上海市臨檢中心 分子生物學(xué)室質(zhì)評會課件 5 2018年分子遺傳室間質(zhì)評總結(jié)

藥物代謝基因多態(tài)性及分子遺傳項(xiàng)目室間質(zhì)評總結(jié)上海市臨床檢驗(yàn)中心分子生物學(xué)室

鮑蕓2018.6上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory上海市臨床檢驗(yàn)中心開展臨床藥物代謝基因多態(tài)性EQA情況已開展調(diào)查項(xiàng)目即將開展葉酸β1受體阻滯劑伊立替康(MTHFR

677)(ADRB1

1165G/C)(UGT1A1

*6,*28)他克莫司(CYP3A5*3)別嘌呤醇(HLA-B*5801)他汀類(ApoE&SCLOB1)氯吡格雷(CYP2C19*2,

*3,

*17)華法林(CYP2C9

&VKORC1)上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory樣本情況來源：人源基因組DNA、體外合成質(zhì)粒DNA規(guī)格：溶于TE溶液，樣本量為20μl/管。濃度約為

50ng/μl（基因組），5ng/μl(質(zhì)粒)。注意事項(xiàng)：使用時(shí)應(yīng)瞬時(shí)離心。上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory評價(jià)方式定性項(xiàng)目：與靶值比較的一致性。靶值確認(rèn)方法：Sanger測序法。各項(xiàng)目低于80分為不合格。上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory藥物代謝基因多態(tài)性檢測參評實(shí)驗(yàn)室數(shù)80201520162017201866605860402052504232262618161515121080葉酸華法林氯吡格雷他克莫司上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory不合格情況分析檢測項(xiàng)目錯(cuò)誤樣本編號檢測方法滿分實(shí)驗(yàn)室比例華法林1811、1813、1814

Sanger測序法95.5%（43/45）1811、1812、1813、氯吡格雷熒光PCR法98.1%（53/54）1814可能存在的問題：樣本編號搞錯(cuò)，檢測過程存在污染，檢測系統(tǒng)，……1、實(shí)驗(yàn)室人員操作2、檢測方法的性能確認(rèn)上海市臨床檢驗(yàn)中心開展分子遺傳基因檢測EQA情況已開展調(diào)查項(xiàng)目即將開展外周血胎兒染色體非整倍體

遺傳病高通量檢測生物（T13、T18和T21）信息學(xué)分析耳聾基因HLA-B27苯丙酮尿癥白血病融合基因方案實(shí)施：一年一次，每次5個(gè)標(biāo)本分子遺傳檢測參評實(shí)驗(yàn)室數(shù)2420162017201821181812887763330耳聾基因苯丙酮尿癥（PKU）

白血病融合基因上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory樣本情況來源：人源基因組DNA+健康人全血規(guī)格：干血斑（DBS），直徑1.6cm。上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory樣本情況來源：正常女性血清樣本為基質(zhì)，加入染色體核型分析確診為21-三體，18-三體，13-三體陽性的組織樣本片段化gDNA制備而成。規(guī)格：

1.0ml/支。上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory結(jié)果評價(jià)—耳聾基因定性項(xiàng)目：與靶值比較的一致性。

突變型樣本報(bào)告為“突變型”為可接受結(jié)果；突變型樣本報(bào)告為“野生型”則該位點(diǎn)檢測成績?yōu)椤?”分。

野生型樣本報(bào)告為“野生型”為可接受結(jié)果；野生型樣本報(bào)告為“突變型”為不可接受結(jié)果。

單個(gè)位點(diǎn)檢測成績=（測定可接受結(jié)果數(shù)/所有上報(bào)結(jié)果數(shù)）×100

總成績﹦(每個(gè)位點(diǎn)檢測成績之和)/9，得分大于等于80分為合格，成績低于80分為不合格。上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory結(jié)果評價(jià)—PKU

定性項(xiàng)目：與靶值比較的一致性。

致病突變型（陽性）樣本報(bào)告為“陽性”為可接受結(jié)果；任何一致病突變型（陽性）樣本結(jié)果報(bào)告為“陰性”，該樣本檢測成績?yōu)椤?”分。

無致病突變（陰性）樣本報(bào)告為“陰性”為可接受結(jié)果；任何無致病突變（陰性）樣本結(jié)果報(bào)告為“陽性”，為不可接受結(jié)果。

