上海市臨檢中心 PCR技術(shù)人員上崗培訓(xùn)班課件 分子項(xiàng)目診斷性報(bào)告的探討 崔巍 【兼容模式】

規(guī)范化分子診斷報(bào)告的探討崔巍中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院?AMP(theAssociationforMolecularPathology)美國(guó)分子病理學(xué)會(huì)?ESHG(EuropeanSocietyofHumanGenetics)歐洲人類遺傳學(xué)會(huì)?CAP(CollegeofAmericanPathologists)美國(guó)病理學(xué)家學(xué)會(huì)?HGVS(HumanGenomeVariationSociety)人類基因組變異協(xié)會(huì)?ISCN(InternationalSystemforHumanCytogeneticNomenclature)人類細(xì)胞遺傳命名系統(tǒng)?CLIA(TheClinicalLaboratoryImprovementAmendments)臨床實(shí)驗(yàn)室改進(jìn)法案?題目----醒目的基因檢測(cè)項(xiàng)目?患者信息9姓名、性別、唯一的ID號(hào)9出生日期?種族或地域來源9HLA基因配型?種族信息有助于根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)分析結(jié)果9地中海貧血基因檢測(cè)?地域來源有助于分析結(jié)果?標(biāo)本信息9標(biāo)本類型、采集的日期和時(shí)間9到達(dá)實(shí)驗(yàn)室的日期和時(shí)間、報(bào)告日期和時(shí)間9需要時(shí)注明標(biāo)本的狀態(tài)?如凍存、分離或紅細(xì)胞已裂解z醫(yī)生信息9姓名z實(shí)驗(yàn)室信息9名稱、實(shí)驗(yàn)室地址和聯(lián)系電話z頁碼信息9每一頁均包含頁碼9一頁或多頁?當(dāng)前頁碼/總頁碼9多頁?每頁均有病人唯一標(biāo)識(shí)?如ID號(hào)?附加臨床信息簡(jiǎn)要描述臨床資料，說明檢測(cè)目的遺傳性疾病基因檢測(cè)?對(duì)于家系研究，有足夠的信息區(qū)分家庭成員的身份?表格或帶注釋的譜系所提供的信息比文字要重要9尤其適合連鎖分析簡(jiǎn)要描述臨床資料，說明檢測(cè)目的?同一個(gè)基因有不同名稱?同一種變異有不同的表示方式?突變vs.多態(tài)性9Mutation9a

change

or

a

disease‐causing

change9Polymorphism9a

non

disease‐causing

change9

a

change

found

at

a

frequency

of

1%

or

higher

in

thepopulation“.9防止混淆9

do

not

use

the

terms

mutation

and

polymorphism9

use

neutral

terms

like9sequence

variant、alteration

or

allelic

variant序列變異變異等位基因變異Onthechanging

meaningsof“mutation”

;Thechangingmeanings

of“mutation:”

A

contextualizedstudy

ofpublicdiscourse

;Communicating“mutation:”Modern

meaningsandconnotations9結(jié)果報(bào)告9清晰簡(jiǎn)明、準(zhǔn)確、解釋、權(quán)威9細(xì)胞遺傳學(xué)（如核型、FISH）9采用最新版的人類細(xì)胞遺傳命名系統(tǒng)（ISCN）命名9分子遺傳9參考序列和命名應(yīng)使用最新HGVS命名；9人類基因組變異協(xié)會(huì)HGVS——國(guó)際規(guī)范命名?"c."fora

