人類復(fù)雜疾病與計算系統(tǒng)生物學(xué)

哈爾濱醫(yī)科大學(xué)李霞第十四章人類復(fù)雜疾病與計算系統(tǒng)生物學(xué)HumanComplexDiseaseandComputationalSystemsBiology目前一頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點第一節(jié)引言人類常見病，包括腫瘤、心腦血管病、代謝系統(tǒng)疾病、神經(jīng)系統(tǒng)疾病、精神和行為異常等絕大多數(shù)都是復(fù)雜性疾病。復(fù)雜疾病與單基因缺陷性遺傳病不同，不符合孟德爾定律，疾病的發(fā)生發(fā)展涉及復(fù)雜的生物學(xué)過程，是21世紀(jì)生物醫(yī)學(xué)重大的挑戰(zhàn)之一。Introduction目前二頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點第三節(jié)核酸結(jié)構(gòu)與功能(StructureandFunctionofNucleicAcid)

核酸是以核苷酸為基本組成單位的生物大分子，攜帶和傳遞遺傳信息。一、什么是核酸(nucleicacid)天然存在的核酸可分為核糖核酸(RNA)和脫氧核糖核酸(DNA)兩大類。目前三頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點雖然我們積累了大量的資料和數(shù)據(jù)，亦取得眾多研究成果，但對復(fù)雜疾；病本質(zhì)的認(rèn)識還相距甚遠(yuǎn)。但是生物科學(xué)、計算機(jī)技術(shù)的迅速發(fā)展為我們研究復(fù)雜疾病提供了嶄新的契機(jī)。目前四頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點組學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)的不斷發(fā)展為我們從分子水平的多層面去研究復(fù)雜疾病提供了有力的條件，也使得醫(yī)學(xué)進(jìn)入了嶄新的時代。BarabasiAL.NEnglJMed2007目前五頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點本章的主要內(nèi)容復(fù)雜疾病相關(guān)的基本概念和知識幾個常用的復(fù)雜疾病知識庫復(fù)雜疾病研究的系統(tǒng)生物學(xué)方法目前六頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點第二節(jié)復(fù)雜疾病概述疾病是機(jī)體在一定病因的損害作用下，因機(jī)體自穩(wěn)調(diào)節(jié)(homeostasis)紊亂而發(fā)生的異常生命活動過程。多數(shù)疾病，機(jī)體對病因所引起的損害發(fā)生一系列抗損害反應(yīng)；自穩(wěn)調(diào)節(jié)的紊亂，損害和抗損害反應(yīng)，表現(xiàn)為疾病過程中各種復(fù)雜的機(jī)能、代謝和形態(tài)結(jié)構(gòu)的異常變化，而這些變化又可使機(jī)體各器官系統(tǒng)之間以及機(jī)體與外界環(huán)境之間的協(xié)調(diào)關(guān)系發(fā)生障礙，從而引起各種癥狀、體征和行為異常，特別是對環(huán)境適應(yīng)能力和體力減弱甚至喪失。目前七頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點疾病遺傳物質(zhì)的變異（內(nèi)因）染色體異?；蛲蛔儐魏塑账岫鄳B(tài)和插入缺失多態(tài)拷貝數(shù)變異DNA修飾和核小體修飾等外界環(huán)境變化（外因）感染損傷環(huán)境情緒和情感教育和社會目前八頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點一、孟德爾遺傳疾病與復(fù)雜疾病由單一基因缺陷或由主基因缺陷而引起的遺傳疾病，叫做孟德爾遺傳疾病。孟德爾遺傳疾病的遺傳模式基本滿足孟德爾遺傳定律。?目前九頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點二、復(fù)雜疾病涉及多基因和蛋白復(fù)雜疾?。╟omplexdisease），又稱多基因病（ploygenicdisorder），是指由多個基因位點共同參與，且和環(huán)境因素相互作用決定表型的遺傳疾病。眾所周知，像高血壓，哮喘和某些癌癥的發(fā)病通常不僅是由單個基因突變導(dǎo)致，而是眾多基因通過蛋白質(zhì)復(fù)合物，調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及互作通路來控制的。目前十頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點protein-geneinteractionsprotein-proteininteractionsPROTEOMEGENOMECitrateCycleMETABOLISMBio-chemicalreactions目前十一頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點Ding等人在2008年研究了和188中人類肺部癌變的623個已知或潛在相關(guān)的基因，并利用系統(tǒng)生物學(xué)的方式從中篩選出和肺癌顯著高頻的26個基因。其中，NF1、APC、RB1、ATM等基因的突變，LRP1B序列的缺失以及PTPRD序列的該表都是誘導(dǎo)肺癌發(fā)生的原因。同時，Ding等人也發(fā)現(xiàn)了和肺癌相關(guān)的一些重要的信號通路如MAPK、p53、WNT和mTOR。目前十二頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點三、復(fù)雜疾病受環(huán)境因素影響復(fù)雜疾病不僅與基因和蛋白有關(guān)，與周圍環(huán)境同樣有著非常密切的關(guān)系。同一個體在不同條件下對環(huán)境的響應(yīng)不同。例如細(xì)胞受到紫外光纖照射或受到環(huán)境毒素的作用后的癌變現(xiàn)象。基因組的個體差異使不同人對環(huán)境的響應(yīng)不同。每個人因為在基因型上并不完全相同，對于環(huán)境改變的敏感性也不同。目前十三頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點越來越多的實驗證據(jù)證明基因與環(huán)境之間的相互作用在復(fù)雜疾病的發(fā)生發(fā)展過程中起著關(guān)鍵性作用，它們之間的相互作用是極其復(fù)雜和非線性的，一個相同的基因在不同的環(huán)境中會產(chǎn)生不同甚至是完全相反的表型，因此單純從基因或蛋白等某一個角度去研究是不足以全面了解復(fù)雜性狀疾病的發(fā)生、發(fā)展過程的。目前十四頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點四、疾病的分類VictorA.McKusick博士于1966年開始進(jìn)行MIM（

