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文檔簡介

單因素方差分析第1頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三用6種培養(yǎng)液培養(yǎng)紅苜蓿,每一種培養(yǎng)液做5次重復(fù),測定5盆苜蓿的含氮量,結(jié)果如下表(單位:mg).問用6種不同培養(yǎng)液培養(yǎng)的紅苜蓿含氮量差異是否顯著?盆號培養(yǎng)方法ⅠⅡⅢⅣⅤⅥ1234519.432.627.032.133.017.724.827.925.224.317.019.49.111.915.820.721.020.518.818.614.314.411.811.614.217.319.419.116.920.8第2頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三方差分析(analysisofvariance-ANOVA)

是由英國統(tǒng)計學(xué)家R.A.Fisher于1923年提出的。方差分析是一種特殊的假設(shè)檢驗,是用來判斷多組數(shù)據(jù)之間平均數(shù)差異顯著性的.

它不同于t檢驗之處在于:它把所有數(shù)據(jù)放在一起,一次比較就對所有各組間是否有差異做出判斷,如果沒有顯著性差異,則認為各組平均數(shù)相同;如果發(fā)現(xiàn)有差異,再進一步比較是哪組數(shù)據(jù)與其它數(shù)據(jù)不同.第3頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三在多組數(shù)據(jù)的平均數(shù)之間做比較時,可以在平均數(shù)的所有對之間做t檢驗,但這樣做會提高犯I型錯誤的概率,因而是不可取的。方差分析可以防止該問題的出現(xiàn)。如對5個平均數(shù)進行檢驗,若做t檢驗,則需做10次,假設(shè)每一次檢驗接受零假設(shè)的概率為0.95,那么10次都接受零假設(shè)的概率為(0.95)10=0.60,(至少有1次)拒絕零假設(shè)的概率為0.40,犯I型錯誤的概率明顯平加第4頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三方差分析中常用基本概念(一)試驗指標(experimentalindex)

為衡量試驗結(jié)果的好壞或處理效應(yīng)的高低,在試驗中具體測定的性狀或觀測的項目。(二)試驗因素

(experimentalfactor)

試驗中所研究的影響試驗指標的因素叫試驗因素。當試驗中考察的因素只有一個時,稱為單因素試驗;

若同時研究兩個或兩個以上的因素對試驗指標的影響時,則稱為兩因素或多因素試驗。按是否可控制因素可分為:固定因素和隨機因素.第5頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三

固定因素:可準確控制且其水平固定后效應(yīng)也固定,比如:溫度、化學(xué)藥物濃度等.隨機因素:因素水平不能嚴格控制或者說即使其水平可控制但其效應(yīng)也不固定.比如:動物的窩別、農(nóng)家肥的效果等.試驗因素常用大寫字母A、B、C、…等表示。(三)因素水平(leveloffactor)試驗因素所處的某些特定狀態(tài)或數(shù)量等級稱為因素水平,簡稱水平。比如:不同的溫度;溶液不同濃度等.(四)重復(fù)

(repeat)

在試驗中,將一個處理實施在兩個或兩個以上的試驗單位上,稱為處理有重復(fù);一處理實施的試驗單位數(shù)稱為處理的重復(fù)數(shù)。第6頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三第一節(jié)單因素方差分析的基本原理一、線性模型二、固定線性模型三、隨機線性模型四、多重比較五、基本假定第7頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三(一)線性模型

假設(shè)某單因素試驗有a個處理,每個處理有n次重復(fù),共有na個觀測值。這類試驗資料的數(shù)據(jù)模式如表7-1所示。一、線性模型第8頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三表7-1單因素方差分析的典型數(shù)據(jù)模式

