++編譯器接受遵守ANSI,ISOC/C++ASMforIA-32準(zhǔn)的輸入與linux下常用的gcc容并支持更大的C語言擴(kuò)展，包括源文件、令行參數(shù)、目標(biāo)文件。不支持的inline方式的匯編。例：intargc,argv[]){printf("HelloWorld!\n");0;}"hello.cpp"[dos]18L,-chello.ohello.o-ohello$./helloWorld!

編譯鏈接執(zhí)行注意，編譯與鏈接都由icc完成，icc常用命令行參數(shù)：

輸出文件命名-Iinclude路-Llib路-l

包含的名

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僅供參考學(xué)習(xí)-c僅生成目標(biāo)文件(不接-On編器化選項(xiàng)n=0關(guān)編譯器化n=3使最激進(jìn)的優(yōu)化-c99[-]打開關(guān)閉規(guī)的支持詳細(xì)的請參照icc的Intel編譯器支持標(biāo)準(zhǔn)并與VisualFortran)容。例：Hello.f90programhellostop[noeol][dos]4L,ifort-cifort-o$./HelloWorld!

編譯鏈接執(zhí)行編譯與連接同樣由ifort來完成，ifort常用命令行參數(shù)：輸出文件命名-Iinclude路徑-Llib路-l包的名-c僅生成目標(biāo)文件(不接-On編器化選項(xiàng)n=0關(guān)編譯器化n=3使最激進(jìn)的優(yōu)化-std90使用F90標(biāo)準(zhǔn)編譯-std95使用F95標(biāo)準(zhǔn)編譯-f77rtl編譯使用F77運(yùn)行方式的代碼（用于解決特殊問題）三、核心數(shù)學(xué)庫的用本節(jié)介紹MKL的使用IntelMKL數(shù)學(xué)庫針對Intel系列處理器進(jìn)行了專門的優(yōu)化，主要包含的庫有：1.基本線形代數(shù)運(yùn)算(BLAS)向量與向量、向量與矩陣、矩陣與矩陣的運(yùn)算2.稀疏線形代數(shù)運(yùn)算3.快速傅立葉變換(單精度/雙精度)

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僅供參考學(xué)習(xí)4.5.6.7.

LAPACK(求解線形方程組、最小方差、征值、方程等向量數(shù)學(xué)庫(VML)向量統(tǒng)計(jì)學(xué)庫(VSL)高級離散傅立葉變換例，計(jì)算NxN矩陣相乘，屬于基本線性運(yùn)算，查MKL手冊BLAS章節(jié)可以使用的函數(shù)進(jìn)行運(yùn)算，假定計(jì)算雙精度浮點(diǎn)則使用dgemm函數(shù)。C語言中的定義(CBLAS中)：enum，TransA,constenumCBLAS_TRANSPOSETransB,constintM,constintconstintK,constconstdouble*A,intconstdouble*B,intldb,intldc);對應(yīng)數(shù)學(xué)表達(dá)式cbeta*c,編寫一個程序?qū)崿F(xiàn)：文件:<stdlib.h>"mkl.h"intargc,argv[]){a[N][N]={……};b[N][N]={……};；……cblas_dgemm(CblasRowMajor,CblasNoTrans,N,N,N,a,0,c,N);……0;}編譯:multi.c-I/opt/intel/mkl/include–L/intel/mkl/lib–lmpi_ipf

–o四、

MPI程序編譯法:消息傳遞接口(MPI)并行程序設(shè)計(jì)模型程序的編譯命令。

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僅供參考學(xué)習(xí)例：文件includemain(argc,intargc;{name[BUFSIZ];int&argv);MPI_Get_processor_name(name,&length);printf("%s:helloworld\n",name);MPI_Finalize();}編譯與連接均使mpicc,參數(shù)mpicc中義的編譯器相同與相同。mpicc–chello.cohello.ompicchello.o–ohello運(yùn)行使用mpirun命令運(yùn)行需要的節(jié)點(diǎn)定義在文件中并在-中制定。文件:node1node1node2node3運(yùn)行：–machefilenodelist–np4./hellonode1:helloworldnode1:helloworldnode2:helloworldnode3:helloworld五、

32向64位的移植本節(jié)講解32程序到位移植中應(yīng)注意的常見問題：1.數(shù)據(jù)截斷：由于long類型變量的運(yùn)算（賦值、比較、移位等）產(chǎn)生。long定義