coding

DNA

sequence(like

c.76A>T)?"g."fora

genomic

sequence(likeg.476A>T)?"m."fora

mitochondrial

sequence(likem.8993T>C)?"n"fora

non-coding

RNA

referencesequence(geneproducinganRNAtranscriptbutnotaprotein)?"r."foran

RNA

sequence(liker.76a>u)?"p."fora

protein

sequence(like

p.Lys76Asn)DNA水平vs蛋白水平？?優(yōu)選DNA水平描述?括號(hào)后可描述相應(yīng)蛋白變異或RNA情況?DNA水平變異?可能不會(huì)導(dǎo)致蛋白質(zhì)序列的變化?會(huì)影響RNA的穩(wěn)定性或者激活隱蔽剪切位點(diǎn)?蛋白質(zhì)水平的變化?經(jīng)常是由基因序列推測(cè)出來?不是實(shí)驗(yàn)直接得出的結(jié)論?只使用蛋白質(zhì)水平的變異可能引起錯(cuò)誤，舉例：9CFTR最常見的突變：p.Phe508del,9c.1521_1523delCTT？c.1522_1524delTTT？標(biāo)準(zhǔn)命名VS常用命名?不同數(shù)據(jù)庫(kù)版本，基因堿基號(hào)碼或密碼子號(hào)碼可能不同?當(dāng)某個(gè)非正式命名被廣泛采用，報(bào)告中可以包含此名稱9可用括號(hào)將其備注在標(biāo)準(zhǔn)命名的后面9或?qū)⒊Ｓ妹Q放在報(bào)告的診斷部分而將標(biāo)準(zhǔn)命名放在方法學(xué)部分9或在報(bào)告中單獨(dú)加以報(bào)告說明以使分析報(bào)告的人更加明確，避免出現(xiàn)理解錯(cuò)誤標(biāo)準(zhǔn)命名常用命名基因名基因水平

蛋白水平基因名

基因水平序列編號(hào)

第3版常用命名標(biāo)準(zhǔn)命名β‐珠蛋白生成障礙性貧血等位基因型β‐珠蛋白生成障礙性貧血等位基因型‐28（A→G）or

‐28MHBB:c.‐78A>GCD41‐42(‐TCTT)

orCD41‐42(‐TTCT)

or41‐42MHBB:c.124_127delTTCT

orHBB:c.126_129delCTTTIVS‐II‐654(C→T)

or

IVS‐II‐654MHBB:c.316‐197C>Tz縮寫9廣泛認(rèn)可（如DNA，PCR等）9不能產(chǎn)生歧義舉例：RT‐PCR

：real‐time

PCR？

Reverse

transcription

PCR？應(yīng)使用全稱“Q‐PCR’’

→

quan?ta?ve

PCR‘‘Q‐RT‐PCR

of

RNA’’

→quan?ta?ve

reverse

transcrip?on

PCR?基因變異報(bào)告9不建議單獨(dú)使用“陽性”或“陰性”9陰性結(jié)果?易被誤解為

“已排除”?僅僅代表“無突變/變異”檢出MayoClinic血液病融合基因——BCR/ABL檢測(cè)未檢出BCR/ABLmRNA轉(zhuǎn)錄突變BostonChildrens’HospitalHarvard

Medical

University?注明方法學(xué)9尤其是針對(duì)項(xiàng)目檢測(cè)方法較多時(shí)實(shí)驗(yàn)室間結(jié)果是否可比跟蹤隨訪（結(jié)果陰性）?檢測(cè)程度的詳細(xì)信息9檢測(cè)的基因座位或突變位點(diǎn)9缺失外顯子定位9這些信息對(duì)報(bào)告陰性結(jié)果至關(guān)重要?局限性：9陰性結(jié)果并不能排除患者存在其他的基因變異報(bào)告解釋應(yīng)當(dāng)采用臨床醫(yī)師理解的方式進(jìn)行說明直接影響試驗(yàn)結(jié)果因素：腫瘤組織基因突變檢測(cè)：?受腫瘤細(xì)胞與正常細(xì)胞比例的影響?組織活檢的結(jié)果受取材部位的影響等其他因素?如果同一份標(biāo)本進(jìn)行多項(xiàng)檢測(cè)，報(bào)告解釋時(shí)應(yīng)進(jìn)行整合分析，為臨床提供清晰和簡(jiǎn)明的解釋?如果報(bào)告單中包含多人，如同一家庭的多個(gè)成員，務(wù)必注明之間的血緣或譜系?建議每個(gè)人標(biāo)本分開檢測(cè)，以保證檢測(cè)結(jié)果的機(jī)密性?如果部分檢測(cè)在其他實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行?報(bào)告單中應(yīng)明確說明哪些結(jié)果出自哪個(gè)實(shí)驗(yàn)室?注明實(shí)驗(yàn)室認(rèn)證資質(zhì)?推薦其他實(shí)驗(yàn)室提供原始報(bào)告?腫瘤相關(guān)的基因檢測(cè)報(bào)告?至少保留10年?遺傳學(xué)相關(guān)的基因檢測(cè)報(bào)告?至少保存