X1X2X3…

Xi…

Xa

合計1

χ11χ21χ31χi1χa1

2χ12χ22χ32χi2χa23χ13χ23χ33χi3χa3…

…jχ1jχ2jχ3jχij

χajnχ1nχ2nχ3nχinχan合計平均數(shù)總體均數(shù)處理效應(yīng)第9頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三符號文字表述

an因素水平數(shù)每一水平的重復(fù)數(shù)第i水平的第j次觀察值第i水平所有觀察值的和第i水平均值全部觀察值的和總平均值第i水平上的子樣方差各處理總和、平均數(shù)、大總和、總平均數(shù)是計算的一級數(shù)據(jù),在本章我們采用了黑點符號體系法表示,要注意熟悉和掌握。第10頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三可以分解為

表示第i個處理觀測值總體的平均數(shù)。為了看出各處理的影響大小,將再進行分解,

其中μ表示全試驗觀測值的總體平均數(shù)(overallmean),是第i個處理的效應(yīng)(treatmenteffect),表示處理i對試驗結(jié)果產(chǎn)生的影響。是試驗誤差,相互獨立,且服從正態(tài)分布N(0,σ2)。第11頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三上式就稱為單因素試驗的線性統(tǒng)計模型(linearstatisticalmodel)亦稱數(shù)學(xué)模型。

方差分析的目的就是要檢驗處理效應(yīng)的大小和有無。(二)方差分析的基本思路

將總的變差分解為構(gòu)成總變差的各個部分。即將a個處理的觀測值作為一個整體看待,把觀察值總變異的平方和及自由度分解為相應(yīng)于不同變異來源的平方和及自由度,進而獲得不同變異來源的總體方差估計值;通過這些估計值的適當比值,就能檢驗各樣本所屬總體均值是否相等。

方差分析實質(zhì)上是關(guān)于觀測值變異原因的數(shù)量分析。第12頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三二固定模型fixedmodel:

因素固定、效應(yīng)也固定反應(yīng)到線性模型中即為常數(shù).可要求1.假設(shè)

固定模型的零假設(shè)為:備擇假設(shè)為:

第13頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三故an個觀察值的總變異可分解為處理間的變異和處理內(nèi)的變異兩部分。全部觀察值的總變異可以用總均方來度量,處理間變異和處理內(nèi)變異分別用處理間均方和處理內(nèi)均方來度量。

2.平方和與自由度的剖分第14頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三總均方的拆分是通過將總均方的分子──稱為總離均差平方和,簡稱為總平方和(totalsumofsquares,SST)

,剖分成處理間平方和(sumofsquaresbetweentreatments,SSA)與處理內(nèi)平方和(sumofsquareswithintreatment,SSe)兩部分;將總均方的分母──稱為總自由度,剖分成處理間自由度與處理內(nèi)自由度兩部分來實現(xiàn)的。處理間均方(處理均方,MSA

)處理內(nèi)均方(誤差均方,MSe

)第15頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三總平方和的拆分第16頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三第17頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三三種平方和的簡便計算公式如下:①等重復(fù)時:②不等重復(fù)時:第18頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三在計算總平方和時,資料中的各個觀察值要受這一條件約束,總自由度等于資料中觀察值的總個數(shù)減1,即an-1。總自由度記為dfT,則

dfT=an-1

。在計算處理間平方和時,各處理均數(shù)要受這一條件的約束,故處理間自由度為處理數(shù)減1,即a-1。處理間自由度記為dfA,則dfA=a-1。總自由度的拆分第19頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三在計算處理內(nèi)平方和時,要受a個條件的約束,即,i=1,2,...a。故處理內(nèi)自由度為資料中觀察值的總個數(shù)減a,即an-a。處理內(nèi)自由度記為dfe,則dfe=an-a=a(n-1)。因為

na-1=(a-1)+(na-a)=(a-1)+a(n-1)

所以dfT=dfA+dfe綜合以上各式得:第20頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三各部分平方和除以各自的自由度便得到總均方、處理間均方和處理內(nèi)均方(誤差均方),分別記為:

