轉(zhuǎn)錄組軟件安裝linux瑞客

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5Fastq-dumpSRAtoolkit):UCSCtoolkit7 oda+x8型打開(kāi)查看亂碼，如bwa,salmon等java-jartrimmomatic-9lsl查看文件的屬性（文件夾的可執(zhí)行屬性是可讀屬性oda+xfileod755file環(huán)境變量PATH是一堆，一堆存放有軟件的在系統(tǒng)接到命令輸入比如”cd”后，會(huì)去環(huán)境變量PATH的中從前向后查找，在哪個(gè)發(fā)現(xiàn)存在輸入令同名”cd”的文件視為找到echoexport服務(wù)器自己用戶的家目錄下一般有2個(gè)隱藏文件： yumupdateCentosyumsearchsoft_nameoryuminstallapt-getupdateUbuntuapt-cachesearchsoft_nameorapt-getinstallsoft- ./configure&&make&&make戶，這一步通常也會(huì)配置下軟件安裝的路徑--make具體的編譯過(guò)程，根據(jù)Makefilemakeinstall拷貝make編譯出的可執(zhí)行文件或依賴的動(dòng)態(tài)庫(kù)到prefix指定的。condainstall Nature pbfcondaconfig--addchannelsconda-forge#Lowestcondaconfig--addcondaconfig--addchannelsr#condaconfig--addchannelscondaconfigaddchannelsbioconda condaconfig--addcondaconfigadd 通道condaconfig--addcondaconfig--setshow_channel_urlscondacreate-y-ntranscriptomer-base=3.4.3condainstall-ntranscriptome-ysourceactivatesourcedeactivatewgetcsoft_url/database_urlcwget-c wgetcrnpnd #把soft cat<<ENDexportsourceSRAtoolkit cd unzipod755#假設(shè) ln-s`pwd`/FastQC/fastqccd unzipTrimmomatic-cdTrimmomatic- od755#假設(shè) ln-s`pwd`/trimmomatic.sh

\$f))/trimmomatic- UCSCcdwget-cwget-cwget-cwget-cod755bed*gtf*cd -Ounzipln-s`pwd`/STAR-2.6.0c/bin/Linux_x86_64_static/* mkdir-gitgitcdmakeln-sf`pwd`paregitcdln-sf`pwd`/gffread pipinstall- #yuminstallgsl-devel.x86_64lapack-develblas-cdwget-tarxvzfpython-c"importsys;print#輸出 cdrMATS.4.0.2/rMATS-turbo-Linux-od755默認(rèn)使用全路徑調(diào)用，如果想簡(jiǎn)化些，需要修改rmats.py#第246 #root_dir= ln-s`pwd`/rmats.pyConda安裝samtoolscondainstall-y-qsamtools htseqcondainstall-y-qsamtoolsmultiqcrseqcfastqcsalmonstarstringtiesra-toolstrimmomaticrmatsrmats2sashimiplot#把本地 #-a:archivemode,quals-#-L:同步符 crontabe打開(kāi)下面的編輯vim#minute rsync.shat00:00every3 Callmeat6:00 6- Runevery20minutesin6- Gitforwindowswindows下運(yùn)行Linux拷貝U盤中transcriptome文件夾到C盤根 下（任意一個(gè)盤不含中文和空格的 都可以，為了統(tǒng)一都放在C盤下）。FileOpenfile打開(kāi)pipelineStar.sh；若出