MendelianInheritanceinMan）的創(chuàng)作。世界衛(wèi)生組織（WHO）于1948年開始負(fù)責(zé)ICD（InternationalStatisticalClassificationofDiseasesandRelatedHealthProblems）的編寫任務(wù)現(xiàn)有版本（ICD-10）包含15.5萬種編碼。中國根據(jù)ICD-10頒布了《第二次國家衛(wèi)生服務(wù)調(diào)查疾病分類——編碼表》對疾病進(jìn)行了分類，共19類：⑴傳染病，⑵寄生蟲病，⑶惡性腫瘤，⑷良性腫瘤，⑸內(nèi)分泌疾?。I養(yǎng)和代謝疾病及免疫疾病），⑹血液和造血器官疾病，⑺精神病，⑻神經(jīng)系統(tǒng)疾病，⑼眼及附器疾病，⑽耳和乳突疾病，⑾循環(huán)系統(tǒng)疾病，⑿呼吸系統(tǒng)疾病，⒀消化系統(tǒng)疾病，⒁泌尿生殖系統(tǒng)疾病，⒂妊娠、⒃分娩病及產(chǎn)褥期并發(fā)癥，⒄皮膚和皮下組織疾病，⒅肌肉、骨骼系統(tǒng)和結(jié)締組織疾病，⒆損傷和中毒。目前十五頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點第三節(jié) 復(fù)雜疾病數(shù)據(jù)庫本節(jié)將對OMIM、GAD、CGAP等復(fù)雜疾病數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容及使用方法進(jìn)行簡要介紹這些數(shù)據(jù)庫主要基于文獻(xiàn)、關(guān)聯(lián)分析及生物學(xué)實驗的結(jié)果，記錄了疾病表型、相關(guān)的染色體區(qū)域、候選基因等多方面的信息。目前十六頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點一、人類孟德爾遺傳在線（OMIM）MIM(MendelianInheritanceinMan)與OMIMOMIM的發(fā)展史目前，OMIM的發(fā)布以及相關(guān)軟件的開發(fā)由NationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)負(fù)責(zé)。OMIM數(shù)據(jù)庫的訪問/omim目前十七頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點OMIM主頁(/omim)目前十八頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點MIM編號范圍遺傳方式100000-199999常染色體顯性遺傳或表型（于1994年5月15號創(chuàng)建）200000-299999常染色體隱性遺傳或表型（于1994年5月15號創(chuàng)建）300000-399999X連鎖位點或表型400000-499999Y連鎖位點或表型500000-599999線粒體位點或表型600000-染色體位點或表型（于1994年5月15號創(chuàng)建）OMIM編號代表的遺傳方式目前十九頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點OMIM號前特殊符號代表的含義：*表示已知致病基因的序列信息，沒有加*表示其遺傳模式雖然已有推測，但沒有被證實或者這個基因與其他記錄所包含的基因位點的分離情況還不清楚；#表示這種表型可以由兩個或者多個基因中的一個發(fā)生突變而引起；+表示這個記錄包含基因的序列信息和表型；%表示記錄中描述了一個已知的孟德爾表型，但是對其潛在的分子機(jī)制還不清楚；^表示該記錄已不存在或者被其他記錄所代替。目前二十頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點OMIM數(shù)據(jù)的下載/repository/OMIM/