MST(或ST2)、MSA(或SA2)和MSe(或Se2),即

MST=ST2=SST/dfT;MSt=St2=SSt/dft;MSe=Se2=SSe/dfe

注意:在方差分析中不涉及總均方的數(shù)值,所以一般不必計算;總均方一般不等于處理間均方加處理內(nèi)均方。第21頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三3.期望均方(expectedmeansquares

EMS)若A是B的無偏估計,則稱B是A的數(shù)學(xué)期望。處理內(nèi)均方MSe是誤差方差2的無偏估計值,即2稱為MSe

的數(shù)學(xué)期望。第22頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三4.統(tǒng)計量當零假設(shè)成立時,處理效應(yīng)的方差為零,亦即各處理觀察值總體均數(shù)i(i=1,2,…,a)

相等時,處理間均方MSA與處理內(nèi)均方一樣,也是誤差方差2的估計值。

方差分析就是通過MSA與MSe的比較來推斷各處理平均數(shù)間差異的大?。?/p>

F=MSA/MSeF具有兩個自由度:df1=dfA=a-1;df2=dfe=a(n-1)。第23頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三查附表7:若F<,即P>0.05,不能否定H0,可認為各處理間差異不顯著;若≤F<,即0.01<P≤0.05,否定H0,接受HA,認為各處理間差異顯著,標記“*”

;若F≥

,即P≤0.01,否定H0,接受HA,認為各處理間差異極顯著,標記“**”。第24頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三【例10.2】

某試驗研究不同藥物對腹水癌的治療效果,將患腹水癌的25只小白鼠隨機分為5組,每組5只。其中A1組不用藥作為對照,A2、A3為兩個不同的用中藥組,A4、A5為兩個不同的西藥組。各組小白鼠的存活天數(shù)如表7—2所示。表10—2

用不同藥物治療腹水癌小白鼠的結(jié)果藥物各小鼠存活天數(shù)(xij)合計xi.平均A11516151718816561

1319A2454250383921445796

9254A3303529313516025600

5152A4312820253013417956

3670A5403531323016828224

5710合計x..=75712413725105第25頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三這是一個單因素試驗,處理數(shù)a=5,重復(fù)數(shù)n=5。第一步:計算一級數(shù)據(jù)(見表);第二步:計算SSe、SSA、dfe

、dfA

矯正項C=x2../an總平方和處理間平方和

=248274-2291.96=1905.44處理內(nèi)平方和SSe=SST-SSA=2183.04-1905.44=277.60第26頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三總自由度dfT=an-1=25-1=24處理間自由度dfA=a-1=5-1=4處理內(nèi)自由度dfe=dfT-dfA=24-4=20

處理間均方MSA=SSt/dfA=1905.44

/4=476.36

處理內(nèi)均方MSe=SSe/dfe=

277.60

/20=13.88

第三步:提出假設(shè)零假設(shè)為:H0:各處理組小鼠存活天數(shù)差異不顯著備擇假設(shè)為:HA:各處理組小鼠存活天數(shù)差異顯著第27頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三第四步:計算統(tǒng)計量

F=MSA/MSe=476.36/13.88=34.32**第五步:查表根據(jù)df1=dft=4,df2=dfe=20查附表7,得F0.01(4,20)=4.43第六步:做出推斷及生物學(xué)解釋:

F>F0.01(4,20)=4.43,P<0.01。說明五個處理小白鼠存活天數(shù)差異極顯著,用不同藥物治療小白鼠腹水癌的療效是不同的。第28頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三在方差分析中,通常將變異來源、平方和、自由度、均方和F值歸納成一張方差分析表。表10—3

例10.2資料的方差分析表變異來源平方和自由度均方F值處理間SSA

1905.44dfA

4MSA

476.3634.22**處理內(nèi)SSe

277.60dfe

20MSe

13.88總變異SST2183.04

dfT

24F值應(yīng)與相應(yīng)的被檢驗因素齊行;在表的左下方注出顯著水平α。第29頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三應(yīng)用舉例:例4