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僅供參考學(xué)習(xí)在x86上為在ia64上為64bits.容易在與int型變量運(yùn)算時出現(xiàn)異常。處理方法：盡量避免不同類型變量間的運(yùn),避免將長度較長的變量賦值到較短的變量中，統(tǒng)一變量長度可以解決這個問題。簡單的對于32轉(zhuǎn)移到位可以將所有義轉(zhuǎn)換為int定義。2.指針存儲：在x86平臺下，習(xí)慣使用int來存儲指針，并將指針直接參與到型的運(yùn)算中而位平臺下指針大小為64bits,無存儲到int對指針的運(yùn)算也可能會因?yàn)閿?shù)據(jù)長度的不一致導(dǎo)致異常。處理方法：修改用于存儲傳遞指針的變量intptr_t類型定義，以保證平臺兼容性3.不規(guī)范的結(jié)構(gòu)：未命名或?yàn)橹付〝?shù)量的成員可能會出現(xiàn)異常處理方法：命名未命名的成員，聲明類型符號，將long定義轉(zhuǎn)為int。4.代碼中的直接數(shù)直接使用16進(jìn)制數(shù)字進(jìn)行賦值時（一般會隱含假設(shè)該變量為位變量的前提）可能出現(xiàn)異常使用數(shù)字定義數(shù)據(jù)大小進(jìn)行移位運(yùn)算時會出現(xiàn)異常。處理方法查代碼中的直接數(shù)字是否有表32有關(guān)的各種形式，如0x7fffffff，替換為宏定義。編寫代碼時注意可移植化：1.在32位與位下使用同樣的頭文件2.使用嚴(yán)禁的格式定義如用定義偏移量用fpos_t定義文件位置,intptr_t定義指針3.使用intypes.h>定義的整數(shù)類型，不使用int,long,longlong的傳統(tǒng)定義方式。使用帶有整形標(biāo)示符參數(shù)的printf函數(shù)，不使用%d,%ld的格式化方式。4.使用固定寬度或宏定義的整數(shù)類型，數(shù)字，掩碼5.對整形變量作邊界檢查。6.32與位進(jìn)程共享內(nèi)存操作時，使用位作為操作字長。六、

作業(yè)管理系統(tǒng)的使用本節(jié)主要介紹業(yè)管理系統(tǒng)的使用。1.作業(yè)的提交bsub[options][arguments]常用的bsub參數(shù)：-J

作業(yè)名稱-ooutput_file重定向作業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)輸出errorput_file重定向作業(yè)的錯誤輸出-iinput_file

重定向作業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)輸入

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僅供參考學(xué)習(xí)-q“queue_name…指定作業(yè)提交的隊(duì)列，默認(rèn)為-mmachine

制定作業(yè)運(yùn)行到特定的節(jié)點(diǎn)[不建議]對于mpi業(yè)提交時：指定作業(yè)類型為mpi作業(yè)-n制定作業(yè)要求的最小[最大]CPU個數(shù)例：1.普通作業(yè):一般運(yùn)行：$./hello提交命令：$bsub–eerrfile2.MPI作業(yè)一般運(yùn)行：$–4–machinefile./hello提交命令：$––n4–ooutfile–eerrfile./hello注意將由系統(tǒng)產(chǎn)生，在提交時不需要指定。如系統(tǒng)接納此作業(yè)將返回作業(yè)ID，如不接納將返回出錯原因。2.作業(yè)監(jiān)視與控制常用的作業(yè)控制命令查看作業(yè)歷史信息查看當(dāng)前作業(yè)信息bpeek查看未完成的作業(yè)的輸出與錯誤輸出bkill

殺死正在運(yùn)行的作業(yè)七、

殺死并重新將作業(yè)排隊(duì)掛起正在運(yùn)行的作業(yè)恢復(fù)掛起的作業(yè)bswitch將一個作業(yè)換直另一個隊(duì)列排隊(duì)3.查看系統(tǒng)狀況：查看當(dāng)前系統(tǒng)各節(jié)點(diǎn)信息lsload查看當(dāng)前系統(tǒng)各節(jié)點(diǎn)負(fù)載信息查看當(dāng)前系統(tǒng)各隊(duì)列信息常見問題1.：命令無法執(zhí)行，出現(xiàn)”cannotbinaryfile錯誤A：請確改程序?yàn)閕a64程序。使用file命令查看。32-bitLSBexecutable,Intel80386,version1(SYSV),

.應(yīng)為64-bitLSBexecutable,IA-64version1(SYSV),.解決方法為使用IA64體系結(jié)構(gòu)的版本或取得源代碼重新編譯2.Q:系統(tǒng)運(yùn)行速度很慢,何使用多個CPU運(yùn)算A:請使用bsub提交命令，參見本文檔關(guān)于作業(yè)系統(tǒng)部分。3.Q:提交時系統(tǒng)提示”QueuedoeshaveJobnot”

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