其中包含全部的OMIM的文件（omim.txt.Z），OMIM中的基因文件（genemap）及其解釋文件（genemap.key），以及疾病信息（morbidmap）OMIM還提供genemap和morbidmap的網(wǎng)絡(luò)查詢形式目前二十一頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點genemap查詢頁面目前二十二頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點morbidmap查詢頁面目前二十三頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點OMIM數(shù)據(jù)庫的使用（以Alzheimer’sDisease為例）目前二十四頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點目前二十五頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點目前二十六頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點二、遺傳關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫（GAD）GAD(GeneticAssociationDatabase)GAD的發(fā)展史

由美國國立衛(wèi)生研究院（NationalInstitutesofHealth，NIH）開發(fā)和維護(hù)可以通過/訪問該數(shù)據(jù)庫目前二十七頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點數(shù)據(jù)庫中的信息來源于對目前已有的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果的搜集和整理數(shù)據(jù)庫中的信息是以基因為核心的允許所有用戶查看和提交記錄截止到目前，數(shù)據(jù)庫中的記錄數(shù)已經(jīng)達(dá)到了39930條，涉及到了2673個基因，5636種疾病表型，555種影響疾病的環(huán)境因素目前二十八頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點GAD數(shù)據(jù)庫主要提供三部分功能：