調(diào)查了5個不同小麥品系的株高,結(jié)果見下表,問該5個小麥品系株高間的差異是否顯著?株號品系IIIIIIIVV164.664.567.871.869.2265.365.366.372.168.2364.864.667.170.069.8466.063.766.869.168.3565.863.968.571.067.5平均數(shù)65.364.467.370.868.6第30頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三為了簡化計算,將每一個原始數(shù)據(jù)均減去65,列成下表

株號品系IIIIIIIVV1-0.4-0.52.86.84.220.30.31.37.13.23-0.2-0.42.15.04.841.0-1.31.84.13.350.8-1.13.56.02.5總和xi·1.5-3.011.529.018.057.0xi·22.259.00132.25841.00324.001308.5Σxij21.933.429.43174.4668.06277.28第31頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三1.提出假設(shè):H0:HA:2.計算檢驗統(tǒng)計量F:

=147.32=131.74SSe

=SST-SSA

=15.58MSA=SSA/(a-1)=32.72MSe=SSe/(an-a)=0.78F=MSA/MSe=41.953.查附表3得:F4,20,0.05=2.87,F(xiàn)4,20,0.01=4.43。F>F4,20,0.01,拒絕H0,說明5個不同小麥品系的株高差異極顯著。第32頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三將以上結(jié)果列為方差分析表:

變差來源平方和自由度均方F處理間131.74432.7241.95**誤差15.58200.78總和147.3224第33頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三三、隨機模型Randommodel:因素隨機、效應(yīng)不固定

是試驗誤差,相互獨立,且服從正態(tài)分布不再為常數(shù),且服從正態(tài)分布1.假設(shè)

隨機模型的零假設(shè)為:備擇假設(shè)為:

第34頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三2.總平方和與總自由度的剖分:同固定模型3.數(shù)學(xué)期望:4.統(tǒng)計量F:注意:在做生物學(xué)解釋時,固定模型中的結(jié)論只適用于檢查的那幾個因素水平;隨機模型中的結(jié)論可推廣到這一因素的各個水平第35頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三四、多重比較(multiplecomparisons)(一)為什么要進行多重比較?

F值顯著或極顯著,否定了無效假Ho,表明試驗的總變異主要來源于處理間的變異,試驗中各處理平均數(shù)間存在顯著或極顯著差異。但并不意味著每兩個處理平均數(shù)間的差異都顯著或極顯著,也不能具體說明哪些處理平均數(shù)間有顯著或極顯著差異,哪些沒有顯著差異。因而,有必要進行兩兩處理平均數(shù)間的比較,以具體判斷兩兩處理平均數(shù)間的差異顯著性。第36頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三(二)概念統(tǒng)計上把多個平均數(shù)兩兩間的相互比較稱為多重比較。(三)常用的多重比較方法

多重比較的方法甚多,常用的有最小顯著差數(shù)法(LSD法)和最小顯著極差法(LSR法)。

1、最小顯著差數(shù)法(LSD法,Leastsignificantdifference)

此法的基本原理是:在處理間F檢驗顯著的前提下,先計算出顯著水平為α的最小顯著差數(shù)LSDα,然后將任意兩個處理平均數(shù)的差數(shù)的絕對值與其比較,作出結(jié)論。第37頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三最小顯著差數(shù)由下式計算:式中為在F檢驗中誤差自由度下,顯著水平為α的臨界t值,均數(shù)差異標準誤則下式算得。其中MSe為F檢驗中的誤差均方,n為各處理內(nèi)的重復(fù)數(shù)。第38頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三顯著水平取0.05和0.01時,從t值表查出代入,即可求得LSD0.05和LSD0.01利用LSD法進行多重比較時,步驟如下:列出平數(shù)的多重比較表,比較表中各處理按其平均數(shù)從大到小自上而下排列;計算最小顯著差數(shù)LSD0.05和LSD0.01;將平均數(shù)多重比較表中兩兩平均數(shù)的差數(shù)與計算出的LSD0.05

