蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能實(shí)驗(yàn)課課件

實(shí)例：對(duì)GFAP人膠質(zhì)纖維酸性蛋白（glialfibrillaryacidicprotein)進(jìn)行結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè)

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GFAP命名與起源蛋白質(zhì)屬性注釋

OMIM序列注釋（特征）多態(tài)性，SNP位點(diǎn)全序列比對(duì)蛋白與蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)功能預(yù)測(cè)及家族注釋Protsite數(shù)據(jù)庫(kù)是基于對(duì)蛋白質(zhì)家族中同源序列多重序列比對(duì)得到的保守性區(qū)域，這樣區(qū)域通常與生物學(xué)功能有關(guān)，例如酶的活性位點(diǎn)、配體或金屬結(jié)合位點(diǎn)等。因此，Prosite數(shù)據(jù)庫(kù)實(shí)際上是蛋白質(zhì)序列功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)。通過(guò)對(duì)Prosite數(shù)據(jù)庫(kù)的搜索，可判斷該序列包含什么樣的功能位點(diǎn)，從而推測(cè)其可能屬于哪一個(gè)蛋白質(zhì)家族。Prosite數(shù)據(jù)庫(kù)實(shí)際上包括兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)文件，一個(gè)為數(shù)據(jù)文件即Prosite，該文件給出了能進(jìn)行匹配的序列及序列的詳細(xì)信息。另一個(gè)為說(shuō)明文件PrositeDoc，PrositeDoc說(shuō)明文件中給出該序列模式的生物學(xué)功能及其文獻(xiàn)資料來(lái)源。Prosite數(shù)據(jù)庫(kù)使用正則表達(dá)式來(lái)表示序列模式，例如：[GSK]-F-x(2)-[LIVMF]-x(4)-[RKEQA]-x(2)-[RST]-x-[GA]-x-[KN]-P-x-T.這里，方括號(hào)中為可選殘基，如第一個(gè)方括號(hào)[GSK]中3個(gè)殘基中甘氨酸G、絲氨酸S和賴氨酸L中的任意一個(gè)均可出現(xiàn)。x(2)表示可以有兩個(gè)任意殘基。{}中列出不許出現(xiàn)的氨基酸。因此，序列片段GFxxLxxxxRxxRxGxKPxT是其中一種可能的模式。如何根據(jù)蛋白質(zhì)位點(diǎn)和序列模式(二次數(shù)據(jù)庫(kù)）來(lái)鑒別一個(gè)未知功能的蛋白質(zhì)序列應(yīng)該屬于哪一個(gè)蛋白質(zhì)家族？肽指紋圖譜分析蛋白質(zhì)的疏水性預(yù)測(cè)通常根據(jù)gravy值來(lái)預(yù)測(cè)。GRAVY值的范圍在2于-2之間，正值表明此蛋白為疏水性蛋白，負(fù)值表明為親水蛋白。疏水性信息可被用于跨膜螺旋的預(yù)測(cè)，

序列比對(duì)，得到同源蛋白

跨膜區(qū)預(yù)測(cè)C-erBb2蛋白的跨膜區(qū)預(yù)測(cè)

總結(jié)：GFAP為一中等分子量的酸性蛋白，分子中含有較多的Glu，每個(gè)分子大約帶9個(gè)負(fù)電荷。該蛋白無(wú)跨膜區(qū)域，并且親水，不是膜蛋白。GFAP是一種結(jié)構(gòu)蛋白，屬于IF家族，主要參與中間纖維的構(gòu)成，在神經(jīng)元內(nèi)環(huán)境的維持和血腦屏障中起著重要作用。到目前為止，該蛋白的空間結(jié)構(gòu)尚未解析出來(lái)，有待于進(jìn)一步研究。作業(yè)MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNLELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNGDPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLALTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPLPTDCCHEQCAAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACPYNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSANIQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLPDLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTVPWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQECVEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARCPSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIISAVVGILLVVVLGVVFGILIKRRQQKIRKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETELRKVKVLGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSPYVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNWCMQIAKGMSYLEDVRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGLARLLDIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFTHQSDVWSYGVTVWELMTFGAKPYDGIPAREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQNEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDAEEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSSSTRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEGAGSDVFDGDLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQRYSEDPTVPLPSETDGYVAPLTCSPQPEYVNQPDVRPQPPSPREGPLPAARPAGATLERPKTLSPGKNGVVKDVFAFGGAVENPEYLTPQGGAAPQPHPPPAFSPAFDNLYYWDQDPPERGAPPSTFKGTPTAENPEYLGLDVPV1、對(duì)該段序列進(jìn)行同源性搜索2、對(duì)該段序列進(jìn)行基本性質(zhì)分析：蛋白質(zhì)的氨基酸組成、等電點(diǎn)、