數(shù)據(jù)視圖部分；數(shù)據(jù)查詢部分；數(shù)據(jù)資源部分。用戶可以在線查詢某種特定遺傳病相關(guān)的基因或某個興趣基因相關(guān)的疾病的信息，也可以在免費(fèi)注冊賬戶后對整個數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)進(jìn)行下載。目前二十九頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點GAD的使用方法用戶可以選擇不同的角度，包括疾病角度、基因角度、染色體角度以及通過參考文獻(xiàn)、環(huán)境因素等方面對數(shù)據(jù)表進(jìn)行查詢；也可以選擇“All”同時從多個角度對數(shù)據(jù)庫中的相關(guān)信息進(jìn)行查詢。用戶可以選擇“SimpleSearch”，利用關(guān)鍵字實現(xiàn)對數(shù)據(jù)庫中相關(guān)記錄的簡單查詢；還可以選擇“AdvancedSearch”增加查詢限定條件進(jìn)行數(shù)據(jù)記錄的高級搜索。目前三十頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點GAD的使用方法GAD支持對大量基因的批量查詢用戶可以選擇“PositiveOnly”以篩選得到疾病與基因間存在顯著關(guān)聯(lián)的記錄同時，用戶還可以通過“AddRecord”頁面實現(xiàn)向數(shù)據(jù)庫中提交記錄；通過“Download”頁面實現(xiàn)對數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)的下載。目前三十一頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點選擇“BrowserAll”鏈接可以得到如下結(jié)果目前三十二頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點應(yīng)用GAD研究復(fù)雜疾病的實例Liu等人2009年發(fā)表在BMCBioinformatics雜志上的文章The"etiome":identificationandclusteringofhumandiseaseetiologicalfactors中，作者為了研究影響疾病的因素，從GAD數(shù)據(jù)庫中獲取了與1034種復(fù)雜疾病相關(guān)的1100個基因的相關(guān)數(shù)據(jù)；Yang等人2008年發(fā)表于BMCBioinformatics雜志上的文章Anintegrateddatabase-pipelinesystemforstudyingsinglenucleotidepolymorphismsanddiseases為了得到一個可用于研究遺傳變異與疾病間關(guān)系的數(shù)據(jù)庫，也從GAD中提取了疾病相關(guān)信息進(jìn)行數(shù)據(jù)整合。目前三十三頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點三、癌癥基因數(shù)據(jù)庫（CGAP）CancerGenomeAnatomyProject，癌基因組解剖計劃是一項由美國癌癥研究所（NationalCancerInstitute，NCI）于1996年發(fā)起并建立和主持的交叉學(xué)科計劃用戶可以通過/進(jìn)行訪問CGAP的創(chuàng)建目的及總體目標(biāo)目前三十四頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點CGAP被分為五個互補(bǔ)的自主部分人類腫瘤基因索引（TheHumanTumorGeneIndex，hTGI）分子表達(dá)譜（MolecularProfiling，MP）癌癥染色體變異計劃（TheCancerChromosomeAberrationProject，CCAP）遺傳注解索引（TheGeneticAnnotationIndex，GAI）小鼠腫瘤基因索引（TheMouseTumorGeneIndex，mTGI）目前三十五頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點提供了七個相關(guān)模塊，包括基因（Genes）、染色體（Chromosomes）、組織（Tissues）、SAGE精靈（SAGEGenie）、通路（Pathways）、工具（Tools）和RNA干擾（RNAi），用以提供對所有CGAP中包含的數(shù)據(jù)、生物信息學(xué)分析工具以及生物學(xué)相關(guān)資源的查詢和獲取，借助于這些模塊，用戶可以實現(xiàn)生物學(xué)問題的計算機(jī)模擬，從而快速地獲得問題的解決方案。目前三十六頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點下載頁面圖所示，其中包含了人和小鼠兩個物種的基因注釋、基因表達(dá)以及相關(guān)的一些文庫中的數(shù)據(jù)。目前三十七頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點四、WHO規(guī)范的疾病分類標(biāo)準(zhǔn)（ICD）國際疾病分類，簡稱ICD（InternationalClassificationofDiseases），是目前國際上共同使用的統(tǒng)一的疾病分類方法