、LSD0.01

比較,作出統(tǒng)計推斷。第39頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三

【例10.2】dfe=20,n=5,MSe=13.88查t值表得t0.05(dfe)=t0.05(20)=2.086,t0.01(dfe)=t0.01(20)=2.845

所以顯著水平為0.05與0.01的最小的顯著差數(shù)為:

表10-4五個處理小鼠平均存活天數(shù)多重比較表(LSD法))處理平均數(shù)

-16.2

-26.8

-32.0

-33.6A542.826.6**16.0**10.8**9.2**A433.617.4**6.8**1.6A332.015.8**5.2*A226.810.6**A116.2第40頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三將表10—4中的10個差數(shù)與LSD0.05

、LSD0.01比較:小于LSD0.05者不顯著;介于LSD0.05與LSD0.01之間者顯著,標記“*”;大于LSD0.01者極顯著,標記“**”。檢驗結(jié)果除差數(shù)1.6不顯著、5.2顯著外,其余各差數(shù)極顯著。表明所用的藥物不論中西藥對小白鼠腹水癌都有一定療效,除中藥A3與西藥A4的療效差異不顯著外,其余藥物間的療效都有顯著或極顯著差異。第41頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三說明:

LSD實質(zhì)上就是t檢驗法:它是將t檢驗中由所求得的t的絕對值與臨界值的比較轉(zhuǎn)化為將各對均數(shù)差值的絕對值與最小顯著差數(shù)的比較,從而做出統(tǒng)計推斷的.第42頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三2、最小顯著極差法(LSR法,Leastsignificantranges)LSR

法的特點:把平均數(shù)的差數(shù)看成是平均數(shù)的極差,根據(jù)極差范圍內(nèi)所包含的處理數(shù)(稱為秩次距)k的不同而采用不同的檢驗尺度,以克服LSD法的不足。這些在顯著水平α上依秩次距k的不同而采用的不同的檢驗尺度叫做最小顯著極差。因此,若有k個平均數(shù)相互比較,就有k-1種秩次距(k,k-1,k-2,…,2),因而需求得k-1

個最小顯著極差R(α,k

),以作為判斷各秩次距(k)平均數(shù)的極差是否顯著的標準。第43頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三常用的LSR法為Duncan法。檢驗步驟:列出平均數(shù)多重比較表;由自由度dfe、秩次距k查“多重比較中的Duncan表”(附表7),計算最小顯著極差R0.05,k

和R0.01,k

;將平均數(shù)多重比較表中的各極差與相應(yīng)的最小顯著極差R0.05,k

和R0.01,k比較,作出統(tǒng)計推斷。第44頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三對于【例10.1】,已算出=1.67,依dfe=20,k=2,3,4,5,由附表6查臨界r0.05(20,k)和r0.01(20,k)值,乘以,求得各最小顯著極差。所得結(jié)果列于表10—5。表10—5r值與R值dfe秩次距kr0.05r0.01R0.05R0.012022.954.024.96.733.104.225.27.043.184.335.37.253.254.405.47.3第45頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三處理平均數(shù)-16.2

-26.8

-32.0

-33.6A542.826.0**16.0**10.8**9.2**A433.617.4**6.8*1.6nsA332.015.8**5.2*A226.810.6**A116.2

表10-6五個處理小鼠平均存活天數(shù)多重比較表(Duncan

法))第46頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三五、基本假定①效應(yīng)的可加性(additivity)②分布的正態(tài)性(normality)③方差的同質(zhì)性(homogeneity)第47頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三方差分析的基本步驟1.計算各項平方和與自由度。2.列出方差分析表,進行F檢驗。3.若F檢驗顯著,則進行多重比較。多重比較的方法有最小顯著差數(shù)法(LSD法)和最小顯著極差法(LSR法)。第二節(jié)單因素方差分析的基本步驟第48頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三一、各處理重復(fù)數(shù)相等的方差分析【例10.2】