致病突變型（陽性）樣本中所含所有致病突變位點(diǎn)報(bào)告形式和內(nèi)容均正確的，則該樣本結(jié)果不扣分，否則該樣本成績按（錯(cuò)誤位點(diǎn)個(gè)數(shù)/所有致病突變位點(diǎn)個(gè)數(shù)）×10=該樣本扣分?jǐn)?shù)，在樣本成績中進(jìn)行扣分。

本項(xiàng)目總成績=各樣本得分總和，得分大于等于80分為合格，成績低于80分為不合格。上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory結(jié)果評價(jià)—NIPT定性項(xiàng)目：與靶值比較的一致性。高風(fēng)險(xiǎn)（陽性）樣本報(bào)告為“高風(fēng)險(xiǎn)”（陽性）為可接受結(jié)果；高風(fēng)險(xiǎn)（陽性）樣本報(bào)告為“低風(fēng)險(xiǎn)”（陰性），則該項(xiàng)目檢測成績?yōu)椤?”分。低風(fēng)險(xiǎn)（陰性）樣本報(bào)告為“低風(fēng)險(xiǎn)”（陰性）為可接受結(jié)果；低風(fēng)險(xiǎn)（陰性）樣本報(bào)告為“高風(fēng)險(xiǎn)”（陽性）為不可接受結(jié)果。檢測成績=（測定可接受結(jié)果數(shù)/所有上報(bào)結(jié)果數(shù)）×100，得分大于等于80分為合格，成績低于80分為不合格。上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory不合格情況分析檢測項(xiàng)目錯(cuò)誤樣本編號檢測方法滿分實(shí)驗(yàn)室比例耳聾基因1721、1724Sanger測序法77.8%（14/18）1721、1722、1723、苯丙酮尿癥Sanger測序法33.3%（1/3）1724NIPT182、18487.75%（14/16）存在的主要問題是假陰性結(jié)果。1、實(shí)驗(yàn)室人員操作2、檢測方法的性能確認(rèn)3、突變位點(diǎn)的正確表示（參照HGVS相關(guān)規(guī)則）規(guī)范命名—

HGVSruleallvariants

should

bedescribedatthemost

basiclevel,

the

DNAlevel.Descriptions

atthe

RNA

and/or

proteinlevel

may

begiveninaddition.?

descriptions

shouldmakeclearwhether

the

changewasexperimentally

determined

or

theoreticallydeduced

bygivingpredicted

consequences

inparentheses?

descriptions

atRNA/protein

level

shoulddescribethe

changesobservedonthatlevel(RNA/protein)

andnot

trytoincorporateanyknowledge

regarding

the

change

atDNA-levelallvariants

should

bedescribedin

relationto

anacceptedreference

sequence.?

the

referencesequencefileusedshouldbe

public

andclearly

described,

e.g.NC_000023.10,

LRG_199,

NG_012232.1,

ENST00000357033,

NM_004006.2,NR_002196.1,

NP_003997.1,

etc..規(guī)范命名—HGVSruleSpecificabbreviationsareusedtodescribedifferentvariant

types.?

“>”(greaterthen)

indicatesa

substitution

(DNAandRNAlevel);g.123456G>A,

r.123c>u?

asubstitution

at

the

protein

level

isdescribed

as

p.Ser321Arg?

“del”

indicatesadeletion;c.76delA?

“dup”

indicatesaduplication;c.76dupA?

“ins”

indicatesaninsertion;

c.76_77insG?

duplicating

insertions

are

described

asduplications,

notasinsertions?

“inv”

indicatesaninversion;

c.76_83inv.

Notusedatproteinlevel?

“con”indicatesaconversion;NC_000022.10:g.42522624_42522669con42536337_42536382?

“fs”indicatesaframeshift;p.Arg456GlyfsTer17

(orp.Arg456Glyfs*17)?

“ext”indicatesanextension;

p.Met1ext-5上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory規(guī)范命名—HGVSrulealetterprefix

should

beusedtoindicatethe

typeofreferencesequence

used?

“c.”

foracoding

DNAsequence(e.g.

c.76A>T)?

"g."

for

agenomic

sequence(e.g.

g.476A>T)?

"m."

foramitochondrial

sequence(e.g.

m.8993T>C)?

"n"

foranon-coding

RNAreferencesequence(geneproducinganRNAtranscript

butnot

aprotein)?

"r."foranRNAsequence(e.g.r.76a>u)?

"p."for

aproteinsequence(e.g.

p.Lys76Asn)上海市臨床檢驗(yàn)中心Shanghai

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Laboratory規(guī)范命名

DNA水平vs蛋白水平？?

優(yōu)選DNA水平描述?

括號后可描述相應(yīng)蛋白變