ICD的目的是對不同國家或地區(qū)在不同時間收集到的死亡和疾病數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)地記錄、分析、解釋和比較，其中包括對各人群組一般健康狀況的分析，疾病發(fā)病和患病的監(jiān)測以及其有關(guān)的其他健康問題目前三十八頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點ICD的主要內(nèi)容及應(yīng)用范圍囊括了群體健康狀況分析、疾病發(fā)病率及流行性監(jiān)測等多方面內(nèi)容常被用于分類疾病及其他許多類型的生命活動相關(guān)的健康問題，除了可以用于存儲和獲取有關(guān)臨床、流行病等的診斷信息外，還為疾病的發(fā)病率和死亡率統(tǒng)計提供了基礎(chǔ)。目前三十九頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點ICD的發(fā)展史國際死因列表(InternationalListofCausesofDeath)ICD在第六版中首次加入了發(fā)病原因的信息，并于1948年被當(dāng)時剛剛建立的世界衛(wèi)生組織（WHO）接管和發(fā)布ICD-10的書名由過去的《國際疾病分類》改變?yōu)椤秶H疾病與相關(guān)健康問題統(tǒng)計分類》，首次引用了字母編目目前四十頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點ICD-10共分三卷第一卷是疾病和有關(guān)健康問題的國際統(tǒng)計分類，主要包括ICD-10全部3位數(shù)/4位數(shù)編碼內(nèi)容及其必要的注釋和說明；第二卷是ICD-10指導(dǎo)手冊，用于指導(dǎo)用戶如何正確使用ICD-10的第一卷和第三卷，并對使用中需要遵循的各項規(guī)則和有關(guān)問題給予詳細(xì)的介紹；第三卷是ICD-10字母索引，主要包括在查找疾病、損傷、中毒的臨床表現(xiàn)和外部原因是詳細(xì)的內(nèi)容和編碼。目前四十一頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點ICD的分類及編碼原則強(qiáng)調(diào)“以病因為主、解剖部位和其他為輔”的原則采用3/4位數(shù)的“字母數(shù)字編碼”形式，即第1位為英文字母，第2至4位為阿拉伯?dāng)?shù)字，從“A00-Z99”對所有的疾病歸成21大類疾病，再逐漸細(xì)分成小類等詳細(xì)內(nèi)容。ICD-10在編碼使用上只對前4位數(shù)有統(tǒng)一要求，對以后的擴(kuò)展位數(shù)及編碼排列沒有限制目前四十二頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點ICD-10編碼查詢(國際疾病分類編碼）目前四十三頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點五、DiseaseOntology2003年在Northwestern大學(xué)啟動的Nugene計劃的一部分提供一個與人類疾病相關(guān)的整合的生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)集的開源Ontology體系促進(jìn)各種疾病及相關(guān)健康狀況向特定醫(yī)學(xué)代碼的映射期望構(gòu)建成一個具有正確的Ontology體系結(jié)構(gòu)并且在語義上可計算的結(jié)構(gòu)形式目前四十四頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點DO的構(gòu)成DO是將不同數(shù)據(jù)庫通過疾病概念整合到一起的開源的疾病體系：

MedicalSubjectHeadings（Mesh）

UniversalMedicalLanguageSystem（UMLS）InternationalClassificationofDisease（ICD）SystematizedNomenclatureofHumanVeterinaryMedicine—ClinicalTerm目前四十五頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點DO的歷史DO發(fā)展至今已有3個版本：

DO_V1是基于ICD編碼的疾病體系

DO_V2的體系主要基于SNOMED，MeSH和UMLSDO_V3在前一版本的基礎(chǔ)上進(jìn)行了修改，加入了更多的臨床信息，如變異位點、環(huán)境、傳染源和發(fā)病過程等等

DO是開源的，網(wǎng)址是：/目前四十六頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點目前四十七頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點其他疾病數(shù)據(jù)庫HGMDGeneCardsTGDBBCGDHuGENavigatorATLASGENETICSONCOLIGY目前四十八頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點HGMD由卡迪夫大學(xué)醫(yī)學(xué)遺傳研究所開發(fā)和維護(hù)的，存儲了大量的人類遺傳病相關(guān)的基因突變數(shù)據(jù),只存儲了與人類遺傳病相關(guān)的核基因突變數(shù)據(jù)，并不包含體細(xì)胞突變和線粒體基因突變目前四十九頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點GeneCards由以色列Weizmann科學(xué)研究所的Crown人類基因組中心開發(fā)和維護(hù)，整合了人類已知及預(yù)測基因的基因組、蛋白質(zhì)組、轉(zhuǎn)錄組、遺傳以及功能等多方面信息的綜合性數(shù)據(jù)庫,提供了更為全面的功能基因組數(shù)據(jù)及相關(guān)的其它數(shù)據(jù)庫的外部鏈接可以獲取疾病相關(guān)基因的染色體定位、表達(dá)數(shù)據(jù)、同源基因、對應(yīng)的蛋白產(chǎn)物等眾多信息目前五十頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點TGDB(TheTumorGeneDatabase)

癌癥導(dǎo)致突變的基因、原癌基因、抑癌基因等相關(guān)信息的腫瘤基因數(shù)據(jù)庫BCGD(TheBreastCancerGeneDatabase)