為了研究小白鼠患白血病后脾組織中DNA含量的變化,測定四組,每組各8只(即a=4,n=8)小白鼠脾組織中DNA的含量;第1組為正常脾,第2組為患自發(fā)性白血病的脾;第3組為患移植性白血病AK4的脾;第4組為患移植性白血病9421的脾。測定結(jié)果見表10—7。試檢驗各組DNA含量差異是否顯著。第49頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三表10—7四組小白鼠脾組織中DNA含量1.

計算各項平方和與自由度

C=x2../an=398.12/(4×8)=4952.61組別DNA含量(mg/g)xi.xi.2112.313.213.715.215.816.917.315.4119.814.981815.9614352.04210.811.612.312.713.513.514.813.6102.812.851332.2810567.843

9.310.311.111.711.712.012.312.490.811.351038.628244.644

9.510.310.510.510.510.911.011.584.710.59899.157174.09合計x..=398.1

5086.0140338.61第50頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三

SSe=SST–SSA=133.40-89.72=43.68dfT=an-1=4×8-1=31dfA=a-1=4-1=3dfe=dfT-dfA=31-3=28

2.

列出方差分析表,進行F檢驗,見表(10—8)。表10—8

四組小白鼠脾中DNA含量方差分析表變異來源平方和自由度均方F值組間89.72329.9119.17**組內(nèi)43.68281.56總變異133.4031第51頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三根據(jù)df1=dfA=3,df2=dfe=28查臨界F值得:

F0.05(3,28)=2.95,F0.01(3,28)=4.57

因為F>F0.01(3,28),即P<0.01,表明處理間DNA含量的差異達到1%顯著水平。3.

多重比較采用Duncan法。各處理平均數(shù)多重比較表,見表10—9。因為MSe=1.56,n=8,所以根據(jù)dfe=28,秩次距k=2,3,4由附表9查出α=0.05和α=0.01的各臨界r值,各r值乘以,即得各最小顯著極差。所得結(jié)果列于表10—9。第52頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三

表10—9

r值及LSR值表10—10

各組DNA含量平均數(shù)多重比較表(Duncun法)dfe秩次距kr0.05r0.01R0.05R0.012822.903.911.2821.72833.044.081.34421.80343.134.181.38331.848組別平均數(shù)

-10.59

-11.35

-12.85114.984.39**3.63**2.13**212.852.26**1.50*311.350.76410.59第53頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三檢驗結(jié)果表明:

正常脾中DNA含量極顯著高于患有各類白血病脾中DNA含量;患自發(fā)性白血病脾中DNA含量極顯著高于患移植性白血病9421,顯著高于患移植性白血病AK4;第三組第四組之間差異不顯著。四組中以正常脾DNA含量最高,第二組次之,第三、四組最低。也就是說各類白血病都將導(dǎo)致小白鼠脾中DNA含量明顯降低。組別平均數(shù)

4

3

2114.984.39**3.63**2.13**212.852.26**1.50*311.350.76410.59第54頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三二、各處理重復(fù)數(shù)不相等的方差分析這種情況下方差分析步驟與各處理重復(fù)數(shù)相等的情況相同,只是在有關(guān)計算公式上略有差異。設(shè)處理數(shù)為a;各處理重復(fù)數(shù)為n1,n2,…,na

;試驗觀察值總數(shù)為N=Σni。則第55頁,共62頁,2023年,2月20日,星期三【例10.3】五個不同品種豬的育肥試驗,30天后增重(kg)如表10—11所示。試比較品種間增重有無差異。表10—11五個品種豬30天增重品種增重(kg)nixi.xi.2/niB121.519.520.022.018.020.06121.02440.1720.22450.5B216.018.517.015.520.016.06103.01768.1717.21783.5B319.017.520.018.017.059

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