存儲乳腺癌相關(guān)基因信息的乳腺癌基因數(shù)據(jù)庫HuGENavigator(TheHumanGenomeEpidemiologyNavigator)群體發(fā)病率、基因與疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系、基因與基因及基因與環(huán)境間互作等信息的人類基因組流行病學(xué)導(dǎo)航ATLASGENETICSONCOLIGY(ATLASofGeneticsandCytogeneticsinOncologyandHaematology)腫瘤及血液病相關(guān)的遺傳學(xué)和細(xì)胞遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫目前五十一頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點第四節(jié)

疾病網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)的計算系統(tǒng)生物學(xué)方法目前五十二頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點計算系統(tǒng)生物學(xué)

計算系統(tǒng)生物學(xué)(Computationalsystemsbiology)是系統(tǒng)生物學(xué)在運(yùn)算法則和應(yīng)用程序方面的發(fā)展，和生物信息學(xué)及計算生物學(xué)緊密相連

計算系統(tǒng)生物學(xué)旨在開發(fā)和運(yùn)用更有效的算法、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)和通訊工具，以進(jìn)一步整合海量生物數(shù)據(jù)，使生物學(xué)模式化目前五十三頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點工作流程對選定的某一生物系統(tǒng)的所有組分進(jìn)行了解和確定，描繪出該系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)，以此構(gòu)造出一個初步的系統(tǒng)模型系統(tǒng)地改變被研究對象的內(nèi)部組成成分或外部生長條件，然后觀測在這些情況下系統(tǒng)組分或結(jié)構(gòu)發(fā)生的相應(yīng)變化并把得到的有關(guān)信息進(jìn)行整合把通過實驗得到的數(shù)據(jù)與根據(jù)模型預(yù)測的情況進(jìn)行比較，并對初始模型進(jìn)行修訂根據(jù)修正后的模型的預(yù)測或假設(shè)，設(shè)定和實施新的改變系統(tǒng)狀態(tài)的實驗，重復(fù)第二步和第三步，不斷地通過實驗數(shù)據(jù)對模型進(jìn)行修訂和精練，得到一個理想的模型，使其理論預(yù)測能夠反映出生物系統(tǒng)的真實性目前五十四頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點Disease-Gene網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)分析基因和疾病之間存在復(fù)雜的多向?qū)?yīng)關(guān)系

來源：通過文獻(xiàn)獲得的

根據(jù)關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果推測的

通過生物學(xué)實驗證實的OMIM、GAD和CGAP等數(shù)據(jù)庫提供了重要的資源和線索，可以獲得與某一種疾病有關(guān)的多個基因，同時也可以得到某一個基因參與的多個疾病目前五十五頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點TheHumanDiseaseNetwork目前五十六頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點

DNA微陣列技術(shù)應(yīng)用于疾病研究中，通過檢測大量的疾病表達(dá)譜，獲得了大量的疾病相關(guān)基因的信息開發(fā)了許多基于基因表達(dá)譜的疾病基因識別方法XuebingWu的CIPHER算法目前五十七頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點Disease-Pathway網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)分析代謝系統(tǒng)疾病是一類特殊的疾病，主要是由參與各種代謝通路的酶或編碼酶的基因異常導(dǎo)致的Lee,D.S.等人根據(jù)基因在同一代謝通路中的鄰近關(guān)系重新構(gòu)造了人類代謝代謝相關(guān)疾病網(wǎng)絡(luò)，研究了網(wǎng)絡(luò)中聚集成團(tuán)的疾病在流行性、致死性以及發(fā)生率等方面的特點內(nèi)分泌系統(tǒng)疾病、神經(jīng)系統(tǒng)疾病等也可以采取這一策略，有助于對疾病的認(rèn)識的不斷深入和系統(tǒng)化目前五十八頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點Theimplicationsofhumanmetabolicnetworktopologyfordiseaseco-morbidity目前五十九頁\總數(shù)六十七頁\編于十二點Disease-microRNA網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)分析miRNA和疾病關(guān)系的研究開始于腫瘤，參與細(xì)胞的增殖

分化，在腫瘤形成早期也有重要的作用。利用miRNA表達(dá)譜